INTEGRACIÓN DEL CARIOTIPO MOLECULAR EN MEDICINA FETAL. INDICACIONES E INTERPRETACIÓN. Complejo Hospitalario Universitario de Badaj

Transcripción

1 INTEGRACIÓN DEL CARIOTIPO MOLECULAR EN MEDICINA FETAL. INDICACIONES E INTERPRETACIÓN. Complejo Hospitalario Universitario de Badaj

2 QUE ES? Cariotipo Molecular El micro-array cromosómico de CGH es una técnica utilizada en diagnóstico genético, que nos permite analizar el genoma completo de un individuo en busca de alteraciones de ganancia o pérdida de material genético. Las alteraciones encontradas se denominan CNV (variaciones del número de copia). La existencia de una CNV indica la ganancia o pérdida de material genético en una región concreta del genoma del paciente. LA RESOLUCIÓN del array depende del número de sondas utilizadas. EL TIPO de array depende de la posición de dichas sondas en el genoma.

3 RESOLUCIÓN NUMERO DE SONDAS 60K 15K 124K 400K 1000K A mayor resolución podremos identificar anomalías mas pequeñas.

4 TIPOS DE ARRAY SEGÚN SU DISEÑO *ARRAY GENÉRICO: es un array en la que las sondas se reparten de forma uniforme por todo el genoma. La probabilidad de encontrar CNV de difícil interpretación es mayor. *ARRAY DIRIGIDO: es el que utilizamos habitualmente (60K). Esta diseñado para tener mayor densidad de sondas en regiones clínicas de interés (síndromes descritos o genes implicados en patologías). En el resto del genoma (back-bone) la cobertura es menor. En el caso del prenatal, hay un software specifico para procesarlos que evita las sondas en determinadas regiones (37K) de predisposición (cáncer, riesgo cardiovascular), para evitar la sobreinformación o la información de difícil interpretación.

5 Región de interésback-bone Back-bone

6 Región de interés Back-bone

7 FRENTE A CARIOTIPO VENTAJAS INCONVENIENTES MAYOR RESOLUCION (X10-50VECES) MAS CARO? MAS RAPIDO (UNA SEMANA) EXIGENTE RESPECTO A LA CANTIDAD Y CALIDAD DE ADN REQUERIDO NO REQUIERE CULTIVO CELULAR MAYOR TASA DE DETECCIÓN: *3.6% más de anomalías sin tener en cuanta la indicación del estudio *5.2-8% más en caso de anomalías ecográficas PERMITE CARACTERIZAR ANOMALÍAS CITOGENÉTICAS DUDOSAS NO DETECTA ANOMALÍAS EQUILIBRADAS NO DETECTA TRIPLOIDÍAS RESULTADOS DE DIFÍCIL INTERPRETACIÓN PROBLEMA DE LOS MOSAICOS

8 INDICACIONES CARIOTIPO PATOLÓGICO: PRE Y POSTNATAL ANOMALÍAS CITOGENÉTICAMENTE EQUILIBRADOS SI SON DE NOVO (POST SI ACOMPAÑADAS DE CLÍNICA) SI HEREDADAS ACOMPAÑADAS DE CLÍNICA SUGERENTE APARICIÓN DE CROMOSOMA MARCADOR EXTRA ANOMALÍAS CITOGENÉTICAMENTE DESEQUILIBRADAS (si son de pequeño tamaño) PARA DEFINIR PUNTOS DE ROTURA, GENES CONTIGUOS

9 INDICACIONES POSTNATAL (YA ES PRIMERA PRUEBA INDICADA) Retraso mental o del desarrollo de origen desconocido. -Anomalías congénitas y/o rasgos dismórficos. -Retraso psicomotor y/o del desarrollo -Trastornos del espectro autista. PRENATAL -En todas las gestaciones en la que se encuentren ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS (Especialmente en gestaciones avanzadas). -Se empieza a sugerir que se haga en todas las gestaciones sometidas a amniocentesis ya sean de alto o bajo riesgo.

10 ES NECESARIO CAMBIAR EL CHIP NO SOLO SE BUSCARAN ANEUPLOIDIAS EN LOS CASOS DE FETOS CON MARCADORES ECOGRÁFICOS SE DESCRIBEN NUEVOS SÍNDROMES TODOS LOS MESES ASOCIADOS A CNV CONCRETAS

11 QUE INFORMACIÓN VAIS A RECIBIR CNV: VARIACIÓN DEL NÚMERO DE COPIA DESEQUILIBRIO CONTROL PACIENTE

12 CNV BENIGNA O POBLACIONAL CNV benigna: Está documentada / consensuada en múltiples estudios o en bases de datos como una variante benigna y/o la CNV representa un polimorfismo común. POLIMORFISMO: VARIANTE PRESENTE EN LA POBLACION EN UNA FRECUENCIA >1% -Algunos casos no van a encajar plenamente en la definición benigno. -NO SE INFORMAN

13 CNV PATOGÉNICA CNV patogénica: Asociación científica documentada de CNV con fenotipo, CNV de gran tamaño que incluye intervalos más pequeños con un significado clínico claramente establecido. - Al trabajar en diagnóstico prenatal debemos tener en cuenta que los hallazgos fenotípicos suelen ser indirectos e incompletos, y que es más difícil establecer una relación genotipo/fenotipo que en las muestras postnatales. -Puede haber casos especiales que no cuadren perfectamente con la definición patogénica y son un problema en el diagnóstico prenatal. CNV de predisposición a autismo

