Descripción de la máquina.

Transcripción

1 Descripción de la máquina. Altix 3700 Bx2. 64 procesadores 1600 MHz Intel Itanium 2 Rev. 1 Processor y con una memoria 128 GB. ip y dns abaco.sim.ucm.es. Linux basado en Redhat Enterprise AS version 3.0.

2 1. PROGRAMAS DE CONEXIÓN. Conexión remota a través del protocolo ssh. SSH Secure Shell Client para una conexión segura y un icono denominado SSH Secure File Transfer Client para la realización de FTP seguro. El programa Exceed puede actuar como un servidor de ventanas X.

3 2. INTRODUCCIÓN A LINUX. Un shell es un entorno, para la relación con el sistema basados en modo texto (a través de comandos). tcsh, bash, bsh y ksh son los más habituales. Algunas nociones básicas: Teclear exactamente, diferenciar mayúsculas y minúsculas, carácter % para root (administrador), autorrellenado con Tab, cambio de directorio

4 ALGUNOS COMANDOS SENCILLOS. Manual de comandos de Linux: man Sintaxis: man <comando> q para salir. Cambio de contraseña: passwd Fecha: date, cal Uso del terminal: who, whoami Limpiar la consola: clear

5 COMANDOS MÁS UTILIZADOS. Listado del contenido de directorios: ls Este comando admite múltiples opciones (ver man ls). Es posible combinar las acciones. Nota: El carácter * representa cualquier conjunto o secuencia de caracteres. El carácter? representa cualquier carácter, pero sólo uno.

6 Creación de directorios: mkdir Borrado de subdirectorios: rmdir Cambio de directorio: cd Situación actual: pwd Copia de ficheros: cp Traslado y cambio de nombre de fich: mv Realiza la misma función que cp pero se destruye el fichero original y sólo queda el fichero destino.

7 Enlaces a ficheros: ln En realidad sólo existe un fichero pero puede haber varios enlaces o accesos al mismo. A diferencia de los comandos cp y mv, este comando toma más precauciones, ya que advierte previamente si el nombre nuevo está ocupado, y en este caso no se ejecuta. Los ficheros enlazados a otro se borran como los ficheros normales. El contenido del fichero sólo se borra cuando se borran todos los enlaces al fichero.

8 Borrado de ficheros: rm Se recomienda usar siempre el comando -i (ej. rm i file 1) para evitar el borrado de ficheros útiles. Características de un fichero: file Cambio de modo de los ficheros: chmod Los permisos se ven con: ls l Sintaxis: chmod [u,g,o,a] [+/-][r,w,x] [archivos] (ej. chmod a r fichero.txt). Los permisos de lectura, escritura y ejecución tienen un significado diferente cuando se aplican a directorios. Espacio ocupado en disco: du, df y quota

9 VISUALIZACIÓN DE FICHEROS. Visualización sin formato: cat También permite copiar uno o más ficheros como apéndice de otro ya existente. El carácter > se utiliza para almacenar un fichero en otro, y >> para añadir al final de un fichero (ej. cat file1 > file3). Se verá después. Cabecera: head Visualización con formato: pr Está muy en relación con el comando lp (de salida por impresora). El carácter > crea un fichero nuevo al original, pero con formato.

10 BÚSQUEDA DE FICHEROS. Búsqueda de ficheros: grep Sintaxis:grep 'conjuntocaracteres file Las expresiones regulares son una forma de describir patrones (utilizando caracteres especiales de Linux) para la búsqueda de unas determinadas líneas dentro de uno o más ficheros ASCII

11 COMPRESIÓN. Compresión: tar y gzip tar sirve para agrupar varios ficheros en un solo fichero, mientras que gzip sirve para comprimir un fichero. Es típico emplear tar y gzip de forma consecutiva, para obtener ficheros con extensión tar.gz o tgz (similar a un zip de Windows).

12 3. REDIRECCIONES Y Redirecciones: TUBERÍAS. El operador > de redirección dirige la salda estándar hacia la salida indicada a continuación (normalmente un fichero). El operador < redirige la entrada estándar desde un determinado fichero. El operador >> redirige la salida estándar hacia otro fichero, pero en modo append.

