CURSO DE POSTGRADO. Curso Internacional en Métodos de Diagnostico Molecular, Análisis Genómico y Aplicaciones Biotecnológicas de Microorganismos

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1 CURSO DE POSTGRADO Curso Internacional en Métodos de Diagnostico Molecular, Análisis Genómico y Aplicaciones Biotecnológicas de Microorganismos 6-11 de Abril del 2009 En el Centro Regional Universitario Bariloche Universidad Nacional del Comahue (INIBIOMA-CONICET). Organizadores: Dr. Diego Libkind Frati Dra. Sonia Fontenla Dr. Rogeiro Tenreiro (Portugal) Auspiciado por la Asociación Argentina de Microbiología Aprobado por la Carrera de Doctorado en Biología de la UNComahue

2 Objetivos: Proveer a los alumnos de formación teórica y práctica en el área de la biología molecular en particular en el uso de la información genómica de microorganismos para el estudio de la biodiversidad y sus aplicaciones biotecnologías. Introducir al alumno en las técnicas básicas y avanzadas de diagnóstico y diferenciación molecular de microorganismos. Formar a los alumnos en el uso de software específico útil para el análisis de datos moleculares y estudio filogenéticos. Proveer a los alumnos de ejemplos representativos de las potenciales aplicaciones biotecnológicas de microorganismos, con especial énfasis en levaduras. Objetivos institucionales: Objetivos adicionales para la institución serían la puesta en marcha de técnicas moleculares no utilizadas actualmente en la institución, facilitando su futura implementación, supeditada solo a la compra del equipamiento específico. Las instituciones científicas de la región patagónica por su distancia de la capital presentan un claro retraso en lo que refiere a Biología Molecular y al mismo tiempo existen pocos grupos de investigación avocados al estudio de la biodiversidad microbiana. Teniendo en consideración la riqueza natural y la necesidad imperante del estudio y conservación de su biodiversidad, es que nace la idea de la realización del presente curso. El mismo busca formar investigadores capaces de emplear herramientas moleculares para el estudio de la diversidad microbiana y sus aplicaciones biotecnológicas. Equipo Docente: Provenientes de Portugal, Facultad de Ciencias de la Universidad de Lisboa (se adjunta CV): Dr. Rogerio Tenreiro (dictado clases teóricas y monitor practicas) Dr. Mario Gadanho (dictado clases teóricas y monitor practicas) Dra. Sandra Chaves (dictado clases teóricas y monitor practicas) Dra. Lélia Chambel (dictado clases teóricas y monitor practicas) Local: Dr. Diego Libkind (dictado clases teóricas y monitor practicas) Disertantes: Dr. Víctor Cifuentes (U. de Chile, Chile) Dr. Carlos Rosa (U. Minas Gerais, Brasil) Dra. Marcela Sangorrín (UNComahue, Nqn) Dra. Maria Giraudo de van Broock (UNComahue, CRUB) Coordinadores curso: Dr. Diego Libkind* (local), Dr. Sonia Fontenla* (local), Dr. Rogerio Tenreiro (extranjero). * Los coordinadores locales forman parte de los directores de la carrera de doctorado y por eso no se adjuntan los CV.

