Microarreglos: una forma de entender el feto

Transcripción

1 Microarreglos: una forma de entender el feto CLAUDIA SERRANO, M.D.,MSC Médica Gineco-obstetra y genetista Directora médica y científica Genética, confiable e innovadora

2 Exoma fetal Tamizaje Ultrasonido HGC-a NGS Microarreglos SNP s Enfermedades monogenicas FISH - q-pcr Cariotipo

3 Dificultad diagnóstica 15-20% de malformaciones son cromosómicas 30-40% Enfermedades monogénicas /del-dup Expresión variable Fenotipos incompletos Heterogeneidad genetica y alélica Prenat Diagn 2010; 30:

4 Como resuleve el problema No es necesario tener un diagnóstico clínico exacto Evalúa varias regiones cromosómicas y/o ADN de forma simultánea Costos aceptables Oportunidad Prenat Diagn 2010; 30:

5 Qué es un MICROARREGLO o un ARRAY? Genética, confiable e innovadora

6 Qué es un MICROARREGLO o un ARRAY? Genética, confiable e innovadora

7 Microarreglo o Hibridación Genómica Comparada

8 Cómo se hace HGC-a? Genética, confiable e innovadora

9 Cómo se hace microarreglo+snp? Genética, confiable e innovadora

10 Cómo se hace microarreglo+snp? Contaminación materna de la muestra UPD Mosaicismo Triploidía

11 Tipos de microarreglos

12 Tipos de microarreglos Resolución SNP ADN/ARN Prenatal ADN Alta resolución ARN

13 HIBRIDACION GENOMICA COMPRADA POR ARRAYS MICROARREGLOS: Cuenta con SNP s que permiten el diagnóstico de pérdida de heterozigosidad (LOH), disomía uniparental (UPD)y contaminación matera en las pruebas prenatales CARACTERISTICAS CGH-a acgh OPTIMA CytoScan750K CytoScanHD Resolución 160K 160K 750K 2.67 Millones K Marcadores SNPs , ,436 6,876,796 Marcadores No Polimórficos , ,000 1,953,246 Resolución perdida de la heterozigosidad (LOH) No Aplica 5 Mb 1 Mb 1 Mb Mosaicismo A partir del 30% A partir del 30% A partir del 20% A partir del 15% UPD No Si Si Si Resolución Deleciones 1 Mb 1 Mb 1 Mb 10 Kb Resolución Duplicaciones 2 Mb 2 Mb 2 Mb 25 Kb PRENATAL 396 genes 396 genes No se recomienda para Dx prenatal No se recomienda para Dx prenatal Tiempo de entrega días calendario días calendario días calendario días calendario Genética, confiable e innovadora Genética, confiable e innovadora

14 HIBRIDACION GENOMICA COMPRADA POR ARRAYS MICROARREGLOS: Cuenta con SNP s que permiten el diagnóstico de pérdida de heterozigosidad (LOH), disomía uniparental (UPD)y contaminación matera en las pruebas prenatales CARACTERISTICAS CGH-a acgh OPTIMA CytoScan750K CytoScanHD Resolución 160K 160K 750K 2.67 Millones K Marcadores SNPs , ,436 6,876,796 Marcadores No Polimórficos , ,000 1,953,246 Resolución perdida de la heterozigosidad (LOH) No Aplica 5 Mb 1 Mb 1 Mb Mosaicismo A partir del 30% A partir del 30% A partir del 20% A partir del 15% UPD No Si Si Si Resolución Deleciones 1 Mb 1 Mb 1 Mb 10 Kb Resolución Duplicaciones 2 Mb 2 Mb 2 Mb 25 Kb PRENATAL 396 genes 396 genes No se recomienda para Dx prenatal No se recomienda para Dx prenatal Tiempo de entrega días calendario días calendario días calendario días calendario Genética, confiable e innovadora Genética, confiable e innovadora

15 Alteraciones cromosómicas Numéricas Deleciones/duplicaciones Disomías uniparentales Mosaicos Perdida de heterocigocidad

16 Caso clínico años - G2P1A0 Amenaza de aborto Exposición a alcohol moderado RCIU desde la semana 27 Ecografías: CIV

17 66754

18 66754 Genética, confiable e innovadora

19 66754

20 Caso clínico años - G2P1A0 SN: 9,5 mm Hueso nasal hipoplásico Regurgitación tricuspidea Pie equivo-varo bilateral Acortamiento mesomélico extremidades Hidrops fetal

21 ,XY,t(14;22)(q32;q11.2),-22 Genética, confiable e innovadora

22 ,XY,t(14;22)(q32;q11.2),-22

23 ,XY,t(14;22)(q32;q11.2),-22

24 Caso clínico años G1P1A0 46,XX,t(4;8)(q35;q22) Embarazo de 26 semanas: RCIU, tetralogía de Fallot NIPT: negativo Tamizar? Dx Invasivo? NIPT? Seguimiento ecográfico? Nada?

25 65422 Madre con cariotipo 46,XX,t(4;8)(q35;q22)

26 65422 Madre con cariotipo 46,XX,t(4;8)(q35;q22)

27 63483 Primigestante de 34 años con embarazo de 26 semanas con cardiopatía conotruncal, estenosis pulmonar.

28 65748 arr(hg18)2p12p11.2 (76,865,584-89,129,064)x2-3

29 64858 Pérdida de heterocigocidad Mayores a 10Mb - Genes recesivos

30 65358 Contaminación materna

31 Tasa de detección de CNV s según las malformaciones congénitas halladas

32 Alteración Detección de anomalías Diagnóstico prenatal 6% SN >3,5 mm 12% (5-20%) Deseo materno Padres portadores de alteraciones congénitas 0,3-0,5% 1,5% fetos sanos Observaciones análisis prenatales 5,5% cariotipo normal 72% alteraciones <10Mb 1,4% alteración adicional a la hallada en el cariotipo 1,1% VOUS 6% sin otras anomalías estructurales 13-20% otras anomalías US 2% hallazgos significado indeterminado Posiblemente es el Rx en la población general de RM Publicaciones Shaffer et al, 2012 Wou et al Leung et al 2011 Donelly et al 2014 Armengol et al 2010 Wou et al % Rearreglos balanceados Breman et al 2012 Obito fetal 8,2% Liu et al 2011 Abortos 40% PRG Sugiura et al 2012 Retardo psicomotor, autismo y malformaciones postnatales 20% Camaro et al 2010 Calou et al 2017

33 Limitaciones Análisis de la información prenatal puede ser dispendiosa y hallazgos con implicaciones desconocidas VOUS Algunas alteraciones deben ser confirmadas con otras técnicas Costos

34 Interpretación de resultados US anormal FISH q-pcr Anormal Normal Array Anormal Normal VOUS LOH Cariotipo padres NGS- exoma fetal Array padres Enf recesivas

35 Indicaciones J. Suela et al. / Med Clin (Barc). 2017;xxx(xx):xxx.e1 xxx.e8

36 Indicaciones 1. CUANDO EL CARIOTIPO ES NORMAL. Cardiopatías, defectos fosa posterior, SN aumentada, múltiples malformaciones, labio y paladar hendido, D.E. 2. Cromosomas marcadores 3. Translocaciones balanceadas 4. Translocaciones no balanceadas 5. Óbito fetal con malformaciones

37 Microarreglos: una forma de entender el feto. Familia: asesoramiento genético Ventajas - Limitaciones Confirmar con otras pruebas Genética, confiable e innovadora

38 Gracias Genética, confiable e innovadora