MACROPROCESO GENERAL. Procedimiento general. U. Organizativas Afectadas: Hospital Universitario Virgen de la Victoria.

Transcripción

1 1 MACROPROCESO GENERAL Procedimiento general GC DTL CSm ED01 CARTERA DE SERVICIO DE MICROBIOLOGÍA U. Organizativas Afectadas: Hospital Universitario Virgen de la Victoria Nombre y Cargo Firma Fecha Elaborado Encarnación Clavijo Frutos y FEAs de Microbiologia Revisado Encarnación Clavijo Frutos Aprobado Juan de Dios Colmenero Castillo

2 2 Cartera de Servicios del Laboratorio de Microbiología H.U. Virgen de la Victoria (Málaga)

3 3 Este documento ha sido elaborado por: Coordinadora de la Unidad Prfa. Titular FEA del Servicio de Microbiología (H.U. Virgen de la Victoria) E. Clavijo Frutos FEA Microbiología M.V. García López L. Mora Navas M. Ortega Torres I. Viciana Ramos

4 4 Cartera de servicios del Laboratorio de Microbiología La actividad asistencial del Servicio de Microbiología del HUVV se realizará de la siguiente manera: Lunes a Viernes 8-22 h: Actividad normal, recepción, estudio e informe de muestras ordinarias y urgentes. 22-8h: Conservación de las muestras y realización de las pruebas urgentes Sábado, Domingo y Festivos 8-15h: Actividad normal, recepción, estudio e informe de muestras ordinarias y urgentes. 15-8h: Conservación de las muestras y realización de las pruebas urgentes El teléfono de contacto para la actividad de urgencias es el Los facultativos pertenecientes al Servicio de microbiología del HUVV realizan actividad de asistencia continuada (15:00 a 22:00) de lunes a viernes. Los sábados, domingos y festivos realizan jornada complementaria de 8:00 a 15:00 h y a partir de esta hora están de guardia localizada los residentes.

5 5 1-Determinaciones urgentes DETERMINACIONES MUESTRAS SERVICIOS AUTORIZADOS Detección de antígeno de S.pneumoniae Orina Todos los servicios Detección de antígeno de L.pneumophila Orina OTRAS CARACTERÍSTICAS Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Tinción de Plasmodium spp Sangre Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Detección de hemocultivos positivos Detección de antígeno de S. agalactiae Rosa de Bengala (Brucella spp) Monosticón Vagino-rectal / orina (R.N.) Suero Suero Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Siempre acompañado de frascos de hemocultivos. Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Antígeno de superficie VHB Detección de anticuerpos VIH Suero Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Suero Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia

6 6 Tinción de Gram LCR Líquidos biológicos estériles Muestras procedentes de quirófano y radiología intervencionista Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Tinción de Ziehl (TBC) Muestra respiratoria Área de urgencias Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Tinción de Tinta china LCR Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Procesamiento de las muestras debidamente justificadas con la realización de los cultivos pertinentes

7 7 2-Cartera de servicios por muestra MUESTRA DETERMINACIÓN TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO Absceso - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos 3 - Micobacterias 1 - Cultivo de bacterias especiales (Brucella 4, Nocardia 2 ) 2días 7 días Jeringa con tapón Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1-5ml Biopsia Gastrointestinales - T. Gram - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 - H. pylori (biopsia gástrica o duodenal) 7 días 7 días con suero fisiológico Biopsia de tejidos blandos Biopsia de tracto respiratorio (PPA,PBP,BP) - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos 3 7 días 7 días con suero - Micobacterias 1 fisiológico - T.Gram y Pneumocystis - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos 3 - Cultivo de Nocardia 2, - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 2 - Micobacterias 1 7 días 7 días fisiológico con suero Broncoaspirado - T. Gram - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 - Cultivo de Nocardia 2, - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 2 - Micobacterias 1 2 días 5 días 2-10ml Catéter Intravascular -Cultivo semicuantitativo (T. de Maki) -Cultivo cuantitativo 2 días 5 días 3-4 cm (porción más distal) - T. Gram y Pneumocystis (solo en esputo inducido) 2 días 5 días - Cultivo de bacterias aerobias y hongos ml Esputo - Cultivo de Nocardia 2 - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 2 - Micobacterias 1 1-Ver apartado correspondiente 2- El tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días 4- El tiempo de respuesta máximo será de 21 días 9- Solicitar en el laboratorio de Microbiología.

