MANUAL GENERAL DE USUARIO (Versión de octubre de 2009) Autor: Enrique Crespo Molera (diseñador y actual administrador de la plataforma)

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1 SERVIDOR DE IMÁGENES DICOM DEL LABORATORIO DE IMAGEN MÉDICA (HGUGM) MANUAL GENERAL DE USUARIO (Versión de octubre de 2009) Autor: Enrique Crespo Molera (diseñador y actual administrador de la plataforma) Índice 1. Descripción general de la plataforma 1 2. Uso de la plataforma Pipeline general de proyectos (vía WEB) Pipeline específico vía protocolo DICOM Herramienta de anonimizado, conversión y organización.9 3. Base de datos de las imágenes Solicitar alta de un nuevo proyecto, nuevos usuarios y modificación de usuarios Descripción general de la plataforma El servidor de imágenes DICOM del Laboratorio de Imagen Médica (LIM en adelante), es el resultado de una implementación de una plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imágenes médicas en formato DICOM, orientada a conseguir una infraestructura que facilite el manejo y posterior procesamiento de datos de imagen utilizados en proyectos de investigación. Su arquitectura es abierta y consta de una serie de etapas independientes y configurables: recepción, anonimización, organización y conversión de los datos a formato Nifti-1. Estas etapas se interconectan entre sí para conformar pipelines de gestión, independientes y concurrentes en ejecución, que son personalizados según las necesidades particulares de cada proyecto. En concreto, y por el momento, se han implementado cuatro pipelines, de los cuales tres son de uso general para usuarios del LIM y se detalla su forma de uso en el apartado 2 de este manual. El otro pipeline es específico para el proyecto multicéntrico de Primeros Episodios Psicóticos, por lo que no será explicado en el este manual de propósito general. Pero recordamos que si fuera necesaria una adaptación a requerimientos específicos (como lo ha sido para este último proyecto 1

2 antes mencionado), se contacte con el administrador de la plataforma de cara a estudiar la viabilidad y diseños de un pipeline concreto y dedicado para un proyecto o ensayo clínico en particular. Si se desea conocer más datos sobre la plataforma se recomienda leer la comunicación al CASEIB 2009 que describe con más profundidad la plataforma (en \\data-server\docencia\caseib 2009\Plataforma DICOM.pdf). 2. Uso de la plataforma A continuación se describe cómo hacer uso de los pipelines de uso general que se han implementado. Existen otros pipelines específicos que en este manual general no son descritos Pipeline general de proyectos (vía WEB) El pipeline general de proyectos recibe, valida, anonimiza, convierte a Nifti-1 y organiza imágenes DICOM. En los pasos siguientes se muestra cómo subir correctamente imágenes DICOM al servidor, y en ellos encontrará información acerca de todas esas etapas de procesado antes mencionadas. - El proyecto y los usuarios del mismo tienen que estar dados de alta en la plataforma. Si no es así, ver el apartado 4. - Para subir imágenes pinchar en el menú en Subida de Imágenes DICOM - Seleccionar el proyecto al que corresponden las imágenes e introducir usuario y contraseñas permitidas para ese proyecto. Confirmar en la pantalla siguiente que el usuario identificado se corresponde con el centro de origen de las imágenes. - La figura 1 muestra la pantalla inicial de subida de imágenes: 2

3 Fig1. Pantalla de selección de imágenes para subir al servidor - Primero debe señalar si las imágenes corresponden a un paciente nuevo dentro del proyecto o son imágenes para añadir a un paciente que ya tiene imágenes en el proyecto en el servidor. Ver cuadro 2, en el que se explica cómo se asignan nuevos Patient IDs y Patient Names de cara a su anonimización. - Seleccione un archivo comprimido.zip con las imágenes que desea subir al servidor (Pulsando el botón Browse ). Ver cuadro 1, con información acerca del archivo comprimido.zip con las imágenes. - Pulse Subir. Recuerde que tardará un tiempo en aparecer la siguiente pantalla, así pues no cierre esta ventana/pestaña de su navegador. El archivo comprimido con las imágenes - El archivo comprimido con las imágenes en formato DICOM ha de ser un archivo.zip. Si tiene dudas acerca de cómo construir un archivo.zip pulse: - El tamaño máximo del archivo es de aproximadamente 1,5 Gb. - En el archivo puede haber carpetas y subcarpetas, incluso archivos que no sean imágenes en DICOM. A la entrada de la plataforma el módulo validador se encarga de descartar cualquier archivo que no sea una imagen DICOM y, al mismo tiempo, recorre las carpetas recursivamente. - El máximo número de pacientes diferentes que puede incluir en el mismo archivo es 20 Cuadro 1 El archivo comprimido con las imágenes 3

