NextGeneDx. Resultados de utilidad clínica.

Transcripción

1 NextGeneDx Paneles multigen para el análisis genético de enfermedades heterogéneas mediante Next Generation Sequencing. Resultados de utilidad clínica.

2 INTRODUCCIÓN Las tecnologías de secuenciación masiva o Next Generation Sequencing (NGS) permiten la obtención de millones de secuencias de ADN de forma simultánea en tiempos y costes muy reducidos. Hoy es posible combinar la extraordinaria eficiencia de estas herramientas con las técnicas existentes para explotar toda su utilidad en aplicaciones diagnósticas. En el Instituto de Medicina Genómica hemos incorporado las grandes ventajas de la NGS al estudio de las regiones genómicas asociadas a enfermedades genéticamente heterogéneas. Realizamos la secuenciación completa y dirigida de todos los exones y regiones intrónicas adyacentes en los genes implicados. Los resultados obtenidos poseen utilidad clínica ya que el 100% de las regiones codificantes está representado con una cobertura mínima media de 100X De Sanger a NGS Aplicando nuestra amplia experiencia en el diagnóstico clínico de las enfermedades genéticas, hemos desarrollado nuevos servicios diagnósticos basados en NGS para el análisis de varios genes de forma específica, completa y simultánea. Estos servicios han sido registrados por Imegen como NextGeneDx Los criterios seguidos para su diseño son: 1) Obtener una sensibilidad y especificidad diagnóstica comparable a las técnicas de Sanger (actual gold standard). UTILIDAD CLÍNICA El diseño de cada uno de los genes se realiza de manera específica para obtener toda la información genómica de utilidad clínica para cada caso y excluyendo la información genómica del resto de regiones. Nuestros genetistas acreditados elaboran un informe de resultados detallado, siguiendo las normas internacionales de calidad. El informe incluye una interpretación de acuerdo con la indicación clínica del estudio. 2) Garantizar la representatividad del 100% de las regiones codificantes, y de las regiones intrónicas adyacentes de todos los genes de interés. 3) Reducir la información genómica no útil para cada problema clínico minimizando la incertidumbre diagnóstica y la información éticamente susceptible. VENTAJAS 1. Diseño definido y orientado a cuestiones clínicas concretas, reduciendo la incertidumbre diagnóstica y por tanto, incrementando su utilidad clínica. 2. Alta resolución y cobertura (>100X) de todas las regiones codificantes de los exones implicados, así como las regiones intrónicas adyacentes (> 20 bp). 3. Especificidad y robustez comparables a Sanger y una sensibilidad superior, ya que permite detectar mosaicismos. 4. Análisis e interpretación de resultados utilizando procedimientos bioinformáticos específicos para cada enfermedad, grupo de genes y tipo de mutaciones. 5. Comprobación mediante Sanger de todos aquellos cambios patológicos detectados, así como regiones no cubiertas o con profundidades de lectura inferiores a 100X. 6. Versatilidad. La aproximación tecnológica utilizada y el know how adquirido nos permite desarrollar nuevos servicios basados en NGS adaptándonos a las necesidades de nuestros clientes. 2

