La mortalidad de los embriones de la tortuga marina en función del microambiente de microbios en los nidos en una playa de arribada en Costa Rica

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1 1 Bézy La mortalidad de los embriones de la tortuga marina en función del microambiente de microbios en los nidos en una playa de arribada en Costa Rica Resolución No ACT-OR-DR R OT-CONAGEBIO Informe Final 30 Marzo 2014 Vanessa Bézy, B.S. Biología Marina, Estudiante de Maestría Investigadora Principal Roldán A. Valverde, Ph.D. y Craig Plante, Ph.D. Profesores Tutor

2 2 INTRODUCCIÓN La tortuga lora (Lepidochelys olivacea) es catalogada por el IUCN como vulnerable y se caracteriza por su polimórfico comportamiento de anidación, con algunas hembras anidando solitariamente y otras anidando en arribadas (Bernardo y Plotkin, 2007). A pesar de la gran cantidad de hembras que anidan, la tasa de eclosión en las playas de arribadas es baja (0-32%) y por lo tanto es una preocupación por la sostenibilidad de este fenómeno natural y por la conservación internación de esta especie (Cornelius et al., 1991; Valverde et al., 2012). Los datos actuales sobre el efecto aislado de la densidad de nidos (i.e., competición entre embriones por requisitos fisiológicos) en la tasa de eclosión demuestran que la densidad de nidos en las playas de arribadas no es necesariamente bastante alta para disminuir la tasa de eclosión hasta los niveles drásticamente bajos observados (Honarvar et al., 2008). En lugar de la densidad de nidos, muchos proponen que la mortalidad excesiva de embriones esta relacionada con la alta carga microbiana de la arena resultando de la descomposición de huevos quebrados por la superposición de nidos (Cornelius et al., 1991; Honarvar et al., 2008; Valverde et al., 1998). El éxito de reproducción en los reptiles ovíparos depende de una interacción entre los característicos bióticos y abióticos del ambiente del nido para crear una gama de condiciones adecuadas para el desarrollo de los embriones. Por ejemplo, los característicos físicos del substrato del nido (e.g., tamaño de grano de la arena, contenido de materia orgánica) tienen un papel importante en establecer la difusión adecuada de elementos (O 2, CO 2, H 2 O, y calor) dentro de la cámara del nido, por consiguiente afectando la viabilidad y tasa de desarrollo de los nidos (Ackerman, 1997; Mortimer,

3 3 1990). Por otro lado, factores bióticos tal como el numero de huevos y la actividad de microbios tienen el potencial de indirectamente afectar la tasa de eclosión por cambiar las temperaturas y el contenido de oxigeno dentro del nido (Ackerman, 1980; Clusella Trullas y Paladino, 2007). Las playas de arribadas presentan un ambiente de nido único para la tortuga lora debido a la alta densidad de nidos y alta tasa de destrucción de nidos asociados con este comportamiento (Ocana et al., 2012). Precisamente por eso, estas playas presentan un gradiente temporal y espacial en la tasa de eclosión cual correlaciona con la distribución y cadena de las arribadas (Valverde et al., 2012). Una investigación en una playa de arribada reporto una disminución en la tasa de eclosión en nidos naturales in situ en comparación con nidos localizados en arena limpia del vivero, en conjunto con temperaturas más altas y un contenido más bajo de oxigeno dentro del nido (Clusella Trullas y Paladino, 2007). Las mareas y tasa de erosión alta proveen por un reemplazo de arena natural en las playas de arribadas, cual es asociado con una tasa de eclosión mayor (Clusella Trullas y Paladino, 2007; Cornelius et al., 1991; Honarvar et al., 2011). De hecho, un estudio reciente descubrió que aunque había una diversidad mayor de bacterias en áreas de alta densidad de nidos en asociación con una baja tasa de eclosión, la zona baja de la playa donde había exposición frecuente a las mareas no concordaba con estas tendencias (Honarvar et al., 2011). Varias investigaciones han identificado la presencia de microorganismos en asociación con los nidos de tortugas marinas. En particular, se han cultivado y identificado bacterias y hongos desde la arena del nido y huevos tanto como el fluido de cloaca de las hembras (Mo et al., 1990; Phillott y Parmenter, 2001; Wyneken et al.,

