Introducción a Linux. I.

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1 Intrducción a Linux. I. 1. pr qué Unix en biinfrmática? Raznes históricas Unix es un SO académic las herramientas centrales FASTA, BLAST, CLUSTALW, MAPMAKER están escritas para Unix la web está escrita para Unix el manej de las bases de dats más pesadas empezó baj Unix Raznes prácticas Unix tiene un mdel I/O simple Unix psee buenas herramientas de prgramación tiene una aprximación building blck a la prgramación n requiere de interfaces gráficas para ls usuari Características claves multitarea se pueden crrer múltiples prgramas simultáneamente multiusuari múltiples usuaris pueden ingresar al mism tiemp netwrk-ready fue cncebid para el trabaj en redes, pr l que maneja a ls usuaris remts de igual md que a ls lcales Variantes de Unix Cmerciales Slaris, SCO UNIX, Tru64 Unix... Open surce (libre) FreeBSD, Linux 2. entnces Linux... Linux es un sistema perativ (un cnjunt de instruccines que ns permiten realizar tareas en nuestr rdenadr) iniciad pr Linus Trvalds en Sus caracterísitcas más ntables sn: prviene de Unix (tr sistema perativ), y pr ell es ptente, segur y estable (resultand un sistema perativ ideal para

2 servidres per también excelente cm sistema de ficina escritri) pr esta misma razón, es un sistema multiusuari real y multitarea, y funcina de manera muy prductiva en redes es parte del pryect GNU, l que significa que es libre (aunque n necesariamente gratuit) y se puede mdificar su códig fuente, tant para adaptarl a tus prpias necesidades cm para cntribuir en su cntinu desarrll Tiemp después, cn el fin de adaptar el sistema perativ y facilitar su instalación, naciern las cmpañías distribuidras de Linux. Si bien pueden cbrar pr frecer sus prducts en CD algún tr sprte, deben pner su códig a dispsición del públic en la medida en que han utilizad sftware GNU (baj licencia GPL). Mandrake, RedHat/Fedra, Debian, SuSE Las diferentes distribucines difieren en ls scripts de instalación, paquetes, manej del escritri... N existe una mejr que las demás sin alguna que se adapta mejr a tus necesidades. 3. alguns links de utilidad pryect GNU: siti principal: text más cmplet: RUTE Linux Tutrial and Expsitin 4. archivs y sistema de archivs nmbres de archivs case sensitive, distinguen mayúsculas de minúsculas e.g. Rhizbium, RHIZOBIUM, rhizbium, RHIZObium... sn archivs diferentes y pr tant pueden estar en la misma ubicación n es necesari que tengan una extensión, aunque suele existir a md rientativ; asignar la misma extensión a ls archivs de un mism tip puede resultar útil para agruparls fácilmente ls nmbres pueden llegar a ser muy largs caracteres recmendads: A-Z, a-z, 0-9, el punt (.), el guión (-) y el guión baj (_)

3 n se permiten nmbres cn: espacis (se suelen sustituir pr guión baj), acents y trs signs de puntuación (except el punt), ni la ñ sistema de archivs directris en Linux (cm en cualquier Unix) n existe el cncept de unidad para cada unidad física del disc partición cm en Windws el equivalente a una carpeta es el directri, dnde se ubican ls archivs tds ls discs durs de red se mntan baj un sistema de directris en árbl / es la raíz del sistema de directris /etc cntiene ls archivs de cnfiguración de la mayría de ls prgramas /hme cntiene ls archivs persnales de ls usuaris /bin cntiene cmands básics y muchs prgramas /tmp fichers temprales de recurss de prgramas /usr prgramas y librerías instalads cn la distribución /usr/lcal prgramas y librerías instalads pr el admiistradr /lib librerías varias y móduls del kernel

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5 5. usuaris y permiss Linux es un sistema perativ multiusuari. Cada usuari tiene su directri en /hme/usuari. Pr defect, sól puede escribir, mdificar y brrar archivs dentr de ese directri. Ningún tr usuari pdrá acceder a ls archivs de su directri, ni siquiera puede ver cuáles sn. Además, tds ls prgramas recuerdan las preferencias de cada usuari. La excepción es el rt, administradr del sistema. Es el usuari que tiene acces a tds ls directris y archivs, así cm a la cnfiguración del sistema. Es el que puede hacer td cn la máquina, inclus rmperla. Tds y cada un de ls archivs y directris del árbl jerárquic tienen permiss. Ests permiss indican, para cada usuari del sistema, si puede ejecutarl, si puede ver su cntenid si puede brrarl mdificarl. Del mism md, cada element del sistema de archivs tiene un dueñ. Pr defect, este dueñ del element (tant archiv cm directri) tiene acces ttal a él y puede realizar tdas las accines psibles permitidas. tds ls archivs de las carpetas de sistema y cnfiguración suelen tener a rt cm prpietari ls de la carpeta persnal de cada usuari tienen a ese usuari cm prpietari, y el rest de ls usuaris nrmales n tienen ningún permis sbre ests elements

