Estrategia utilizada

Transcripción

1 Estrategia utilizada 1) Extracción HIV RNA V ) One Step RT-PCR (x triplicado) 3) 2 nd PCR (A1 A2 A3) A1 A2 A3 4) Secuencuiación A1 A2 A3 TGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACATGTAGGACG AGGGAGATCAATTTATGCAACAGAAAAAATAATAGGAGATACAAAAC AAGCACATTGT TGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACATGTAGGACG AGGGAGATCAATTTATGCAACAGAAAAAATAATAGGAGATACAAAAC AAGCACATTGT TGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACATGTAGGACG AGGGAGATCAATTTATGCAACAGAAAAAATAATAGGAGATACAAAAC AAGCACATTGT

2 Interpretación de Resultados Algoritmo Bio-informatico informatico geno2pheno [CORECEPTOR]

3 geno2pheno TGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACATGTAGGACGAGGGAG [CORECEPTOR] ATCAATTTATGCAACAGAAAAAATAATAGGAGATACAAAACAAGCACATTGT TGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATA CATGTAGGACGAGGGAGATCAATTTATGCAACAGA AAAAATAATAGGAGATACAAAACAAGCACATTGT

4 geno2pheno [CORECEPTOR] A1 effective not effective A2 A3 effective effective effective effective Report use A-CCR5 not use A-CCR5 effective consider effective consider

5 Resultados Posibles FPR: 2 < g2p < 5.75 A-CCR5: No Efectivo < considerar < efectivo

6 Tropismo Viral Para su determinación en plasma se requiere una carga viral > 1000 copias/ml Su aplicación esta definida y restringida para Fallo terapéutico Pacientes Naive.

7 Situaciones donde uno desearía definir el tropismo con viremia no detectable Cuando se requiere cambiar un régimen en pacientes con carga viral no detectable (< 50 copias/ml) como consecuencia de: Toxicidad Simplificación terapéutica

8 Ensayo Genotípico de Tropismo en HIV-DNA proviral en CMSP (PMBC) Sangre Buffy Coat HIV-DNA RT-PCR V3 loop Interpretación de resultados Secuencia Automática

9 Que Test de Tropismo Viral usar? Tropismo en HIV-RNA (plasma) ó Tropismo en HIV-DNA (proviral) en CMSP? Paciente CV Mayor 1000 copias (pl asma) CV menor a 1000 copias (células - Buffy Coat) Näive Fallo Toxicidades Simplificación Tropi smo HIV- RNA Tropi smo HIV- RNA Tropismo en HIV- DNA proviral Tropismo en HIV- DNA proviral

10 Futuro inmediato: Aplicación de la segunda generación de tecnología de secuenciación: PIROSECUENCIACIÓN

11

12

13 Carga Viral en DBS (Dried Blood Spot Gota de sangre seca) DBS implica recolectar sangre entera en papel de filtro específico Whatman (Protein Saver 903 Card ref ) Usualmente se colocan 50 µl de sangre entera (o plasma) por cada spot (2 a 4 por cartón). Debe ser secado a temperatura ambiente y almacenado en un sobre con disecante para evitar degradación. Es una herramienta interesante ya que facilita el envío de muestras de lugares donde el acceso al hielo seco no es fácil y no existen condiciones para su implementación.

14 Correlation between HIV-1 viral load quantification in plasma, dried blood spots, and dried plasma spots using the Roche COBAS Taqman assay. J Clin Virol Jan;47(1):4-7. Epub 2009 Dec 4. Andreotti M et al N: 129 plasmas y DBS, N: 76 DPS Plasma : High pure / Taqman; DBS y DPS: Mini Mag/ Taqman DBS DPS Concordancia: 92,1%. CVPL: 4.17%± 0,63 CV DPS: 3,82 ± 0.53 P< Concordancia: 89,1%. CVPL: 4.45±0,79 log CVDBS: 4,13± 0,71 P< Sensibilidad: 88,2% (80,3%- 93,3%) Especificidad: 94,7% (71,9%- 99,7%) PPV: 98,9% (93,6-99,9) NPV: 58,1% (39,2-74,9) Sensibilidad: 91,3% (81,3%- 96,3%) Especificidad: 100% (56.0%- 100%) PPV: 100% (92,8-100) NPV: 58,1% (26,1-79,5)

15 Carga Viral en DBS (Dried Blood Spot Gota de sangre seca) Diversos estudios demostraron la efectividad para su uso (1,2,3) 1. Amellal B, Katlama C, Calvez V: Evaluation of the use of dried spots and of different storage conditions of plasma for HIV-1 RNA quantification. HIV Med.8, (2007). 2. Los Ayele resultados W, Schuurman R, Messele obtenidos T et al.: Use of se dried correlacionaron spots of whole blood, plasma, and entre mother's los milk collected diferentes on filter paper métodos for measurement (4) of HIV type 1 burden. J. Clin. Microbiol.45, (2007). 3. Sensibilidad Brambilla D, Jennings disminuida C, Aldrovandi G et al.: del Multicenter orden evaluation de of 1000 use of dried cps/ml blood and plasma (3 logs) spot specimens por in bajo quantitative imput assays for de HIV RNA: measurement, precision, and RNA stability. J. Clin. Microbiol.41, (2003). muestra (50ul) 4. Garrido C, Zahonero N, Corral A et al.: Correlation between HIV-1 RNA measurements obtained with dried blood spots and those obtained with plasma by use of NucliSENS EasyQ HIV-1 and Abbott Real-Time HIV load test. J. Clin. Microbiol.47, (2009). Considerando la recomendación de OMS en sus guías de cambiar la terapia con valores de CV > 5000 cps/ml (5) esta sensibilidad es adecuada ante la imposibilidad de acceder a las plataformas actuales. 5. WHO. Antiretroviral therapy for HIV infection in adults and adolescents: recommendations for a public health approach. Geneva, Degradación de Ac. Nucleicos en condiciones extremas. Imperfecta eficiencia en la extracción de acidos nucleicos Potencial interferencia del DNA proviral cuando se usa DBS

16 Muchas Gracias.