13 Tuberías: El concepto de tubería (pipe), consiste en empalmar la salida estándar de un comando con la entrada estándar de otro. Con el operador de tubería se pueden empalmar tantos comandos como se desee. Bifurcación o T: El operador tee hace que la salida de un comando, además de redirigirse a un determinado fichero, se bifurque también hacia la terminal

14 4. PROGRAMAS DE COMANDOS. SCRIPTS. Una primera forma de agrupar comandos la ofrece Linux por medio del carácter: ; Es posible agrupar en un fichero distintos comandos para ejecutarlos con una sola instrucción posteriormente. Para ejecutar este script, puede teclearse el comando sh fichero_de_comandos, o bien convertirlo (mediante chmod) para que sea directamente ejecutable.

15 Las órdenes sh fichero_de_comandos y fichero_de_comandos no son enteramente equivalentes. Para que las variables del shell original conserven su valor en el nuevo shell, es necesario preservarlo con el comando export antes de abrir el nuevo shell. Para introducir líneas de comentarios en un script, basta comenzar dichas líneas con el carácter #

16 VARIABLES DE ENTORNO O DEL SHELL. UNIX permite definir variables en un script: USER=/mnt/mecan/juanto TERM=hp2392 Si utilizamos en el script el valor de TERM, hay que escribir $TERM y se sustituirá por su valor. El comando set muestra las variables de entorno estándar que Linux tiene definidas para cada usuario.

17 COMANDO ECHO. El comando echo imprime un determinado texto en el terminal, es útil en los scripts. Cuando el texto contiene alguno de los caracteres especiales de UNIX ( *? [ ] > >> < & ; \ ' ) hay que tratarlos como caracteres literales y no como metacaracteres. La barra invertida \ anula un metacaracter. Las comillas simples anulan el significado de todos los caracteres contenidos en ellas.

18 Las comillas dobles anulan el significado de todos los caracteres excepto los metacaracteres ` \. El carácter \ tiene otros significados,cuando en un comando echo aparecen los caracteres \c y \n quiere decir, respectivamente, que no se cambie de línea y que se salte de línea, al escribir por la pantalla. Cuando en un comando echo aparece el nombre de otro comando encerrado entre el carácter ` (p.ej. `date`, `who`, `ls`,...), el nombre de dicho comando se sustituye por el resultado que genera al ejecutarse interactivamente.

19 PARÁMETROS DE LOS PROGRAMAS DE COMANDOS. Los scripts pueden recibir como parámetros un conjunto de una o más variables. Dentro del script, estas variables o parámetros se conocen o identifican con los nombres 0, 1, 2,..., 9. La variable 0 representa el propio nombre del fichero de comandos, y 1, 2,..., 9 son los nombres de los parámetros propiamente dichos.

20 EJECUCIÓN DE PROGRAMAS Ejecución en Background: Para recuperar el control del terminal tras el lanzamiento a ejecución, basta añadir el carácter & al final del comando de ejecución. Para detener definitivamente dicha ejecución (no se puede detener temporalmente) se puede utilizar el comando kill Para que el programa continúe ejecutándose aun cuando hayamos terminado la sesión, hay que utilizar el comando nohup nice permite realizar ejecuciones con baja prioridad

21 5. GESTOR DE COLAS. batch1d batch15d batchduro Limite CPU 24 horas, 1 semana de ejecución,40 procesadores simultáneos, 8 por usuario. Ejecución en 1 CPU, Cola por defecto. Limite CPU 15 días, 1 mes de ejecución, 40 procesadores simultáneos, 8 por usuario. Ejecución en 1 CPU Limite CPU 2 meses, 4 meses de ejecución, 40 procesadores simultáneos, 8 por usuario. Ejecución en 1 CPU paralelo Limite CPU 2 meses, 4 meses de ejecución, 56 procesadores simultáneos, 16 por usuario. Ejecución hasta en 8 CPU.

22 TRABAJOS EN UNA COLA Envío de trabajos a una cola. bsub [-q nom_cola] [trabajo [argumento]] Información del estado de colas. bqueues [-w -l [nom_cola]] Información del estado de los trabajos. bjobs [-w -l] [-q nom_cola] [-u nom_us all] Eliminación de un trabajo enviado. bkill id

23 6. COMPILACIÓN. INTEL FORTRAN IFORT Usaremos el comando ifort tanto para compilar como para cargar programas realizados en Fortran 77, 90 o 95 respectivamente. La sintaxis general del comando es: ifort [-opciones[args]]... fichero [fichero]... [-opciones[args]]

24 Ficheros de entrada, que serán interpretados según su extensión:.f,.for,.ftn,.fpp,.f,.for,.ftn ó.fpp : Fuentes Fortran con formato fijo, son pasados directamente al compilador..f90 o.f90 : Fuentes Fortran con formato libre, son pasados directamente al compilador..o : Módulos objeto, serán pasados al cargador..a : Librería estática u otro fichero lincable..s : Ficheros fuente en lenguaje ensamblador simbólico.

