Introducción a Stata STATA

Transcripción

1 Introducción a Stata Alfonso Muriel Unidad de Bioestadística Clínica. IRYCIS 4 de junio de STATA La versión básica es Stata/IC ( Intercooled Stata) manejahasta variables La siguiente es Stata/SE (Special Edition ) maneja hasta variables (variables cadena y matrices más grandes) La versión para Multicore/multiprocesadores es Stata/MP, mucho más rápida en ordenadores con dos o mas cores Las observaciones están limitadas por la memoria no pudiendo exceder de 2 milllones 1

2 Almacén de Sintaxis Almacén de Resultados Almacén de Variables Comandos Única ventana en la que se puede escribir Guardar Fichero Abrir Log Traer al frente un gráfico Editar el fichero activo Ventana de Variables Parar Abrir fichero Imprimir Abrir Nuevo Sigue el Ayuda fichero Ver el proceso ( View) do fichero 2

3 Extensiones comunes de los ficheros dta: ficheros de datos en formato Stata. raw: ficheros de datos ASCII/Text. log: output de STATA. do: fichero de comandos. gph: Stata Graphic File. ado: Stata Macro files. 3

4 Directorio de Trabajo Utilidades de fichero dir Stata t muestra los ficheros que contiene ese directorio. pwd Nos muestra la ruta donde está ubicado los ficheros. G:\CursoStata 4

5 Ayuda help + nombre de comando help summ Abrir base datos Extension.dat Sintaxis. use "G:\CursoStata\VAS.dta", clear. use VAS.dta ( igual si antes hemos cd). sysuse cancer.dat (ejemplos de Stata) 5

6 Abrir base datos use sexo edad VAS // solamente selecciona las variables ibl sexo y edad dd use VAS in 1/5 // selecciona sólo las cinco primeras observaciones, todas las variables use sexo edad using VAS in 1/5 // selecciona dos variables y cinco primeras observaciones Similar a los archivos spo de SPSS log using "G:\CursoStata\vas.smcl log using "G:\CursoStata\vas.smcl, text translate vas.smcl to vas.txt 6

7 Ventana do Similar a la ventana de sintaxis de SPSS Si se pone un asterisco no ejecuta la orden Por tanto, es útil para colocar notas aclaratorias y comentarios. Por ejemplo: *Este es el archivo do para la práctica 1 También se pueden adjuntar comentarios al comando poniendo /* Comentario */ sum var1 /* Calcula un resumen de var1*/ Memoria versión 11 Stata necesita hacer una copia de la base de datos que vamos a analizar en la memoria RAM de nuestro ordenador Para ampliar la capacidad de la memoria RAM para Stata: set mem 512m set memory 512m clear, borra los datos en memoria 7

8 Variables Los nombres de las variables puede tener entre 1 y 32 caracteres No pueden empezar por un número No puede haber espacios No utilizar signos(& % $!) Cuidado con los acentos Muy sensible Sexo SEXO sexo son variables diferentes Tipos de variables Format %8.0g %8.0g %12.0g %9.0g %10.0g Format %#s Strings (Cadena) son guardadas como str# (,str1, str2, str3,..., str244). El número después de str indica la maxima extensión. Un str5 podría valer para varón", pero no para masculino. Números son guardadas como byte, integer, long y float. Si se utilizan valores con decimales el formato recomendado es float. 8

9 Variables Fecha Crear una nueva base en STATA 9

10 Crear etiquetas Archivo de datos Variable Valores Etiqueta archivo datos use "G:\CursoStata\VAS.dta", clear label data "ESTE ES EL EJEMPLO DEL VAS" save "G:\CursoStata\VAS.dta", replace file G:\CursoStata\VAS.dta saved use "G:\CursoStata\VAS.dta", clear (ESTE ES EL EJEMPLO DEL VAS) 10

11 Variables Manager Etiquetar valores de variables 11

12 Crear una nueva base de datos Variables: Nº historia clínica Sexo Fecha de nacimiento Fecha de visita Fumador(No, Si, EX fumador) AP Diabetes AP HTA AP IAM Motivo consulta(texto libre) Utilidades Calculadora display *sqrt(15) Describir la base describe (resumen de base datos activa) describe using "G:\CursoStata\vas12pre.dta (otra base no activa) codebook (descripción mas detallada de base datos activa) Informe con las 4 primeras observaciones list in 1/4 12

13 Sintaxis Signos útiles + suma resta * producto / divisióni ió ^ potencia > mayor < menor >= <= ~ not! not or & and ~= distinto == igual Dos signos de igual == se usan para comparaciones lógicas y un solo para asignar un valor help operators Sintaxis [quietly] [by group:] command [varlist] [weight] [if exp] [in range] [using filename] [, options] Entre corchetes sonopcionalesopcionales quietly: Evita que se imprima salidas durante la ejecución. by group: Ejecuta el comando para grupos ordenados. varlist: Lista de variables sobre las que aplica el comando. weight: Pesos sobre los que se pondera el estadístico if exp: Sólo hace el comando si cumple la condición in range: Sólo utiliza las observaciones que estan en ese rango using filename: Fichero sobre el que se aplica el comando., options: Opciones 13

14 Sintaxis.INSTRUCCCIÓN VARIABLE(S), OPCIONES summarize edad Variable Obs Mean Std. Dev. Min Max edad SELECCIONAR summarize edad if sexo==1 (sólo nos da la media en sexo=) 1 Variable Obs Mean Std. Dev. Min Max + edad Si la variable es cadena entre comillas if sexo== hombre Un aspecto importante a tener en cuenta es que Stata considera a los valores missing (. ) como valores máximos Ejercicio Realizar un listado de la base con los varones con fiebre menores de 50 años o mujeres > 60 con tos.(base datos tos.dta). Realizar un listado de los pacientes con valores de plaquetas menores que 100 o missing. Realizar otro listado con los pacientes con valores de colesterol por encima de 300 o missing(base datos Cirrosis Biliar Primaria). 14

15 Importar base datos a Stata(1) Importar base datos a Stata(2) 15

16 Importar base datos a Stata(3) Desde Spss cd "G:\CursoStata (cambia directorio trabajo) clear(borra la base de datos) usespss hipertensos120.sav(no poner nombres con espacios) Añadir Casos use "G:\CursoStata\vas5.dta", clear append using "G:\CursoStata\vas7.dta" 16

17 Añadir Variables Merge permite combinar bases de datos que tiene una variable en común. Requiere que las dos bases de datos estén ordenadas de manera ascendente por la variable. 17

18 Añadir variables merge 1:1 nhc using G:\CursoStata\vas12post.dta" Transformar base datos reshape wide, long Este comando transforma la base de datos de una formato ancho (wide) a uno largo (long) y viceversa Data > Create or change data > Other variabletransformation commands > Convert data between wide and long Wide reshape long inc, i(id) j(year) reshape wide inc, i(id) j(year) id sex inc80 inc81 inc Long i j x_ij id year sex inc