Grid Computing. Clase 5: Advanced glite Job Management. Francisco García Eijó y Alejandro Soba

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1 : Advanced glite Job Management Francisco García Eijó y Alejandro Soba Laboratorio de Sistemas Complejos Universidad de Buenos Aires

2 Agenda Repaso de JDL. Jobs Avanzados. Parametricos. DAGs. Colecciones.

3 Repasando... Un JDL Simple Type = "Job"; JobType = "Normal"; InputSandbox = {"file1.txt"}; Executable = "/bin/hostname"; StdOutput = "hostname.out"; StdError = "hostname.err"; OutputSandbox = {"hostname.err","hostname.out"}; Arguments = "-f";

4 Jobs Paramétricos Son jobs cuyo JDL contiene uno o mas atributos parametrizables por ejemplo, Arguments, Stdout, etc. Un atributo Parameters define el rango de valores posibles para los atributos parametrizables. Se transforma en múltiples instancias del job descrito en el JDL, variando los valores de los atributos parametrizados en cada instancia. Se identifican con un JobId único, tal como si fuera un único job.

5 Jobs Paramétricos Queremos generar el hash md5 de 10 archivos y obtener por cada uno un archivo de salida. hash.jdl [ JobType = "Parametric"; Executable = "/bin/sh"; Arguments = "md5.sh input_param_.txt"; InputSandbox = {"md5.sh", "input_param_.txt"}; StdOutput = \std_param_.out"; StdError = \std_param_.err"; Parameters = 11; ParameterStart = 1; ParameterStep = 1; OutputSandbox = {\std_param_.out", \std_param_.err"}; ]

6 Jobs Paramétricos Secuencia 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10 (i = 1; i < 11; i++) Parameters = 11; ParameterStart = 1; ParameterStep = 1; Este JDL generará 10 jobs independientes, sustituyendo el texto PARAM por el valor del parámetro en cada elemento de la secuencia: Arguments = "md5.sh input1.txt"; InputSandbox = {"md5.sh", "input1.txt"}; StdOutput = "out1.txt"; StdError = "err1.txt";... Arguments = "md5.sh input10.txt"; InputSandbox = {"md5.sh", "input10.txt"}; StdOutput = "out10.txt"; StdError = "err10.txt";

7 Jobs Paramétricos El atributo Parameters puede ser: Una cota superior: Parameters = 1000 Una cota inferior: Parameters = -100 Una lista de items: Parameters = {exe, f1, f2, f3} ParameterStep: Valor de avance del atributo Parameters. ParameterStart: Valor inicial del atributo Parameters

8 DAGs Jobs DAG: Directed Acyclic Graph (Grafo acíclico dirigido). Un job DAG representa un conjunto de jobs cuyas entradas, salidas o ejecución dependen entre sí. Estas dependencias se representan como un grafo, cuyos nodos son Jobs, y sus lados (arcos) son relaciones de dependencia. Algunas características útiles: Sandbox compartido entre todos los jobs del grafo Atributos heredables Un ID único para controlar todos los sub-jobs

9 DAG Jobs Representación Gráfica de un DAG.

10 Un Ejemplo... [ Type = "dag"; InputSandbox = { "/home/data1.txt","/home/data2.txt" }; Nodes = [ nodea = [ Description = [ JobType = "normal"; Executable = "/home/first.sh"; InputSandbox = "root.inputsandbox[0]"; OutputSandbox = "/home/data3.txt"; (...) ]; ]; nodeb = [ Description = [ JobType = "normal"; Executable = "/home/second.sh"; InputSandbox = {"root.inputsandbox[1]","/home/data3.txt"}; (...) ]; ]; Dependencies = { {nodea, nodeb} }; ]

11 Relaciones de Dependencias Dependencies = { {nodea, nodeb} }; Dependencies = { {{nodea},{nodeb}}, {{nodea},{nodec}}, {{nodea},{nodee}}, noded };

12 Collections Jobs Una colección de jobs es un conjunto de jobs independientes que se desean controlar y monitorear como una solicitud única. Por ejemplo, el mismo programa con diferentes entradas (también puede realizarse con Jobs Parametrizables).

13 Collections Jobs El ID del job principal (nodo principal) permite consultar el estatus de TODOS los jobs de la colección (sub-jobs) Cada sub-job tiene un ID independiente. Esto permite consultar el estado y controlar cada uno de forma individual La salida de la colección de jobs se obtiene una vez que el job principal pasa al estado Done : Un comando único para obtener los resultados. La salida de cada sub-job va a un subdirectorio.

14 Collections Jobs Existen dos formas de enviar una colección de jobs: Opción 1: A través del argumento collection : glite-wms-job-submit -a --collection <Directory> Donde <Directory> contiene archivos JDL de cada sub-job

15 Collections Jobs Opción 2: A través de un JDL que describa la colección de jobs: [ type = \collection"; RetryCount = 3; Nodes = { [ Executable = "autodock.sh"; Arguments = "y7vynzrqavsbgz9vdljx ZINC "; StdOutput = "autodock.out"; StdError = "autodock.err"; OutputSandbox = {"autodock.err","autodock.out"}; InputSandbox = {"autodock.sh","userdata/userinput.tgz"}; ], [ Executable = "autodock.sh"; Arguments = "y7vynzrqavsbgz9vdljx ZINC "; StdOutput = "autodock.out"; StdError = "autodock.err"; OutputSandbox = {"autodock.err","autodock.out"}; InputSandbox = {"autodock.sh","userdata/userinput.tgz"}; ] } ]

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