Práctica 1 Manejo de archivos DICOM

Transcripción

1 Curso de Imágenes Médicas - Laboratorio Núcleo de ingeniería biomédica. Facultades de medicina e ingeniería. Universidad de la República Oriental del Uruguay Práctica 1 Manejo de archivos DICOM 1. Objetivo Crear, modificar, leer, mandar y recibir imágenes Dicom. 2. Introducción Las imágenes DICOM se almacenan dentro de archivos binarios conformes a una codificación compleja y estrictamente definida de información. A mitad de camino entre el archivo binario y la representación de las imágenes desde un visualizador especializado es posible una representación xml de los elementos de información contenidos en el archivo DICOM. Esta representación tiene la ventaja de ser textual, pues de facilitar la lectura del archivo. Durante esta práctica trabajararemos en paralelo con estos tres niveles de representación (binario, xml, visualizador especializado) con fin de entender la mecánica íntima del archivo DICOM 3. Material necesario (1) Manejo básico de un terminal, sea DOS, sea bash u otro en plataforma UNIX, LINUX, MAC. Capacidad de moverse dentro de la estructura del HD, de ver el contenido de un directorio, de ejecutar un programa. (2) tener instalado la caja de herramientas de manejo de dicom mencionadas a continuación: (3) (4) documentación (5) Tener un programa que permite ver comodamente contenidos binarios en hexadecimal (6) instalar un visualizador de imagen médica a elección desde la página (7) bajar las partes 3 5 y 6 de la norma dicom edición 2008 desde (8) Si el estudiante tiene computadora portatíl personal, vale realizar las instalaciones mencionada y llevarla al curso 4. Ejercicios Ejercicio 1: no requiere computadora (salvo para leer la documentación) A continuación se encuentran, la representación xml, el binario con reconocimiento ASCII y el binario hexadecimal de un mismo fragmento de archivo DICOM. Analyzar el binario hexadecimal, recortándolo en elementos significativos a describir como en el ejemplo. La correspondencia con las otras representación ayuda... <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> <dicomfile> <filemetainfo> <preamble>73\73\42\0\252\18\66\1\70\1\50\0\176\155\116\26\0\8\0\0\58\6\0\0\252\18\66\1\4\0\0\0\243\81\20\0\101\70\88\65\0\0\0 \0\0\0\0\0\52\3\0\0\10\0\0\0\30\3\0\0\14\0\0\0\70\3\0\0\8\0\0\0\200\4\0\0\50\0\0\0\2\5\0\0\50\0\0\0\82\5\0\0\2\0\0\0\8\0\0\0\0\0\0\0\ 198\1\0\0\56\0\0\0\92\5\0\0\2\0\0\0\102\5\0\0\2\0\0\0</preamble> <attr tag=" " vr="ul" pos="132" name="group Length" vm="1" len="4">202</attr> <attr tag=" " vr="ob" pos="144" name="file Meta Information Version" vm="1" len="2">0\1</attr> <attr tag=" " vr="ui" pos="158" name="media Storage SOP Class UID" vm="1" len="28"> </attr> <attr tag=" " vr="ui" pos="194" name="media Storage SOP Instance UID" vm="1" len="56"> </attr> <attr tag=" " vr="ui" pos="258" name="transfer Syntax UID" vm="1" len="20"> </attr> <attr tag=" " vr="ui" pos="286" name="implementation Class UID" vm="1" len="28"> </attr> <attr tag=" " vr="sh" pos="322" name="implementation Version Name" vm="1" len="16">offis_dcmtk_354 </attr>

