Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO 2017

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2 Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO 2017 En el primer semestre de 2017 se han publicado dos artículos sobre BEAMing para la determinación de mutaciones de RAS en cáncer colorrectal metastásico. Además, en el congreso de ASCO se han presentado dos abstracts de BEAMing, uno para determinar EGFR en cáncer de pulmón y el otro RAS en cáncer de colon y de pulmón. A continuación se discutirán en detalle por separado. PARTE I - Publicaciones primer semestre RAS en cáncer colorrectal metastásico La determinación de mutaciones en RAS expandido (KRAS y NRAS, incluyendo exones 2,3,4) es obligatoria en pacientes con cáncer colorrectal metastásico (CCRM) antes de iniciar la primera línea de tratamiento para ayudar en la toma de decisiones terapéuticas. Tradicionalmente, la determinación de RAS se ha realizado en tejido tumoral, proceso que está bien estandarizado. Por otra parte, los tumores liberan pequeños fragmentos de DNA tumoral al torrente sanguíneo, el cual representa menos del 1% del total de DNA circulante libre (ctdna). Mediante el uso de tecnologías de alta sensibilidad como BEAMing, es posible determinar mutaciones de RAS en el ctdna en una muestra de sangre del paciente. La determinación de RAS en ctdna aporta algunas potenciales ventajas como son: 1. Prueba mínimamente invasiva con bajo riesgo de complicaciones. 2. Fácil para el paciente, puede hacerse coincidir con la extracción de sangre para la analítica general. 3. Tiempo corto de resultados (3-5 días) desde la extracción de sangre hasta la entrega de resultados comparado con el tejido (7-15 días). 4. Accesibilidad de la muestra, relevante en casos en los que las lesiones son de difícil acceso para biopsia (p. ej., adenopatías retroperitoneales, lesiones pulmonares, cerebrales). 5. Representación de la heterogeneidad tumoral, todas las mutaciones de la lesión primaria o distintas metástasis del tumor están representadas en el ctdna. 6. Elimina problemas con muestras almacenadas. Frecuentemente la determinación de RAS se realiza en la biopsia de la muestra parafinada de tumor primario de la cirugía o colonoscopia que se realizó hace meses o incluso años, la cual puede estar perdida, deteriorada o puede no reflejar el estado mutacional actual del tumor. Dos trabajos publicados en el primer trimestre de 2017 estudiaron la correlación en la determinación de RAS en tejido versus plasma, apoyando la determinación de mutaciones de RAS en ctdna como una potencial alternativa o complementario al diagnóstico y en la toma de decisiones de tratamiento en CCRM. Además se estudió el valor de RAS en plasma para monitorizar el tratamiento de pacientes con CCRM.

3 Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO Ambos trabajos usaron OncoBEAM RAS CRC, el primero y único test de biopsia líquida para determinación de mutaciones RAS en ctdna con marcado CE (CE-marked) in vitro diagnostic (CE-IVD). El kit OncoBEAM RAS CRC incluye 34 mutaciones en RAS recomendadas por las guías terapéuticas (NCCN, ESMO, EMA) (Figura 1). EXON MUTATION COSMIC ID 2 G12S COSM563 2 G12R COSM561 2 G12C COSM562 2 G12D COSM564 2 G12A COSM565 2 G12V COSM566 2 G13R COSM569 2 G13D COSM573 2 G13V COSM574 3 A59T COSM578 3 Q61K COSM580 3 Q61R COSM584 3 Q61L COSM583 3 Q61H COSM585 3 Q61H COSM586 4 K117N TBD 4 K117N TBD 4 A146T COSM27174 Figura 1. Mutaciones en KRAS y NRAS incluidas en el OncoBEAM RAS CRC KIT 34. A continuación se discuten detalles y diferencias de cada uno de los dos estudios. ARTÍCULO 1. Grasselli et al. Concordance of blood- and tumor-based detection of RAS mutations to guide anti-egfr therapy in metastatic colorectal cancer. Ann Oncol 28: , 2017 Estudio prospectivo-retrospectivo que incluyó pacientes de tres hospitales españoles así como pacientes del estudio fase II multicéntrico TTD-ULTRA (NCT ). El objetivo principal era el estudio de la concordancia en la determinación de RAS en tejido comparado con plasma; los objetivos secundarios eran la supervivencia libre de progresión (SLP) y supervivencia global (SG) en pacientes tratados con fármacos anti-egfr según RAS determinado en plasma o tejido. El estudio incluyó pacientes con CCRM que no habían recibido tratamiento anti-egfr previo a la realización de la biopsia líquida, punto clave por la emergencia de mutaciones de RAS con la presión del tratamiento anti- EGFR. La determinación de RAS en tejido se realizó con la tecnología de PCR digital Light Cycler 480 (Roche Life Science) como estándar-of-care (soc) y con BEAMing; la determinación en plasma se realizó mediante BEAMing, con una alta sensibilidad ( ) que permite detectar el ctdna tumoral diluido en DNA circulante no tumoral, comparado con una menor sensibilidad en la determinación de RAS en tejido (tanto para BEAMing como soc).

