EndoPredict. EndoPredict Report Generator

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1 EndoPredict EndoPredict Myriad GmbH Bunsenstrasse Martinsried GERMANY +49 (0) info@myriadgenetics.eu Sividon Diagnostics GmbH Nattermannallee Köln GERMANY + 49 (0)

2 EndoPredict Versión V3.1 Manual del usuario EndoPredict es un producto para el diagnóstico in vitro. EndoPredict es una marca de Sividon Diagnostics. VERSANT es una marca de Siemens Healthcare Diagnostics. Platinum es una marca de Life Technologies. SuperScript es una marca de Life Technologies. Distribuidor Sividon Diagnostics GmbH Nattermannallee 1 D Köln GERMANY Myriad Genetics Espana SLU Calle Caléndula 93. Miniparc III, Edificio K, PB El Soto de la Moraleja (Alcobendas) Espana info@myriadgenetics.es La información recogida en este manual era correcta en el momento de la impresión. Sividon mejora sus productos continuamente y se reserva el derecho de modificar en cualquier momento especificaciones, dispositivos y procesos de mantenimiento sin previo aviso Sividon Diagnostics GmbH. Todos los derechos reservados. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 2 de 31

3 Contenido 1. Abreviaturas y grafías Funcionamiento Información acerca de la finalidad de uso Uso de EndoPredict Preparación de los datos de seguimiento Inicio de la aplicación web Cargar un archivo de texto Registro de información relativa a los lotes Registro de la información del paciente Creación del informe El informe EndoPredict Encabezamiento de página del informe Las características del tumor El riesgo según EPclin Evaluación del informe EPclin en caso de tamaño de tumor o estado nodal desconocidos Vista general del control de calidad realizado por el software Resumen del control de calidad Valores Ct en el diseño de la placa Controles Valores Delta Ct Lotes Resultado de la prueba Mensajes Lista de mensajes Versiones publicadas Traducción del idioma alemán ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 3 de 31

4 1. Abreviaturas y grafías A... muestra A, primera muestra en la placa PCR B... muestra B, segunda muestra en la placa PCR Ct... del inglés cycle threshold, ciclo de PCR en el que se alcanza el valor umbral de fluorescencia (normalizado, interpolado) Valores Ct Delta... nivel de expresión relativo de un gen normalizado al valor medio de los tres genes de referencia (CALM2, OAZ1 y RPL37A) EP... EndoPredict EPclin... puntuación predictiva que se calcula a partir de la puntuación EndoPredict, el tamaño del tumor y la cantidad de nódulos linfáticos positivos EPRG... EndoPredict EV-SSL... del inglés extended validation secure sockets layer; tecnología de codificación que garantiza una conexión auténtica y segura en Internet kpcr... PCR cinético, sinónimo de qpcr LCL... del inglés lower control limit, límite de control inferior NEG... control negativo PCR... del inglés polymerase chain reaction, reacción en cadena de la polimerasa PDF-Datei... archivo con la terminación.pdf que contiene el informe EP POS... control positivo qpcr... PCR cuantitativo SS III RT/Platinum Taq Mix... SuperScript III Platinum One-Step Quantitative RT- PCR System Custom Archivo de texto... archivo que posee la terminación.txt, contiene los valores Ct y ha sido generado con el software VERSANT UCL... del inglés upper control limit, límite de control superior Software VERSANT... software del sistema de diagnóstico molecular VERSANT kpcr de Siemens Healthcare Diagnostics En el siguiente texto se utilizan los siguientes estilos: cursiva... referencias bibliográficas negrita... inscripciones en la interfaz gráfica de usuario (menús, botones, pestañas, etc.) negrita-cursiva... comando del teclado ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 4 de 31

