HOSPITAL CLÍNIC-IDIBAPS

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1 RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE DIAGNÓSTICO DEL CÁNCER SUBPROGRAMA DE DIAGNÓSTICO MOLECULAR EN NEOPLASIAS HEMATOLÓGICAS CATÁLOGO DE SERVICIOS I. INFORMACIÓN GENERAL: HOSPITAL CLÍNIC-IDIBAPS - Nombre de la Unidad: Unidad de Hematopatología - Centro de la Red: IDIBAPS - Responsable general de la Unidad: Dr. Elías Campo - Teléfono de contacto: de contacto: ecampo@clinic.ub.es - Responsable directo de la Unidad: Dra. Dolors Colomer - Nombre de la persona de contacto: Dra. Mireia Camós - de contacto: mcamos@clinic.ub.es, dcolomer@clinic.ub.es - Teléfono de contacto: / ext Fax de contacto: Dirección para facturación: Nombre: Emili Bargalló (ebargallo@clinic.ub.es) Institución: Institut d Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS) Calle: C/ Villarroel 170 Código postal: Localidad: Barcelona - Dirección para el envío de muestras: Nombre: Dolors Colomer / Mireia Camós. Unidad de Hematopatología Institución: IDIBAPS Calle: C/ Villarroel 170, Hospital Clínic, esc. 2 5ª planta Código postal: Localidad: Barcelona

2 HOSPITAL CLÍNICO SALAMANCA I. INFORMACIÓN GENERAL: - Nombre de la Unidad: Unidad de Biología Molecular/HLA - Centro de la Red: Servicio de Hematología. Hospital Clínico Universitario de Salamanca - Responsable general de la Unidad: Prof. Jesús San Miguel - Teléfono de contacto: de contacto: sanmigiz@usal.es - Responsable directo de la Unidad: Dr. Marcos González Díaz - Nombre de la persona de contacto: Dr. Marcos González Díaz/ Ramón García Sanz - de contacto: margondi@usal.es; rgarcias@usal.es. - Teléfono de contacto: / Fax de contacto: Dirección para facturación: Nombre: Antonio Mata (amata@usal.es). Institución: Centro de Investigación del Cáncer (CIC) (Tel: ) Calle: Avenida Universidad de Coimbra, Campus Universitario Miguel Unamuno. Código postal: Localidad: Salamanca - Dirección para el envío de muestras: Nombre: Marcos González Díaz. Unidad de Biología Molecular/HLA. Servicio de Hematología Institución: Hospital Clínico Universitario Salamanca Calle: C/ Paseo San Vicente , Código postal: Localidad: Salamanca

3 HOSPITAL LA FE- VALENCIA I. INFORMACIÓN GENERAL: Laboratorio de Biologia Molecular(Servicio Biopatología Clínica) - Nombre de la Unidad: Laboratorio de Biología Molecular (Servicio de Biopatología Clínica) - Centro de la Red: HULaFe - Responsable general de la Unidad: Dr. José Maria Barrio Zabalza - Teléfono de contacto: de contacto: barrio_jos@gva.es - - Responsable directo de la Unidad: Dr. Pascual Bolufer Gilabert - Nombre de la persona de contacto: Dra. Eva Barragán González - de contacto: barragán_eva@gva.es ; bolufer_pas@gva.es - Teléfono de contacto: o Fax de contacto: Laboratorio de Citogenética y Biología Molecular (Servicio de Hematología) - Nombre de la Unidad: Laboratorio de Citogenética y Biología Molecular(Servicio de Hematología) - Centro de la Red: HULaFe - Responsable general de la Unidad: Dr. Miguel A. Sanz Alonso - Teléfono de contacto: de contacto: sanz_mig@gva.es - Responsable directo de la Unidad: Dr. Jose Cervera y Dra. Mª Leonor Senent - Nombre de la persona de contacto: Dra. Mª Leonor Senent - de contacto: senent_leo@gva.es, cervera_jos@gva.es - Teléfono de contacto: ext Fax de contacto: Dirección para facturación: Nombre: Fundación Investigación H. La Fe ( Institución: Escuela de enfermería 6ª planta, hab. 619 Calle: Avda Campanar 21 Código postal: Localidad: Valencia Dirección para el envío de muestras: Nombre: Eva Barragan / Pascual Bolufer. Laboratorio de Biología Molecular Institución: Escuela de Enfermería 7ª planta, Hospital Universitario La Fe Calle: Avda. Campanar 21 Código postal: Localidad: Valencia

