Curso: Uso de infraestructuras Clúster y Grid para proyectos de e-ciencia. Lanzamiento y Monitoreo de Jobs en Condor. GRID COLOMBIA - RENATA [Ciudad]

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1 Curso: Uso de infraestructuras Clúster y Grid para proyectos de e-ciencia Lanzamiento y Monitoreo GRID COLOMBIA - RENATA [Ciudad]

2 Lanzamiento y Monitoreo Matchmaking con ClassAds Comandos basicos Envio de Trabajos en Condor Taller

3 Lanzamiento y Monitoreo Matchmaking con ClassAds Asignación de recursos Coincidir Jobs con las maquinas disponibles Cotejando ClassAds Funciona como avisos clasificados Las maquinas del pool de condor anuncian sus atributos Memoria, CPU, Velocidad, Memoria Virtual, Condiciones de como ejecutar un Job ClassAds Necesidades y preferencias Condor asegura que se los requisitos son satisfechos

4 Lanzamiento y Monitoreo Matchmaking con ClassAds El envio esta a cargo de condor_schedd Los jobs son descritos como ClassAds Cada computador tiene una cola de envíos Las ClassAds son enviadas al Collector Negotiator recoge la lista de computadores Negotiator contacta cada schedd Negotiator compara cada job con cada computador Schedd contacta al computador ejecutor

5 Lanzamiento y Monitoreo Con condor_status se puede visualizar que ofrece el pool: Name El nombre. OpSys El sistema operativo usado. Arch La arquitectura. State Su estado actual, Claimed cuando ha sido reclamada para ejecutar un trabajo, Unclaimed cuando no está ejecutando trabajo u otros como Matched, cuando los requisitos se cumplen y el esta comparando esos requisitos. Activity puede estar Busy or Idle. LoadAv La carga media de la máquina. Mem La memoria que tiene la máquina en megabytes. ActivityTime Tiempo desde que esta haciendo la ultima tarea o estado asignado

6 Salida condor_status Lanzamiento y Monitoreo imprimir]$ condor_status -available Name OpSys Arch State Activity LoadAv Mem ActvtyTime LINUX INTEL Unclaimed Idle :22:48 LINUX INTEL Unclaimed Idle :22:49 LINUX INTEL Unclaimed Idle :17:52 LINUX INTEL Unclaimed Idle :17:52 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:04 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:05 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:04 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:05 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:04 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:05 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:04 LINUX INTEL Unclaimed Idle :15:05 Total Owner Claimed Unclaimed Matched Preempting Backfill INTEL/LINUX Total

7 Otros comandos para ver el pool Lanzamiento y Monitoreo condor_status -available muestra sólo las máquinas que están dispuestos a ejecutar los trabajos. condor_status -run muestra sólo las máquinas que se están ejecutando trabajos. condor_status -long muestra el listado de ClassAds para todo el pool del cluster. condor_rm [ID -all]: para borrar trabajos de la cola de condor.

8 Salida condor_status -long Lanzamiento y Monitoreo compila]$ condor_status -long more MyType = "Machine" TargetType = "Job" Name = Rank = CpuBusy = ((LoadAvg - CondorLoadAvg) >= ) SlotWeight = Cpus Unhibernate = MY.MachineLastMatchTime =!= UNDEFINED MyCurrentTime = Machine = "gc1-c000.javeriana.edu.co" PublicNetworkIpAddr = "< :9907>" COLLECTOR_HOST_STRING = "gc1-ce.javeriana.edu.co" CondorVersion = "$CondorVersion: Oct BuildID: $" CondorPlatform = "$CondorPlatform: I386-LINUX_RHEL5 $" SlotID =

9 Pasos para enviar jobs: 1. Preparar el job para Condor No interactivos Sin GUIs Toman datos desde archivos Lanzamiento y Monitoreo Salida y entrada estándar (STDIN, STDOUT y STDERR) Archivos en lugar de los dispositivos $./programa < entrada.txt > salida.txt 2>errores.txt

10 Lanzamiento y Monitoreo Pasos para enviar jobs: 2. Seleccionar el Universo en el que correrá Los Universos son la formas que Condor tiene para manejar los jobs Según la naturaleza del job, será necesario utilizar uno u otro Universo. Tipos: Vanilla: para casi cualquier tipo de trabajo secuencial Standard: para trabajos con checkpoints y migración Java: para trabajos programados en Java VM: para máquinas virtuales Grid: para trabajos que se ejecutan en un grid externo Parallel: para trabajos paralelos (MPI)

11 Condor Universo Vanilla Lanzamiento y Monitoreo Ejecuta prácticamente cualquier job Sin restricciones en cuanto a compilador, bibliotecas utilizadas, tipo de instrucciones que se ejecutan No permite hacer checkpoints Se usa cuando no se puede utilizar el universo standard Se usa con compiladores no soportados Se utiliza mecanismos de transferencia de archivos o archivos compartidos

12 Lanzamiento y Monitoreo Condor Universo Standard Proporciona la gestión de Condor y tolerancia a fallos y checkpoints Los programas se deben compilar con condor_compile Ej: condor_compile gcc -o prueba prueba.c Compiladores soportados: G77, gcc Los compiladores de Intel (icc, ifortran) NO están soportados NO puede crear otros procesos (fork(), exec(), system()) NO puede hacer comunicación entre procesos, ni usar hilos NO puede usar alarmas, temporizadores, disparadores (alarm(),getitimer(),sleep()) NO puede leer ni escribir archivos > 2 GB

13 Lanzamiento y Monitoreo Pasos para enviar jobs: 3. Crear el archivo de descripción prueba.submit Contiene los datos que describen, el trabajo a presentar al cluster executable = /bin/hostname universe = vanilla output = Prueba.$(Cluster).$(Process).out error = Prueba.$(Cluster).$(Process).error log = Prueba.$(Cluster).$(Process).log queue 1 Un Trabajo puede tener 1 ClusterID y varios ProcID

14 Lanzamiento y Monitoreo Pasos para enviar jobs: 4. Enviar job Crear la estructura de directorios en los nodos (si es necesario) Para enviar job condor_submit prueba.submit Ver estado del pool condor_status -l, -run, -available

15 Lanzamiento y Monitoreo condor_q Permite obtener información sobre los trabajos. La información que se obtiene para cada trabajo es la siguiente: ID Identificador del trabajo (Cluster.Proceso). OWNER Indica el dueño del trabajo. SUBMITTED Fecha en la que el trabajo fue enviado. RUN_TIME Tiempo de ejecución del trabajo ST Estado actual del trabajo, I significa idle y R running PRI Indica la prioridad del trabajo, desde -20 a +20, (Los números mayores significan mayor prioridad). SIZE El tamaño del archivo ejecutable en megabytes. CMD El nombre del archivo ejecutable.

16 Salida condor_q Lanzamiento y Monitoreo imprimir]$ condor_q -- Submitter: gc1-ce.javeriana.edu.co : < :9239> : gc1-ce.javeriana.edu.co ID OWNER SUBMITTED RUN_TIME ST PRI SIZE CMD alherca 10/27 01: :00:00 I imprimir.sh Hola alherca 10/27 01: :00:00 I imprimir.sh Otro alherca 10/27 01: :00:00 I imprimir.sh Uno Ma alherca 10/27 01: :00:00 I imprimir.sh Adios 4 jobs; 4 idle, 0 running, 0 held

17 01/04/11 GRID COLOMBIA Nombre autor

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