4 4 1988). La infección de los huevos de tortugas marinas por microbios se ha tradicionalmente pensado como oportunista y estudios limitados de laboratorio no han encontrado ningún efecto significativo de la presencia de bacterias o hongos en la tasa de eclosión de la tortuga lora (Mo et al., 1990; Mo et al., 1995). Sin embargo, varios otros estudios sugieren una correlación negativa entre la diversidad de bacterias presente en el nido y la tasa de eclosión (Honarvar et al., 2011; Wyneken et al., 1988). Adicionalmente, investigaciones recientes sobre el complejo de especie Fusarium solani han identificado varios patógenos de los huevos de tortugas marinas (Sarmiento-Ramírez et al., 2010; Sarmiento-Ramírez et al., 2014). Aunque bastantes estudios han identificado una diversidad de bacterias y hongos en relación con huevos de tortugas marinas fallecidos, todavía faltan estudios directamente conectando la mortalidad del embrión y la presencia o abundancia de microbios por las restricciones en obtener permisos y dirigir investigaciones sobre especies protegidas (Mo et al., 1995; Ocana et al., 2012). Estudios previos sobre tortugas han tenido éxito en esterilizar huevos y el substrato del nido para eliminar patógenos y aumentar la tasa de eclosión. El tratamiento de huevos de Trachemys scripta elegans con una solución de sodio hipoclorito (NaOCl, cloro) exitosamente elimino patógenos para la comercialización segura de crías (Michael- Marler et al., 1983; Mitchell et al., 2007). Los huevos de la tortuga lora han sido esterilizado exitosamente con yodo y 70% alcohol sin causar mortalidad del embrión (Mo et al., 1990; Mo et al., 1995). Sin embargo, la subsiguiente incubación de estos huevos en arena esterilizada no aumento la tasa de eclosión en comparación con otros substratos. Por otro lado, un estudio comparando la tasa de eclosión de huevos incubados en la arena de un vivero, arena de la playa, y arena esterilizada en una playa de anidación solitaria

5 5 observo una escasa aumentación de la tasa de eclosión en la arena esterilizada en una solución de cloro (Patino-Martinez et al., 2012). Además, este estudio observo un desarrollo del embrión mayor y crías más grandes en la arena esterilizada. Estos descubrimientos sugieren que las interacciones no-patogénicas entre los microbios y el embrión de tortuga marina pueden tener un impacto en el desarrollo de la tortuga marina aunque estudios similares todavía faltan para mejor explorar este hipótesis in situ. Aunque el efecto negativo de la abundancia de microbios en la tasa de eclosión se ha presumido por mucho tiempo, ninguna investigación previa ha directamente cuantificado la abundancia de microbios y los efectos directos o indirectos asociados en la tasa de eclosión en una playa de anidación natural. La carga microbiana particularmente alta en las playas de arribadas y la variabilidad espacial y temporal provee una oportunidad única para investigar la relación entre las tortugas marinas y los microbios durante el desarrollo del embrión. Además, este fenómeno provee un tamaño de muestra grande que permite manipulaciones experimentales simultaneas y repetitivas que tienen poco impacto en la población local dado a la magnitud de hembras anidando. Debido a los varios factores que determinan la mortalidad de los embriones de las tortugas marinas, es necesario evaluar el ambiente entero del nido para entender las relaciones verdaderas entre los huevos y el microecosistema que consta del nido de la tortuga marina (Madden et al., 2008; Wyneken et al., 1988). Por determinar variables importantes y medir tasas relevantes a la descomposición de materia orgánica, podemos construir un punto de vista holístico de la actividad microbiana y el efecto que resulta de la descomposición microbiana en el ambiente del nido y, últimamente, en el desarrollo del embrión de la tortuga marina.

6 6 Ostional, Costa Rica es una de las playas de anidación más importantes para la tortuga lora, con arribadas estimadas hasta aproximadamente 500,000 hembras anidando en un periodo de hasta siete días (Valverde et al., 2012). Esta población de tortuga lora sostiene un programa legal de cosecha de huevos basado en la comunidad misma de Ostional, el cual está dirigido a reducir el número de nidos destruidos por las tortugas mismas durante las arribadas (Cornelius et al., 1991). Aunque los últimos datos no demuestran ninguna prueba de un impacto negativo de la cosecha sobre la población que anida, la abundancia anual de arribadas parece haber bajado en comparación con datos históricos; la baja tasa de eclosión de aproximadamente 8% ha sido sugerida como la causa principal (Cornelius et al., 2007; Valverde et al., 2012). Por la inversión de la comunidad en la población de tortugas marinas como recurso natural, investigaciones aplicadas con implicaciones en las ciencias ciudadanas, conservación comunitaria, y el manejo de recursos naturales es de importancia particular en Ostional. Avances recientes en las técnicas moleculares permiten el estudio detallado de la ecología microbiana con metodologías independientes del cultivo que evitan sin el prejuicio y las limitaciones del cultivo de microbios en el laboratorio. La tecnología cuantitativa de reacción de polimerasa en tiempo real (qpcr) permite la cuantificación precisa de los transcriptos de PCR tras el uso de un tinte que fluoresce en proporción a la cantidad de producto de ADN amplificado. La fluorescencia esta registrada al final de cada ciclo de PCR y se obtiene la cuantificación de ADN inicial por medir el ciclo umbral (Ct) en cual la fluorescencia excede el ruido de fondo. En esta fase inicial y exponencial de PCR, la cantidad de producto amplificado es directamente proporcional a la cantidad inicial y por lo tanto se puede usar un estándar conocido para valorar la