8 8 MUESTRA DETERMINACIÓN TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO E. Conjuntival E. Endocervical E. Endometrial - Cultivo de bacterias aerobias - Chlamydia - Cultivo de bacterias aerobias (gonococo) y hongos - Detección de Mycoplasma - Detección de Chlamydia - T. Gram - Cultivo bacteriano 2 días 5 días Torunda con medio de transporte (cultivo) Torunda sin medio (Chlamydia) 9 2 días 5 días -Torunda con medio de transporte (cultivo) - 2 Torundas sin medio de transporte (Mycoplasma y Chlamydia) 9 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. Faringo-amigdalar - Cultivo de bacterias aerobias 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. Fistulas E. Herida - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias y hongos - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos 3 - Micobacterias 1 2 días 5 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1-5ml 2 días 5 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Torunda con medio de transporte (no para estudio de anaerobios) Exudado Nasal Aspirado sinusal -Estudio de portadores de MRSA 2 días 5 días Torunda con medio de transporte - Cultivo de bacterias aerobias y anaerobias 2 días 5 días E. Pericatéter/orificio de catéter - T.Gram 2 días 5 días Torunda con medio de transporte - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 E. Oral - Cultivo de hongos 3 2 días 5 días Torunda con medio de transporte 1-Ver apartado correspondiente 2- El tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días 4- El tiempo de respuesta máximo será de 21 días 9- Solicitar en el laboratorio de Microbiología.

9 MUESTRA E. ótico E. uretral TIEMPO DE DETERMINACIÓN RESPUESTA CONTENEDOR Min Max Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 2 días 5 días Torunda con medio de transporte -T. Gram -Cultivo bacterias aerobias -Detección de Mycoplasma - Detección de Chlamydia 2 días 5 días Torunda con medio de transporte (cultivo) 2 Torundas sin medio de transporte (Mycoplasma y Chlamydia) 9 VOLUMEN MINIMO 9 E. vaginal -T. Gram -Cultivo bacterias aerobias y hongos -Embarazadas: Despistaje de S. agalactiae - Detección de Chlamydia (estudio de ITS) 2 días 5 días Torunda con medio de transporte (cultivo) Torunda sin medio de transporte (Chlamydia) 9 Heces Hemocultivo -Fresco -Cultivo de enteropatógenos -Toxina Clostridium difficile 1 -Antígenos Rotavirus, Adenovirus, Helicobacter, Astrovirus. 1 - E.coli EH 1 -Parásitos 1 -Micobacterias 1 -T. Gram - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos 3 - Micobacterias 1 - Cultivo de bacterias especiales (Brucella 4, Nocardia 2 ) 2 días 5 días 2 días 5 días 1-Ver apartado correspondiente 2- El Tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días será de 21 días 9- Solicitar en el laboratorio de Microbiología. - H. formadas/ pastosas: 4-6 gr H. diarreicas:5-10ml - botella hemocultivo aerobio - botella hemocultivo anaerobia - botella pediátrica Adultos: 5-10 ml/ por botella 2 extracciones (cada extracción con una botella aerobia y otra anaerobia) Pediátricos: 0,5-3ml en botella pediátrica 4- El tiempo de respuesta máximo

10 10 Jugo gástrico -Micobacterias ml Lavado broncoalveolar - T. Gram y Pneumocystis - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 - Cultivo de Nocardia 2 - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 3 - Micobacterias 2 días 5 días ml LCR Líquidos orgánicos - T Gram - Criptococo (tinta china/latex) - Cultivo de bacterias y hongos - PCR (CMV, VHS,VVZ, Enterovirus) - Micobacterias 1 - Serología sífilis 1 - Ag Neumococo, Neisseria, Haemophilus, E.coli K1, S. agalactiae - Brucella -Amebas -T.Gram -Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos -Micobacterias 1 -PCR (CMV, VHS,VVZ, Enterovirus) -Ag neumococo (L. pleural) 1 2 días 5 días -Tubo cónico estéril de tapón de rosca 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca - 1ml (estudio bacteriano rutinario) - Para otras determinaciones 0,5ml adicionales por cada uno de los estudios - 10ml (estudio rutinario) - Anaerobios inyectar de 5-10ml en botella anaerobia de hemocultivos Material protésico Orina Raspado conjuntival y corneal - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 2 días 7 días -Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 (punción suprapúbica) y hongos -Micobacterias 1 -Detección Ag neumococo, Legionella -Parásitos 1 - Detección de Chlamydia (estudio de ITS en varón) 1 días 5 días Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 2 días 5 días Portaobjetos y medios de cultivo ml -Micobacterias 100ml -Parásitos orina 24 h - Virus 1ml