5 Courier... palabras clave en archivos o nombres de archivos Citas... extractos de texto del informe EP 2. Funcionamiento La aplicación web EndoPredict (EPRG) calcula la puntuación EndoPredict (EP) mediante los valores de seguimiento de la expresión de distintos genes. A partir de los valores de seguimiento así como de la información sobre el tamaño del tumor y de la cantidad de nódulos linfáticos positivos se determina la puntuación EPclin. El cálculo se realiza conforme a la publicación Filipits et al: A new molecular predictor of distant recurrence in ER-positive, HER2 negative breast cancer adds independent information to conventional clinical risk factors. Clinical Cancer Research, Además, EPRG ofrece un análisis de los distintos tamaños cualitativos de los valores de seguimiento que sirven de base así como de controles adicionales. Como resultado de los cálculos se genera un informe en formato PDF que el usuario puede almacenar e imprimir. EndoPredict está disponible en Internet de forma gratuita y sin autentificación. Las direcciones del servidor son www1.endopredict.com y www2.endopredict.com. La trasferencia de datos desde el servidor y al servidor está codificada, de modo que los posibles datos de pacientes no pueden ser leídos por terceros. EndoPredict así como los informes EndoPredict generados han sido desarrollados para el personal especializado y cualificado de laboratorios de diagnóstico. Los informes generados están destinados a médicos que se encargan de la atención de pacientes con cáncer de mama. 3. Información acerca de la finalidad de uso EndoPredict es un producto para el diagnóstico in vitro y se utiliza para la determinación del riesgo de metástasis a distancia en pacientes con carcinoma de mama primario Her2 negativo y receptores estrogénicos positivos que estén sometidas a un único tratamiento endocrino adyuvante. EndoPredict Report Generator es apto para el uso previsto únicamente en muestras de ARN que hayan sido extraídas de tejido de cáncer de mama embebido en parafina y fijado en formalina, y únicamente se utilizan en combinación con los Tissue Preparation Reagents de Sividon o los Tissue Preparation Reagents de VERSANT, con el VERSANT kpcr AD Modul y el EndoPredict TAQO / SuperScript III Platinum One- Step Quantitative RT-PCR System Custom y el EndoPredict Kit. EndoPredict ha sido concebido para ser utilizado por especialistas que hayan sido instruidos en la realización de las técnicas necesarias para la ejecución del análisis y en la aplicación del sistema. Los resultados del análisis de EndoPredict deben utilizarse únicamente en el contexto de otros métodos establecidos y de factores clínico-patológicos para la valoración del pronóstico y para la estratificación de pacientes con cáncer de mama. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 5 de 31

6 4. Uso de EndoPredict 4.1. Preparación de los datos de seguimiento EPRG genera un informe a partir de los datos de seguimiento de qpcr que deben ser exportados previamente mediante el software del equipo del sistema VERSANT qpcr utilizado. Para conocer los detalles, véase el manual de instrucciones IFU_Endopredict 1 ; a continuación, una indicación sencilla sobre la exportación de los datos de seguimiento: El análisis EndoPredict ha sido efectuado en un dispositivo kpcr VERSANT de Siemens con el software VERSANT kpcr correspondiente, versión 1.1 (software VERSANT) y el Default EndoPredict CE. EPRG requiere los valores Ct que se han medido y comprueba también el diseño de la placa. Esta información se define en el software VERSANT y se exporta al archivo de texto. Los Defaults definen las condiciones del ciclo de qpcr así como el diseño de la placa, el perfil de temperatura, las configuraciones para Analysis Term Settings, así como el formato del informe de texto. Todos los ajustes esenciales para el análisis EndoPredict se encuentran en el Default correspondiente (véase manual de instrucciones IFU_Versant_Defaults 2 ). Al final de la PCR se deberían controlar visualmente todas las curvas qpcr en el software VERSANT. A continuación se exporta el informe de texto como archivo de texto (File Export Text Report Export Text Report To Text File). Podrá efectuar una identificación de la(s) muestra(s), p. ej. mediante el número de registro de la muestra de la paciente tumoral en el software VERSANT y almacenarla allí: esta se puede incluir en el archivo de texto tras la exportación y se presenta en el informe EndoPredict (véase apartado 5.1). Para ello, seleccione en la Plate Setup todos los pocillos de la muestra en cuestión (de A1 a C12 para la muestra A y de F1 a H12 para la muestra B), abra el menú contextual mediante el botón derecho del ratón y escoja ahí la opción Well Information. En el campo de texto Comments del diálogo Well Information introduzca el texto 3 identificación de la muestra:, seguido de la identificación deseada. 1 Disponible en Sividon Diagnostics, para datos de contacto véase página 2 2 Disponible en Sividon Diagnostics, para datos de contacto véase página 2 3 Por motivos de compatibilidad con la versión 2.0 es posible introducir también PatID: ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 6 de 31