7 7 cantidad inicial de ADN con confidencia. Estudios previos han usado el qpcr para cuantificar las comunidades microbianas dentro de muestras ambientales de tierra, biofilm marino, y sedimentos contaminados, tanto como otros substratos (Bacchetti De Gregoris et al., 2011; Fierer et al., 2005; Luna et al., 2012). Esta técnica es ventajosa por su requisito de poca ADN mientras produce un análisis robusto, reproducible, y extremadamente sensitivo por un costo relativamente bajo (Bacchetti De Gregoris et al., 2011; Smith y Osborn, 2009). Aunque la cuantificación de copias de genes no se puede transformar directamente a una cantidad de células (dado a la variación grande de copias de genes entre especies), se puede usar esta cuantificación en representación relativa de abundancia general (Chemidlin Prévost-Bouré et al., 2011; Fierer et al., 2005; Guidot et al., 2002). El objetivo principal de este estudio era de determinar el efecto de la descomposición microbiana en el ambiente del nido y la tasa de eclosión en Ostional, Costa Rica. Los objetivos específicos eran de determinar (1) si existen diferencias en la tasa de eclosión en asociación con varias abundancias de microbios en la arena del nido, (2) si efectos indirectos de la abundancia de microbios en la arena del nido (i.e., cambios en la temperatura, oxigeno, y contenido de materia orgánica) correlacionan con la tasa de eclosión, y (3) implementaciones potenciales de estos descubrimientos a la conservación y el manejo de esta y otras especies de tortugas marinas. Con el fin de aislar la relación entre la descomposición microbiana y la tasa de eclosión, monitoreamos las condiciones del nido y la tasa de eclosión en nidos trasladados dentro de cuadrantes experimentales y cuantificamos la abundancia de microbios dentro de la arena del nido con qpcr.

8 8 METODOLOGIA Sitio del Estudio Este estudio se llevo a cabo en Playa Ostional durante la temporada lluviosa (Mayo hasta Noviembre) de 2013, cuando las arribadas son típicamente más abundante y concentradas en la playa principal. Pero, durante la temporada de anidación del ano 2013, las arribadas se desplazaron por los rayos 1-3 y eran más esporádicas en ritmo en comparación a la temporada de anidación del ano Por este cambio de comportamiento, y por razones logísticas, el área de tratamientos experimentales se localizo en una área de la playa con una densidad de nidos y abundancia de microbios relativamente alta además del acceso a un fuente de agua dulce de un estero cercano por su uso en los tratamientos experimentales. Tratamientos Experimentales Los tratamientos se aplicaron en cuadrantes (50 x 50 cm en área de superficie y 60 cm de profundidad) en una área de alta densidad de anidación en rayo 3, donde presuntamente había una alta carga microbiana en la arena. Cada tratamiento se hizo en replica quince veces y se dejaron cinco de estas replicas sin nido. Estos cuadrantes, aquí dentro mencionado como controles sin nido, se usaron para medir el nivel de oxigeno y las temperaturas basal en la arena. Los cuadrantes experimentales se colocaron usando un diseño de bloque cuadro latino y se separaron con una zona intercesora de 50 cm por todos lados. Los tratamientos de remojo se aplicaron sacando la arena de la playa y dejándola remojar 24 horas con el respectivo tratamiento antes de lavarla con agua dulce. El tratamiento antimicrobiano era una dilución de 5% cloro (6% hipoclorito de sodio). Los