25 Ficheros de salida: La ejecución del comando ifort puede producir: Fichero(s) objeto si se especifica la opción -c Fichero(s) ejecutable(s) si no se especifica -c Listado(s) de la compilación con la opción V Por defecto el nombre de un ejecutable será a.out El de un objeto será el mismo que el del fuente con extensión.o Los ficheros con listados de compilación se llamarán igual que las fuentes originales con extensión.l

26 Múltiples ficheros e interacción de opciones: -o : Renombra los ficheros de salida. El comando ifort admite varios ficheros de entrada. Si se aplican a la vez las opciones -c y -o se crea un único objeto a partir de los programas fuente. Si se indican simultáneamente las opciones -V y -c se genera un listado por cada fuente de entrada. Especificando sólo -V se genera un único listado.

27 Ejecución y ejemplos: Para ejecutar un programa bastará con teclear el nombre del ejecutable al prompt del sistema. Un ejemplo sencillo sería: ifort median.for generaría a.out ifort -o median median.for renombra la salida ifort -c median.for además del ifort -o median median.o ejecutable se guarda el objeto

28 Optimizaciones básicas -O0 Deshabilita todas las optimizaciones. Es útil cuando se está desarrollando y depurando código -O1 Optimiza en espacio. Omite las optimizaciones que aumentan el tamaño sin mejorar apreciablemente el rendimiento -O2 Optimiza en velocidad. Es el nivel de optimización por defecto. Mejora apreciablemente el rendimiento a costa del tamaño del ejecutable -O3 Optimización agresiva en velocidad. Incluye las optimizaciones introducidas con -O2 más otras de más alto nivel.

29 INTEL C/C++ ICC Usaremos el comando icc tanto para compilar como para cargar programas realizados en C Para tener una información mas detallada del uso del compilador y de la sintaxis existente, teclear man icc. La sintaxis general del comando es: icc [-opciones[args]]... fichero [fichero]... [-opciones[args]]

30 Ficheros de entrada, que serán interpretados según su extensión:.c,.c,.i : Fichero de entrada con el código fuente escrito en C, es pasado directamente al compilador..cc,.cpp,.cxx,.ii : Fichero de entrada escrito en C,es pasado directamente al compilador..o: Módulos objeto, serán pasados al cargador..a: Librería estática u otro fichero lincable..s: Ficheros fuente en lenguaje ensamblador simbólico.

31 Ficheros de salida: La ejecución del comando icc puede producir: Fichero(s) objeto si se especifica la opción -c Fichero(s) ejecutable(s) si no se especifica -c.a : Fichero(s) lenguaje ensamblador simbólico si se especifica la opción -s. Por defecto el nombre de un ejecutable será a.out El de un objeto será el mismo que el del fuente con extensión.o

32 Múltiples ficheros e interacción de opciones: -o : Renombra los ficheros de salida. -S : Compila los ficheros fuente especificados y genera el programa en lenguaje ensamblador simbólico con el sufijo.s El comando icc admite varios ficheros de entrada. Si se aplican a la vez las opciones -c y -o se crea un único objeto a partir de los diversos programas fuente. Si no se combinan ambas opciones, se genera un objeto por cada fuente.

33 Ejecución y ejemplos: Para ejecutar un programa bastará con teclear el nombre del ejecutable al prompt del sistema. Un ejemplo sencillo sería: icc prueba.c generaría a.out icc -o prueba prueba.c renombra la salida icc -c prueba.c además del icc prueba.o -o prueba ejecutable se guarda el objeto

34 Optimizaciones básicas -O0 Deshabilita todas las optimizaciones. Es útil cuando se está desarrollando y depurando código -O1 Optimiza en espacio. Omite las optimizaciones que aumentan el tamaño sin mejorar apreciablemente el rendimiento -O2 Optimiza en velocidad. Es el nivel de optimización por defecto. Mejora apreciablemente el rendimiento a costa del tamaño del ejecutable -O3 Optimización agresiva en velocidad. Incluye las optimizaciones introducidas con -O2 más otras de más alto nivel.

35 COMPILACIÓN Y EJECUCIÓN MPI En icc y ifort, si después de los flags y del codigo fuente ponemos lmpi accederemos a las librerías que tienen implementadas las funciones de mpi. Nuestro programa ya compilado, se ejecuta poniendo mpirun -np numprocesos nomejecutable mpirun -np 4 saludos.out