Curso de ENSAMBLADO Y ANOTACIÓN DE GENOMAS EMPLEANDO SUPERCOMPUTACIÓN

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Jorge Vega Guzmán
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1 FUNDACIÓN CENTRO DE SUPERCOMPUTACIÓN DE CASTILLAY LEÓN Apoyando a la investigación, empleando la Supercomputación innovación, la tecnología, la mejora de la competitividad de las empresas y el desarrollo económico de Castilla y León La Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León organiza el Curso de ENSAMBLADO Y ANOTACIÓN DE GENOMAS EMPLEANDO SUPERCOMPUTACIÓN

y el desarrollo económico de Castilla y León La Fundación Centro de Supercomputación de

2 Dirección y coordinación académica: Dirección: Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León (FCSCL), Dirección Científica. Objetivos : Se proporciona la formación necesaria para estudiar la mejora de las tecnologías basadas en la extracción, secuenciación y análisis de ADN extraído directamente de comunidades de organismos de muestras de diversos ambientes y emplear la supercomputación y la computación en nube (cloud-computing) en la recopilación y ensamblado de los fragmentos de ADN secuenciados, así como su posterior anotación y análisis. Destinatarios: El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas, del ámbito experimental y/o económico) de posgrado, y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.

organismos de muestras de diversos ambientes y emplear la supercomputación y la computación en nube (cloud-computing) en la recopilación y ensamblado de los fragmentos de ADN secuenciados, así como

3 Número de Plazas: 20 Créditos: 2 Fecha: Del 28 al 30 de Septiembre de 2011 Horario: 20 horas Miércoles de 9:00 a 14:00 horas y de 15:30 a 18:30 horas Jueves de 9:00 a 14:00 horas y de 15:30 a 18:30 horas Viernes de 9:00 a 13:00 horas Lugar: Edificio CRAI-TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León Idioma: Español Importe matrícula: 400 /curso Inscripción: Cuenta corriente: Caja España

de 9:00 a 13:00 horas Lugar: Edificio CRAI-TIC, Campus de Vegazana, Universidad de León Idioma: Español

4 Profesorado: Alberto Labarga, Universidad de Granada, Dpto. C.C. de la Computación e inteligencia Artificial, Granada Alexandre Sánchez Pla, Vall d Hebron Institut de Recerca(VHIR), Unidad de Estadística y Bioinformatica; Universidad de Barcelona, Dpto. de Estadística, Barcelona Allan Orozco, Instituto Nacional de Bioinformática(INB), Madrid David González, Centro de Regulación Genómica(CRG), Barcelona David Torrents Arenales, ICREA en el Centro Nacional de Supercomputación - Barcelona Supercomputing Center (CNS BSC), Computational Genomics Group Manager, Barcelona Javier Tamames, Centro Nacional de Biotecnología (CNB), Madrid Jesús Lorenzana Campillo, Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León(FCSCL), León José Manuel Martínez García, Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León(FCSCL), León Jose María Fernández, Instituto Nacional de Bioinformática(INB), Madrid

de Estadística, Barcelona Allan Orozco, Instituto Nacional de Bioinformática(INB), Madrid David González, Centro de Regulación Genómica(CRG), Barcelona David Torrents Arenales, ICREA en el Centro

5 Contenidos: PARTE I - Introducción acceso a Caléndula PARTE II - Introducción al entorno Linux PARTE III - Supercomputación (hpc) PARTE IV - Introducción a la computación en nube PARTE V - Introducción a la Bioinformática PARTE VI - Introducción a la ultrasecuenciación y al análisis bioinformático de datos de NGS PARTE VII - Pipelines y workflows en bioinformática: algunos briconsejos de la abuela que supercomputa PARTE VIII - Metatranscriptómica PARTE IX - Genómica comparada

PARTE VI - Introducción a la ultrasecuenciación y al análisis bioinformático de datos de NGS PARTE VII - Pipelines y

6 Detalle de Contenidos: PARTE I - Introducción acceso a Caléndula- Jesús Lorenzana Campillo Descripción técnica de los recursos de la Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León. Protocolos de acceso de actuación. PARTE II- Introducción al entorno Linux- Alberto Labarga Núcleo de Linux. Componentes de una distribución. Inicio de sesión en una máquina a través de la red. Comandos básicos. Estructura del sistema de ficheros Linux. Usuarios. Gestión de ficheros y directorios. Manipulación de ficheros de texto. Procesos. Scripts en bash. Comunicaciones.

PARTE II- Introducción al entorno Linux- Alberto Labarga Núcleo de Linux. Componentes de una distribución.

7 PARTE III - Supercomputación (hpc)- José Manuel Martínez García Arquitectura de los computadores. Tecnologías de la Supercomputación- Algoritmia y técnicas de programación. Paralelización de tareas- Tipos de paralelismos. Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León. PARTE IV- Introducción a la computación en nube- José Manuel Martínez García Definiciones. Beneficios. Infraestructura como servicios (Iaas). Virtualización. Plataforma cómo Servicio (Paas)- Aplicaciones. Software cómo Servicio (SaaS)- Aplicaciones. Prácticas. PARTE V- Introducción a la Bioinformática- Allan Orozco Niveles biológicos de organización. Reconstruyendo la complejidad. Qué es la bioinformática?. Subdisciplinas de la bioinformática. Conversión de la información genética. Por qué usar la Bioinformatica?.

Beneficios. Infraestructura como servicios (Iaas). Virtualización. Plataforma cómo Servicio (Paas)- Aplicaciones. Software cómo Servicio (SaaS)- Aplicaciones. Prácticas.

8 PARTE VI- Introducción a la ultrasecuenciación y al análisis bioinformático de datos de NGS -Alexandre Sánchez PARTE I: CONCEPTOS BÁSICOS Introducción Secuenciación de alto rendimiento o Next Generation Sequencing Problemas y retos (bio)informáticos en el tratamiento de los datos de ultrasecuenciación Aplicaciones de la ultrasecuenciación. Algunas herramientas públicas y privadas PARTE II: APLICACIONES Manejo de datos de ultrasecuenciación Exploración de algunas herramientas públicas PARTE VII - Pipelines y workflows en bioinformática: algunos briconsejos de la abuela que supercomputa- Jose María Fernández/Javier Tamames Workflows: a mano o a máquina? Áreas optimizables en un pipeline bioinformático. Paralelismo y localidad espacial: cuando rascar un segundo significa ahorrar un mes de trabajo. Cuellos de botella "externos": bases de datos, web services, etc...

Algunas herramientas públicas y privadas PARTE II: APLICACIONES Manejo de datos de ultrasecuenciación Exploración de algunas herramientas públicas PARTE VII - Pipelines y workflows en bioinformática:

9 PARTE VIII Metatranscriptómica- David González Secuenciación de metatranscriptomas Aplicaciones de la metatranscriptómica Análisis metatranscriptómico Prácticas PARTE IX - Genómica comparada- David Torrents Familias y dominios en genómica comparada Ontología Alineamientos múltiples Alineaciones genómicas Secuencias de conservación Prácticas de alineamientos de genómica comparada. Prácticas de filogenias.

Torrents Familias y dominios en genómica comparada Ontología Alineamientos múltiples Alineaciones

10 Organiza: Colaboran:

11 Edifício CRAI TIC Campus de Vegazana s/n León (España) Teléfono.: (+34) correo e: Copyright 2011, Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León. FCSCL Confidential For Use under NDA only. All plans, dates and figures are subject to change without any notice as they apply. Other names and brands may be claimed as the property of other.

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