11 11 MUESTRA DETERMINACIÓN - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias, Úlcera anaerobias 2 y hongos - Micobacterias 1 Sangre - Serología 1 Secreción prostática (Técnica de Meares-Stamey) - PCR - Parásitos 1 TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR 2 días 5 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Torunda con medio de transporte (no para anaerobios) - Cultivo 2 días 5 días VOLUMEN MINIMO - Orina 10ml - Fluido prostático toda la muestra que se obtenga - Cultivo aerobio y hongos 2 días 5 días Semen - Cultivo de Mycoplasma y Ureaplasma 1-Ver apartado correspondiente 2- El tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días 4- El tiempo de respuesta máximo será de 21 días 5-Contactar previamente con el laboratorio de Microbiología

12 12 3-Micobacterias DETERMINACIÓN Cultivo Hemocultivo MUESTRA - Absceso - Biopsias - Bronco-aspirado(BAS) - Exudados 7 - Esputo - Esputo inducido (EI) - Heces 7 - Jugo gástrico - Lavado bronqueoalveolar (BAL) - LCR - Líquidos orgánicos (pleural, abdominal ) - Orina TIEMPO DE RESPUESTA MAXIMO 42dias (si cultivo negativo) 42dias (si cultivo negativo) CONTENEDOR botella Myco/F-lytic (solicitar al laboratorio de microbiología) VOLUMEN MINIMO - Orina 100 ml ( tres días consecutivos) - Esputo, EI, BAL, BAS (tres muestras 5-10 ml) 1-5ml IGRA-Quantiferon 7días Tubos específicos (solicitar al laboratorio de microbiología) Tinción Auramina 6 Min 1día Max 3días Tinción Ziehl Neelsen 6 Urgente 1 Detección mediante PCR Ver apartado correspondiente 5-Contactar previamente con el laboratorio de microbiología 6- mismas muestras que para el cultivo 7- Justificar petición

13 13 4- Serología DETERMINACIÓN Aspergillus (Galactomanano) MUESTRA Suero BAL TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR 2días 7días Tubo sin anticoagulante VOLUMEN MÍNIMO 7ml Adenovirus Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Borrelia burgdorferi Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Brucella Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Chlamydophila pneumoniae Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Chlamydophila psittaci Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Chlamydia trachomatis Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Citomegalovirus Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Coxiella burneti Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Entamoeba histolytica Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Epstein-Barr Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml

14 14 DETERMINACIÓN MUESTRA TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR VOLUMEN MEDIO E. granulosus Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Erythrovirus B19 Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Helicobacter pylori Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml HSV 1+2 Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Hepatitis A IgM/G Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Hepatitis B AgHBs ahbs ahbc ahbc IgM AgHBe ahbe Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Hepatitis C ahvc Confirmatorio Hepatitis Delta IgM Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Legionella pneumophila Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Leishmania Suero 3días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml

15 15 Leptospira Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Mycoplasma pneumoniae Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Parotiditis Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Rickettsia conorii Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Rickettsia typhi Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Rubéola Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Sarampión Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Sífilis Suero LCR (VDRL) 3días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Tubo cónico estéril de tapón de rosca Toxoplasma gondii Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Trypanosoma cruzi Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Varicela-Zoster Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml

16 16 Virus influenza A,B Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Virus VIH (ELISA, ELFA, test confirmatorio) Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Virus parainfluenza Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml VRS Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Yersinia enterocolítica Yersinia Pseudoyuberculosis Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml

17 17 5-Detección de antígenos DETERMINACIÓN MUESTRA TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO Adenovirus Heces diarreicas 1día 3 días Astrovirus Heces diarreicas 1día 3 días Clostridium difficile (Detección de toxina) Heces diarreicas 1día 4 días Cryptococcus LCR 1día 3 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca E. coli O157:H7 Heces diarreicas 1día 3 días Helicobacter pylori Heces 1día 3 días Legionella pneumophila Orina 1día 3 días Rotavirus Heces diarreicas 1día 3 días S. pneumoniae Orina, L. pleural 1día 3 días Virus VIH Suero, plasma Urgente 1 Tubo sin anticoagulante 7mL Antígenos solubles: - Neisseria meningitidis, -Streptococcus pneumoniae, -Haemophilus influenzae, -Streptococcus agalactiae LCR Urgente -Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1mL

