Brief Introduction to Docking and Virtual Screening with Autodock4 and Autodock Tools

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1 Brief Introduction to Docking and Virtual Screening with Autodock4 and Autodock Tools Environment set up Launch AutoDock Tools Gui. Aplicaciones --> MGLTools > AutoDockTools You should see something like the figure, if not, please make sure you have chosen the correct menu option.

2 Example case: netropsin, a DNA minor groove binder. Netropsin is an antimicrobial agent which binds at the minor groove of AT rich DNA. Target preparation In this case we will need to set up a double-strand DNA which is something uncommon in docking. The protocol is analogous for proteins, protonation and molecular operations are the same including the order of events. Open the input file using the menu Grid --> Macromolecule --> Open

3 We have extracted, using PyMOL, the ligand and the DNA from the 121D.pdb file and removed waters molecules present in the crystal. Load the file /home/bioinformatica/dna/netropsina/ 121D_nolig.pdb. AutoDock Tools will recognize that the system is protonated and the system will offer to save the PDBQT file needed to run AutoGrid4. Save the file as 121D_nolig.pdbqt If the protein or DNA is not protonated, the hydrogen atoms and charges can be assigned from the Edit Menu, under Hydrogens and Charges sub menus. Ligand preparation Load the file /home/bioinformatica/sandbox/dna/netropsina/netropsinah.pdb using the menu Ligand --> Input --> Open

4 Then save the file using the option Ligand --> Output --> Save as PDBQT. Use the name netropsinah.pdbqt With the two entities already protonated and charged with Gasteiger-Marsili method, we can generate the grids and perform docking. Grid generation First we have to know which maps we need to perform docking. These maps are determined by the kind of atoms present in the ligand. To automatically assign the types choose Menu Grid --> Set Map Types --> Choose Ligand and select netropsinah. Then choose Grid > Grid Box, to define the size of the box.

5 Select on menu Center, Center on ligand and move the X,Y and Z bars to 50x50x60 grid points And again in menu File --> Close saving current. Finally, select menu Grid --> Output --> Save GPF and select 121D.gpf. Run AutoGrid4 in menu Run --> Autogrid --> Launch, and wait a few seconds. Docking We have to choose again the receptor file (remember 121D_nolig.pdbqt) in Docking --> Macromolecule --> Set Rigid Filename Then select again the ligand in Docking --> Ligand --> Choose (remember, netropsinah.pdbqt) and Ok to the default options.

6 We will carry out a Genetic algorithm run, so we have to select in Docking --> Search Parameters --> Genetic Algorithm and Ok the defaults. Finally, select Docking --> Output --> Lamarckian GA an save the input file for Autodock with the name 121D.dpf. Run autodock in Run --> Autodock and click on Launch.

7 View results Load the results in Analyze --> Docking --> Open and select 121D.dlg. Display the clusters in Analyze --> Clusters --> Show and select the first one at the left (best score).

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