4 Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO Se incluyeron 150 pacientes. La determinación de RAS en tejido se realizó en el 85% de los casos de la biopsia inicial del tumor primario, y en los casos restantes de una lesión metastásica. Los resultados demostraron una correlación en la determinación de RAS en tejido y plasma de 89.8% (Kappa index 0.81, IC 95% ). Cabe destacar que esta correlación es inferior a la previamente demostrada con BEAMing en series de pacientes con plasma analizado en el laboratorio central de Sysmex-Inostics en Hamburgo o analizado de forma local en hospitales. Esto puede ser explicado en parte por un tiempo largo entre la biopsia de tejido y la extracción de plasma (mediana de tiempo de 20.4 meses; rango meses). Además, el 60% de los pacientes habían recibido al menos una línea de tratamiento entre la biopsia de tejido y la extracción de plasma. Así pues, los 9 casos con RAS detectado en plasma pero no en tejido se podían en parte explicar por la heterogeneidad tumoral espacial, la heterogeneidad tumoral temporal o la mayor sensibilidad de BEAMing plasma. Por el contrario, en los 6 pacientes con discordancia plasma RAS negativo / tejido RAS positivo la discordancia podía ser potencialmente explicada en parte por la baja carga tumoral o la heterogeneidad molecular del tumor. En este estudio, es importante destacar que la fracción de alelos mutados (MAF) en los pacientes con mutaciones de RAS en plasma era muy baja (mediana 0.02%, rango ), y era inferior al 1% en casi la mitad de los pacientes. Ello refuerza la necesidad de usar una técnica altamente sensible que pueda detectar esta pequeña fracción de alelos mutados. En esta serie de pacientes, tecnologías con sensibilidad inferior al 1% no detectarían el 50% de las mutaciones. Está por determinar el umbral de mutaciones detectadas en plasma que tiene relevancia clínica para predecir o no respuesta al tratamiento anti-egfr. Decir que los autores no detectaron diferencias estadísticamente significativas en el porcentaje de mutaciones RAS en plasma en los pacientes que habían recibido quimioterapia comparado con los pacientes que no habían sido expuestos a quimioterapia, así como tampoco encontraron diferencias en el porcentaje de mutaciones RAS en plasma y el número de localizaciones metastásicas. 0, % MAF>0,2 0,4 80 Plasma ctdna RAS MAFs 0,3 0,2 Percentage of samples % MAF 0,05-0,2 12% MAF 0,01-0, % MAF 0,0001-0,01 0,05 0,01 0, Figura 2. Porcentaje de mutaciones RAS en plasma mediante análisis con BEAMing.

5 Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO La mayor novedad de este trabajo, es el estudio del valor predictivo de RAS WT en plasma y RAS WT tejido en los pacientes tratados con anti-egr con irinotecan en segunda o tercera línea (N=52). Con las limitaciones de ser un estudio retrospectivo, los autores encontraron que la supervivencia libre de progresión (SLP) era la misma independientemente de la determinación en plasma o tejido 8.9 meses para RAS wt en tejido y 8.7 meses para RAS wt en plasma. Otro concepto interesante es la relación entre el porcentaje de mutaciones RAS en plasma y la supervivencia, de manera que la determinación de mutaciones RAS con mutat allele fraction (MAF) > 0.1 en sangre, eran un factor pronóstico en el test multivariado. RAS MAF <0.1 HR 1.60 (CI 95% ) P=0.08 B 100% RAS MAF >=0.1 HR 2.87 (CI 95% ) P=0.002 Percentage event-free 80% 60% 40% 20% 0% RAS Wt RAS MAF <0.1 RAS MAF >=0.1 ctdna plasma Time (months) Figura 3. Supervivencia según porcentaje de mutaciones de RAS en ctdna (mutant allele fraction, MAF). MAF es un factor pronóstico. ARTÍCULO 2. Vidal and Muinelo et al. Plasma ctdna RAS mutation analysis for the diagnosis and treatment monitoring of metastatic colorectal cancer patients. Ann Oncol 2017; 28: Estudio prospectivo-retrospectivo que incluyó pacientes de dos hospitales españoles. A diferencia del estudio anterior, el objetivo era triple: a) estudiar el valor de la determinación de RAS en plasma en el diagnóstico y selección de pacientes con CCRM tributarios a tratamiento anti-egfr; b) en pacientes wt al diagnóstico y tratados con anti-egfr, estudiar el uso de OncoBEAM RAS CRC KIT 34 para la monitorización de la aparición de clonas RAS de resistencia; c) en pacientes RAS mutados al diagnóstico, caracterizar el uso de OncoBEAM RAS CRC KIT 34 como surrogate de la carga tumoral para evaluar la respuesta a quimioterapia +/- antiangiogénico. Al igual que el artículo previo, los pacientes no habían recibido tratamiento anti-egfr. La determinación de RAS en el tejido se analizó mediante el estándar-of-care de cada centro (sensibilidad 2%) y el plasma con OncoBEAM RAS CRC KIT 34 (sensibilidad 0.02%). Igual que en el estudio previo, en los casos discordantes en el resultado de RAS tejido-plasma, el tejido se re-evaluó con BEAMing tissue (sensibilidad 1%).