3 Programa analítico Presentaciones orales teóricas (T) Introducción: Objetivos, conceptos, enfoques y aplicaciones de los métodos moleculares Rogério Tenreiro Métodos moleculares para el diagnostico y análisis genómico de microorganismos Lélia Chambel Enfoques Moleculares en el análisis de comunidades microbianas Sandra Chaves Métodos actuales para análisis numéricos de datos moleculares Rogério Tenreiro Reconstrucción filogenética y métodos para el armado de árboles Mário Gadanho Herramientas moleculares para la identificación y tipificación de levaduras Diego Libkind Biosensores en diagnóstico: fundamentos y aplicaciones Rogério Tenreiro Biodiversidad y biotecnología de levaduras nativas: contribuciones desde Patagonia Argentina Maria Rosa van Broock Biodiversidad y biotecnología de levaduras nativas: contribuciones desde Brasil Carlos Rosa Biotecnología de la carotenogenesis de astaxantina en levaduras Victor Cifuentes Levaduras como herramientas de biocontrol de organismos indeseables en alimentos - Marcela Sangorrin. Presentaciones teóricas de la parte prácticas (TP) Fundamentos y protocolos de los métodos experimentales Métodos de extracción de ADN y ARN Lélia Chambel Métodos de PCR y RT-PCR Mário Gadanho Análisis del polimorfismo del largo de los fragmentos de restricción (RFLPs) y análisis de macro-restricción (PFGE) Lélia Chambel Análisis del polimorfismo del largo de los fragmentos amplificados (AFLPs) Mário Gadanho Hibridización con sondas marcadas y hibridización con fluorescencia in situ (FISH) Sandra Chaves Clonado en vectores plasmídicos Sandra Chaves Métodos basados en PCR para el análisis de huellas moleculares Mário Gadanho Electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante (DGGE) y PCR de la heterogeneidad de largo del fragmento (LH-PCR) Sandra Chaves Parte Práctica - Laboratorio (P) Extracción ADN y ARN Detección de microorganismos y genes por métodos basados en PCR Análisis de la expresión génica por RT-PCR RFLPs, PCR-RFLPs y Southern blot hybridization Fluorescent in situ hybridization (FISH) Clonado en vectores plasmídicos Análisis del polimorfismo del largo de los fragmentos amplificados (AFLPs) Métodos basados en PCR para el análisis de huellas moleculares Análisis de comunidades microbianas: DGGE y LH-PCR Parte Práctica Análisis de datos (P) Análisis de datos moleculares empleando herramientas informáticas Métodos de taxonomía numérica: BioNumerics y NTsys-pc softwares Bioinformática básica: análisis de secuencias Análisis filogenético.

4 Presentación breve del curso: El curso International Course on Molecular Methods for Diagnosis, Genomic Analysis and Biotechnological Applications of Microorganisms tiene como objetivo contribuir con la formación teórica y práctica en el área de la biología molecular, en particular en el uso de la información genómica de microorganismos para el estudio de la biodiversidad y sus aplicaciones biotecnologías. Introducir al alumno en las técnicas moleculares básicas y avanzadas de diagnóstico y diferenciación de microorganismos. Formar a los alumnos en el uso de software específico útil para el análisis de datos moleculares y estudios filogenéticos. Analizar y discutir ejemplos representativos de las potenciales aplicaciones biotecnológicas de microorganismos, con especial énfasis en levaduras. El curso esta direccionado a estudiantes de doctorado e investigadores en las áreas de biología molecular, microbiología, genética, epidemiología, ecología microbiana, microbiología aplicada y biotecnología. El curso será dictado por investigadores extranjeros de alto prestigio en el área de ecología molecular microbiana y biotecnología, con amplia experiencia en dictado de cursos internacionales. El mismo posee una componente práctica importante, en la que serán aplicados y discutidos los principales métodos moleculares utilizados en el diagnóstico e identificación de microorganismos, en el estudio de la variabilidad genómica de bacterias y hongos, y en el análisis de comunidades microbianas. El curso incluye también métodos de análisis numérico de datos moleculares a fin de permitir un abordaje eficiente en la implementación en el laboratorio de estas metodologías.

