Bioinformática. Presentación Curso Guillermo López

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1 Bioinformática Presentación Curso Guillermo López

2 Agenda Introduction to Bioinformatics References (Journals, Conferences, Centres) Program Cronogram Contact Documentation Teaching of Bioinformatics. Professional development and scientific career

3 Introduction to Bioinformatics - 1 Bioinformatics, Biocomputing, Computational Biology Interface between biotechnology and computer science Flavours Integration of relevant biomedical information Platform for in silico biology Focus on Health Applications From genetics to Genomics

4 Introduction to Bioinformatics - 2 Biomedical research is an information-based discipline New experimental approaches generate huge amounts of information Research and development of tools that are useful to understand the information flow: genes --- molecular structures --- biochemical function --- biological behaviour --- influence in diseases and health.

5 Introduction to Bioinformatics - 3 Genomics Biochips Clinical data Proteomics GENETIC INFORMATION Knowledge on molecular basis of diseases Research & Clinical applications

6 Introduction to Bioinformatics - 4 Applications: Biological information databases LIMS Proteomics Human Genetic variation Expression data management Systems biology

7 Objetivos Conocer la metodología para recuperar de forma integrada información genética y molecular Familiarizarse con el concepto de Sistema de Gestión de la Información en el Laboratorio y sus aplicaciones Adquirir las nociones más importantes en relación con la disciplina Bioinformática (BI) y sus aplicaciones en investigación post-genómica (Genómica Funcional, Comparativa, Individual y Proteómica) Conocer las aplicaciones de la bioinformática en salud, las últimas tendencias en bioinformática, como la biología de sistemas y las tecnologías convergentes, y los aspectos relacionados con la educación y el desarrollo profesional en esta disciplina.

8 Objetivos específicos Comprender los conceptos y técnicas básicas de localización y recuperación de información genética y molecular. Conocer el concepto de LIMS, sus diferentes tipos, usos y las características especiales de los LIMS para Genómica y cuadernos electrónicos de laboratorio. Adquirir las habilidades necesarias para gestionar y analizar información resultante de la investigación postgenomica (variación genética, genómica funcional, genomica comparativa, proteómica) Conocer cuales son las interacciones y sinergias entre la bioinformatica y la informatica médica. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y estándares de aplicación en bioinformática Conocer los desarrollos más importantes en biología de sistemas y Tecnologías Convergentes (NBIC) Profundizar en los aspectos educativos y profesionales relacionados con la bioinformática

9 Programa Tema 1. Introducción. Presentación de los aspectos generales del curso y puesta en contexto de las actividades a desarrollar. Tema 2. Soporte al trabajo de laboratorio. Sistemas LIMS (Laboratory Information Management Systems). Tipos, operación básica de un LIMS. Evolución. Funcionalidades. LIMS específicos para genómica. Cuadernos electrónicos de laboratorio. Tema 3. Búsqueda y recuperación de información genética en bases de datos a través de Internet (Information Hubs) e integración de bases de datos. Multibuscadores (Entrez, SRS), - Sistemas integrados (EntrezGene, Ensembl, InterPro, Genecards). Tema 4. La Bioinformática en la investigación post-genómica (I): Genómica Funcional. Introducción a la bioinformática en la genómica funcional. Aplicación y análisis de los ensayos con microarrays en genómica funcional (análisis de imágenes y datos obtenidos con microarrays). Acceso y recuperación de información de genómica funcional. Tema 5. La Bioinformática en la investigación post-genómica (II): Proteómica. La bioinformática en soporte de la proteómica (análisis de imágenes de geles 2D, espectrometría de masas). Tema 6. La Bioinformática en la investigación post-genómica (III): genómica individual. Variación genética humana (gestión y análisis de información sobre SNPs y Haplotipos, estudios de asociación). Tema 7. La Bioinformática en la investigación post-genómica (IV): genómica comparativa. Genómica comparativa (COG, proyectos genoma de organismos modelo). Tema 8. Informática biomédica. Convergencia de la bioinformática con la informática médica. Integración de datos genéticos en sistemas de información clínicos. Bases de datos clínico-genéticas. Tema 9. Últimas tendencias en Bioinformática. Iniciativas de estandarización, XML, ontologías, grid, redes genéticas y metabólicas, biología de sistemas, biología molecular computacional, tecnologías convergentes (NBIC=Nano-Bio-Info-Cogno) Tema 10. Impactos de la Bioinformática. Educación y desarrollo profesional en bioinformática. I+D+I en el sector. La industria, las iniciativas nacionales y los centros de referencia.

10 Cronograma

11 Contacto Dirección de correo electrónico para contactar durante el curso Horario de tutorías: Lunes de 15 a 16 horas (avisar con antelación)

12 Documentation Books CUFVI Library Web pages Scientific Journals Bioinformatics Briefings in Bioinformatics Methods of information in Medicine BMC Bioinformatics Journal of Biomedical Informatics Reprints (professors)

13 Teaching of Bioinformatics. Professional development and scientific career Job ads in spanish press Lack of specific training programs Two-way access Congresses, Journals, Scientific Societies, companies, specific programs Not only a support tool Scientific discipline and growing demand on industry

14 1573 positions

15 Job ID number: (Programmer / Software Developer - Staff Associate Investigator at DuPont) We are seeking a programmer / software developer with product management experience to join an established Bioinformatics team in DuPont s Central Research and Development division. -- Responsibilities -- Streamline the development of Bioinformatics applications. Develop and integrate Perl routines, library codes, Java applets and other visualization plug in modules. Develop and implement a framework for parallel computing. Manage data downloading and mirroring. Install, maintain, and upgrade server-based and desktop software. Provide user training where appropriate. Consult on use of products, and document and communicate any site-specific issues. 1. Required skills The candidate should have a M.S. in computer science with at least 5 years experience, preferably in the industry. Equivalent experience will be considered. A. Expert knowledge in Perl programming (including CGI and DBI) with at least 5 years experience. B. Expert knowledge of Java: efficiency in Java applet and GUI development with at least 5 years experience. C. Experience in high performance (parallel) computing. D. Good knowledge of Unix and Windows systems. E. Good understanding of algorithms. F. Working knowledge of relational databases; experience with Oracle RDBMS is a plus. G. Excellent communication, verbal and writing skills. 2. Desirable skills A. Expert knowledge of C or C++. B. A basic knowledge of bioinformatics. C. A basic knowledge of Biology or willingness to learn bio-sciences.

16 -Java(* 1 y 2) -EMBOSS suite for Windows(* 1 y 2) -BLAST for WINDOWS(* 1 y 2) ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/latest/blast ia32-win32.exe -Clustal X2(* 1 y 2) ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/ -BRB Array tools (necesita registrarse y descargar 3 programas (R 2.6.0; Dcom; BRB Array Tools add in for Excel), solo hay que seguir las instrucciones de la página) (* 1) -Cluster 3.0(* 1) -Java Treeview(* 1) -OligoWiz 2.0 for windows (* 1) -OligoArray 2.1(* 1) -Jalview (* 1 y 2)

17 -TIGR TM4 Microarray Suíte (Si ES posible instalar todos los programas que componen La suite. De no ser así instalar al menos, TIGR Spotfinder, MeV y MIDAS) (* 1) -Phylip (* 2) -Scanalyze Microarray Image Analysis software: (1) -Bioconductor Suite (Esta suite se descarga una vez esté instalado el programa R, que se emplea también para la instalación del BRB array Tools) (1) -Cluster análisis (1) -Treeview (1) -GATA (1 y 2) -JExpress (1) -Probe tool (1 y 2)

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