4 - A continuación aparecerá la pantalla de anonimización (figura 2 si se ha elegido subir un paciente nuevo, figura 3 si se están añadiendo imágenes a pacientes que ya están en el proyecto). Fig2. Pantalla de anonimización (pacientes nuevos en el proyecto) - En esta pantalla la plataforma le muestra información sobre las imágenes que ha encontrado y validado en el archivo que ha subido. Hay información sobre los Patient IDs y Patient Names originales, número de estudios y número de imágenes totales por paciente y estudios. Compruebe que los datos presentados son correctos y coherentes a las imágenes que está subiendo. - Rellene el campo que queda libre en los patient IDs nuevos que van a ser asignados, o escoja un Patient ID de la lista de pacientes que ya tienen imágenes en el proyecto. Ver cuadro 2, en el que se explica cómo se asignan nuevos Patient IDs y Patient Names de cara a su anonimización. 4

5 - Pulse Enviar o Cancelar el envio según proceda. Fig3. Pantalla de anonimización (pacientes que ya están en el proyecto) Anonimización Asignación de Patient IDs y Patient Names - Todas las imágenes serán anonimizadas sin quedar conexión en el servidor del LIM entre IDs y Names originales y nuevos. - El nuevo Patient ID se compone siempre de Nemotécnico del proyecto_numero secuencial_texto que introduce el usuario. La parte libre para el usuario NO ha de ser utilizada para replicar patient IDs originales y SÓLO podrá contener caracteres alfanuméricos. - El nuevo Patient name se compone siempre de "proyecto_centro de origen_fecha de subida_numero de registro interno del servidor". No existen campos libres para el Patient Name en ningún caso. Cuadro 2. Anonimización Asignación de Patient IDs y Patient Names - Tras pulsar Enviar, las imágenes serán anonimizadas acorde a la selección que haya realizado. Serán convertidas a formato Nifti-1. Y, por último, serán organizadas, tanto en DICOM como en Nifti-1, acorde a la estructura de la figura 4. 5

6 - El final del proceso de subida no será ninguna pantalla de confirmación de éxito, sino que saltará una ventana en su navegador ofreciéndole descargar un archivo.pdf con el resguardo de registro de subida de imágenes. Esto se hace de esta forma de cara a reforzar que los usuarios descarguen este archivo. El cuadro 3 explica qué contiene y cuál es la utilidad de este archivo que es ofrecido al usuario. La subida SÓLO habrá finalizado con éxito si se ofrece esta descarga. Fig4. Estructura de organización de imágenes El archivo de registro de subida de imágenes - Toda subida de imágenes termina, si ha transcurrido con éxito, cuando se ofrece al usuario descargar un archivo.pdf con el registro de la subida de imágenes que acaba de realizar. - Este documento contiene información diversa sobre la subida: fecha, hora, proyecto, Patient IDs y Patient Names, tanto originales como los nuevos asignados, etc. - Pretende ser un documento de utilidad para que el usuario que sube las imágenes pueda tener un seguimiento y control de calidad en el proceso. Además de poder ser de utilidad en caso de que haya habido algún error al subir las imágenes (confusión de IDs por ejemplo) - En este documento, por tanto, queda constancia de la conexión entre IDs originales y los nuevos, por lo que, de cara a que se consideren las imágenes en el servidor del LIM totalmente anonimizadas, NO se guarda copia alguna de este documento en el servidor y, además, toda responsabilidad legal por el uso de esta información recae entonces en el usuario que tiene el documento. Cuadro 3. El archivo de registro de subida de imágenes 6

7 2.2. Pipeline específico vía protocolo DICOM Se ha implementado un Store Client Provider (SCP) para protocolo DICOM que conforma un pipeline de subida de imágenes independiente. Al igual que sucede con las imágenes que se suben via web, una anonimización personalizada es requerida. A diferencia de la subida via web, el pipeline directo via protocolo DICOM no permite detener el procesado de las imágenes en sus fases intermedias. Por lo tanto la anonimización que se va a realizar ha de ser indicada "a priori", antes de que ejecute la comunicación DICOM para subir las imágenes. Pasos a seguir: - Pinchar en el menú en Subida via Protocolo DICOM. - Indique un nombre de usuario y contraseña válidos para el uso de este pipeline. (A diferencia del pipeline genérico de subida de imágenes, en este pipeline no se contemplan proyectos y usuarios del proyecto, así pues consulte al Administrador de la plataforma para solicitar una contraseña). - Indique en la siguiente pantalla: el número de pacientes que va a subir, el centro desde el que se suben o se han realizado las imágenes y el proyecto al que pertenecen las mismas. - En la figura 5 se muestra la pantalla de anonimización a priori que requiere este pipeline. Los Patient ID originales ha de conocerlos el usuario de antemano y relacionarlos con nuevos Patient IDs. Una vez comenzada la comunicación vía protocolo DICOM, el pipeline buscará en las imágenes que le van llegando esos Patient IDs indicados y los anomizará acorde al nuevo Patient ID indicado por el usuario. Los nuevos Patient Names siempre tendrán la forma: "centro o institución" - "proyecto" - "fecha de subida" - "patientid nuevo", acorde a los datos que ya introdujo en la pantalla anterior. Pulse Continuar para terminar la configuración de la anonimización a priori. - La figura 6 muestra el final del interfaz web de este pipeline. A partir de este punto la anonimización ya está lista para ser empleada. Por tanto, puede comenzar la 7