18 18 6. Biología molecular CMV BAL Biopsia LCR Orina Plasma 2 días 7 días Tubo vacutainer con EDTA Tubo cónico estéril de tapón de rosca Orina 1ml Plasma 2ml LCR>0.5ml Enterovirus LCR Plasma 2 días 7 días Tubo vacutainer con EDTA Orina 1ml Plasma 2ml Tubo cónico estéril de tapón de rosca LCR : 0.5 ml Genotipo virus hepatitis C, Plasma Suero 2 día 7 días Tubo vacutainer con EDTA Tubo sin anticoagulante 2ml 7 ml Carga viral C Plasma Tubo vacutainer con EDTA 2 ml VHS 1,2 LCR Plasma Exudado úlcera 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Tubo vacutainer con EDTA Torunda sin medio de transporte LCR>0,5ml Plasma 2ml VHS 6,7,8 LCR Plasma 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Tubo vacutainer con EDTA LCR>0,5ml Plasma 2ml Micobacterias : Detección del complejo tuberculosis Absceso, Biopsias, Bronco aspirado, Exudados 7, Esputo, Esputo inducido, Heces 7, Jugo gástrico, Lavado bronquioalveolar, LCR, Líquidos orgánicos (pleural, abdominal ), Orina 1día 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1ml

19 19 Mycoplasma spp. Sobrenadante de cultivo celular 2 días 7 días VHB Genotipo y estudio de resistencia) Suero ó Plasma 7días 21 días Tubo sin anticoagulante Tubo vacutainer con EDTA 7ml Virus influenzae A/B Muestra respiratoria (Frotis faríngeo, frotis nasal, aspirado nasofaríngeo) 2días 3 días Torunda con medio de transporte viral Virus varicela-zoster LCR Plasma Vesícula 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Tubo vacutainer con EDTA LCR>0,5ml Plasma 2ml Virus del papiloma humano Condilomas Endocervical 1día 15días Torunda sin medio de transporte VIH Carga viral Resistencia VIH Resistencia Tropismo viral integrasa Plasma 2días 7 días 7 días 21 días 7 días 21 días 7 días 21 días Tubo sin anticoagulante 7ml PCR Chlamydia trachomatis Neisseria gonorrhoeae Exudado vaginal Exudado endocervical Orina (varón) Exudado rectal Exudado faríngeo 7días 14 días Torunda sin medio de transporte 7- Justificar petición 8-Es necesario contactar con microbiología para justificación y aceptación de la realización de la prueba

20 20 7-Parásitos/Hongos DETERMINACIÓN Microfilarias MUESTRA TIEMPO DE RESPUESTA Min Max Sangre 2días 4días CONTENEDOR Tubo vacutainer con EDTA Oxiuros Test de Graham 2días 4días Porta-objetos con cinta adhesiva VOLUMEN MÍNIMO -Valorar la periodicidad de la filaria para la extracción diurna o nocturna de la muestra. -Si la filaria no presenta periodicidad extraer dos muestras(diurna/nocturna) La toma de muestras deberá realizarse a primera hora de la mañana Parásitos intestinales Heces 2días 4días -Contenedor específico para parásitos con conservantes -Si se sospecha Cryptosporidium spp, Giardia o Entamoeba enviar heces frescas sin conservantes () Parásitos en orina Orina de 24h 2días 4días Contenedor específico para orina de 24 h Orina: muestra de las 11 A.M. tras 10 minutos de ejercicio Parásitos sanguíneos Sangre 2días 4días Tubo vacutainer con EDTA Toma de muestra para estudio de dermatofitos Escamas uñas Escamas piel Pelos 2días 21días Contenedor estéril Previa cita al número , la toma se puede realizar en la consulta del Servicio de Microbiología

21 21 8-Vigilancia epidemiológica/vigilancia infección nosocomial MUESTRA DETERMINACIÓN TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO E. Faringo-amigdalar - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. ótico - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte Exudado Nasal E. pliegues cutaneos - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. Rectal - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte Estudio de necropsias L. pneumophila Contenedor estéril - Agua y muestras ambientales 2 días 14días Contenedor estéril