Jacob Israel Cervantes Luevano 25/01/2012

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1 Jacob Israel Cervantes Luevano 25/01/2012

2 Experiencias en Bioinformática Qué necesitamos para trabajar en un proyecto? Dinero. Proyecto de Secuenciación y/o datos para analizar. Infraestructura de Supercomputo y/o computadoras con buen soporte de hardware. Infraestructura de Almacenamiento de datos. Programas para análisis de la información biologica. Personal (Matemáticos, Estadísticos, Químicos, Biólogos, Bioquímicos, Informáticos).

3 Experiencias en Bioinformática Ion Torrent Cómo entregar los resultados a un cliente rapido y sencillo?

4 Problemas en Bioinformática Cómo entregar los resultados a un cliente rapido y sencillo? Antes (solo y unicamente personal de bioinformática) Linux o Unix Memoria USB Sitio Ftp Envio de Disco Duro. Ahora (laboratoristas,responsables, bioinformáticos) Navegador Web Aplicación Web (nuestro caso LabSerGen)

5 Problemas en Bioinformática Cómo entregar los resultados a un cliente rapido y sencillo?

6 Desarrollo de Aplicaciones Labsergen Resultados Cluster Datos del Cliente Preparar, ejecutar configuracion y copiar datos al servidor de resultados LIMS y generar ligas de acceso.

7 Problemas en Bioinformática Cómo entregar los resultados a un cliente rapido y sencillo?

8 Desarrollo de Aplicaciones Labsergen Resultados Cluster Seleccionar resultados Guardar selección

9 Desarrollo de Aplicaciones myxsq Aplicación de escritorio (no web) que permite convertir el formato XSQ del instrumento SOLiD 5500 a secuencias en formato ColorSpace. /09/26/myxsq-for-xsq-tools

10 Experiencias en Bioinformática Qué necesitamos para trabajar en un proyecto? Proyecto de Secuenciación y/o datos para analizar. Infraestructura de Supercomputo y/o computadoras con buen soporte de hardware. Infraestructura de Almacenamiento de datos. Programas para análisis de la información biologica. Personal (Matemáticos, Estadísticos, Químicos, Biólogos, Bioquímicos, Informáticos).

11 Problemas en Bioinformática Decidir que recursos de hardware necesitamos? Tipos Análisis? Memoria Ram? Disco Duro? Procesador? Conectividad Red?

12 Experiencias en Bioinformática

13 Experiencias en Bioinformática Qué necesitamos para trabajar en un proyecto? Proyecto de Secuenciación y/o datos para analizar. Infraestructura de Supercomputo y/o computadoras con buen soporte de hardware. Infraestructura de Almacenamiento de datos. Programas para análisis de la información biologica. Personal (Matemáticos, Estadísticos, Químicos, Biólogos, Bioquímicos, Informáticos).

14 Problemas en Bioinformática Infraestructura de Almacenamiento de datos. Adquisición de capacidad de almacenamiento Hasta 3 o 4 meses de espera. NAS, Raids Backup? 100 mr 32G

15 Experiencias en Bioinformática Qué necesitamos para trabajar en un proyecto? Proyecto de Secuenciación y/o datos para analizar. Infraestructura de Supercomputo y/o computadoras con buen soporte de hardware. Infraestructura de Almacenamiento de datos. Programas para análisis de la información biologica. Personal (Matemáticos, Estadísticos, Químicos, Biólogos, Bioquímicos, Informáticos).

16 Experiencias en Bioinformática Programas para análisis de la información biologica. Existen muchos, depende de tu proyecto. Software Libre/Open Source. Privados. Dominio Publico. Conocimientos de Unix en general. Conocimientos de administración de sistemas Autodidacta. Capacitación en serio!!!

17 Experiencias en Bioinformática Fin Contacto Jacob Israel Cervantes Luevano

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