6 Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO Diagnóstico de RAS en plasma Se incluyeron 115 pacientes con CCRM. En la primera parte, el estudio confirmó el uso de OncoBEAM RAS CRC KIT 34 como herramienta para el diagnóstico de RAS en plasma y la selección de pacientes para tratamiento anti-egfr. Los resultados al diagnóstico demostraron una vez más una concordancia del 93% en la determinación de RAS en plasma versus tejido. Esta correlación es idéntica que la previamente publicada por el grupo alemán y australiano, pero algo mayor que el artículo de Graselli et al, quizás por un intervalo entre la extracción tejido - plasma más corto y porque los pacientes no estaban tan tratados con quimioterapia, lo que se traduce en una mediana de porcentaje de mutaciones de RAS en plasma más elevada. Tissue RAS result Mutated No mutated Total Plasma RAS result Mutated No mutated Total Positive agreement: 53/55: 96,4% Figura 4. Correlación entre la determinación de RAS en tejido y en plasma en 115 pacientes con CCRM. El análisis de los casos discrepantes, igual que el estudio previo, apuntó a la mayor sensibilidad de detección de BEAMing plasma, la heterogeneidad tumoral temporal y espacial como posibles causas. A destacar que además, en este estudio, los dos casos discrepantes RAS tejido positivo / RAS plasma negativo eran de pacientes con carcinomatosis peritoneal. Los autores encontraron una asociación significativa entre la localización de metástasis y la detección de RAS en plasma. De manera que aquellos pacientes con metástasis pulmonares únicas o carcinomatosis peritoneal tenían menor cantidad de RAS circulante en plasma; esto puede tener una potencial explicación en el hecho de ser lesiones menos vascularizadas que liberan menos DNA al torrente sanguíneo. Por el contrario, el porcentaje de mutaciones RAS en plasma era muy elevado en pacientes con metástasis hepáticas. El segundo punto interesante a destacar fue una menor cantidad de RAS circulante en aquellos pacientes que habían recibido quimioterapia en las últimas 4 semanas. Finalmente, como en el estudio de Grasselli, se encontró similar SLP para pacientes RAS WT en plasma y RAS Wt en tejido tratados con anti-egfr; así como un valor pronóstico para el porcentaje de mutaciones de RAS en plasma. En conclusión para el primer objetivo, OncoBEAM RAS CRC KIT 34 es una herramienta útil para el diagnóstico de RAS en plasma y la selección de pacientes para tratamiento anti-egfr. Sin embargo existen factores clínicos que pueden influenciar la determinación de RAS en plasma y que debemos tener en cuenta a la hora de usar OncoBEAM RAS CRC KIT 34 para el diagnóstico de RAS en CCRM. En primer lugar, la alta probabilidad de falsos negativos (plasma negativo-tejido positivo) en los pacientes con carcinomatosis peritoneal o lesiones pulmonares pequeñas; en segundo lugar la importancia de extraer la sangre para determinar RAS antes de iniciar el tratamiento con quimioterapia.