9 9 tratamientos controles eran de un remojo en agua dulce (aquí dentro llamado remojo ) y de arena sucia solamente quitada y recolocada (aquí dentro llamado remplazo). Se lavo la arena añadiendo agua dulce, mezclando, y escurriendo el agua. Los niveles relativo de cloro de esta agua se midieron para asegurar que la arena era bien enjuagada hasta llevar al nivel control (agua dulce) de aproximadamente 0 ppm cloro total. Una vez terminado el tratamiento, la arena se volvió a colocar y compactar en el cuadrante respectivo. Los tratamientos tópicos se aplicaron tópicamente a la arena de la playa vertiendo baldes (aprox. 120 L en total) por la superficie de la arena, cual era encerrada con un cuadrante de madera (50 x 50 x 15 cm) cual era parcialmente enterrado bajo la superficie para asegurar que cada tratamiento quedo dentro del cuadrante respectivo cuando se aplico. El tratamiento tópico, antimicrobiano natural era de agua de mar (25-35 psu) colectado directamente de océano adyacente al área de tratamientos en la playa de anidación. Los tratamientos controles eran de una aplicación tópica de agua dulce y de arena sucia sin ningún tratamiento. Se consiguió todo el agua dulce del estero cercano (0 psu). Los áreas de tratamientos de remojo y tópicos (cada uno aproximadamente 7 x 8 m) se ubicaron directamente adyacente uno al otro y arriba de la línea de mareas altas. Esta área del estudio entero se encerró con malla y se rodeó con troncos grandes para impedir que entran tortugas durante arribadas. Los nidos que se encontraron dentro de este área antes del principio de los experimentos se reubicaron afuera para asegurar una densidad baja y consistente de nidos a lo largo de este área. Todos los cuadrantes de tratamientos experimentales se prepararon por lo menos una semana antes de la arribada de muestreo. El área entero de este estudio se cubrió con sarán negro después del quinto

10 10 día de incubación para proteger los nidos del inicio de la temporada seca, cual amenaza el exitoso desarrollo de los embriones de la tortuga marina con temperaturas letales (Valverde et al., 2010). Se trasladaron todos los nidos de este estudio dentro de las primeras dos noches en seguidas de la arribada que ocurrió durante de el cuarto menguante de Octubre Esto aseguró que todos los nidos incubaron durante el mismo tiempo y ayuda a estandarizar cualquier variables incontrolables que podrían afectar la tasa de eclosión, tanto como la temperatura ambiental y la pluviosidad. Los nidos se recolectaron directamente desde la cloaca de la hembra en una bolsa de plástico estéril. Se juntaron todos los huevos antes de trasladarlos al azar, cien huevos por cuadrante, en una cámara replica dentro de un cuadrante experimental de 0.25 m 2 hasta que se llenaron todos los cuadrantes. Todas las cámaras de nidos se construyeron con aproximadamente las mismas dimensiones. Para evitar la contaminación cruzada de la arena, se uso un plástico con un huevo de 50 x 50 cm en el centro para guardar la arena que se quito para crear la cámara del nido separada de la zona intercesora. Se colocó un datalogger y un tubo de oxigeno dentro de cada cámara de nido a los 50 huevos. Se colocó una caja de malla sobre cada nido para impedir la depredación y guardar las crías hasta que se contaron desde el día 40 de incubación hasta la eclosión. Desde este punto, se monitorearon los nidos entre por lo menos tres veces al día (amanecer, anochecer, y medianoche) para contar y liberar las crías lo más pronto como era posible. Se escogieron (a ciegas) hasta diez crías de cada nido que se observo emergiendo y se pesaron antes de liberarlas (Pesola, Lightline Spring Scale, g ± 0.03 g exactitud).

11 11 Colección y Análisis de Arena Una muestra de arena de aproximadamente 50 g de arena en total se recogió directamente en tubos estériles desde el centro de la cámara del nido durante la exhumación del nido. Las muestras se guardaron sobre hielo inmediatamente después de la recolección y se congelaron o se preservaron en formalina (2% formaldehido) hasta el análisis. El análisis de materia orgánica se realizó por el método de pérdida de masa por ignición. El contenido de agua se calculó por la perdida de masa después de secado. Una submuestra de arena de aproximadamente 2 g se transfirió a un crisol y se seco en un honro (12+ h a 70 C) antes de combustir (8 h a 500 C). El análisis de tamaño de grano se realizó con un equipo estándar de tamices (0.063, 0.125, 0.250, 0.500, 0.710, 1.000, 1.400, y mm). Se determino el promedio y las medida de ordeno y asimétrica del tamaño de grano por masa usando los interceptos de los percentiles de 5, 16, 50, 84, y 95 en unidades phi, según Folk (1966). Las muestras preservadas en formalina se usaron para conteos por microscopio como método segundario de cuantificar la abundancia de bacterias. Las muestras se centrifugaron por 10 min a 14,000 rpm en un microcentrifugador antes de cuidadosamente quitar el exceso de formalina. Se diluyo la arena en agua estéril y se sometió a ultrasonido por 20 s a 30 W (Sonifier S-250A, Branson). El liquido flotante que resulto se mancho con SybrGold por conteo de microscopio con un microscopio epifluorescencia (Optiphot-2, Nikon). po 2 y Temperatura del Nido El contenido de oxígeno de todos los nidos se monitoreó con el uso de mangueras colocadas dentro del nido que llegaron hasta la superficie de la arena donde había una válvula y cápsula para impedir el intercambio de gas adicional (Clusella Trullas &