5 Bibliografía de referencia de las técnicas moleculares. 1. Cai H., Rodríguez B., Zhang W., Broadbent J. & Steele J. (2007). Genotypic and phenotypic characterization of Lactobacillus casei strains isolated from different ecological niches suggests frequent recombination and niche specificity. Microbiology 153: Gadanho M.& Sampaio J. P. (2006). Microeukaryotic diversity in the extreme environments of the Iberian PyriteBelt: a comparison between universal and fungi-specific primer sets, temperature gradient gel electrophoresis and cloning. FEMS Microbiology Ecology 57: Hassett J., Zak D., Blackwood C. & Pregitzer K. (2008) Are Basidiomycete Laccase Gene Abundance and Composition Related to Reduced Lignolytic Activity Under Elevated Atmospheric NO3 Deposition in a Northern Hardwood Forest?. Microbial Ecology doi: /s Kandeler E., Deiglmayr K., Tscherko D., Bru D. & Philippot L. (2006) Abundance of narg, nirs, nirk, and nosz Genes of Denitrifying Bacteria during Primary Successions of a Glacier Foreland. Applied and Envronmental Microbiology 72(9): Komaki H., Fudou R., Iizuka T., Nakajima D., Okazaki K., Shibata D., Ojika M.& Harayama S. (2008). PCR Detection of Type I Polyketide Synthase Genes in Myxobacteria. Applied and Environmenta Microbilogy 74(17): Libkind, D. (2007). Evaluación de la técnica de MSP-PCR para la caracterización molecular de aislamientos de Rhodotorula mucilaginosa provenientes de la Patagonia noroccidental. Revista Argentina de Microbiología 39(3): Sambrook J. & Russel D.W. (2001). Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY. 8. Milnera M.G., Curtisb T.P. & Davenport R.J. Presence and activity of ammonia-oxidising bacteria detected amongst the overall bacterial diversity along a physico-chemical gradient of a nitrifying wastewater treatment plant. Water Reserch 42: Mirhendi H., Diba K., Kordbacheh P., Jalalizand N. & Makimura K. (2007) Identification of pathogenic Aspergillus species by a PCR-restriction enzyme method. Journal of Medical Microbiology 56: Nicomrat D., Dick W. & Tuovinen O. (2006) Microbial Populations Identified by Fluorescence In Situ Hybridization in a Constructed Wetland Treating Acid Coal Mine Drainage. Journal of Environmental Quality 35: Perrone G., Mule G., Susca A., Battilani P., Pietri A. & Logrieco A. (2006). Ochratoxin A Production and Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis of Aspergillus carbonarius, Aspergillus tubingensis, and Aspergillus niger Strains Isolated from Grapes in Italy. Applied and Environmental Microbiology 72(1): Teixeira R.L.F., von der Weid I., Seldin L. & Rosado A. S. (2007). Differential expression of nifh and anfh genes in Paenibacillus durus analyzed by reverse transcriptase-pcr and denaturing gradient gel electrophoresis. Letters in Applied Microbiology 46: Wu T., Chellemi D., Graham J., Martin K. & RosskopF E. (2008). Comparison of Soil Bacterial Communities Under Diverse Agricultural Land Management and Crop Production Practices. Microbial Ecology 55:

6 Personería Jurídica Nº Miembro de la International Union for Microbiological Societies Buenos Aires, 27 de junio de Dr Diego Libkind Frati Presente De nuestra mayor consideración: Por la presente cumplimos en informarle que nuestra Comisión Directiva, en su sesión del 14 de enero del cte. año, ha resuelto otorgar el auspicio por Ud. solicitado para el curso de posgrado Internacional Course on molecular methods for diagnosis, genomic análisis and biotechnological applications of microorganisms que se relizará del 6 al 11 de abril de 2009 en el Laboratorio de Microbiologia Aplicada y Biotecnología, INIBIOMA-CONICET/UNComahue de San carlos de Bariloche. Le deseamos el mayor de los éxitos y saludamos a Ud. muy cordialmente. Dr. Jorge Santoianni Presidente AAM

