GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA IDENTITY 1.0. Programa de análisis de datos de microsatélites (STMS).

Transcripción

1 1 GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA IDENTITY 1.0. Programa de análisis de datos de microsatélites (STMS).

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3 3 1. PREPARACIÓN DE LA MATRIZ BÁSICA DE DATOS. Pg CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA IDENTITY. Pg REALIZACIÓN DEL ANÁLISIS. Pg PRESENTACIÓN DE LOS RESULTADOS. Pg. 9

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5 5 Este programa puede obtenerse libremente a través del WWW en la dirección: El programa ha sido específicamente diseñado para el análisis de marcadores microsatélites (STMS) en un estudio de cultivares de vid. Los principales análisis que realiza son los siguientes: Evaluación de polimorfismos (parámetros generales de genética de poblaciones). Análisis de posibles genotipos idénticos. Reconstrucción del pedigrí de las OTU en estudio 1. PREPARACIÓN DE LA MATRIZ BÁSICA DE DATOS. El archivo de entrada en este programa es un archivo de MS Excel guardado en formato *.csv. El archivo de entrada debe describir el genotipo para cada una de las OTU (cultivares o variedades) y debe tener la estructura del ejemplo. Tamaño del 1 er alelo del Locus 1 para cada variedad Tamaño del 2º alelo del Locus 1 para cada variedad Nombre de la variedad o cultivar

6 6 2. CARGA DE LOS DATOS EN EL PROGRAMA IDENTITY. La hoja de MS Excel deberá guardarse con formato de extensión *.csv. El archivo debe de ser visualizado en el propio MS Excel ya que es necesario comprobar que al ser guardado en formato *.csv, se han utilizado como separadores, y no ;. En caso de que se hayan utilizado caracteres no adecuados, hacer una búsqueda y reemplazo por,. Si se desea se puede visualizar el archivo en un editor de solo texto

7 7 3. REALIZACIÓN DEL ANÁLISIS. El programa consta de un solo archivo ejecutable, que debe guardarse en la misma carpeta electrónica que el archivo con la matriz básica de datos archivada como *.csv. Abrir una ventana de DOS, entrar en la carpeta electrónica donde se hayan colocado el archivo ejecutable del programa y teclear: identity_ nombre del archivo con datos.csv.

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9 9 4. PRESENTACIÓN DE LOS RESULTADOS. El programa crea los tipos de archivos que se presentan en el gráfico. Todos ellos pueden abrirse con cualquier editor de solo texto El archivo nombre de archivo con datos.stat tiene la siguiente información: Número de alelos. Frecuencias alélicas. Desviación estándar de las frecuencias alélicas. Límite del 95% superior del intervalo de confianza de las frecuencias alélicas (para ser utilizado en estadísticas de la máxima verosimilitud. Suma de alelos detectados (2 x número de muestras si no faltan datos). Heterocigosidad esperada y observada. Frecuencia de alelos nulos. Probabilidad de identidad (Paetkau et al., 1995) Probabilidad de excusión de paternidad (Weir, 1996).

10 10 El archivo nombre de archivo con datos.syn proporciona una lista de las OTU con genotipo idéntico. El archivo nombre de archivo con datos.par da una lista de las posibles combinaciones parentales-descendencia asumiendo herencia mendeliana de los alelos de los STMS. El archivo nombre de archivo con datos.lik proporciona datos de la máxima verosimilitud correspondientes a las diferentes combinaciones parentales-descendencia propuestos.