2 </filemetainfo> <dataset> <attr tag=" " vr="cs" pos="346" name="specific Character Set" vm="1" len="10">iso_ir 100</attr> <attr tag=" " vr="cs" pos="364" name="image Type" vm="4" len="38">original\primary\single PLANE\SINGLE A</attr> <attr tag=" " vr="ui" pos="410" name="sop Class UID" vm="1" len="28"> </attr> <attr tag=" " vr="ui" pos="446" name="sop Instance UID" vm="1" len="56"> </attr> <attr tag=" " vr="da" pos="510" name="study Date" vm="1" len="8"> </attr> <attr tag=" " vr="da" pos="526" name="series Date" vm="1" len="8"> </attr> <attr tag=" " vr="da" pos="542" name="acquisition Date" vm="1" len="8"> </attr> <attr tag=" " vr="tm" pos="558" name="study Time" vm="1" len="12"> </attr> <attr tag=" " vr="tm" pos="578" name="series Time" vm="1" len="12"> </attr> <attr tag=" " vr="tm" pos="598" name="acquisition Time" vm="1" len="12"> </attr> <attr tag=" " vr="sh" pos="618" name="accession Number" vm="0" len="0"/> <attr tag=" " vr="cs" pos="626" name="modality" vm="1" len="2">xa</attr> <attr tag=" " vr="lo" pos="636" name="manufacturer" vm="1" len="38">philips Medical Systems (Netherlands) </attr> <attr tag=" " vr="lo" pos="682" name="institution Name" vm="1" len="14">hhhhh HOSPITAL</attr> <attr tag=" " vr="st" pos="704" name="institution Address" vm="0" len="0"/> <attr tag=" " vr="pn" pos="712" name="referring Physician's Name" vm="0" len="0"/> <attr tag=" " vr="sh" pos="720" name="station Name" vm="1" len="6">visub </attr> <attr tag=" " vr="pn" pos="734" name="performing Physician's Name" vm="1" len="2">vp</attr> <attr tag=" " vr="pn" pos="744" name="operator's Name" vm="1" len="2">vp</attr> <attr tag=" " vr="lo" pos="754" name="manufacturer's Model Name" vm="1" len="28">p H I L I P S INTEGRIS V</attr> <attr tag=" " vr="pn" pos="790" name="patient's Name" vm="1" len="14">de XXXX^YYYYY </attr> <attr tag=" " vr="lo" pos="812" name="patient ID" vm="1" len="10"> </attr> <attr tag=" " vr="da" pos="830" name="patient's Birth Date" vm="1" len="8"> </attr> <attr tag=" " vr="cs" pos="846" name="patient's Sex" vm="1" len="2">f </attr> <attr tag=" " vr="ds" pos="856" name="kvp" vm="1" len="2">83</attr> <attr tag=" " vr="lo" pos="866" name="software Version(s)" vm="3" len="18">7.7.2\5.3.1\3.3.1 </attr> <attr tag=" " vr="lo" pos="892" name="protocol Name" vm="1" len="14">cerebral (fr) </attr> <attr tag=" " vr="ds" pos="914" name="frame Time Vector" vm="10" len="40">0.0\320\320\320\320\320\320\320\320\240 </attr> <attr tag=" " vr="ds" pos="962" name="frame Delay" vm="1" len="4">320 </attr> <attr tag=" " vr="ds" pos="974" name="distance Source to Detector" vm="1" len="4">1094</attr> <attr tag=" " vr="is" pos="986" name="exposure Time" vm="1" len="4">150 </attr> <attr tag=" " vr="is" pos="998" name="x-ray Tube Current" vm="1" len="4">182 </attr> <attr tag=" " vr="cs" pos="1010" name="radiation Setting" vm="1" len="2">gr</attr> <attr tag=" " vr="ds" pos="1020" name="intensifier Size" vm="1" len="10"> </attr> <attr tag=" " vr="cs" pos="1038" name="positioner Motion" vm="1" len="6">static</attr> <attr tag=" " vr="ds" pos="1052" name="positioner Primary Angle" vm="1" len="12"> </attr> <attr tag=" " vr="ds" pos="1072" name="positioner Secondary Angle" vm="1" len="12"> </attr> <attr tag=" " vr="lo" pos="1092" vm="1" len="16">cardio-d.r. 1.0 </attr> <attr tag=" " vr="cs" pos="1116" vm="2" len="20">rectangular\circular</attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1144" vm="1" len="2">1 </attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1154" vm="1" len="4">1024</attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1166" vm="1" len="2">1 </attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1176" vm="1" len="4">1024</attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1188" vm="2" len="8">512\512 </attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1204" vm="1" len="4">570 </attr><attr tag=" d" vr="ui" pos="1216" name="study Instance UID" vm="1" len="50"> </attr><attr tag=" e" vr="ui" pos="1274" name="series Instance UID" vm="1" len="50"> </attr> <attr tag=" " vr="sh" pos="1332" name="study ID" vm="1" len="14"> </attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1354" name="series Number" vm="1" len="2">1 </attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1364" name="acquisition Number" vm="1" len="2">12</attr> <attr tag=" " vr="is" pos="1374" name="instance Number" vm="1" len="2">12</attr> <attr tag=" " vr="cs" pos="1384" name="patient Orientation" vm="0" len="0"/> <attr tag=" " vr="is" pos="1392" name="images in Acquisition" vm="1" len="2">1 </attr> <attr tag=" " vr="us" pos="1402" name="samples per Pixel" vm="1" len="2">1</attr> <attr tag=" " vr="cs" pos="1412" name="photometric Interpretation" vm="1" len="12">monochrome2

3

4 D C0400CA F C00312E322E E E352E312E342E312E312E3132 2E E332E3436 2E E372E352E31302E E E E31322E312E E322E E E312E322E C00312E322E E302E E332E302E332E352E F F 44434D544B5F A F5F F E414C5C D C53494E474C C414E 455C53494E474C C00312E322E E E 352E312E342E312E312E31322E E332E34362E E372E352E31302E E E E31322E312E D DICM firma en caracteres ASCII que indica que se trata de un archivo DICOM tag (0002,0000) escrito en ELE 554C UL en caracteres ASCII. Datatype unsigned long del tag (0002,0000) bytes, tamaño del tag de tipo unsigned long CA , valor del tag tag (0002,0000) 4F42 OB Byte String "Other Byte String " "OB is a VR which is insensitive to Little/Big Endian byte ordering The string of bytes shall be padded with a single trailing NULL byte value (00H) when necessary to achieve even length." bytes \ (seguir)

5 Ejercicio 2: crear un archivo DICOM desde un archivo JPG usando la herramienta jpg2dcm y verlo desde el visualizador DICOM. El instructivo relativo al comando se encuentra en la documentación. Se puede usar los archivos de configuración homer.jpg y homer.cfg que se encuentran en la subcarpeta etc/jpg2dcm como ejemplos. Ejercicio 3: Usar transformaciones dcm2xml y xml2dcm para transformar el nombre del paciente y cambiar el jpg también. Por ejemplo reemplazándolos por sus propios nombres y fotos. Llevar una foto suya en su memoria usb o computadora... Ejercicio 4: Arrancar un receptor de archivo DICOM o configurar el que viene con la aplicación de visualización dicom, y mandar el archivo que hemos creado a este destino mediante el comando dcmsnd del toolkit