7 La información de la placa EndoPredict utilizada y del lote de qref (control positivo) es esencial para un control completo de los datos de seguimiento. Estos datos pueden estar ya definidos en el software VERSANT de forma análoga al de la identificación de la muestra o pueden ser definidos posteriormente en la interfaz de usuario de EPRG. En el caso de que los datos ya estén registrados en el software VERSANT, al cargar el archivo de texto se transferirá automáticamente la información a los campos de entrada de la interfaz de usuario. Se deben seleccionar preferiblemente los Wells de los controles (de D1 a E12) para el registro del número de placa y el lote de qref. Abra el menú contextual mediante el botón derecho del ratón y seleccione la opción Well Information. El número de placa y el lote de qref deben registrarse cada uno en una fila propia del campo de texto Comments; para ello, utilice tras el registro del primer número la tecla Enter para efectuar un salto de línea. En el caso de que el número de placa o el lote de qref se encuentren junto a otra información en una fila, los datos registrados no podrán ser asignados correctamente. De forma alternativa se puede utilizar también un escáner de código de barras para el registro del número de placa y del lote qref en lugar del teclado. El escáner de código de barras solo debería utilizarse en el PC específico del equipo, ya que su configuración de fábrica está ajustada en USA Keyboard. En el PC específico del equipo se leen correctamente todos los signos numéricos y alfanuméricos Inicio de la aplicación web Abra un navegador e introduzca una de las siguientes alternativas como dirección (URL): www1.endopredict.com o www2.endopredict.com El navegador muestra ahora la siguiente página web: ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 7 de 31

8 La página web utiliza un certificado SSL de validación extendida para la transmisión segura de datos. Este certificado de seguridad ocupa la identidad de la organización frente al navegador. Cuando acceda a la página web reconocerá la conexión segura gracias al símbolo del candado situado al lado de la URL de la página web en la barra de direcciones. Además del logo, en algunos navegadores se muestra además el nombre de la organización responsable del contenido de la página web y/o se representa la barra de direcciones parcialmente en verde. Si hace clic sobre el símbolo del candado visualizará más información acerca de la identidad de la página web. EPRG ha sido desarrollado para los siguientes navegadores: Chrome 33, Firefox 27, Internet Explorer 9 y 11, así como Safari Cargar un archivo de texto Lo primero que debe hacer en la página principal de EPRG es seleccionar un archivo de texto en el sistema de archivos de su ordenador. Para ello, haga clic en el campo Cargar archivo de texto en el botón Examinar. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 8 de 31

