PREREQUISITOS: Biología Molecular de la Célula, Biomoléculas: estructura, función y propiedades, Fisiología y Metabolismo Microbiano.

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1 80111 LABORATORIO DE TÉCNICAS EXPERIMENTALES Pág 1 de 5 ASIGNATURA: LABORATORIO DE TÉCNICAS EXPERIMENTALES ESTUDIOS: MÁSTER EN BIOINGENIERÍA CÓDIGO: TIPO: O SEMESTRE: 1º CRÉDITOS: 9 (15 horas/semana) PROFESOR: Dra. Magda Faijes PROFESOR LABORATORIO: Dra. Magda Faijes y colaborador PREREQUISITOS: Biología Molecular de la Célula, Biomoléculas: estructura, función y propiedades, Fisiología y Metabolismo Microbiano. CONOCIMIENTOS PREVIOS: Fisiología y metabolismo microbiano, Técnicas experimentales en Biociencias. ASIGNATURAS QUE SE HAN DE CURSAR SIMULTANEAMENTE: Ingeniería Genética y Metabólica Avanzada, Biorreactores y Bioprocesos, Bioinformática Avanzada, Diseño de Experiencias, Microbiología Industrial, Bioética. DESCRIPCIÓN ASIGNATURA: Se desarrollan experiencias de laboratorio referentes a los distintos temas de las asignaturas de Tecnología del ADN recombinante e Ingeniería metabólica, Tecnología de Biorreactores y Bioprocesos, Bioinformática y Tecnologías de la información. En esta asignatura práctica, se aplicarán las distintas técnicas experimentales de ingeniería genética, las distintas metodologías de crecimiento de cultivos en biorreactor y las distintas herramientas bioinformáticas para que el alumno las domine. CONTENIDOS*: Manipulación e identificación de microorganismos. Purificación y caracterización de proteínas. Técnicas de ADN recombinante. Crecimiento de microorganismos en bioreactor. Bioprocesos. OBJETIVOS ASIGNATURA: 1. Asegurar que el alumno ponga en práctica en el laboratorio los conceptos teóricos que han visto en las asignaturas simultáneas. 2. Lograr que el alumno adquiera la habilidad de llevar a cabo las técnicas de ingeniería genética. 3. Asegurar que el alumno sea capaz de llevar a cabo distintos cultivos de microorganismos en biorreactor. 4. Conseguir que el alumno utilice los programas bioinformático de análisis, simulación y predicción. 5. Asegurar que el alumno ejercite los criterios de análisis y evaluación de resultados experimentales. 6. Asegurar que el alumno tenga la habilidad de presentar las experiencias y sus resultados.

2 80111 LABORATORIO DE TÉCNICAS EXPERIMENTALES Pág 2 de 5 7. Promover que el alumno sea capaz de trabajar en equipo y expresarse en lengua extranjera. COMPETENCIAS*: BÁSICAS: CB6 - Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación CB7 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio. CB8 - Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios. CB9 - Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones (y los conocimientos y razones últimas que las sustentan) a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades. TRANSVERSALES: T1 - Capacidad de comunicarse eficazmente tanto de forma oral como escrita con interlocutores especializados y públicos no especializados. T3 - Capacidad de trabajar en un entorno multidisciplinario de forma individual o como miembro de un equipo. ESPECÍFICAS: E2 - Capacidad para comprender y aplicar las metodologías y herramientas biotecnológicas para la investigación, desarrollo y producción de productos y servicios. E3 - Capacidad para diseñar, realizar e interpretar experimentos en el ámbito de la bioingeniería. TEMARIO: A) BIOQUIMICA Se presentan las distintas prácticas que cada alumno realizará en el bloque de técnicas de bioquímica. Exp 1. Basic practices and techniques. Exp 2. Cell Rupture and protein quantification. Exp 3. Pure Protein Quantification. Exp 4. Native and denaturated protein electropheresis. Exp 5. Protein purification by Gel filtration chromatography. Exp 6. Protein purification by Affinity chromatography. Exp 7. Protein purification by Ionic exchange chromatography and Ammonium precipitation. Exp 8. Western-blotting. Exp 9. ELISA (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay).

