Técnicas de Computación Científica

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1 Técnicas de Computación Científica Intro Prácticas FIM 2008/9 Vicente Martín v0.1

2 Tarzan: Multicomputador con nodos SMP En la IBM SP2 cada nodo es una estación de trabajo con su propio espacio de direcciones bajo el control exclusivo de su propio sistema operativo. El acceso a una posición de memoria perteneciente a otro nodo requiere la comunicación de dos SO independientes con un paso de mensajes explícito, en este caso ayudado por HW específico: el High Performance Switch

3 Clasificación de Arquitecturas paralelas Elmer, Arturo, Triqui3, Triqui4 Prácticas Magerit, Triqui3 + Triqui4

4 Nodos Tarzan1... Tarzan4 (n1s...n4s): Monoprocesadores. Nodos Tarzan5 y Tarzan6 (n5s, n6s): SMPs tetraprocesadores AIX. GPFS: /sphome compartido por todos los nodos. Reside en un dispositivo SSA externo. /home local a cada nodo, en los discos locales que contienen el SO y las herramientas (en el Tarzan5 la mayoría)

5 Arranque de procesos remotos con POE (Parallel Operating Environment) Mecanismo tipo rsh. Necesita un fichero.rhosts en vuestro directorio raíz. Fichero host.list (o cualquier nombre que querais) con una lista de los nombres de los nodos donde quereis arrancar los procesos: n1s n2s n3s n4s n5s n6s poe <prog> procs 3 hfile host.list Arranca 3 procesos en los tres primeros nodos que figuren en el archivo host.list Otras opciones útiles: stdoutmode ordered ; labelio yes ; tracelevel 9

6 Compiladores (drivers para compilación y montado): Estándar: xlf, xlf90, xlf95 Reentrantes (para OMP, con cualificador qsmp=omp) xlf_r, xlf90_r, xlf95_r Para paso de mensajes (MPI): mpxlf, mpxlf90, mpxlf95 Para HPF: xlhpf Modo mezcla: mpxlf_r, mpxlf90_r, mpxlf95_r Otras herramientas: vt para leer las trazas generadas por una ejecución con tracelevel 9

7 Other Machines: ELMER: CPU POWER5, Dual core, 2 threads/cpu. OS sees the machine as a 4 CPUs SMP. AIX 5.x Same Compilers than Tarzan: xlf, xlf90, xlf95, xlc... upc?? PAPI ARTURO: CPU Alpha CPUs AlphaServer ES40 Tru64 Unix V5.x f77/f90/f95 cc

8 CeSViMa: Magerit Potencia sostenida 16 Tflops Multicomputador: Linux SLE Myrinet: comunicación interproceso MPI Gigabit Ethernet: Sistema de ficheros (GPFS) + gestión nodos de cómputo 1036 Blade JS20 Biprocesador PPC 970 2,2GHz 4GB RAM 168 Blade JS21 Tetraprocesador PPC 970 2,3GHz 8GB RAM Cerca de 2800 CPUs, 5.5 TB de RAM y 55TB de disco local.

9 Discos Capacidad 192 TB 256 HD SATA x 750GB Distribuido (16 servidores Power5) Tolerante a fallos RAID5 + HOT SPARE Sistema de colas (LoadLeveler) Cola learn Compiladores: IBM XL C/C++/Fortran 77/90/95 Compiladores GNU MPI: Lamm, Glenn Messages.

10 Nodos Interactivos: Login y trabajo de desarrollo. Nodos de Cómputo: Gestionados por el LoadLeveler Cola learn (llclass l) Compiladores: IBM XL C/C++/Fortran 77/90/95 Compiladores GNU MPI: Lamm, Glenn Messages.

11 LoadLeveler: llclass shows available queues. llcancel / llsubmit cancels/submits jobs llq / llw shows users jobs status/first queued job. A Job definition file is needed in order to submit a job. (see Magerit docs) Esta siendo migrado a MOAB! Compilers: IBM XL C/C++ (xlc, xlc) Fortran 77/90/95 (xlf, xlf90, xlf95) and thread safe versions (_r commands) GNU compilers (gcc, g++, g77) MPI wrappers (mpicc, mpicc, mpif70, mpif90) Backend are IBM XL compilers by default.

12 Magerit: OpenMP Disponible en: Compiladores serie XL (xlf, xlc): usar switch qsmp=omp y librerias reentrantes llamando a los compiladores con los scripts xlf_r y xlc_r Compiladores GNU: teneis que mirar por vuestra cuenta el nivel al que está soportado en esa arquitectura. NOTA: La mayoría de los nodos de Magerit son de 2 procesadores, en estos la máxima ganancia con OpenMP es un factor 2. Hay unos pocos que son tetraprocesadores (ganacia máxima 4)

13 Triqui 3 4: 8 cores por máquina. Compiladores de Intel (icc, ifort): usar switch openmp Están en /opt/intel/compiler/11.0/074 Mirar el directorio Documentation Para que encuentre los compiladores debeis hacer un sourcing de los ficheros: iccvars.sh (para C y Bourne también versión.csh) ifortvars.sh (idem para Fortran) en /opt/intel/compiler/11.0/074/bin y con argumento intel64 Si no quereis hacerlo cada vez, ponedlo en el.bash.profile Compiladores GNU: teneis que mirar por vuestra cuenta el nivel al que está soportado en esa arquitectura.

14 UPC disponible en Triqui 3 4: UPC es experimental y está compilado con el compilador de Intel (icc, usad iccvars.sh ) Añadir /usr/local/berkeley_upc/bin a vuestro PATH Comprobadlo con upc V

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