12 12 Paladino, 2007; Honarvar et al., 2008; Wallace et al., 2004). La presión parcial de oxigeno (po 2 ) dentro del nido se midió usando un analizador de oxigeno (S108 Oxygen Analyzer, Qubit Systems) que se calibro antes de la temporada de muestreo usando nitrógeno y antes de cada grupo de muestras usando aire atmosférica. Se quito el aire del tubo (aproximadamente 10 ml) antes del muestreo para asegurar que la muestra de aire era desde dentro de la cámara del nido. Las muestras de aire se sacaron con jeringas (60 ml) y se analizaron dentro de 1 h del muestreo. Las muestras se inyectaron lentamente tras una bomba de aire, medidor de flujo, columna deshidratante, y el sensor de O 2 a una tasa de flujo de aproximadamente 50 ml min -1. Las muestras se analizaron cada 5 días por los primeros 30 días de incubación, y luego cada 4 días hasta el final del periodo de incubación. Los porcentajes de gases se convirtieron a la presión parcial usando la presión barométrica del ambiente. Las temperaturas dentro de los nidos se monitorearon usando dataloggers de temperatura HOBO (Onset Computer Corporation) colocados dentro del nido y programados para registrar la temperatura cada 1 h empezando a medianoche la noche de traslado hasta la emergencia de crías. Se revisaron los dataloggers antes del experimento para asegurar que no había diferencias significativas entre los registros de temperatura individuales y el promedio de todos los registros por cada hora tras un periodo de 72 h (datas de la prueba χ 2 no demostrados). Se uso el promedio de temperaturas de cada día para comparar las temperaturas de los nidos. Se uso un HOBO Optic USB Base Station (Onset Computer Corporation) para colectar los datos de los dataloggers usando el HOBOware Pro software (Onset Computer Corporation). Además, se incluyeron datos de temperatura ambientales (Weather Underground, Inc., wunderground.com) y

13 13 precipitación (B. Johnson, pers. comm.) que podrían haber afectado las temperaturas de los nidos. Exhumaciones Se usaron guantes esterilizados para todas las exhumaciones que se cambiaron entre el contacto con nidos diferentes. Las exhumaciones se llevaron a cabo el día después de emergencia para cuantificar la tasa de eclosión y evaluar el estadío de desarrollo de todos los huevos que quedan en el nido. La tasa de eclosión era el número de crías que salen del huevo en comparación con el número total de huevos en cada nido (Miller, 1999). Los estadíos de desarrollo se determinaron para estimar aproximadamente el periodo en cual los embriones murieron (Chacón et al., 2007). En resumen, los estadios embrionarios eran: Estadio 0 (ningún embrión visible), Estadio I (embrión ocupa 1-25% de la cavidad amniótica), Estadio II (26-50%), Estadio III (51-75%), Estadio IV (76-100%), Estadio V (cascara de huevo vacía de cría que emergió del nido). Huevos con desarrollo indefinido, típicamente por infestación de larvas, se clasificaron como desarrollo indefinido. Se calculo un índice de desarrollo para cada nido como medida cuantitativa para comparar el desarrollo de los embriones total para todos los nidos del estudio. Esto era la suma del numero total de huevos en cada estadio multiplicado por el numero del estadio respectivo (0-5) y dividido por el numero total de huevos en el nido (R. Valverde, comm. pers.). Los huevos con desarrollo indefinido se excluyeron de este análisis. Análisis Molecular Extracción de ADN. Cada muestra se descongelo y se homogeneizo antes de colectar una submuestra para la extracción de ADN. Se extrajo la ADN desde una