7 Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO Monitorización de tratamiento con RAS en plasma En segundo lugar y como novedad, este estudio evaluó el uso de OncoBEAM RAS CRC KIT 34 para monitorizar el tratamiento de los pacientes tanto RAS wt tratados con anti-egfr como RAS mutados tratados con quimioterapia +/- antiangiogénico. En el primer grupo, se analizaron 21 pacientes RAS wt tratados con anti-egfr +/- quimioterapia. La biopsia líquida realizada al finalizar el tratamiento demostró aparición de mutaciones de RAS en 4 pacientes (19%), con varias mutaciones detectadas de forma concomitante en dos casos. Ello demuestra la utilidad de BEAMing para monitorizar la aparición de mutaciones de resistencia y la capacidad de la biopsia líquida de captar la heterogeneidad tumoral y detectar en una misma extracción varias clonas con distintas mutaciones. En el segundo grupo, OncoBEAM RAS CRC KIT 34 se usó como marcador de carga tumoral para monitorizar la respuesta en 12 pacientes tratados con quimioterapia +/- antiangiogénico. Se observó una disminución de frecuencia en mutaciones de RAS en plasma en todos los casos que se beneficiaron del tratamiento (respuesta parcial o enfermedad estable), apuntando a una utilidad de OncoBEAM RAS CRC KIT 34 como herramienta complementaria en la evaluación de respuesta, con especial interés en los casos tratados con anti-angiogénico en los que los criterios RECIST tienen limitaciones. Tumor load (% of baseline) 120 Tumor load (% of baseline) Plasma NRAS61 MAF 7% % 6% 5% % 4% 60 3% 40 2% 20 1% 0.04% 0.07% 0.00% 0.00% 0 0% % NRAS61 mutuant ctdna fraction FOLFOX-BEVACIZUMAB FOLFIRI-AFLIBERCEPT Baseline 4 weeks treatment CT scan: SD Surgery Disease recurrence CT scan: SD Figura 5. Monitorización de la respuesta a quimioterapia y antiangiogénico mediante determinación de mutaciones de RAS en plasma en un paciente con CCRM.

8 Resumen BEAMing. Publicaciones primer semestre 2017 y ASCO PARTE II - Publicaciones en el Congreso anual de ASCO 2017 Se presentaron dos pósters en el congreso anual de ASCO 2017 de BEAMing, uno para la detección de mutaciones de EGFR en cáncer de pulmón y el otro para la detección de RAS en cáncer colorrectal y de pulmón. Póster 1- Complete clearance of plasma EGFR mutations as a predictor of outcome on osimertinib in the AURA trial. Kenneth Stephen Thress et al. J Clin Oncol 35, 2017 (suppl; abstr 9018) Osimertinib presenta respuestas duraderas en pacientes con la mutación T790M después de tratamiento con inhibidores TKI de EGFR. En este estudio los autores evaluaron los cambios en plasma de mutaciones de EGFR en pacientes tratados con osimertinib y su asociación con respuesta al tratamiento. Se analizaron pacientes del estudio fase I AURA (NCT ), con resistencia adquirida a EGFR TKI y una mutación T790M basal positiva en tejido y/o plasma. Se analizaron mediante BEAMing mutaciones de EGFR (Ex19del, L858R and T790M) en plasma a las semana + 6 de tratamiento con osimertinib, y se comparó la eficacia de osimertinib en pacientes con mutaciones detectadas versus pacientes sin mutaciones detectadas en el plasma de la semana +6 de tratamiento. Se incluyeron 143 pacientes. La negativización de mutaciones en plasma en la semana +6 se observó en 92/143 (64%) pacientes. La supervivencia libre de progresión (SLP) fue más prolongada en aquellos pacientes con negativización de mutaciones en plasma (10.9 m; 95% CI 9.5, 15.2) comparado con pacientes sin negativización (5.5 m; 95% CI 3.9, 6.7). Resultados similares se observaron para la tasa de respuesta (ORR; 70%; 95% CI 59%, 79% vs. 35%; 95% CI 22%, 50%). Estos resultados sugieren la negativización de EGFR en plasma a la semana 6 como un factor predictor de respuesta a osimertinib. Asimismo, la falta de negativización en plasma puede indicar la presencia de mecanismos de resistencia heterogéneos. Estos resultados están siendo validados en una cohorte independiente de pacientes. Póster 2. Comparison of BEAMing assays and competitive approaches in the detection of main alteration of RAS in circulating DNA of non small-cell lung cancer (NSCLC) and metastatic colon cancer. Jessica Garcia et al. J Clin Oncol 35, 2017 (suppl; abstr e23056) Este estudio comparó la determinación de mutaciones de RAS en plasma basal en una cohorte de 24 pacientes con cáncer de colon y a la progresión en una cohort de 24 pacientes con cáncer de pulmón, mediante tres tecnologías: BEAMing, NGS NextSeq 500 de Illumina y ddpcr de BioRad. Los autores encontraron una alta sensibilidad y especificidad usando BEAMing, con un concordancia con el tejido del 96% y 73% para cáncer de colon y cáncer de pulmón, respectivamente. Por el contrario, usando las otras dos tecnologías la concordancia fue inferior. Estas diferencias son debidas a la distinta sensibilidad de las tres tecnologías para detectar mutaciones en sangre: 1% para ddpcr y Illumina versus 0.03% para BEAMing. En conclusión, mientras NGS permite analizar paneles de varios genes a la vez, BEAMing permite detectar y monitorizar con alta sensibilidad mutaciones puntuales en sangre de pacientes.

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