4 II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS: 1. Servicio ofertado Extracción de ADN de: - Sangre periférica - Médula ósea - Material fijado e incluido en parafina - Material congelado HOSPITAL CLINIC Barcelona HOSPITAL CLINICO Salamanca HOSPITAL LA FE Valencia - 2. Extracción de ARN de: - Sangre periférica - Médula ósea - Material fijado e incluido en parafina - Material congelado 3. Análisis de productos de PCR mediante Genescan SÍNDROMES LINFOPROLIFERATIVOS 4. Reordenamiento de Ig (análisis de región FR1 de la cadena pesada de las inmunoglobulinas) 5. Reordenamiento de Ig (análisis de región FR2 de la cadena pesada de las inmunoglobulinas) 6. Reordenamiento de Ig (análisis de región FR3 de la cadena pesada de las inmunoglobulinas) 7. Reordenamiento del TCR (cadena gamma del receptor de células T) 8. Reordenamiento del TCR (cadena beta del receptor de células T) 9. Estudio mutacional del gen de las inmunoglobulinas Reordenamiento IgH-BCL1 (región MTC) mediante PCR 11. Sobreexpresión de ciclina D1 mediante PCR a tiempo real Reordenamiento IgH-BCL2 (región MBR) mediante PCR 13. Reordenamiento IgH-BCL2 (regiones mcr y 5 mcr) mediante PCR 14. Reordenamiento API2-MALT1 t(11;18)(q21;q21) mediante RT-PCR Detección del virus Epstein Barr (EBV) mediante PCR - - -

5 16. Detección del virus Herpes 8 (HHV-8) mediante PCR Gen de fusión NPM-ALK t(2;5)(p23;q35) mediante RT-PCR SINDROMES MIELOPROLIFERATIVOS Mutación V617F del gen JAK2 mediante PCR alelo-específica 19. Gen de fusión BCR-ABL t(9;22)(q34;q11) mediante RT-PCR 20. Cuantificación del gen BCR-ABL Mediante PCR a tiempo real 21. Mutaciones del gen BCR-ABL mediante secuenciación directa Mutación T315I del gen ABL mediante PCR específica Gen de fusión FIP1L1-PDGFRα mediante RT-PCR LEUCEMIAS AGUDAS 24. Gen de fusión PML-RARα (LMA-t(15;17)(q22;q21) mediante RT-PCR 25. Cuantificación del gen PML-RARα (LMA-t(15;17)(q22;q21) mediante PCR a tiempo real 26. Gen de fusión RUN1-RUN1T1 (AML1-ETO) (LMA-t(8;21)(q22;q22)) mediante RT-PCR 27. Cuantificación del gen RUN1- RUN1T1 mediante PCR a tiempo real (enfermedad mínima residual) 28. Gen de fusión CBFβ-MYH11 (LMA-inv(16)(p13q22))mediante RT-PCR 29. Cuantificación del gen CBFβ-MYH11 mediante PCR a tiempo real (enfermedad mínima residual) 30. Gen de fusión ETV6-RUN1 (TEL- AML1) LLA t(12;21)(p13;q22) mediante RT- PCR 31. Cuantificación del gen ETV6-RUN1 (TEL-AML1) LLA t(12;21)(p13;q22) mediante PCR a tiempo real (enfermedad mínima residual) 32. Gen de fusión E2A-PB1 LLA t(1;19)(q23;p13) mediante RT-PCR -

6 33. Cuantificación del gen E2A-PB1 LLA t(1;19)(q23;p13) mediante PCR a tiempo real (enfermedad mínima residual) 34. Mutación D816 del gen KIT mediante PCR y sondas de hibridación Gen de fusión MYST3-CREBBP (LMA-t(8;16)(p11;p13)) mediante RT-PCR Estudio de Duplicación Interna en Tándem del gen FLT3 (ITD) mediante PCR o RT-PCR 37. Mutaciones puntuales del gen FLT3 mediante PCR o RT-PCR 38. Mutaciones en el exón 12 del gen Nucleofosmina (NPM) mediante PCR o RT-PCR 39. Expresión de WT1 RT-PCR cuantitativa Expresión de EVI1 RT-PCR cuantitativa Gen de Fusión MLL-AF4 (LLA- t(4,11) (q21 ;q23) mediante RT-PCR Duplicaciones parciales en tandem (DPT) de MLL RT-PCR TRASPLANTE Estudio de quimerismo mediante PCR (análisis STR) y genescan 44. Estudio de quimerismo con separación de poblaciones celulares mediante PCR (análisis STR) y genescan