9 Se abre un diálogo para la selección de un archivo: cambie al directorio deseado y seleccione su archivo de texto. A continuación se muestra el archivo seleccionado: la visualización puede variar para los distintos navegadores Registro de información relativa a los lotes En el siguiente paso, introduzca los números de lote de todos los reactivos utilizados para el análisis EP, de modo que toda la información relacionada con el análisis pueda presentarse resumida en la página 3 del informe. En caso de que dicha información haya sido introducida previamente en el software VERSANT (véase apartado 4.1) aparecerá automáticamente en la máscara de entrada. Debe registrar obligatoriamente el número de serie de la placa EndoPredict y el lote de qref que haya utilizado; opcionalmente podrá introducir el resto de lotes de reactivos relevantes para la ejecución del análisis, como el lote de SS III RT/Platinum Taq Mix, de 2x Reaction Mix y de agua de qpcr. El número de serie de la placa EndoPredict se encuentra impresa en la etiqueta de la bolsa de aluminio y, de nuevo, en una etiqueta estrecha situada en el borde derecho de la placa EndoPredict. El número de lote del qref utilizado se encuentra en la etiqueta del tubo que corresponda con tapón de rosca. Puede introducir las combinaciones de cifras y letras manualmente a través del teclado o leerlas con un escáner de código de barras. El escáner de código de barras solo debería utilizarse en el PC específico del equipo, ya que su configuración de fábrica está ajustada en USA Keyboard. En el PC específico del equipo se leen correctamente todos los signos numéricos y alfanuméricos. Sin embargo, en caso de utilizar un ordenador con un teclado en otro idioma o región, es posible que algunos símbolos sean incorrectos. En el caso de que no pueda utilizar el escáner de código de barras en el PC específico del equipo deberá fijarse siempre en el signo leído y asegurarse de su correcta reproducción y, si se requiriera, proceder a su corrección. En caso contrario recibirá mensajes de error del tipo: ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 9 de 31

10 EPRG recurre a bases de datos mediante las cuales comprueba las fechas de caducidad de los reactivos registrados y, a partir de ellas, determina los límites de control válidos para el lote (solo es válido para el lote de qref y la placa EndoPredict ). Los resultados de las pruebas aparecen en el informe (véase apartado 5.11) Registro de la información del paciente EPRG puede procesar una o dos muestras en una placa PCR: dichas muestras se denominarán muestra A y muestra B. Hay una zona correspondiente a cada una de las muestras para introducir más información. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 10 de 31

11 La identificación de la muestra sirve para identificar la muestra y aparece en cada página del informe. Su especificación es obligatoria. Tenga en cuenta que el espacio reservado en el informe para la identificación de la muestra es limitado. Por motivos de confidencialidad, se ruega no utilice ni el nombre ni la fecha de nacimiento de la paciente. Además de la identificación de la muestra, puede introducir otro texto en el campo nota. La nota aparece en el informe bajo la identificación de la muestra; la introducción de datos es opcional. El tamaño del tumor y el estado nodal son campos opcionales que deben cumplimentarse con la información disponible en la lista desplegable. Si dispone de información de ambos parámetros clínicos (es decir, selecciona una opción diferente a desconocido), en el informe se calculará la puntuación EPclin y se mostrará gráficamente. Tenga en cuenta la denominación exacta de las categorías: el tamaño del tumor toma como referencia la clasificación TNM, donde se agrupan pt1a (hasta 0,5 cm) y pt1b (>0,5 cm hasta 1 cm), pero se distinguen de pt1c (>1 cm hasta 2 cm). El estado nodal tiene una subdivisión propia que no debe confundirse con la clasificación TNM. Las micrometástasis se valoran como 1 a 3 nódulos linfáticos (según la clasificación TNM). Si selecciona desconocido como información para el tamaño del tumor y/o estado nodal se generará una página adicional en el informe con una tabla que contenga las 16 combinaciones posibles de tamaño de tumor y estado nodal así como los resultados EPclin individuales para cada una de ellas. Ni el tamaño del tumor ni el estado nodal influyen sobre la puntuación EP. Además podrá introducir más texto libre en el campo Observaciones, el cual se editará en la página 3 y 4 del informe. Por favor, tenga en cuenta que en el informe hay un espacio limitado a tres líneas, y estas se interrumpen en el margen derecho del informe. En caso de que no se pueda imprimir en el informe la totalidad de su entrada, al final se añadirá el comentario <resto omitido>. Para el resto de apartados de este manual de instrucciones examinamos, a modo de ejemplo, la siguiente información: ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 11 de 31

