Uso de técnicas de NGS (Next Generation Sequencing) en el diagnóstico de las miopatías. Dr. A. Jiménez Escrig S. de Neurología Hospital Ramón y Cajal

Tamaño: px

Comenzar la demostración a partir de la página:

Download "Uso de técnicas de NGS (Next Generation Sequencing) en el diagnóstico de las miopatías. Dr. A. Jiménez Escrig S. de Neurología Hospital Ramón y Cajal"

Virginia Palma Roldán
hace 8 años
Vistas:

1 Uso de técnicas de NGS (Next Generation Sequencing) en el diagnóstico de las miopatías Dr. A. Jiménez Escrig S. de Neurología Hospital Ramón y Cajal

2 Conflictos de interés

5 SECUENCIACION POR SANGER Next Generation Sequencing (NGS) genoma Captura: panel de genes exoma

6 SECUENCIACION SANGER 500$ SECUENCIACION DE NUEVA GENERACION 500$ CAPN3 4 dias 4 dias

7 OBJETIVOS 1)DESCRIPCION DE LA NGS 2) PRESENTACION DE CASOS 3) DISCUSION

$ababbaaabaaaaa`]`ba`]àaaayd\\_a``xt @IRIS:7:1:17:1757#0/1 TTTTCTCGACGATTTCCACTCCTGGTCNACGAATCC + aaaaaa`àaaàaaa_â```]][z[dy^xyv^_y @IRIS:7:1:17:1479#0/1 CATATTGTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGAT +$ abaaaaaà```âaaaa`_]aaaàaa a_x]``.

8 bioinformática 16G RAM/4 GTCAGGACAAGAAAGACAANTCCAATTNACATTATG + GGAAACACTACTTAGGCTTATAAGATCNGGTTGCGG + TTTTCTCGACGATTTCCACTCCTGGTCNACGAATCC + CATATTGTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGAT + abaaaaaà```âaaaa`_]aaaàaa a_x]`` fastq, fq Exoma 5-10 Genoma 500 G PIPELINE 1) ALINEACION CON GENOMA DE REFERENCIA SAM, BAM (BWA, BOWTIE, NOVOALING, SOAP, ) 1:497:R: M17D24M M CGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAG 0;==-==9;>>>>>=>>>>>>>>> 19:20389:F:275+18M2D19M M2D19M = GTAGTACCAACTGTAAGTCCTTATCTTCATACTTTGT ;44999;499<8<8<<<8< 9: M2I25M:R: M2I27M = CACCACATCACATATACCAAGCCTGGCTGTGTCTTCT <;9<<5><<<<><<<>><<><... 2) VARIANT CALL VCF (GATK, FREEBAYES, ) #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO rs11449 G A. PASS. GT 0/0 0/ rs84825 C T. PASS. GT:GP 0/1:0.03,0.97, rs84823 T G. PASS. GT:PL 1/1:10,5,0. 3) ANOTACION (ANNOVAR, KGGSEQ)

10 bioinformática 16G RAM/4 GTCAGGACAAGAAAGACAANTCCAATTNACATTATG + GGAAACACTACTTAGGCTTATAAGATCNGGTTGCGG + TTTTCTCGACGATTTCCACTCCTGGTCNACGAATCC + CATATTGTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGAT + abaaaaaà```âaaaa`_]aaaàaa a_x]`` fastq, fq Exoma 5-10 Genoma 500 G PIPELINE 1) ALINEACION CON GENOMA DE REFERENCIA SAM, BAM (BWA, BOWTIE, NOVOALING, SOAP, ) 1:497:R: M17D24M M CGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAG 0;==-==9;>>>>>=>>>>>>>>> 19:20389:F:275+18M2D19M M2D19M = GTAGTACCAACTGTAAGTCCTTATCTTCATACTTTGT ;44999;499<8<8<<<8< 9: M2I25M:R: M2I27M = CACCACATCACATATACCAAGCCTGGCTGTGTCTTCT <;9<<5><<<<><<<>><<><... 2) VARIANT CALL VCF (GATK, FREEBAYES, #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO rs11449 G A. PASS. GT 0/0 0/ rs84825 C T. PASS. GT:GP 0/1:0.03,0.97, rs84823 T G. PASS. GT:PL 1/1:10,5,0. 3) ANOTACION (ANNOVAR, KGGSEQ)