7 Universidad Nacional del Comahue Centro Regional Universitario Bariloche Departamento de Postgrado Doctorado en Biología Quintral 1250 (8400) Bariloche, Río Negro, Argentina 54-(0) / Int (0) Bariloche, 18 de febrero de 2009 Nota DP Nº 011/09 Ref.: Propuesta Curso Dr. Sonia FONTENLA Dr. Diego LIBKIND FRATI S/D: De mi consideración: Por la presente comunico a Ud. que la Comisión de Doctorado, en sesión del 13/02/08, ha aprobado el dictado del Curso de Postgrado International Course on Molecular Methods for Diagnosis, Genomic Análisis and Biotechnological Applications of Microorganisms Se detallan los siguientes ítems aprobados por la Comisión: Se acepta en general la presentación. En particular se observa que: Se acepta que la disponibilidad de plazas tenga una fracción reservada a los grupos de trabajo organizadores. Las certificaciones de los alumnos de grado no serán expedidas por el depto. de posgrado. La propuesta de una posición en el curso para el técnico de laboratorio de esta casa deberá ser atendida por la Secretaría Académica. El posible orden de mérito necesario para cubrir las plazas disponibles será establecido por la coordinación del curso. Se acepta el presupuesto y el arancel propuesto. Se fija como fecha para decidir el dictado del curso en función de su autofinanciación y de las inscripciones recibidas, el 20 de marzo. Observaciones: Se solicita enviar a este Depto. copia electrónica de la presentación. De acuerdo a las características del curso en especial referencia a la pre-selección de los postulantes, se sugiere que las pre-inscripciones las realicen los coordinadores del curso. Se acordará con este Depto. los distintos aspectos organizativos. Se le recuerda que el curso debe autofinanciarse por lo que el Depto. de Postgrado no se hace responsable de todo gasto ocasionado previo a la confirmación del cupo mínimo de alumnos. Se le recuerda, además que las facturas deben ser b o c (IVA EX, CUIT: ) a nombre de la Universidad. Ud. atte., Sin otro particular y estando a su disposición ante cualquier consulta, saludo a

8 International Course on Molecular Methods for Diagnosis, Genomic analysis and Biotechnological applications of microorganisms Preliminary Program Monday Tuesday Wednesday Thursday Friday Saturday 06.Abril Abril Abril Abril Abril Abril :00-09:30 Reception Molecular methods Molecular methods Yeast identification Biodiversity and 09:30-10:00 for diagnosis and in microbial community Current methods and typing (DL) Biotecnhology of 10:00-10:30 Introduction (RT) genomic analysis of analysis (SC) for numerical AFLPs (4); DGGE (2) yeasts (CR and MvB) 10:30-11:00 microorganisms (LC) analysis (RT) Coffee-break 11:00-11:30 Coffee-break Coffee-break Coffee-break Coffee-break 11:30-12:00 DNA and RNA extraction RFLPs and PFGE PCR-fingerprinting Coffee-break Biosensors in DGGE (4) 12:00-12:30 PCR and RT_PCR AFLPs Cloning diagnosis (RT) Data analysis 12:30-13:00 Probe based hyb. DGGE and LH-PCR Phylogenetic 13:00-13:30 analysis (MG) 13:30-14:00 Lunch Lunch Lunch Lunch Lunch 14:00-14:30 Lunch 14:30-15:00 PCR and RT-PCR 15:00-15:30 DNA extraction; PCR and RT-PCR methods (3); RFLPs (3); Data analysis Data analysis 15:30-16:00 RNA extraction; methods (2); RFLPs (2); PCR-RFLPs (3); 16:00-16:30 PCR and RT-PCR RFLPs (1); PCR-RFLPs (2); PCR-fingerprinting (2); 16:30-17:00 methods (1); PCR-RFLPs (1); PCR-fingerprinting (1); AFLPs (3); DGGE (3); Cloning (3) Global analysis 17:00-17:30 AFLPs (1); AFLPs (2); DGGE (1); and discussion 17:30-18:00 FISH (1) FISH (2); FISH (3); Data analysis 18:00-18:30 Cloning (1) Cloning (2) 18:30-19:00 Lecture Lecture-practical Practical-Laboratory CR: Carlos Rosa DL: Diego Libking LC: Lélia Chambel MG: Mário Gadanho MvB: Maria Van Brock RT: Rogério Tenreiro SC: Sandra Chaves

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