14 14 submuestra de 1 g por cada nido usando un PowerSoil DNA Isolation Kit (Mo Bio Laboratories, Inc.) con algunas modificaciones al protocolo para aumentar el rinde de ADN. Se sometieron las muestras a 5 min a aprox. 2,000 oscilaciones por min en un bead beater (Mini Beadbeater-8, Biospec Products), seguido de tres ciclos congelodescongelo ( 20 C y 70 C por 30 min cada uno). Adicionalmente, solamente 50 µl del C6 elución buffer se uso en la etapa ultima, seguido de la centrifugación y colección del ADN en un tubo estéril. Por cada grupo de extracciones, un control negativo de extracción de ADN se llevo a cabo en cual no se añado arena para asegurar que no había señal del proceso de extracción únicamente. Las muestras de ADN se diluyeron para reducir la inhibición y optimizar la eficacia y el valor Ct dentro de la gama de la curva estándar. Análisis qpcr. Se llevo a cabo el qpcr absoluto usando un icycler iq TM Real- Time PCR Detection System (Bio-Rad Laboratories, Inc.) en una placa de 96 pocillos. Se analizaron los resultados usando el iq5 software (Bio-Rad Laboratories, Inc.). Los primers universales de bacterias 926F (5'-AAA CTC AAA KGA ATT GAC GG-3') y 1062R (5'-CTC ACR RCA CGA GCT GAC-3') que se dirige al gen 16S rrna se usaron basado en un estudio previo por Bacchetti De Gregoris et al. (2011). Cada reacción de 10-µl tenia los siguientes contenidos: 5 µl de ABsolute qpcr Master Mix (ABgene), 0.1 µl bovine serum albumin (10 µg µl -1 ; Thermo Scientific), 0.3 µl de cada primer (10 µm, concentración final de 300 nm; Integrated DNA Technologies), 3.9 µl H 2 O, y 0.4 µl de la muestra de ADN. Las condiciones de PCR eran 15 min a 95 C, seguido de 40 ciclos de 95 C por 15 s, 15 s a la temperatura de recocido de 57º C, y 72 C por 20 s.

15 15 Los primers universales de hongos FR1 (5 -AICCATTCAATCGGTAIT-3 ) y FF390 (5 -CGATAACGAACGAGACCT-3 ) que se dirigen al gen 18S rrna se usaron basados en previos estudios (Chemidlin Prévost-Bouré et al., 2011; Vainio y Hantula, 2000). Cada reacción de 10-µl tenia los siguientes contenidos: 5 µl de ABsolute qpcr Master Mix (ABgene), 0.1 µl bovine serum albumin (10 µg µl -1 ; Thermo Scientific), 0.1 µl de cada primer (10 µm, concentración final de 100 nm; Integrated DNA Technologies), 4.3 µl H 2 O, y 0.4 µl muestra de ADN. Las condiciones de PCR eran de 15 min a 95 C, seguido de 40 ciclos de 95 C por 15 s, 30 s a la temperatura de recocido de 50º C, y 72 C por 1 min. Estándares. Estándares externos y fijos se crearon tras la amplificación y cuantificación de ADN de bacterias y hongos usando pares de primer que se dirigen a los genes enteros de la secuencia de 16S/18S rrna. La muestra de ADN por el estándar de bacteria y hongo eran generosamente provistas de cultivos de Bacillus pumilus (W. Hook, Grice Marine Laboratory, College of Charleston, Charleston, SC) y Phytophthora capsici (J. Ikerd, U.S. Vegetable Laboratory, USDA, ARS, Charleston, SC), respectivamente. Para bacterias, los primers universales 8F (5 -AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3 ) y 1492R (5 GGTTACCTTGTTACGACTT-3 ) se usaron con las siguientes condiciones de PCR: 3 min a 95 C, seguido de 30 ciclos a 95 C por 1 min, 1 min a la temperatura de recocido de 45º C, y 72 C por 1.5 min, con una etapa final de elongación de 4 min a 72 C (Lane, 1991; Turner et al., 1999). Para hongos, los primers universales NS1 (5 - GTAGTCATATGCTTGTCTC-3 ) y NS8 (5 TCCGCAGGTTCACCTACGGA-3 ) se usaron con las siguientes condiciones de PCR: 4 min a 95 C, seguido de 30 ciclos a 95 C por 1 min, 2 min a la temperatura de recocido de 55º C, y 72 C por 1.5 min, con una