6 Si bien ls permiss parecen alg extrañs, después de un rat aprendes a leerls. La primer clumna indica el flag y se relacina cn el tip de archiv. Lueg vienen tres grups de tres clumnas, dnde el primer grup indica ls permiss del prpietari del ficher, el segund ls permiss del grup de usuaris al que pertenece el prpietari y el últim grup de clumnas refiere a ls permiss que tienen tds ls trs usuaris (alg así cm wner grup - wrld). Ls permiss para leer, escribir y ejecutar se indican cm r, w y x respectivamente. Cuand se refieren a un directri, r significa que puedes listar su cntenid, w que puedes crear y brrar archivs en él, mientras que x indica que puedes meterte (cd) en ese directri. Más sbre usuaris, grups y permiss en el archiv PermissLinux.pdf que se encuentra en la página 6. terminal shell Las versines actuales de Linux utilizan entrns gráfics similares a las interfaces de Micrsft Windws Macintsh.

7 N bstante, la manera más habitual de administrar una máquina Linux es desde una terminal intérprete de cmands, que es en md text y generalmente presenta un PROMPT. Un PROMPT es l que el shell escribe autmáticamente en cada línea, habilitándns a que le dems instruccines las instruccines se dan cm una línea de cmands, pcines y arguments y finalmente un INTRO para que sea recibid pr la máquina y ejecutad existen diferentes tips de shell, cn nmbres cm bash, sh, csh, tcsh... cada una cn sus particularidades PROMPT Hay diferentes visualizacines psibles: tlalc> 1:12PM Biinfrmatics/Vl_12 $ Vl_12] # El prmpt indica que la terminal está prnta para aceptar un cmand. Mientras un cmand de ejecución larga esté crriend, el prmpt n va a reaparecer hasta que este finalice y el sistema quede prnt para el siguiente pedid.

8 Línea de cmands: Mientras n se presine INTRO, te puedes mver sbre la línea de cmands y editarla usand el teclad. suprimir, backspace, flechas izquierda y derecha cntrl-a: inici de la línea cntrl-e: final de la línea cntrl-k: brra desde la psición del cursr hasta el fin de la línea flechas arriba y abaj: permite mverte entre las líneas de cmands utilizadas anterirmente (histrial); en general se editan y vuelven a utilizar TAB: permite cmpletar nmbres de archivs, directris, cmands que cnce la máquina; además de agilizar la escritura, ayuda a evitar errres de tipe, entre trs Existen diferentes tips de cmands, alguns cm ls devuelven rápidamente una salida en la pantalla (en este cas una lista de ls archivs existentes) y liberan el prmpt, mientras que trs cm clustalx abren una nueva interfaz, dejand inhabilitad el prmpt hasta salir del prgrama ClustalX. Wildcards: * se refiere a entre 0 y más caracteres (nº indeterminad) e.g. *.txt se refiere a tds ls archivs de extensión txt e.g. gen*.txt incluye genmics_curse.txt y también genes.txt? se refiere a un únic caracter e.g. genig?.txt incluye genigg.txt y genigm.txt [0-9]* se refiere a cualquier cmbinación de númers [a-d]* se refiere a cualquier cmbinación de a, b c y d [^a-d]* se refiere a cualquier cmbinación de caracteres except ls especificads [ad] se refiere a la letra a ó d, una sla de ellas [ad]* se refiere a cualquier cmbinación de ls caracteres a y/ d [A-Za-z] se refiere a cualquier par de letras, siempre y cuand la primera sea en mayúscula y la segunda minúscula

9 7. lgging Cuand ingreses cm usuari a la máquina (va a ser necesari ingresar una cntraseña) vas a estar en un lugar del sistema cncid cm the hme directry. Aquí pdrás libremente crear y eliminar archivs y directris (csa que n pdrás hacer en cualquier parte del sistema). El path (una variable que indica la ruta de directris) en este cas es /hme/nmbreusuari. Cm es un pc tedis de escribir, el shell te permite abreviarl a ~. Una vez finalizadas tus tareas, cierras la sesión en la terminal usand el cmand exit. 8. alguns cmands básics de la terminal BASH El cmand cd Es un cmand que permite cambiar nuestr directri de trabaj ( change directry ). Cuand trabajas cn un archiv debes indicar el path en el que se encuentra. Alternativamente, puedes cambiarte a su directri (usand cd) y pr l tant ya n va a ser necesari indicar el path. Para ir a un nuev directri puedes usar una referencia absluta una relativa. Usas una referencia absluta si estand en /hme/natalia te cambias al directri /hme/natalia/leptsiras/secuencias. Cm en realidad ya estás parad en /hme/natalia/, puedes ir directamente a leptspiras/secuencias (usand sól una referencia relativa). De mucha utilidad, sn ds cmplements de la referencia relativa, el punt (.) que indica el directri actual y ls ds punts (..) que indican el directri inmediatamente superir. Mientras.. es muy usad para mverse entre ls directris,. se utiliza más en referencia a archivs ejecutables. Una vez que te lggees en la máquina, descarga de la página del curs el ficher TallerBiinf al escritri de tu máquina y lueg ubícate en el directri en el que se encuentra el archiv Mnica.txt. Para cnstruir el path puedes ayudarte viend el navegadr gráfic primer. ~] $ cd Desktp/TallerBiinf/Linux/ qué trs archivs se encuentran en el directri? Linux] $ ls cuánts directris tienen a TallerBiinf cm su directri superir? Linux] $ cd..