3 RESUMEN INFORME DE VALIDACIÓN La validación de los nuevos servicios basados en NGS se ha dirigido a la comparación de la secuenciación de ADN empleando el método de Sanger frente a la secuenciación empleando el equipo MiSeq de Illumina (NGS). Los procedimientos previos a la secuenciación de ADN son comunes a ambas técnicas. Tanto la extracción de ADN como la amplificación específica, mediante PCR, de los genes implicados en cada enfermedad son técnicas previamente validadas en nuestro laboratorio. Para la validación se han seleccionado muestras de las enfermedades más frecuentes para cuyo diagnóstico genético es necesaria la secuenciación de genes de gran tamaño. Se han analizado las secuencias obtenidas a partir de 48 muestras de ADN diferentes, compuestas por un total de 96 genes. En total se han secuenciado, empleando la tecnología de Sanger y la de NGS, más de amplicones (más de diferentes entre sí). Tras el análisis de las secuencias obtenidas mediante la técnica de NGS, y su comparación con las secuencias obtenidas mediante la técnica Sanger, hemos podido concluir que detectamos todos los cambios y en ningún caso hemos obtenido nuevos cambios con una significatividad suficiente para requerir una posterior confirmación por Sanger. Tras la validación, el procedimiento establecido por nuestro laboratorio establece que todos los cambios patológicos que encontremos empleando técnicas de NGS, serán confirmados mediante Sanger. Conclusión: En total han sido validados más de 900 cambios nucleotídicos. Se han detectado cambios de todo tipo: sustituciones nucleotídicas, inserciones y deleciones. Los cambios analizados se encontraban tanto en homocigosis como en heterocigosis. A) B) C) Figura 1: A) Vista general de los resultados obtenidos mediante NGS para el gen COL2A1. Las barras verticales superiores indican la presencia de cambios respecto a la secuencia de referencia. La zona central muestra cada una de las secuencias obtenidas alineadas frente a la secuencia de referencia. En la parte inferior se muestra un esquema con la distribución de algunos de los exones del gen COL2A1. B) Detalle del polimorfismo c.1836t>c (rs ) detectado en heterocigosis mediante NGS y mediante Sanger. C) Detalle de la deleción de una G (c.1313del). Esta mutación produce un cambio de la pauta de lectura y la aparición de un codón de parada prematuro a nivel de la proteína (p.gly438alafsx191). 3

4 SERVICIOS DE DIAGNÓSTICO GENÉTICO MEDIANTE NGS ( NextGeneDx ) Alport, síndrome COL4A3, COL4A4. Alport, síndrome (ligado al X) COL4A5. Ataxia Episódica tipo 2 CACNA1A. Ataxia Telangiectasia ATM. Bartter, síndrome SLC12A1, KCNJ1. Cáncer Colorrectal Hereditario No Polipósico (HNPCC) MLH1, MSH2, MSH6. Cáncer de Mama Familiar BRCA1, BRCA2. Charcot-Marie-Tooth, síndrome DNM2, GARS, GDAP1, GJB1, MFN2, MPZ, MTMR2, NEFL, PMP22, PRX. Coreoacantocitosis (Neuroacantocitosis) VPS13A. Cornelia de Lange, síndrome NIPBL, SMC1A, SMC3. Diabetes MODY HNF4, GCK, HNF1A, HNF1B. Displasia Arritmogénica del Ventrículo Derecho DSG2, DSP, PKP2. DSC2, DSG2, DSP, JUP, PKP2, RYR2 (30 exones), TGFB3. Displasias Esqueléticas COL2A1, FGFR3, SLC26A2, COL1A2, COL1A1, CRTAP, SOX9, ALPL, LEPRE1. FGFR2, COMP, COL11A1, COL11A2, EVC, TRIP11, EVC2. Distrofia Muscular de Duchenne-Becker DMD. Ehlers-Danlos, síndrome COL3A1, COL5A1, COL5A2. Ehlers-Danlos, síndrome tipo I/tipo II (clásico) COL5A1, COL5A2. Ehlers-Danlos, síndrome tipo III COL3A1. Ehlers-Danlos, síndrome tipo IV (vascular) COL3A1. Enfermedad Aórtica TGFBR1, TGFBR2, FBN1, ACTA2, FBN2, ELN, TGFBR3. Epilepsia Generalizada con Crisis Febriles Plus (GEFS ) SCN1A, SCN1B, GABRG2, GABRD, SCN9A. Epilepsias Infantiles SCN1A, ARX, CDKL5, SLC2A1, STXBP1, SCN2A, KCNQ2, CHRNA4, CHRNB2, CHRNA2, PCDH19, KCNQ3. MECP2, SCN1B, GABRG2, LGI1, POLG, POLG2, SLC25A22, SPTAN1, SRPX2. Esclerosis Tuberosa TSC1, TSC2. Fiebres Familiares Recurrentes MEFV, TNFRSF1A, MVK, NLRP3. Glomeruloesclerosis Focal y Segmentaria NPHS2, NPHS1, ACTN4. Hipertermia Maligna RYR1. Joubert, síndrome TMEM216, AHI1, NPHP1, CEP290, TMEM67, RPGRIP1L, ARL13B, CC2D2A, OFD1, CEP41, TMEM237. Kabuki, síndrome MLL2. Marfan, síndrome FBN1, TGFBR2. FBN1, TGFBR1, TGFBR2. Marshall, síndrome COL11A1. 4

