CAR.

Transcripción

1 CAR

2 Sistemas de CAR en la UNISON Responsable : María del Carmen Heras Sánchez Asesores Técnicos : Aracely Dzul Campos Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar

3 Infraestructura de Hardware Software y Librerías

4 Infraestructura de Hardware Cluster de 512 Cores de CPU S, 8 GPU S y 2 nodos de visualización Cluster de 46 nodos duales Cluster de 14 nodos Área de Capacitación con 14 PC s Equipo de Video Conferencia Cañones

5 Choya

6 Arquitectura Configuración: 1 Nodo maestro 14 Nodos esclavos 1 Switch 3COM de 24 puertos Gigabit Ethernet Especificaciones: Nodo maestro y Nodos esclavos 1 Procesador Intel Core i core a 3.30GHz, 6144 KB de caché 1 Disco Duro de 500 GB SATA 4 GB de memoria Nombre: choya.acarus.uson.mx IP:

7 Software Instalado Sistema Operativo Scientific Linux SL 5.7 Compiladores Intel 2013 Biblioteca Intel MKL (BLAS+LAPACK) (librerías matemáticas del Intel) Mpich (Librería de paso de mensajes para aplicaciones de memoria compartida y distribuida) Mpich Python (Lenguaje de programación) Python Mpi4Py 1.3 (Versión de MPI para python)

8 Software Instalado Pydicom (Librería para trabajar con archivos DICOM) NumPy (Librerías de computo científico con python) MatplotLib el5 Geany (Editor)

9 Mezquite

10 Cluster de 46 nodos duales Nombre: mezquite.acarus.uson.mx IP: Configuración: 1 Nodo maestro 46 Nodos esclavos 1 Nodo de almacenamiento 4 Switches 3COM de 24 puertos Gigabit Ethernet 2 Switches 3COM de 48 puertos Gigabit Ethernet

11 Configuración Nodo maestro 2 Procesadores Intel Xeon a 3.2Ghz, 2Mb de caché, FSB 800Mhz 2 Discos Duros de 120 GB SATA 8 GB de memoria DDR2-400 (2048x4) ECC REC Nodos esclavos 2 Procesadores Intel Xeon a 3.2Ghz, 2Mb de caché, FSB 800Mhz 1 Disco Duro de 120 GB SATA 8 GB de memoria DDR2-400 (2048x4) ECC REC Nodo de almacenamiento de 4.4 TB Raid 5 2 Procesadores Intel Xeon a 3.2Ghz, 2Mb de caché, FSB 800Mhz 6 Discos duros de 1 TB SATA II 8 GB de memoria DDR2-400 (2048x4) ECC REC

12 Software Instalado Sistema Operativo Linux CentOS 5.3 Compiladores Intel versión Licencia Académica Biblioteca Intel MKL (BLAS+LAPACK). Licencia Académica (Librerías matemáticas del Intel) MatLab R2010b (Es un lenguaje de alto nivel y un entorno interactivo para el cálculo numérico, visualización y programación. ) Gaussian 09 (Paquete de química computacional para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos.) NBO 5.9 (Natural Bond Orbitals) NwChem 6.1 (Paquete de química computacional para el cálculo de propiedades de sistemas moleculares y periódicos.) MPICH (Librería de paso de mensajes para aplicaciones de memoria compartida y distribuida.)

13 Software Instalado Mpich (Librería de paso de mensajes para aplicaciones de memoria compartida y distribuida) OpenMPI Python 2.0 (Lenguaje de programación) Python Python 3.2

14 Ocotillo

15 Arquitectura Configuración: 1 Nodo Maestro 8 Nodos de Calculo CPU 2 Nodos de Visualización Científica 1 Nodo GPU 1 Sistema de Almacenamiento LUSTRE 44TB Red InfiniBand QDR de 40 Gigabit Red de Administración Ethernet Gigabit 1 Sistema de Monitoreo KVM UPS de 20 kva Nombre: ocotillo.acarus.uson.mx IP:

16 Ocotillo - Configuración:

17 Configuración Nodo maestro 2 INTEL XEON SIX-CORE E5680, 3.3 GHZ 24 GB RAM 1.5 TB 15K RPM SAS 6 gb/s Cálculo CPU 4 x C AMD OPTERON 6282SE, 2.6 GHZ = 128 Cores 256 GB RAM 8 TB 7.2K RPM SAS 6GBPS 64 Cores x 8 Servidores x 4 flops x 2.6 GHz = 5,324 GFlops

18 Configuración Nodos de Visualización Científica 2 x R XEON E5620, 2.4 GHZ = 4 Cores 128 GB RAM NVIDIA QUADRO 5000, 2.5 GB RAM = 352 Cores 600 GB 10K RPM SCSI 6GBPS 718 GFlops / GPU Nodo GPU 8 NVIDIA TESLA M2070Q, 1.55 GHZ = 3584 Cores 5 GB RAM dedicada / GPU 8 GPGPUs x 1,024 GFlops = 8,192 GFlops

19 Configuración Almacenamiento Paralelo 2 x R710 2 XEON E5620, 2.4 GHZ = 8 Cores 48 GB RAM 600 GB 15K RPM SCSI 6GB/S MD TB 7.2K RPM SAS 6GbPS 2 x MD TB 7.2K RPM SAS 6Gb/S UPS 20 KVA Banco de Baterías

20 Software Instalado Sistema Operativo Linux CentOS 6.2 Open (Compiladores de C y Fortran) ACML (AMD Core Math Library) Intel Parallel Studio 2013 CUDA 5 (Herramientas de desarrollo para el uso de GPUS de Nvidia) FFTW (Librerías para el calculo de la Transformada Discreta de Fourier) GSL 1.9 (GNU Scientific Library) Gaussian 09 (Paquete de química computacional para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos) NBO 5.0 (Natural Bond Orbitals) NWChem (Paquete de química computacional para el cálculo de propiedades de sistemas moleculares y periódicos.) GROMACS (Paquete para cálculos de dinámica molecular)

21 Software Instalado Mpich (Librería de paso de mensajes para aplicaciones de memoria compartida y distribuida) Mpich OpenMPI MVAPICH2 1.9a (MPI sobre Infiniband)

22 Primeros Pasos Descarga de archivos Conexión a los equipos Cambio de contraseñas

23 Descargas Putty SSH Secure Shell Xming

24 Conexiones Equipo Nombre del Cluster IP Choya choya.acarus.uson.mx Mezquite mezquite.acarus.uson.mx Ocotillo ocotillo.acarus.uson.mx