8 transmisión vía DICOM conectándose con un SCU (Store Client Unit) al SCP (Store Client Provider) del servidor del LIM, cuyos parámetros vienen indicados en esta pantalla final. Actualmente cualquier SCU puede conectarse a este SCP, pero por evidentes motivos de seguridad, en un futuro próximo, los SCUs deberán ser dados de alta para ser aceptados por el SCP del servidor. - Las imágenes serán recibidas en el servidor del LIM, validadas, anonimizadas y organizadas por nuevo PatientID y por estudios dentro del paciente. - Las imágenes son guardadas en la carpeta local del servidor DICOM del LIM: E:/dicomserver/storageDD. Esta carpeta no puede ser consultada vía web o externa, por tanto el acceso será vía LAN local del LIM. Le rogamos que extraiga las imágenes de los pacientes que acabe de subir, ya que esta carpeta local no pretende ser un repositorio organizado de imágenes. Fig5. Pantalla de anonimización a priori 8

9 Fig6. Pantalla final del pipeline de subida vía protocolo DICOM 2.3. Herramienta de anonimizado, conversión y organización El servidor de imágenes pone a disposición del usuario el uso de los módulos de anonimización, conversión a Nifti-1 y organización de imágenes, conformando una herramienta independiente de cualquier proyecto o repositorio de imágenes, ya que las imágenes recibidas no son guardadas en el servidor, ni queda registro del uso de la herramienta..el usuario puede personalizar el uso de esta herramienta solicitando el tratamiento que desee. Los pasos a seguir son los siguientes: - Pinchar en el menú Anonimizado, conversión y organización - Introduzca una contraseña y usuario válidos para poder usar la herramienta (En este pipeline no se contemplan proyectos y usuarios del proyecto, así pues consulte al Administrador de la plataforma para solicitar una contraseña). - La siguiente pantalla tras introducir contraseña y usuario válidos, es la pantalla de configuración de la herramienta (figura 7). En ella debe personalizar el tratamiento que será efectuado a las imágenes. Puede anonimizar o no, convertir a nifti-1 o no y ordenar las imágenes acorde a la estructura de la figura 4, por patient ID o patient Name como el top de la jerarquía, ya que no hay proyecto donde se engloben las imágenes. La herramienta efectuará el procesado que ha configurado, que será combinación de todos los tratamientos solicitados. 9

10 Fig7. Pantalla de configuración de la herramienta - La siguiente pantalla consiste en una confirmación del tratamiento completo que ha solicitado. Verifique que es el correcto. Además, si eligió convertir a Nifti-1 las imágenes, también aparecerá una selección acerca de si desea que le sean devueltas sólo las imágenes en formato Nifti-1 o si desea que le sean devueltas en Dicom y Nifti-1. - Tras pulsar continuar, le serán solicitadas las imágenes a enviar en un archivo.zip. Si tiene dudas acerca de este archivo.zip, consulte el cuadro 1. - Antes de procesar las imágenes, le será mostrada una pantalla informativa sobre las imágenes que está enviando (semejante a la de la figura 2). Aparecerá información sobre los Patient IDs y Patient Names originales, número de estudios y número de imágenes totales por paciente y estudios. Compruebe que los datos presentados son correctos y coherentes a las imágenes que está subiendo. Además, si ha solicitado anonimizar las imágenes, rellene los campos patient ID y patient Name. Pulsé continuar para proceder al tratamiento. - No cierre la ventana mientras se realiza el procesado. Si todo transcurre con éxito, saltará una ventana ofreciéndole guardar o abrir un archivo comprimido en.zip llamado images.zip. En ese archivo se encuentran sus imágenes procesadas según usted haya solicitado. Todo el proceso ya ha terminado en este momento. Volvemos a recordarle que no ha quedado registro de este uso en el servidor, ni se han quedado las imágenes originales que envió en ningún repositorio del servidor. 10