5 SERVICIOS DE DIAGNÓSTICO GENÉTICO MEDIANTE NGS ( NextGeneDx ) Migraña Hemipléjica Familiar ATP1A2, CACNA1A, SCN1A. CACNA1A. Miocardiopatía Dilatada LMNA, MYBPC3, MYH7, SCN5A, TNNI3, TNNT2. ACTC1, DES, LDB3, MYH6, PSEN1, PSEN2, TCAP, TNNC1, TPM1, VCL. Miocardiopatía Hipertrófica MYH7, MYBPC3, TNNT2, TNNI3, TPM1, MYL3, ACTC1. ACTC1, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, TCAP, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1. Miocardiopatía no Compacta ACTC1, DTNA, LDB3, LMNA, MYH7, TAZ, TNNT2. Miopatía Congénita central core RYR1. Secuenciación mediante NGS de los exones del 1 al 17, del 39 al 48 y del 90 al 104. Neurofibromatosis tipo 1 NF1. Noonan, síndrome PTPN11, RAF1, SOS1, KRAS, BRAF. Osteogénesis Imperfecta COL1A1, COL1A2, CRTAP, LEPRE1. COL1A1, COL1A2. Poliquistosis Renal Autosómica Recesiva PKHD1. QT largo, síndrome KCNH2, KCNQ1, SCN5A. CAV3, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNQ1, SCN5A. QT-Corto, síndrome KCNH2, KCNJ2, KCNQ1. Rubinstein-Taybi, síndrome CREBBP. Sotos, síndrome NSD1. Stargardt, síndrome ABCA4. Stickler, síndrome COL11A1, COL11A2, COL2A1. Usher, síndrome tipo 2A USH2A. Nuestro catálogo se actualiza de forma constante; consulte nuestra web para conocer la lista completa de estudios disponibles 5

6 SERVICIO INTEGRAL El Instituto de Medicina Genómica le ofrece un Servicio Integrado de Diagnóstico Genético que incluye: Asesoramiento especializado para la selección del servicio de diagnóstico más adecuado. Realización del estudio genético y análisis bioinformático. Elaboración de un informe de resultados acorde a la indicación clínica del estudio. Resultados en plazos reducidos (consultar, dependiendo del tipo de estudio e indicación). Cuando hayamos finalizado el análisis de sus muestras, recibirá un informándole de que ya dispone de los resultados. A partir de ese momento, podrá entrar en la aplicación con sus claves para visualizar/descargar los documentos. CÓMO SOLICITAR UN ESTUDIO 1. Introduzca sus claves en la aplicación informática de solicitud de análisis a través a nuestra página web o regístrese como cliente para obtener sus claves personales si es la primera vez que solicita análisis. 2. Acceda a Petición de análisis y cumplimente los datos del formulario. El programa le devolverá un código con el que debe identificar cada muestra que registre. 3. Si lo requiere, consulte el protocolo recomendado para la toma y preparación de sus muestras. 4. Contacte con nosotros para que gestionemos la recogida de sus muestras (tel ). Adjúntenos cualquier dato clínico relevante para el estudio del caso, así como la documentación administrativa necesaria. 5. Acceda a la aplicación si desea conocer el estado de sus solicitudes en curso o consultar la fecha prevista de emisión del informe. 6

7 PROCEDIMIENTO PARA EL ENVIO DE MUESTRAS Contacte telefónicamente con nosotros para que le gestionemos la recogida de sus muestras a través de un servicio de mensajería. Tel: Tipos de muestra recomendados: El tipo de muestra recomendada es sangre periférica con EDTA. Por favor, contacte con nuestro laboratorio si dispone de un tipo de muestra diferente. Obtenga 5-15 ml de sangre periférica utilizando tubos con EDTA. Mantenga las muestras a temperatura ambiente hasta que efectuemos la recogida de las mismas. Si fuera necesario almacenar las muestras más de 72 horas tras la extracción, es importante que las mantenga refrigeradas (nunca las congele ni las conserve refrigeradas más de un mes). Si desea realizar un Diagnóstico Prenatal contacte previamente con nuestro laboratorio. 7

8 Instituto de Medicina Genómica, S.L. Parque Científico Universidad de Valencia C/ Catedrático Agustín Escardino, Paterna (Valencia) - España Tel.: Fax: info@imegen.es