7 III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS: Los principales protocolos de los servicios ofertados se encuentran detallados en los documentos adjuntos en la dirección 1. Servicio de extracción de DNA y RNA La Unidad dispone de protocolos de extracción de DNA y RNA tanto de muestras procedentes de sangre periférica y médula ósea como de material fijado e incluido en parafina o material congelado. Posteriormente a la extracción se procede a la determinación de la concentración de DNA y RNA mediante la lectura por espectrofotometría. 2. Servicio de PCR (reacción en cadena de la polimerasa) Se dispone de protocolos para amplificación de DNA genómico mediante PCR y de cdna tras realizar la técnica de retrotranscripción del RNA PCR estándar (cualitativa) Detección de genes de fusión: Leucemia mieloide aguda (LMA): RUN1-RUN1T1 (AML1-ETO), LMA- t(8;21)(q22;q22) CBFβ-MYH11, LMA-inv(16)(p13q22), tránscritos A, D y E PML-RARα, LMA- t(15;17)(q22;q21), tránscritos BCR1, BCR2, BCR3 MYST3-CREBBP, LMA-t(8;16)(p11;p13) Leucemia linfoide aguda (LLA): BCR-ABL, t(9;22)(q34;q11), tránscritos e2a2, B3A2, B2A2 ETV6-RUN1 (TEL-AML1), LLA t(12;21)(p13;q22) E2A-PB1, LLA t(1;19)(q23;p13) AF4-MLL, LLA t(4 ;11)(q21;q23) Síndromes mieloproliferativos crónicos (SMPC): Leucemia mieloide crónica (LMC): BCR-ABL, t(9;22)(q34;q11), tránscritos B2A2, B3A2, E2A3 Síndrome hipereosinofílico: FIP1L1-PDGFRα Síndromes linfoproliferativos: Linfoma MALT: API2-MALT1 t(11;18)(q21;q21) Linfoma anaplásico: NPM-ALK t(2;5)(p23;q35)

8 Estudios de clonalidad en síndromes linfoproliferativos Los estudios de clonalidad en síndromes linfoproliferativos crónicos (SLPC) se analizan según el protocolo del grupo BIOMED-2 (Leukemia 2003; 17: ) Reordenamiento de la cadena pesada del gen de las inmunoglobulinas: Se analiza a petición del usuario el reordenamiento VH-JH estudiando las regiones FR1, FR2 o FR3 de la región VH de la cadena pesada de las inmunoglobulinas Reordenamiento del receptor de células T (TCR): TCR beta: se analiza el reordenamiento Vβ-Jβ. TCR gamma: se analiza el reordenamiento Vγ-Jγ Reordenamiento BCL1-IgH, t(11;14)(q13;q32): Se analiza el reordenamiento entre la región MTC (major translocation cluster) del gen BCL1 y la región JH del gen de las Ig Reordenamiento BCL2-IgH, t(14;18)(q32;q21): Región MBR (major breakpoint region) Regiones mcr (minor breakpoint region) y 5 mcr Estudio de mutaciones Mutación V617F del gen JAK2 en SMPC: Se realiza una PCR alelo-específica o bien una PCR mediante sondas de hibridación (Taqman ) Mutación T315I del gen ABL: Se realiza una RT-PCR alelo-específica Mutación D816 del gen KIT: Se realiza una PCR con sondas de hibridación específicas Duplicación interna en tándem del gen FLT3 en LMA: Se realiza una PCR o RT-PCR y análisis mediante gel de agarosa o lectura por Genescan. Cálculo de la ratio alelo mutado/germinal Mutaciones puntuales del gen FLT3: Se realiza una PCR y posterior digestión del producto amplificado con una enzima de restricción (Eco V).

9 Mutaciones en el exón 12 del gen Nucleofosmina: Se realiza una PCR o RT-PCR y análisis mediante Genescan Duplicaciones parciales en tandem de MLL: Se realiza una RT-PCR y electroforesis en gel de agarosa PCR a tiempo real (cuantitativa) Monitorización de enfermedad mínima residual: Cuantificación en LMA de: Gen PML-RARα Gen RUN1-RUN1T1 (AML1-ETO) Gen CBFB-MYH11 Expresión de WT1 Expresión de EVI Cuantificación en LLA de: Gen ETV6-RUN1 (TEL-AML1) Gen E2A-PB1 Gen AF4-MLL Cuantificación en LMC: Gen BCR-ABL (p190 y p210) Determinación de los niveles de expresión de Ciclina D1 (mrna) en síndromes linfoproliferativos Determinación de niveles de expresión de diversos genes (mrna) empleando los assays de Applied Biosystems 2.3. Estudios de secuenciación Estudio mutacional del gen de las inmunoglobulinas: Se realiza una PCR y posterior secuenciación directa del producto amplificado utilizando el kit Big Dye v3.1 y comparación con la secuencia germinal en la dirección o Estudio de mutaciones del gen ABL Se realiza una PCR y posterior secuenciación directa del producto amplificado utilizando Big Dye v3.1 y comparación con la secuencia germinal en el programa

10 2.4. Análisis por Genescan 2.5. Análisis de short tandem repeats (STR) para estudio de quimerismo