3 80111 LABORATORIO DE TÉCNICAS EXPERIMENTALES Pág 3 de 5 B) INGENIERÍA GENÉTICA Y METABÓLICA Se presentan las prácticas del bloque de técnicas de ingeniería genética. Exp1. Preparation of DNA size markers by enzymatic restriction of lambda and plasmidic DNA. Exp2. Introduction of plasmid DNA into E. coli: competent cells preparation and transformation using calcium chloride or eletroporation. Compare transformation efficiency of both methods. Exp3.1. Preparation of plasmidic and genomic DNA from bacteria. Exp3.2. Preparation of genomic DNA from plant tissue. Exp4.1. DNA amplification using PCR. Explore different PCR conditions. Exp4.2. DNA amplification using PCR. PCR colony. Exp5. DNA ligation. Exp6.1. Introduction of restriction endonuclease sites by directed mutagenesis using PCR. Quick Change Site-Directed Mutagenesis Exp6.2. Introduction of restriction endonuclease sites by directed mutagenesis using PCR. Double PCR. Exp7. Titration of a λ-based cdna library and λ DNA extraction. Exp8.1. Construction of hybrid DNA molecules. Subcloning glucanase gene into pet16b vector. Exp8.2. Construction of hybrid DNA molecules. Subcloning galactosyltransferase cdna gene into pet15b vector. Exp9. Analysis of DNA sequences by blotting and hybridization. Exp10.1. Expression of recombinant proteins in E. coli. Expression of glucanase in E. coli BL21 DE3 star with different constructs. Exp10.2. Expression of recombinant proteins in E. coli. Expression of galactosyltransferase in E. coli BL21 DE3 star with pet15b. C) BIORREACTORES Y BIOPROCESOS Se presentan las prácticas del bloque de bioreactores: Exp1. Microorganism growth and growth parameters determination. Exp2. Shake flask growth parameters influences. Exp3. Influence of IPTG induction and protein expression to cell growth. Exp4. K L a determination. Exp5. Batch bioreactor. Exp6. Fed-batch bioreactor. D) BIOINFORMÁTICA Exp1. FUNDAMENTOS DE INFORMÁTICA EN ENTORNOS BIOINFORMÁTICOS Entorno de trabajo Linux. Iniciación a la programación. Exp 2. BASES DE DATOS

4 80111 LABORATORIO DE TÉCNICAS EXPERIMENTALES Pág 4 de 5 Repositorios de información. Genomas. Dominios. Bases de datos estructurales. Literatura. Búsquedas avanzadas. Exp 3. ANÁLISIS DE SECUENCIAS Alineamientos. Perfiles y patrones. Búsqueda de homólogos y homólogos remotos. Construcción de árboles filogenéticos. Exp 4. PREDICCIÓN DE ESTRUCTURA Predicción de estructura secundaria. Predicción de estructura terciaria por Threading. Modelado por homología. Modelado ab initio. Exp 5. BASES DE DATOS DE INTERÉS BIOTECNOLÓGICO Bases de datos metabólicas. Bases de datos de enzimas. PRÁCTICAS DE LABORATORIO: Si. METODOLOGIA*: - Instrucción realizada por un profesor con el objetivo de revisar, discutir y resolver dudas sobre los materiales y temas presentados en las sesiones de exposición de conceptos y sesiones de resolución de ejercicios, problemas y casos. - Realización de actividades de laboratorio o similar (prácticas con ordenador, proyectos, talleres, etc.) por parte del estudiante, bajo la supervisión directa de un profesor. - Trabajo personal del estudiante necesario para adquirir las competencias de cada Materia y asimilar los conocimientos expuestos en las sesiones de exposición de conceptos y sesiones de resolución de ejercicios, problemas y casos, utilizando, cuando sea necesario, el material recomendado de consulta. - Pruebas orales y / o escritas realizadas durante el periodo lectivo de una asignatura o una vez finalizada la misma. Metodología del curso: Esta asignatura se basa en: 1) Preparación de la práctica por parte del alumno antes de la ejecución. 2) Discusión de los conceptos importantes de la práctica, la realización de la misma y el análisis de los resultados en el laboratorio. 3) Realización del informe. EVALUACIÓN*: 2) Actividades de seguimiento del aprendizaje.- Ponderación mínima: 5.0, Ponderación máxima: ) Trabajos y presentaciones.- Ponderación mínima: 25.0, Ponderación máxima: ) Trabajo experimental o de campo.- Ponderación mínima: 50.0, Ponderación máxima: ) Participación.- Ponderación mínima: 5.0, Ponderación máxima: 5.0 OBSERVACIONES: Para aprobar la asignatura, se tiene que aprobar todas las prácticas y entregar los informes. El bloque de las prácticas de Bioinformática se evalúa en la asignatura de Bioinformática Avanzada..

5 80111 LABORATORIO DE TÉCNICAS EXPERIMENTALES Pág 5 de 5 CRITERIOS DE EVALUACIÓN DE RESULTADOS*: Objectivo 1: El estudiante debe demostrar rigurosidad y criterio en el trabajo experimental de laboratorio. Objetivo 2: El estudiante debe demostrar los conocimientos sobre las diferentes técnicas experimentales. Objetivo 3: El estudiante debe demostrar que posee criterio en la elección de las técnicas a utilizar para cada problema bioquímico y/o de análisis. Objetivo 4: El estudiante debe demostrar capacidad científica para razonar las manipulaciones realizadas en las prácticas de laboratorio. Objetivo 5: El estudiante debe saber extraer la información que proporciona cada técnica analítica aplicada a los distintos casos Objetivo 6: El estudiante debe demostrar que posee los criterios de análisis y evaluación de los resultados obtenidos. Objetivo 7: El estudiante debe saber comunicar sus resultados experimentales tanto de manera oral como escrita en distintas lenguas. BIBLIOGRAFÍA BÁSICA: Sambrook and Russell. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Shuler, M and Kargi, F., Bioprocess Engineering Basic Concepts, 2 nd edition, Prentice- Hall Inc. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Más material aportado por los profesores, sobretodo artículos. PREPARADO POR: Dra. Magda Faijes. FECHA ÚLTIMA REVISIÓN: Marzo 2011

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