11 FILTRADO VARIANTES TOTALES 1000 VARIABLES INFRECUENTES 200 FILTRADO ESTRUCTURAL (MISSENSE, SPLICING) 8 GENES CANDIDATOS 1-3 PATRON HERENCIA/TRIOS/SEGREGACION

12 PM PM 1er afectado 2º afectado 3er afectado ? calpaina-3 δαβ-sarcoglicanos disferlina EXOMA

15 PM PM

19 I:1 I:2 II:1 II:1 II:2 III:1 III:2

23 HIPERCKEMIA I:1 I:2 II:1 II:1

COBERTURA Y TIPOS DE EXOMA TIPO DE ESTUDIO EXOMA EXOMA CLINICO MARCA COMERCIAL VERSION COVERTURA AGILENT NIMBLEGENE ILLUMINA PANELES DE GENES - V2,V3,V4,V5

24 COBERTURA Y TIPOS DE EXOMA TIPO DE ESTUDIO EXOMA EXOMA CLINICO MARCA COMERCIAL VERSION COVERTURA AGILENT NIMBLEGENE ILLUMINA PANELES DE GENES - V2,V3,V4,V5 V2,V3 TRUESEQ, NEXTERA Nº GENES COSTE ILLUMINA TRUESEQONE AGILENT SURESELECT

25 Estudio de genética mitocondrial con NGS Enfermedades mitocondriales: -mutaciones puntuales -deleciones, duplicaciones Trastornos mitocondriales S. Fatiga crónica HiperCKemia Intolerancia ejercicio

26 EXOMA PLAQUETAS GENOMA

27 PROTOCOLO DE ESTUDIO DE ENFERMEDADES MITOCONDRIALES

1-4 genes 1-100 genes Genomas pequeños, ej. Mitocondria Exoma Genoma humano ~ 180.

. Enfermedades mitocondriales Ausencia de hipótesis, Genes grandes Paneles de genes Grandes reordenamientos Trastornos intrónicos NGS Claro gen

28 1-4 genes genes Genomas pequeños, ej. Mitocondria Exoma Genoma humano ~ exones Claro gen candidato Examen de mutaciones conocidas Síndrome clínicos: miopatías, ataxias, CMT,.. Enfermedades mitocondriales Ausencia de hipótesis, Genes grandes Paneles de genes Grandes reordenamientos Trastornos intrónicos NGS Claro gen candidato: distrofina, DM1 Repeticiones: DM1, DM2 Reordenamientos genómicos: FSHD Delecciones/inserciones intrónicas Ausencia de hipótesis Número alto de genes para un mismo fenotipo Gen de gran tamaño Mutaciones puntuales NGS, BIOPSIA, EMG,..

29 SEQUENCING SEQUENCING & SEQUENCING Study gene regulation Gene regulation whole genome/targeted region resequencing SVs, SNPs identifying, Exome sequencing whole genome sequencing targeted region sequencing Omics DNA methylation Gene expression Protein expression mrna, ncrna, small RNA, micro RNA, regulatory RNA RNA-Seq (transcriptom) Proteome Protein-DNA ChIP-Seq Metagenomics Protein

Herramienta diagnóstica que es: no invasiva económica tiempo de realización corto 1er nivel de screening de pacientes con miopatías Aplicabilidad en casos no

30 Herramienta diagnóstica que es: no invasiva económica tiempo de realización corto 1er nivel de screening de pacientes con miopatías Aplicabilidad en casos no genéticos Medicina personalizada Un escalón más en el diagnóstico Interacción de genes/hallazgos incidentales/farmacogenómica Programas de pacientes sin diagnóstico

31 AGRADECIMIENTOS A. Sánchez E. Bazán G. Muñoz M.A. Moreno E. G.Galoway H. Pian. P. Auxiliar y Administativo del S. de Neurologia adriano.jimenez@hrc.es

Documentos relacionados

CURSO TALLER GENÉTICA MOLECULAR DE LAS ENFERMEDADES HEREDITARIAS Y CÁNCER. Diagnóstico molecular en el laboratorio clínico.

CURSO TALLER GENÉTICA MOLECULAR DE LAS ENFERMEDADES HEREDITARIAS Y CÁNCER. Diagnóstico molecular en el laboratorio clínico. 2ª EDICIÓN AVALADO POR: AUSPICIADO POR: Aval universitario en trámite Dirigido