10 TallerBiinf] $ ls también puedes hacer (más rápid): Linux] $ ls.. El cmand ls Este cmand lista la infrmación de ls archivs y directris cntenids en el directri indicad (pr defect el actual). Tiene diferentes pcines, cm ser -1 (muestra un sl ficher pr línea de salida), -l (la salida tiene un frmat larg, indicándse dueñ, permiss, tamañ, fecha de mdificación) y -R (lista subdirectris recursivamente). Para saber sbre tras pcines, tu puedes recurrir a la ayuda de este cmand, usand la pción - help. El cmand help Este cmand, usad baj la frma cmand --help, despliega infrmación acerca del cmand requerid. Indica cuáles sn las pcines y arguments asciads a cada cmand. Prueba de btener ayuda sbre el cmand ls. Linux] $ ls --help Intenta btener una lista de ls fichers cntenids en el Desktp. Prueba cn diferentes pcines del cmand ls. Recuerda que puedes ubicarte en el directri Desktp, per también puedes lgrar la lista desde dónde te encuentres en este mment. Imprtante, recuerda ayudarte cn el tabuladr para cmpletar las rutas. Un camin: Linux] $ ls -R ~/Desktp/ Otr: Linux] $ cd ~/Desktp/ Desktp] $ ls -R Las diferentes pcines pueden utilizarse juntas (al mens en el cas del cmand ls). Prueba de realizar ls -Rl y ls -lr. Ls utputs sn iguales? Qué permiss tienes sbre cada ficher? El cmand mkdir Este cmand sirve para crear directris dentr del espaci de la máquina dnde tienes permis para hacerl (usualmente en /hme/usuari). Puedes señalar la ubicación del nuev directri cn un path abslut relativ. Querems crear ls directris pruebas y Pruebas dentr del directri nuev mis_pruebas.

11 Desktp] $ mkdir mis_pruebas Desktp] $ cd mis_pruebas una pción: mis_pruebas] $ mkdir pruebas tra: Desktp] $ mkdir mis_pruebas/pruebas Ls cmands mv y cp Cn el cmand mv puedes cambiar archivs y directris de lugar. La sintaxis de ests cmands es: mv/cp ficher_rigen ficher_destin. Cm tras veces, puedes usar referencias abslutas relativas. Prueba cpiar Mnica.txt hasta la carpeta Pruebas. Una alternativa es, estand en TallerBiinf: TallerBiinf] $ cp./linux/mnica.txt../mis_pruebas/pruebas Intenta alguna tra alternativa y verifica cn ls que efectivamente se hayan cpiad al directri indicad. Si bservas atentamente, el cmand mv (y también cp) puede utilizarse para renmbrar archivs. Sól es necesari indicar un nuev nmbre para ese archiv en el destin. Desktp] $ mv mis_pruebas Mispruebas Intenta un cambi de nmbre usand cp. Ls cmands rmdir y rm El cmand rmdir permite brrar directris vacís. En cas cntrari sale una advertencia. El cmand rm permite brrar un varis archivs. La pción -R hace que el cmand pere cn recursividad, est es, que se vaya adentrand nivel pr nivel y brrand td l que encuentra. La pción -i hace la eliminación interactiva (pide cnfirmación antes de prseguir). Muy imprtante, trabajand desde una terminal, ls fichers una vez eliminads, sn prácticamente impsibles de recuperar. Además, recuerda que puedes utilizar ls wildcards para brrar múltiples fichers al unísn algun cuy nmbre n recuerdas exactamente. Genera una cpia del directri Mispruebas y su cntenid, utilizand un nuev nmbre, pr ejempl Mis_Pruebas. Además genera nuevas cpias del archiv Mnica.txt, cn ls nmbres Mnica2.txt, Juan.txt, Mnica_Juan.txt, MnicaJuan, Juan2. Ahra: Desktp] $ cd Mis_Pruebas/Pruebas Pruebas] $ ls Pruebas] $ rm *.txt Pruebas] $ ls

12 cuáles archivs se brrarn? cuánts restan en el directri? Ahra vuelve al desktp y brra tda la carpeta Mis_Pruebas. Primer intenta: Desktp] $ rm Mis_Pruebas Desktp] $ rmdir Mis_Pruebas qué currió? Ahra prueba: Desktp] $ rm -Ri Mis_Pruebas Te sientes cnfus? Prueba ver que hacen ls cmands whami (Wh am I?), pwd ( print wrking directry Where am I?). Y si estás perdid del td puedes usar el cmand hstname para averiguar What am I?

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