ESTRATEGIAS DE EXTRACCIÓN PROGRAMÁTICA DE INFORMACIÓN DE FUENTES DE DATOS BIOLÓGICAS
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- Eugenia Peralta Pereyra
- hace 8 años
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1 ESTRATEGIAS DE EXTRACCIÓN PROGRAMÁTICA DE INFORMACIÓN DE FUENTES DE DATOS BIOLÓGICAS Eduardo Andrés León ComputaCon Biology and BioinformaCcs (CbBio) InsCtuto de Biomedicina de Sevilla (IBIS) eleon- Based on JM
2 Fuentes de Datos Que es una fuente de datos? Una fuente de datos es un repositorio que almacena información. Un repositorio puede ser : Una página web El resultado de ejecutar un programa. Un servicio web.
3 Repositorios web públicos `p://`p.ebi.ac.uk/pub/databases/ `p://`p.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ `p://`p.ncbi.nih.gov/refseq/ hcp:// `p://`p.wwpdb.org/pub/pdb `p://hgdownload.cse.ucsc.edu/ hcp://regulondb.ccg.unam.mx/download/data_sets.jsp
4 Datos Procedentes de un programa Blast Clustal W
5 Datos Procedentes de un WebService hcp://beta.rest.ensembl.org//vep/human/1: : /t/consequences ArrayExpress EnsEMBL hcp://
6 Estructura de los datos La representación lsica de los datos es diversa Tabular(de fichero o de base de datos relacional) Formato propio: FASTA, MSF, UniProt, GenBank... XML. Es necesario conocer el origen de los datos Que Cenen en común Pfam y MSF?Pfam usa el formato MSF para sus entradas, incluyendo el grueso de la información extra en forma de comentarios. Casi cualquier programa usa su propio esclo a la hora de generar la línea de comentario de las secuencias en formato FASTA.
7 Formatos en BioinformáCca
8 Fasta hcp://en.wikipedia.org/wiki/fasta_format >MES JCVI_PEP_ Puta8ve uncharacterized protein GOS_ (Fragment) - ISLELLEEIQKTGDIFFPKRWLDATIGLYSSEEAYALVIKYLEVYPDIDANLKRKLLQVS DKLYRKHAKK >gi ref NP_ puta8ve membrane- associated protein [Buchnera aphidicola] MERIIEKAIYASRWLMFPVYVGLSFGFILLTLKFFQQIVFIIPDILAMSESGLVLVVLSLIDIALVGGLLVMVMFLGYEN FISKMDIQDNEKRLGWMGTMDVNSIKNKVASSIVAISSVHLLRLFMEAEKILDDKIMLCVIIHLTFVLSAFGMAYIDKMS KKKHVLH >sprot :Q _SOLLC Protein 108 precursor - Solanum lycopersicum (Tomato) (Lycopersicon... MASVKSSSSSSSSSFISLLLLILLVIVLQSQVIECQPQQSCTASLTGLNVCAPFLVPGSP TASTECCNAVQSINHDCMCNTMRIAAQIPAQCNLPPLSCSAN >gi emb Y ABY13260 Acipenser baeri mrna for immunoglobulin heavy chain, clone ScH TCTGCTGGTTACAACACTTTCTTCTTTCAATAACCACAATACTGCAGTACAATGGGGATTTTAACAGCTCTCTGTATAAT AATGACAGCTCTATCAAGTGTCCGGTCTGATGTAGTGTTGACTGAGTCCGGACCAGCGGTTGTAAAGCCTGGAGAGTCCC ATAAACTGTCCTGTAAAGCCGCTGGATTCACATTCAGCAGCTATTGGATGGGCTGGGTTCGACAAACTCCGGGAAAGGGT CTGGAATGGGTGTCTATTATAAGTGCTGGTGGTAGTACATACTATGCCCCGTCTGTTGAGGGACGATTCACCATCTCCAG AGACAATTCCAACAGCATGCTGTATTTACAAATGAACAGCCTGAAGACTGAAGACACTGCCATGTATTACTGTGCCCGCA AACCGGAAACGGGTAGCTACGGGAACATATCTTTTGAACACTGGGGGAAAGGAACAATGATCACCGTGACTTCGGCTACG CCATCACCACCGACAGTGTTTCCGCTTATGCAGGCATGTTGTTCGGTCGATGTCACGGGTCCTAGCGCTACGGGCTGCTT AGCAACCGAATTCNN >my sequence rulez! MASVKSSSSSSSSSFISLLLLILLVIVLQSQVIECQPQQSCTASLTGLNVCAPFLVPGSP TASTECCNAVQSINHDCMCNTMRIAAQIPAQCNLPPLSCSAN
9 CLAVES DEL FORMATO FASTA (EJEMPLO 1) Es un formato sencillo, pero con variaciones. Las cabeceras son en principio descripciones, pero pueden contener más datos. Los residuos de las secuencias pueden aparecer en mayúscula o en minúscula, y algunas aplicaciones le dan significado a ese hecho. El número de residuos por línea (~60), puede variar. Sabes que cada entrada en FASTA acaba sólo cuando encuentras la siguiente o se acaba el fichero. Puede venir comprimido, con lo que vale la pena aplicar descompresión sobre la marcha.