11 3. Base de datos de las imágenes Las imágenes que se suben a través del pipeline general de proyectos quedan guardadas, de acuerdo a la jerarquía de la figura 4, en el servidor del LIM conformando un repositorio organizado de imágenes DICOM y Nifti-1. El acceso a este repositorio de imágenes se puede hacer de dos formas: - Acceso directo a la estructura de directorios y archivos a través de la red local del LIM. Para poder realizar el acceso directo serán necesarios permisos particulares para poder acceder al sistema de archivos de la plataforma. En el explorador de archivos de su sistema operativo escriba la dirección del servidor: dicomserver.hggm.es. Escriba usuario y contraseña válidos y navegue hasta la carpeta: dicomserver\images\dicom o dicomserver\images\nifti. Allí comienza la jerarquía de organización de la figura 4. - Acceso indexado vía portal web de la plataforma. Cada repositorio de imágenes asociado a un proyecto conforma una base de datos indexada a través de archivos.xml. Por tanto, acceder a las imágenes vía web incorpora funcionalidades extra respecto al acceso directo, como poder navegar y buscar de forma coherente a través de la jerarquía de organización del proyecto, poder ver datos sobre los pacientes, estudios y series antes de descargar las imágenes, etc. Pulsando en el botón Base de datos de las imágenes en el menú de inicio del portal web, se accede a una pantalla de selección de proyecto y la consecuente petición de usuario y contraseña. Recuerde que sólo si es un usuario autorizado para un proyecto podrá acceder al repositorio particular de ese proyecto. Una vez comprobados los datos, aparece la pantalla del repositorio particular de imágenes del proyecto accedido. 11

12 Desde esta pantalla se pueden realizar búsquedas por campos concretos, mostrar todos los pacientes, descargar un archivo Excel con el sumario ordenado de pacientes y datos sobre las imágenes que se han encontrado en el repositorio. Navegando a través de las pantallas de búsqueda y muestra de información sobre pacientes, estudios y series, podrá descargar, en archivos comprimidos en.zip, un paciente concreto, un estudio concreto o una serie en particular (en DICOM o en Nifti-1 si es que existen las imágenes en este formato). Las descargas de imágenes hechas a través de la Web quedan registradas en el servidor (nombre de usuario que descarga fecha- qué ha descargado). Si es usted coordinador de un proyecto, esta funcionalidad puede ser de utilidad de cara a un seguimiento de trabajo o control de registros. Póngase en contacto con el administrador para que le asesore en el acceso a ese registro de descargas. Este modo de acceso está en continúa mejora y actualización, de tal forma que en futuro existirán nuevas posibilidades en las búsquedas, descargas, etc. 4. Solicitar alta de un nuevo proyecto, nuevos usuarios y modificación de usuarios Para dar de alta un proyecto en el servidor debe contactar con el administrador de la plataforma en el Laboratorio de Imagen Médica. El administrador le solicitará los siguientes datos: - Un nombre del proyecto para el servidor, de un máximo de 15 caracteres sin espacios. El nombre del proyecto para el servidor servirá para identificar al proyecto dentro de la programación interna del servidor. A su vez, será el nombre del directorio raíz para este proyecto en el repositorio de imágenes. Le recomendamos que sea en mayúsculas. - Un nemotécnico para el proyecto, de un máximo de 6 caracteres sin espacios. El Nemotécnico será utilizado como parte de los patient IDs de ese proyecto. También es utilizado en la creación y organización de los directorios del repositorio de imágenes correspondiente al proyecto. Le recomendamos que lo escriba en mayúsculas. - El nombre completo del proyecto, de un máximo de 150 caracteres. - Sólo debe haber caracteres alfanuméricos sin acentuar en todos estos datos. 12

13 Una vez que el administrador haya dado de alta su proyecto, ya aparecerá en la lista de selección de proyecto del pipeline general de subida de imágenes explicado en el apartado 2.1. Para dar de alta nuevos usuarios, modificar uno existente o eliminar un usuario, también deberá contactar con el administrador de la plataforma. Si va a dar de alta un nuevo usuario, el administrador le solicitará los siguientes datos: - Nombre real del usuario. - Un nombre de usuario para la plataforma (sin espacios) - Una contraseña (sin espacios) - Un nemotécnico del centro al que pertenece, que será utilizado principalmente en el control de registros y descargas y para la construcción de los patient Name. (sin espacios) - Cualquier comentario o nota que desee, que quedará registrada a este usuario, como por ejemplo el puesto laboral que ocupa o si es un usuario invitado o temporal, etc. En la modificación de un usuario, el administrador le solicitará los nuevos valores de los datos que desee modificar. Para la eliminación de un usuario, el administrador le solicitará el nombre real del usuario. 13

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