Acercamiento a la Bioinformá0ca 4- Futuro, conclusiones, debate

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Adrián Vega Romero
hace 8 años
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1 Acercamiento a la Bioinformá0ca 4- Futuro, conclusiones, debate Rodrigo Santamaría Semana de la Biotecnología 2013

2 La secuenciación de todo FUTURO

3 Crecimiento exponencial

4 Persepec6va

5 Perspec6va

7 Crecimiento exponencial 1 TB

8 Espera cuánto era 1TB? 1TB ~ Información en la Biblioteca del Congreso de los EEUU 147 millones de documentos 33 millones de libros 15 millones de imágenes 6 millones de par6turas 5 millones de mapas 3 millones de grabaciones 1 millón de documentos gubernamentales 1 millón de periódicos de los úl6mos 300 años 0.5 millones de microfilms 1400 Km de estanterías

millones de libros 15 millones de imágenes 6 millones de par6turas 5 millones de mapas 3

11 blog.genomequest.com/2010/07/implica6ons- of- exponen6al- growth- of- global- whole- genome- sequencing- capacity

12 Más predicciones Andreas Sundquist (2012) theatlan6c.com/health/archive/2012/03/the- human- genome- sequenced- predic6ng- the- future- of- dna- tech/ : un millón de genomas 1 exabyte de bases (un millón de TB) Aproximadamente toda la información almacenada actualmente en los centros de datos de Google Los problemas logís6cos van a ser muy importantes NOTA: Los datos de la ENA a 14 de octubre de 2013 hablan de (lejos de todavía)

millón de genomas 1 exabyte de bases (un millón de TB) Aproximadamente toda la información almacenada actualmente

13 La carrera por el genoma a 1000$ 1K prize (Craig Venter) $ para el que consiga secuenciar 1 genoma por menos de 1000$ X prize (Archon genomics) 10 millones de $ para el que consiga secuenciar 10 genomas completos en 10 días por menos de $ cada uno 99$ à SNP- oma SNP: single nucleo6de polimorfism Mutaciones puntuales 23andme.com

genomics) 10 millones de $ para el que consiga secuenciar 10 genomas completos en 10

14 Futuro, conclusiones, debate CONCLUSIONES

15 Resumiendo Tenemos mucha información gené6ca que hay que ges0onar y analizar Bioinformá0ca: métodos informá6cos aplicados a problemas biológicos Contexto Secuencias Expresión Función Estructura Uso informá0co almacenamiento, búsqueda y alineamientos sobre secuencias gené6cas almacenamiento y análisis de experimentos sobre ac6vación gené6ca organización, anotación y uso de funciones y relaciones conocidas modelización de estructuras 2D y 3D

almacenamiento, búsqueda y alineamientos sobre secuencias gené6cas almacenamiento y análisis de experimentos

16 Ges0ón Problemas Almacenamiento Recuperación Bases de datos Públicas Coordinadas Navegables

17 Análisis Problema: comparación Secuencias à alineamientos Expresión à minería de datos

18 Post- análisis Problemas: Fiabilidad Escala Interpretación Reproducibilidad

19 Proyección Ask 10 inves>gators in human gene>cs what resources they need most and it is highly likely that computa5onal skills and tools will be at the top of the list. David Valle, M.D. Scien>sts who enter genomics with tradi>onal life science training must pick up several informa>c skills along the way. They need a fundamental understanding of programming, bioinforma>cs and data mining. It s cri5cal to be able to mine your data and to be conversant in the language of programming. Janet Warrington, Affymetrix We prefer candidates who are comfortable working with databases, wri5ng code to conduct sta5s5cal analyses and interpre5ng analysis results in light of recent biological research publica>ons. Jason Johnson, Rosela Individuals who have a lot of biology experience and computed experience are unique. It adds to their value to have both sides. Shawn Burgess, NHGRI Genomics: Bridging Research Areas, Peter Gwynne, Science Career Magazine, May 2003

They need a fundamental understanding of programming, bioinforma>cs and data mining. It s cri5cal to be able to mine your data and to be conversant in the language of programming.

20 Otra miradita al abismo o no? codecademy.com/es/dashboard Tutorial de Python Biopython: bioinformá6ca Anaconda python: minería y visualización store.con6nuum.io/cshop/anaconda

21 Galaxy Plataforma abierta para análisis biomédico Gratuito, online Fácil de usar, no requiere programación galaxyproject.org

22 Programar vs Reu0lizar Opción Programar Reu0lizar Símil construir tu propia casa comprar tu casa Coste bajo (?) alto (?) Esfuerzo alto bajo Control alto bajo Nuevos métodos sí no

23 Mul0disciplinaridad Probablemente la clave a los problemas cienqficos modernos Cada persona debe hablar varios lenguajes No se puede trabajar de manera aislada Especialista en un campo, pero conocedor de otros Ayuda a entender las necesidades, complejidades, posibilidades, etc.

24 BibliograSa Bioinforma0cs and Func0onal Genomics. Jonathan Pevsner, 2nd Ed. Wiley Publishing 2009 Bioinforma0cs: Sequence and Genome Analysis. Nello Cris6anini and Mathew W. Hahn. Cambridge Univ. Press 2006 Bioinforma0cs for Dummies. Jean Michel Cleverie & Cédric Notredame, 2nd Rev. Ed. Wiley Publishing 2006 BLAST. Ian Korf, Mark Yandell and Joseph Bedell. O Reilly Microarray Bioinfoma0cs. Dov Stekel. Cambridge University Press 2003

25 Futuro, conclusiones, debate DEBATE

26 Debate Conocíais la relevancia de la bioinformá6ca? Qué ocurre en otros campos, como la zsica?

27 Debate El estudio de la vida se ha vuelto demasiado sinté6co o gené6co?

28 Debate Estamos cerca de encontrar una cura para el cáncer y otras enfermedades?

29 Debate Dudas, cues6ones, impresiones

32 Gray Fox Urocyon cineraergenteus. Gyotaku print InkedAnimal.com El Gyotaku es una técnica japonesa del S. XIX que imprime el cuerpo de un pez en un papel. Los biólogos Adam Cohen y Ben Labay la han aplicado con éxito a otros muchos animales. Su trabajo se puede contemplar en inkedanimal.com

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