10 Parsear un fichero Fasta IdenCficador Descripción Secuencia >MES JCVI_PEP_ Puta8ve uncharacterized protein GOS_ ISLELLEEIQKTGDIFFPKRWLDATIGLYSSEEAYALVIKYLEVYPDIDANLKRKLLQVS DKLYRKHAKK IdenCficador 1 IdenCficador 2 Descripción Organismo Secuencia >gi ref NP_ puta8ve membrane- associated protein [Buchnera aphidicola] MERIIEKAIYASRWLMFPVYVGLSFGFILLTLKFFQQIVFIIPDILAMSESGLVLVVLSLIDIALVGGLLVMVMFLGYEN FISKMDIQDNEKRLGWMGTMDVNSIKNKVASSIVAISSVHLLRLFMEAEKILDDKIMLCVIIHLTFVLSAFGMAYIDKMS KKKHVLH
11 hcp://ubio.bioinfo.cnio.es/people/jmfernandez/masterucm2010/dbparsing/ readfasta.pl
12 Fasta Parser in Python
13 SwissProt/UniProt 2.A hcp:// hcp://
14 XML 2.B hcp://
15 CLAVES DE UNIPROT (EJEMPLOS 2.A Y 2.B) Cada entrada o registro (ya sea nacvo o XML) Cene su propio delimitador de fin de registro. Las entradas son complejas (hay subregistros), con lo que hay que usar estructuras de datos acordes a lo que se quiere capturar. Cada entrada Cene asociados uno o varios idencficadores únicos y una fecha de la úlcma actualización. hcp://ubio.bioinfo.cnio.es/people/jmfernandez/masterucm2010/dbparsing/uniprot- sw.pl hcp://ubio.bioinfo.cnio.es/people/jmfernandez/masterucm2010/dbparsing/uniprot- xml.pl
16 Parsear un fichero SwissProt/UniProt ID Q2K3L7_RHIEC Unreviewed; 330 AA. AC Q2K3L7; DT 07- MAR- 2006, integrated into UniProtKB/TrEMBL. DT 07- MAR- 2006, sequence version 1. DT 11- JUL- 2012, entry version 32. DE SubName: Full=Cobalamin biosynthesis protein; GN Name=cobS; OrderedLocusNames=RHE_CH03821; OS Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251). OX NCBI_TaxID=347834; DR EMBL; CP000133; ABC ; - ; Genomic_DNA. DR RefSeq; YP_ ; NC_ DR KEGG; ret:rhe_ch03821; -. DR InterPro; IPR011704; ATPase_dyneun- rel_aaa. DR Pfam; PF07728; AAA_5; 1. SQ SEQUENCE 330 AA; MW; BC29BBE CRC64; MSKIDLDISE LPDTTVSVRE TFGIDSDIRV PAYSKGDAYV PDLDPDYLFD RDTTLAILAG FAHNRRVMIS GYHGTGKSSH IEQVAARLNW PCVRINLDSH VSRIDLVGKD AIVVKDGLQV TEFKDGILPW AYQHNVALVF DEYDAGRPDV MFVIQRVLES SGRLTLLDQS RVIRPHPAFR LFATANTIGL GDTTGLYHGT QQINQAQMDR WSIVTTLNYL PHDHEVNIVA AKVKSFGKDR EGRETVSKMV RVADLTRAAF MNGDLSTVMS PRTVITWAEN AEIFGDLAFA FRTTFLNKCD ELERPLVAEH YQRAFGVELK ESAANIVLGA
17
18 PDB MANUAL FORMATO PDB ep://ep.wwpdb.org/pub/pdb/doc/ format_descrip8ons/format_v32_a4.pdf hcp://
19 CLAVES DEL FORMATO PDB TRADICIONAL Es un formato de columna fija. Cada entrada de PDB va en su propio fichero. Suele venir comprimido, con lo que es conveniente aplicar descompresión sobre la marcha. Puede haber varios subregistros de un mismo Cpo, con lo que hay que gastar cuidado.
20 QUÉ HAY QUE TENER EN CUENTA A LA HORA DE PROCESAR INFORMACIÓN DE UNA FUENTE DE DATOS BIOLÓGICOS
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