12 4.6. Creación del informe Haciendo clic en el botón Crear informe A o en el botón Crear informe B generará el informe para la muestra A o para la muestra B. El informe es un documento PDF que podrá visualizar directamente (es decir, abrir) o guardar. Haciendo clic en el botón Crear página 1 del informe A o en el botón Crear página 1 del informe B tendrá la posibilidad de crear únicamente la primera página del informe, p. ej. para la transmisión del resultado del análisis a los colegas encargados. En el caso de que haya seleccionado la opción desconocido para el tamaño del tumor y/o el estado nodal, en el informe aparecerá además la página mencionada anteriormente con la tabla de las 16 combinaciones posibles de tamaño de tumor y estado nodal. El documento PDF se guardará con el mismo nombre de archivo que el archivo de texto pero ampliado con el sufijo _A o el sufijo _B. Se recomienda seguir esta configuración previa para que posteriormente se pueda comprender fácilmente en qué archivo de texto se fundamenta un informe determinado. Tenga en cuenta que el directorio que el navegador ofrece para guardar el informe no se corresponde generalmente con el directorio del archivo de texto. Podrá volver a generar el informe en cualquier momento. En caso de que haya información idéntica (incluido el archivo de texto) obtendrá un informe de igual contenido con las siguientes excepciones: fecha y hora en el encabezado del informe así como los resultados del análisis de las caducidades de la placa EndoPredict, del qref, del SS III RT/Platinum Taq Mix, del 2x Reaction Mix y del agua de qpcr. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 12 de 31

13 5. El informe EndoPredict EndoPredict Manual Por lo general, el informe EndoPredict abarca tres páginas 4. En la primera página se encuentra la información de la paciente y los resultados (EP y EPclin). El resto de páginas contienen principalmente información cualitativa basada en los controles de la placa de qpcr, en la página 2 en forma de tablas y en la página 3 en forma de mensajes de texto. En el caso de que se registre el tamaño del tumor y/o el estado nodal como desconocido, tras la página 1 se insertará una página adicional que contiene una tabla en la que se representa la puntuación EPclin y el riesgo de metástasis en 10 años para las 16 combinaciones posibles de tamaño de tumor y estado nodal. Si los parámetros clínicos están disponibles posteriormente se podrá determinar la puntuación EPclin individual y el riesgo de recidiva correspondiente a partir de la tabla. Sin embargo, existe la posibilidad de volver a cargar el archivo de texto e introducir la información clínica antes de crear el informe Encabezamiento de página del informe En la parte superior de la primera página del informe se encuentra un encabezado que muestra el logo del fabricante a la izquierda y, a la derecha, el del distribuidor. Debajo se encuentra la identificación de la muestra, la cual procede o bien del Well Comment registrado en el archivo de texto o de la entrada en la interfaz de usuario de EPRG. En el caso de que la información de la identificación de la muestra especificada en el archivo de texto contradiga la información introducida en la interfaz de usuario, se utilizará la identificación introducida en la interfaz de usuario: En la página 3 se hace referencia a la discrepancia en un mensaje. Bajo la identificación de la muestra se encuentra la nota, la cual se comporta del mismo modo que la identificación de la muestra. Ahí se especifica el momento en el que se generó el informe. A la derecha de la primera página del informe hay espacio para el sello del laboratorio que efectúa la determinación. A partir de la página 2 se indican en el encabezado derecho el número de página y el total de páginas: 4 La numeración de páginas descrita a continuación se basa en un informe en el que se conoce el tamaño del tumor y el estado nodal. En caso contrario (véase apartado 5.5) se inserta una página 2 y el resto de páginas se desplaza hacia atrás. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 13 de 31

