Proyecto de Ingeniería de Software 2006

Transcripción

1 Proyecto de Ingeniería de Software 2006 Laboratory Information Management System Temas Contexto LIMS Productos y Proyectos Existentes Proyecto LIMS PIMS Requerimientos para el PIS Fuentes de Información Tecnología 1

2 Contexto Proyecto LIMS IPMONT (Instituto Pasteur de Montevideo) FING (Facultad de Ingeniería) Objetivo Construir un LIMS (Laboratory Information Management System) según los requerimientos del IPMONT LIMS Sistemas para gestión de información en laboratorios Registran la información generada en los procesos y experimentos Permiten manipular la información integrada Researchers Laboratories Projects Assays/Protocols Public Data Results Equipment Samples/ Supplies Analysis Tools 2

3 LIMS - Procesos Project NCI-101 Customer/ Scientist/PI Project Request Samples Sequencing Lab Manager Project SNP Detection by 3700 Sequencing 1) Prepare DNA Plates 2) Perform PCR 3) Perform Agarose Gel Check 4) Perform PCR Cleanup 5) Perform Sequencing Reaction PCR 6) Perform BDT Rxn Cleanup 7) Perform 3700 Sequencing 8) QC Sequencing Data 9) Assemble Sequencing Data 10) Analyze Sequencing Assemblies Technician Equipment Centrifuge PCR Cycler 3700 Sequencer [ LIMS Overview, Transitioning to AIMS. Sharon Settnek, January 22nd, Science Applications International Corporation (SAIC)] Inventory Specialist DNA Potential SNPs Samples Project Results Materials Supplies Reagent Set Agarose Gel Customer/ Collaborator LIMS Funcionalidades Básicas Gestión de los proyectos Proyecto = conjunto de operaciones (experimentos) organizados según un protocolo, y ejecutados en un workflow. Creación, ejecución y acceso a resultados Gestión del inventario del laboratorio Tomando como base los experimentos Configuración del sistema Creación de usuarios, asignación de permisos, etc 3

4 LIMS Visión Histórica Generación Anterior Dependientes de equipos y marcas. Sin control de inventario. Sin organización de los resultados de experimentos. Sin capacidad de colaboracíon. Basados en Excel. Solo mono-usuario. No seguros. Nueva Generación Integran información de diferentes equipos. Gestión de inventario. Gestión de datos generados por High Throughput. Gestión de base de datos. Gestión de proyecto. Colaboración. Seguridad. LIMS - Beneficios Provee una visión organizada de los resultados de proyectos Apoya la colaboración en proyectos y resultados Apoya el uso de procedimientos estandarizados, a partir del uso de workflows pre-definidos Automatiza procedimientos Permite llevar traza de experimentos Apoya las tareas de gestión administrativa 4

5 Productos y Proyectos Productos comerciales THERMO, Waban Poco ajustables a requerimientos específicos Proyectos con componente académica NIH LIMS: NCICB, calims, LMTLIMS HalX EBI MOLE Surgen por la necesidad de contar con herramientas muy especializadas Proyecto LIMS Objetivo Construir un LIMS según los requerimientos del IPMONT Estrategia Proyecto incremental Extensible con nuevos módulos Basarse en estándares y otros proyectos 5

6 Proyecto LIMS - Arquitectura Otros sistemas BD central Acceso 1 Transf 1 Adap 1... Acceso m Transf k Adap m I1 I2. In W o r k f l o w Componentes: - extracción - transformación - acceso del usuario Tecnologías: -abiertas - para servidores Linux -Java, J2EE Intrumentos PIMS Protein Information Management System Objetivo Desarrollo incremental de un LIMS de calidad comercial para cubrir las necesidades de los laboratorios de biología estructural Proyecto financiado por BBSRC-SPoRT Desarrollado sobre la base de HALX, MOLE y la actividad de la Oxford Protein Production Facility 6

7 PIMS - PPDM Se utiliza el PPDM: Protein Production Data Model El PPDM describe los datos requeridos para reproducir las muestras y experimentos involucrados en la producción de proteínas e informar su trabajo posterior PIMS - Tecnología Aplicación desarrollada con tecnología J2EE (jsp, servlets) Base de datos: PostgreSQL Versiones /05/ /10/ /12/2006 7

8 PIMS - Arquitectura PIMS Interfaz de Usuario 8

9 Requerimientos PIS Desarrollar un sistema que: Provea las siguientes funcionalidades aún no implementadas en el PIMS Project Management Workflow Tools Scheduling Provea alguna de las funcionalidades ya implementadas en el PIMS través del portal Requerimientos PIS Workflow Tools Para definir secuencias típicas de experimentos Project Management Medio a través del cual se agrupan targets que están siendo estudiadas juntas. Scheduling Para los movimientos de las muestras entre diferentes ubicaciones 9

10 Requerimientos PIS Desarrollar un sistema que: Se ejecute dentro de un portal J2EE (portlets) Brinde una interfaz Web Services Sea extensible y configurable Fuentes de Información Proyecto PIMS Data Model Documentación del Proyecto Design of a Data Model for Developing Laboratory Information Management System and Analysis System for Protein 10

11 Tecnología Eclipse 3.2 JBoss IDE JBoss PostgreSQL jbpn JBossPortal 2.4 (2.2.1-SP3) Axis 1.4 Contacto Raúl Ruggia Laura González 11