16 16 etapa final de elongación de 10 min a 72 C (Uemura et al., 2008; White et al., 1990). Cada reacción de 25-µl tenia los siguientes contenidos: 5 µl de buffer (5X colorless GoTaq Flexi Buffer, Promega), 3 µl de MgCl 2 (25 mm; Promega), 0.25 µl bovine serum albumin (10 µg µl -1 ; Promega), 0.5 µl dntp (10mM; Thermo Scientific), 0.5 µl de cada primer (5 µm; Integrated DNA Technologies), 0.1 µl de DNA polymerase (5 U µl -1 ; GoTaq Flexi DNA polymerase, Promega), µl H 2 O, y 2 µl muestra de ADN. Los productos de PCR de bacteria y hongo se recorrieron en un gel de 0.5% agarose gel, se purificaron con un Qiaquick Gel Extraction Kit (Qiagen), y se eluyo en 30 µl en la etapa final. Los estándares se cuantificaron usando el Qubit dsdna BR Assay Kit (Invitrogen, Life Technologies) y un Qubit 2.0 Fluorometer (Qubit Systems) para determinar la cantidad de ADN en la etapa final. La longitud del producto se uso para calcular la cantidad de copias por cada µl, bajo la asunción que el peso molecular de cada bp es 650. La curva estándar se genero usando diluciones 10-veces de estos estándares tras 8 ordenes de magnitud, por lo tanto estandarizando los resultados de qpcr por cantidad de copias. Cada placa tenia reacciones en triplicas por cada muestra de ADN y por la curva estándar, tanto como un control sin-plantilla para verificar que no había contaminación. Una curva de derrito (1 min a 95 C, 1 min a 55 C, +0.5 C 10 s -1 hasta 95 C) se usa al final de cada experimento de qpcr para asegurar que el señal de fluorescencia origino de un producto especifico de PCR más que un primer dimer o producto no-especifico. El tinte fluoresceína incluido en el master mix permitió la normalización estándar del error a través de las muestras. Los ciclos umbral (Ct) se calcularon automáticamente por el software basado en el promedio de ruido de fondo. Los triplicas que variaron más de 1

17 17 desviación estándar del promedio se excluyeron del análisis. Muestras con menos de un orden de magnitud de separación (valor de 3.3 Ct) del control sin muestra se excluyeron dado que eran fuera del limite de detección del análisis presente (Smith et al., 2006; Smith y Osborn, 2009). Análisis Estadístico Los análisis estadísticos se llevaron a cabo usando JMP 10 (SAS Institute, La tasa de eclosión, el índice de desarrollo, el peso de las crías, la temperatura, po 2, el contenido de agua, el contenido de materia orgánica, y los datos de tamaño de grano se analizaron usando ANOVA. Cuando no se pudo asegurar la suposición de normalidad y homogeneidad, se usaron pruebas no-paramétricas (Wilcoxon/Kruskal-Wallis). Se agrupo los nidos de cada tipo de tratamiento (remojo vs. tópico) para comparación. Los resultados estadísticamente significativos se probaron en seguido con una prueba de Tukey s HSD post-hoc test para determinar las diferencias significativas tras los tratamientos experimentales. Las relaciones entre variables (tasa de eclosión, peso de crías, po 2, temperatura, tamaño de grano, contenido de materia orgánica, y cantidad de copias 16S/18S) se evaluaron usando coeficientes de correlación de Spearman s rank. Un Generalized Linear Model (distribución normal) se uso para analizar el efecto de cada de estos variables y cualquier interacción potencial entre ellos en la tasa de eclosión. Como el desarrollo del embrión de las tortugas marinas es limitado dentro de la primera mitad de incubación, las diferencias en el contenido de oxigeno y la temperatura dentro de este periodo se puede presuntamente atribuir a la actividad microbiana (Ackerman, 1981b; Clusella Trullas y Paladino, 2007). Por lo tanto, el promedio de po 2

18 18 del nido y la temperatura se analizaron por la primera y segunda mitad de incubación por separado. Medidas repetitivas de temperatura y oxigeno se analizaron con un MANOVA de medidas repetitivas. Para la comparación de muestras tras placas de qpcr, una ANCOVA se uso para asegurar que no había diferencias significativas entre las curvas estándares entre ellas. Todos los valores se presentan como promedio ± error estándar (SE). Datos de porcentaje (tasa de eclosión) y abundancia microbiana (cantidad de copias) se transformaron arcsin y log, respectivamente, antes del análisis con estadísticos paramétricos. El promedio de tamaño de grano se convirtió desde unidos phi (φ) hasta mm para la presentación de datos. La cantidad de copias 16S/18S ul -1 de muestra se convirtió a una cantidad de 16S/18S g -1 de arena del nido para permitir la comparación tras muestras. Todos los análisis se probaron por significancia estadística a α < RESULTADOS La arribada de muestreo ocurrió en Octubre 2013 (estimado de 186,076 hembras anidando) y otra arribada (Noviembre 2013; estimado de 110,263 hembras anidando) ocurrió antes de las exhumaciones cual se llevaron a cabo al final de Diciembre (R. Valverde, comm. pers.). La densidad de nidos en el área de la playa adyacente al vivero durante las exhumaciones era de aproximadamente 1.6 nidos m -2 y la tasa de eclosión de los nidos (naturales) puestos en esta parte de la playa durante la arribada de Octubre era de aproximadamente 27% (R. Valverde, comm. pers.). Se observo infestaciones de larvas, tanto como de bacterias y hongos, en la mayoridad de nidos naturales y experimentales en esta parte da la playa. Hubo un efecto significativo de tratamiento en la tasa de eclosión (p = ; Fig. 1) y los tratamientos de remojo tuvieron una tasa de eclosión significativamente más