14 5.2. Las características del tumor Bajo el encabezado de la página 1 se encuentran las características del tumor, empezando con la puntuación EP, la cual se representa en forma de cifra y gráfico. Según Filipits et al., 2011 se encuentra siempre entre 0 y 15, donde las puntuaciones EP menores de 5 se describen como riesgo bajo y las puntuaciones EP a partir de 5 como riesgo alto. La clase de riesgo aparece entre paréntesis como texto tras la puntuación EP calculada. En determinados casos no se puede calcular la puntuación EP a partir de los datos de seguimiento: en este lugar se imprime un mensaje de error correspondiente; además, aparece un mensaje correspondiente (véase apartado 5.13 y 6) en la última página del informe que describe detalladamente el problema. Tanto el tamaño del tumor como el estado nodal se muestran en forma de cifra y gráfico según los datos del navegador (apartado 4.5). Si dichos datos se han introducido como desconocido se mostrarán de manera correspondiente: ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 14 de 31

15 5.3. El riesgo según EPclin Si ha introducido información acerca del tamaño del tumor y del estado nodal se calculará la puntuación EPclin en conformidad con la publicación Filipits et al., 2011 y se indicará en la página 1 del informe. A partir de la puntuación EPclin se calcula la probabilidad de que aparezca una metástasis en un plazo de 10 años según la publicación Filipits et al., 2011 y se representan ambas magnitudes gráficamente. Las curvas muestran la relación general que se ha calculado por un modelo donde las curvas discontinuas forman el intervalo de confianza del 95%. La retícula indica los resultados EPclin para cada paciente de este informe. Las puntuaciones EPclin menores de 3,3 (probabilidades de metástasis de menos del 10% en un plazo de 10 años) se describen como riesgo bajo, el resto como riesgo alto Evaluación del informe En la parte inferior de la página 1 se puede autorizar el resultado de la prueba mediante la firma del patólogo (o, si no, por norma general, en las siguientes páginas del informe a causa de la información cualitativa). Además, hay espacio para comentarios manuscritos. La página 1 concluye con una referencia al análisis EndoPredict y al cálculo de las puntuaciones EP y EPclin basado en la bibliografía. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 15 de 31

16 5.5. EPclin en caso de tamaño de tumor o estado nodal desconocidos En caso de que haya seleccionado la opción desconocido en el navegador para el tamaño del tumor y/o el estado nodal, no se podrá calcular la puntuación EPclin. En su lugar, en la página 2 del informe aparecerá una tabla con todas las combinaciones posibles de tamaño de tumor y estado nodal así como los resultados EPclin correspondientes. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 16 de 31

17 Además de la puntuación EPclin, en la tabla también se muestra la probabilidad que resulta de los datos existentes para una metástasis en un plazo de 10 años (véase apartado 5.3). Las probabilidades menores del 10% (se corresponde con una puntuación EPclin menor de 3,3) se identifican como riesgo bajo ; las probabilidades a partir del 10% se describen como riesgo alto y van marcadas en rojo. Si ha imprimido el informe y ha determinado posteriormente el tamaño del tumor y el estado nodal podrá leer la puntuación EPclin, la probabilidad de metástasis en 10 años que corresponda y la clase EPclin en la tabla, e introducir a mano los campos correspondientes bajo esta. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 17 de 31

18 5.6. Vista general del control de calidad realizado por el software Las páginas 2 y 3 del informe contienen fundamentalmente el control de calidad de las mediciones de PCR. Este se efectúa mediante una serie de controles de calidad en forma de reglas sencillas. Si esta clase de control de calidad falla (es decir, se viole su norma) se señalará en distintas partes del informe: (i) en el resumen (apartado 5.7), (ii) en una tabla de la página 2 o 3 en forma de marca coloreada (apartados 5.8 a 5.11) y (iii) en la página 3 en forma de un mensaje de texto (apartado 5.13) Resumen del control de calidad La página 2 del informe comienza con un resumen de los resultados de los controles de calidad. Los controles de calidad están clasificados en cuatro categorías: si las cuatro presentan signos de verificación en verde significará que los controles están aprobados. Si falla uno o varios controles de calidad, la categoría correspondiente estará marcada con una cruz roja en lugar de un signo de verificación verde. Tras la cruz roja aparece además el texto que corresponda. En la página 3 del informe se enumeran todos los problemas identificados bajo el título Mensajes Valores Ct en el diseño de la placa En el centro de la página 2 hay un cuadro con valores Ct que representa el orden de los pocillos en la placa de PCR. La función principal de esta tabla es la representación clara de los resultados de medición inmediatos. Como cada informe solo contiene los resultados de una paciente, no se mostrarán los valores Ct de otra posible muestra que se encuentre en la misma placa de qpcr: En la parte inferior de la imagen, en las filas de la F a la H. Además de los valores Ct, la tabla contiene el diseño de la placa EndoPredict, el cual marca el gen y el material ( A para la muestra A, B para la muestra B, POS para control positivo y NEG para control negativo) para cada Well. Si un Well no estuviera ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 18 de 31

