Dra. Dolores Corella Catedrática de Medicina Preventiva Universidad de València

Transcripción

1 Diseño de estudios epidemiológicos, bioinformática, análisis ómicos e integración de ómicas para su aplicación en proyectos relacionados con la alimentación y la salud en general o sobre patologías específicas. Dra. Dolores Corella Catedrática de Medicina Preventiva Universidad de València dolores.corella@uv.es Madrid, 4 de febrero de 2016 Dr. Oscar Coltell Profesor Titular de Informática Universidad Jaume I, Castellón coltell@lsi.uji.es

2 Facultad de Medicina. Unviersidad de Valencia, Valencia Unidad de epidemiología Genética y Molecular EPIGEM Genómica Nutricional -Integración de ómicas -Bioinformática

3 Influencia Genética-epigenética y ambiental: Riesgo de Enfermedades Cardiovasculares, obesidad Cáncer, demencias,

4 Interacciones Gen-Dieta Genómica Nutricional Nutrigenómica Nutrigenética

5 General introduction to OMICS: Bases for more specific topics

6 BioEssays, 2014 INTEGRACIÓN DE MÚLTIPLES ÓMICAS Y DE DATOS DE ESTILO DE VIDA EN FENOTIPOS DE SALUD-ENFERMEDAD

7 Grupo EPIGEM-MULTIOMICS -Diseño de estudios epidemiológicos -Reclutamiento de pacientes -Administración de cuestionarios -Extracciones de muestras biológicas -Análisis genómicos, epigenómicos, transcriptómicos (a nivel de genoma completo o de loci específicos) -Ánálisis bioinformático -Análisis estadístico -Colaboración multidisciplinar

8

9 Nivel de evidencia en nutrigenética PREDIMED Ensayo clínico Randomizado y controlado Intervención con dieta Mediterránea frente a grupo control Media edad: 67+/- 7 años

10 PREDIMED GENOTYPING -DNA was isolated from blood participants -Low-medium scale custom selected SNP genotyping (cost-effective): The Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System (Reference Method) -TaqMan OpenArray Platform (nanotechnology) -High density genotyping with the 700K Illumina Array

11 A micro-rna is a single-stranded non-coding RNA which is typically nucleotides long, and regulate the expression of other genes. micrornas Interest in how micrornas can be used in the prevention and treatment of CVD has increased over recent years Van Rooij, 2011

12 Mechanism of action of micrornas regulating gene expression microrna Mir-410 The microrna binds a target messenger RNA and prevents gene expression Target gene Lipoprotein lipase (LPL)

13 AJHG, 2013 et al. LPL rs13702 T>C microrna-410 Target site SNP LPL-rs13702 SNP (minor allele T) disrupted a microrna recognition element seed site for the mirna-410 resulting in a gain-of-function Lower LPL expression Higher TG Higher LPL expression Lower TG

14

15 SNP Prevalence LPL-miRNA-410 Study

16 LPL-miRNA-410 Study Strong association with lower TG and higher HDL-C in carriers of the minor allele

17 LPL-miRNA-410 Study MODULATION BY DIET. 3-y Intervention with MedDiet

18 LPL-miRNA-410 Study STROKE RISK MODULATION BY DIET. Intervention with MedDiet Cumulative stroke-free survival by the LPL-rs13702 SNP (C allele carriers grouped compared with TT) in the MedDiet intervention groups (A) (n = 2150 TT and n = 2690 C) and in the control group (B) (n =1968 TT and 1279 C). These results indicate once again that although a genetic variant is initially protective, this protection can be lost if a healthy diet, in this case the Meddiet is not followed.

19

20 RETOS 2016 Angelo Biomedica Molecular Medicine

21 Del Laboratorio a la Empresa La primera iniciativa empresarial surgida del ámbito sanitario público que cuenta con la autorización de la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Biomedica Molecular Medicine

22 Productos Servicios Prueba de Concepto Validación técnica Validación Clinica Cáncer de Mama Respuestaa Trastuzumab ER+ N+ HER2+ Proyectos de Investigación Desarrollo de fármacos Cáncer Renal Respuesta a Biomedica Molecular Medicine

23 Nuestra Biomedica Molecular Medicine

24 Cualquier Biomolécula genes tránscritos proteínas compuestos Qué puede pasar Qué parece pasar Qué hace que pase Qué pasa Fuente: and Biomedica Molecular Medicine

25 Cualquier Muestra Biomedica Molecular Medicine

26 Cualquier Tecnología XIX century 1980s 2000s Siglo XXI Genómica Microarrays qpcr mirnas Proteómica Metabolómica Next Gen Sequencing Biomarker Biomedica Molecular Medicine

27 Análisis de Datos Proteomics has been developed as a complementary approach to the massive sequence of genes and genomes and analysis at the RNA level. Its importance lies in the fact that proteins ultimately define the function and the operation of cells, tissues and organisms. Our data analysis pipeline is able to discover the underlying functional structure and identify drugable Biomedica Molecular Medicine

28 Soluciones Biomedica Molecular Medicine

29 Nuestros Biomedica Molecular Medicine

30 Aplicación clínica Análisis del escenario clínico se puede mejorar la decisión clínica? Publicación Diseño del proyecto cómo se generaliza su uso? cómo se mejora? Validación cómo se usa? Desarrollo Biomedica Molecular Medicine

31 @BiomedicaMM Biomedica Molecular Medicine