19 19 alta (52%) que los tratamientos tópicos (32%, p = ). Además, los nidos ubicados en el tratamiento de agua dulce tuvieron un índice de desarrollo más bajo que los nidos de todos los otros tratamientos, aunque se excluyo una gran proporción de huevos de todos los nidos de este análisis por las infestaciones de larvas (p = ; datas del índice de desarrollo no incluidos). Adicionalmente, hubo un efecto significativo de los tratamientos en el peso de las crías (p = ; Fig. 2). Las crías de los nidos ubicados en la arena tratada con agua de mar (15.2 ± 0.4 g) y arena sin ningún tratamiento (14.1 ± 0.2 g) pesaron menos de todos los otros tratamientos. La tasa de eclosión era positivamente correlacionada con el peso de las crías (r = , p = ). Los resultados del General Linearized Model indicaron que la presión parcial de oxigeno en los nidos durante la primera mitad de incubación era el factor más importante en determinar la tasa de eclosión (p = ). La interacción entre la abundancia de hongos (cantidad de copias 18S) y el contenido de materia orgánica tanto como la presión parcial de oxigeno en la primera mitad de incubación también tuvieron un efecto significativo en determinar la tasa de eclosión (p = y p = , resp.). El Contenido de Oxigeno en el Nido Hubo un efecto significativo de los tratamientos en el promedio de contenido de oxigeno en el nido en la primera mitad de incubación (p < ), pero no en la segunda mitad de incubación (Fig. 3). Los nidos ubicados en arena sin ningún tratamiento tuvieron niveles de oxígeno significativamente más bajos en la primera mitad de incubación en comparación con todos los tratamientos de remojo (cloro, p = ; remojo, p = ; remplazo, p=0.0001). La presión parcial de oxigeno en los nidos de tratamientos tópicos (18.50 ± 0.18 kpa) era significativamente más baja en la primera

20 20 mitad de incubación en comparación con los nidos de los tratamientos remojo (19.50 ± 0.09 kpa; p < ). No hubo un efecto significativo de tratamiento en la presión parcial de oxigeno en los nidos tras el periodo entero de incubación. Sin embargo, hubo un efecto del día de incubación y un efecto de interacción entre el día de incubación y el tratamiento en el contenido de oxigeno en el nido (Tabla 1). También hubo un efecto significativo en el tipo de tratamiento (remojo vs. tópico) en el contenido de oxigeno por la duración entera de incubación (Tabla 2). Además, hubo una correlación positiva entre la tasa de eclosión y el contenido de oxigeno en el nido en la primera mitad de incubación (Tabla 3). La Temperatura del Nido No hubo un efecto significativo de los tratamientos en la temperatura de los nidos en la primera y segunda mitad de incubación (Fig. 4). No obstante, los tratamientos de remojo tuvieron temperaturas significativamente más bajas (30.51 ± 0.05 C) que los tratamientos tópicos (30.78 ± 0.10 C) en la primera mitad de incubación (p = ). Los eventos de lluvia tras la primera mitad de incubación eran asociados con temperaturas disminuidas en los nidos, con temperaturas aumentando consistentemente después del decrece de lluvia por el principio de la temporada seca en la segunda mitad de incubación (Fig. 5). No hubo efecto de los tratamientos en las temperaturas de los nidos tras el periodo entero de incubación, aunque hubo un efecto del día de incubación tanto como una interacción entre estos dos factores (Tabla 1). Por otro lado, hubo un efecto significativo del tipo de tratamiento y el día de incubación además de una interacción entre estos dos factores (Tabla 2). La temperatura promedia por día en la mayoría de los nidos no sobrepaso el limite letal (35 C), aunque las temperaturas de los

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