19 descrito en un archivo de texto (véase instrucciones de uso IFU_Endopredict ), la celda correspondiente estará identificada con <omitido> y marcada en amarillo. En el caso de todos los Well de control se comprueba si el valor Ct se encuentra dentro del rango permitido por los límites de control: En caso afirmativo, la celda correspondiente quedará en blanco. En caso negativo, la celda aparecerá en rojo. Según Filipits et al., 2011, las réplicas de un gen se analizan en busca de valores atípicos durante el cálculo de la puntuación EP. Si se descubriera un valor atípico, este no será utilizado para el cálculo de la puntuación EP y aparecerá marcado en la tabla en color azul claro. Cada uno de los valores atípicos aparece ocasionalmente debido a la PCR como método de análisis y no representa un riesgo cualitativo relevante. Estos son la razón por la que la medición se realiza por triplicado Controles A continuación encontrará un apartado sobre controles que comienza con el control del valor umbral para la determinación de los valores Ct en el software de PCR. Dicha determinación se conoce como Threshold Fluorescence en la interfaz del software VERSANT y se encuentra en la columna Threshold (drn) del archivo de texto. El software VERSANT lo determina de forma automática a partir de las curvas de fluorescencia y se representa en el apartado Controles de la página 2 bajo el encabezado. En el caso de que sea muy pequeño, a menudo los valores Ct de los controles se encontrarán fuera de especificación y se recomienda corregir la configuración que corresponda en el software VERSANT con el fin de lograr una Threshold Fluorescence adecuada (para ello, véase el manual de instrucciones IFU_Endopredict, apartado Threshold Fluorescence menor de 0,01 ). El informe EndoPredict se crea ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 19 de 31

20 únicamente cuando la Threshold Fluorescence es mayor de 0,01. En caso contrario se genera el siguiente mensaje de error en el navegador. Bajo la Threshold Fluorescence se representan en una tabla los controles de los valores Ct. En cada uno de los doce genes del algoritmo EP (ocho genes informadores en orden alfabético, tres genes de referencia igualmente en orden alfabético y un marcador genético de ADN) hay un control positivo y un control negativo. Además existe un control negativo de ADN de la muestra (denominada aquí HBB de la muestra ). El valor Ct controlado mediante normas de calidad se representa en las dos columnas Ct. En el caso del control negativo HBB de la muestra, este será el promedio de las tres réplicas, donde para la formación del promedio No Ct se califica como 40. Si el valor controlado se encuentra entre LCL y UCL (controles positivos) o por encima del LCL (para controles negativos), dichos controles estarán dentro de especificaciones y la celda correspondiente de la tabla Control permanecerá en blanco. Si el valor controlado no se encuentra allí, el control se encontrará fuera de especificaciones y se marcará en rojo. Si falta el valor Ct correspondiente para un control, la columna Ct presentará únicamente un campo vacío con fondo amarillo. En el caso de que los controles se encuentren por encima de los límites de especificación o falten los valores Ct correspondientes no se dará la validación del resultado. Se debería repetir el análisis. ManualEPReportGenerator_V3.1.1_ES.pdf Página 20 de 31