14 CNV PATOGENICA ARRAY A LOS PADRES DE NOVO CONFIRMAR CONSEJO GENÉTICO HEREDADA PENETRANCIA INCOMPLETA EXPRESIVIDAD VARIABLE CONSEJO GENÉTICO ESTUDIO FAMILIAR ESTUDIO EN GESTACIONES SIGUIENTES

15 VARIANTE DE DIGNIFICADO INCIERTO Una variante de significado incierto (VOUS) se describe cuando no existe,en el momento del informe, evidencia científica suficiente para la determinación inequívoca de su significado clínico. Si es posible, se subclasificará en: *probablemente patogénica, si implica a genes cuya alteración podrían explicar un evento patológico *probablemente benigna, si es heredada de un progenitor sano y no existe referencia patológica o afecta parcialmente a una región típicamente polimórfica. El consejo genético es crucial en estos casos Necesario averiguar el patrón de herencia Y ESTUDIAR A LOS PADRES

16 CNV DE SIGNIFICADO INCIERTO ARRAY A LOS PADRES HEREDADA DE NOVO DE PADRE SANO ESTUDIAR LA REGION PUBLICACIONES GENES RELACIONADOS CON LA CLÍNICA NO PENETRANCIA INCOMPLETA EXPRESIVIDAD VARIABLE VOUS PB ESTUDIAR LA REGIÓN PUBLICACIONES GENES RELACIONADOS CON LA CLÍNICA SI NO VOUS DE PADRE AFECTO SI VOUS PP/PATOGÉNICA VOUS VOU PP

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18 Cariotipo Molecular Hay que tener en cuenta que estamos trabajando a nivel cromosómico, por lo tanto, tiene su traducción a nivel de cariotipo. Por ello hay que darle un enfoque CITOGENETICO a la interpretación de los resultados. Pe: Una duplicación y una deleción en regiones terminales puede proceder de la herencia de un cromosoma derivado de una traslocación equilibrada. Habría que hacer estudios de cariotipo y fish a los padres además del de array-cgh. Pe: Una duplicación de cierto tamaño puede ser resultado de la existencia de una inversión paterna. Pe: Una duplicación de regiones próximas al centrómero de algunos cromosomas (15,22), puede indicar la existencia de un cromosoma marcador en el paciente. FUNDAMENTAL A LA HORA DEL CONSEJO GENÉTICO

19 INFORMACIÓN CLÍNICA INFORME ECOGRÁFICO HISTORIA FAMILIAR

20 INFORMACIÓN CLÍNICA E HISTORIA POSTNATAL: VAMOS A BUSCAR ALGO. PRENATAL: VAMOS A VER QUE ENCONTRAMOS. POCA INFORMACIÓN Y EN OCASIONES POR SIGNOS INDIRECTOS. Historia familiar: *muy importante. Puede darnos las claves para interpretar lo que encontramos. *los hallazgos podrían afectar, no solo al feto en estudio, sino a más miembros de la familia.

21 PROCESO: SIEMPRE DIRIGIDO POR UN GENETISTA 1º CONSULTA PREVIA AL ESTUDIO SE INFORMARA A LA PACIENTE SOBRE: EN QUE CONSISTE LA TÉCNICA QUE TIPO DE INFORMACIÓN PUEDE ESPERAR CUALES SON LAS LIMITACIONES DEL ANÁLISIS.. DEBERÁ FIRMAR UN CONSENTIMIENTO DEBERÁ FIRMAR UN DOCUMENTO EN EL QUE SE RECOJA QUE TIPO DE INFORMACIÓN QUIERE Y NO QUIERE RECIBIR AMNIOCENTESIS Y EXTRACCIÓN DE SANGRE DE PROGENITORES 2º CONSULTA PARA COMUNICAR RESULTADOS SE EXPLICAN LOS RESULTADOS SE ELABORA EL CONSEJO GENÉTICO

22 A. Breman et al 2012

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26 Un 6% de casos con anomalías ecográficas y cariotipo normal tenía alteración submicroscópica patogénica usando array-cgh Un 1.7% de casos con edad materna incrementada o screening positivo y cariotipo normal tenía alteración submicroscópica patogénica usando array-cgh El array-cgh corroboró todas las alteraciones relacionadas con número de copia (aneuploidías, estructurales) detectadas o intuidas previamente en cariotipo (se recomienda realizar cariotipo para detectar triploidías) Se recomienda el uso del array-cgh en TODOS los casos con anomalías ecográficas Se recomienda un array de tipo prenatal.

27 Array-CGH 1ª línea en anomalías ecográficas (reemplaza cariotipo) Ecografía normal puede elegirse cariotipo o array-cgh No restringir su uso a menores de 35 años CONSEJO GENÉTICO PRE Y POST TEST

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31 INDICACIONES DE ARRAY-CGH EN ESTUDIOS PRENATALES ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS MAYORES ÚNICAS O MÚLTIPLES VARIOS SOFT-MARKER (QUISTES EN PLEXOS COROIDEOS, ARTERIA UMBILICAL ÚNICA...) TN > 3,5mm SCREENING COMBINADO POSITIVO?

32 ESTUDIO PRENATAL CON ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS QF-PCR (ANEUPLOIDIAS) NEG ARRAY-CGH CARIOTIPO POS CARIOTIPO

33 SERVICIO DE INMUNOLOGÍA Y GENÉTICA Hospital Infanta Cristina de Badajoz

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