HISTORIA CLÍNICA. Mujer de 68 años que consulta por metrorragia. Se realiza microlegrado, en el que se diagnostica hiperplasia compleja con atipia.

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María Antonia Pereyra Ponce
hace 6 años
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2 HISTORIA CLÍNICA Mujer de 68 años que consulta por metrorragia. Se realiza microlegrado, en el que se diagnostica hiperplasia compleja con atipia. Se realiza histerectomía total con doble anexectomía

7 Cadherina E

8 p53

9 DIAGNÓSTICO DIFERENCIAL Carcinoma endometriode grado 3 Carcinoma mixto: Endometriode/seroso Endometrioide/neuroendocrino Carcinosarcoma Carcinoma endometrioide asociado a linfoma Carcinoma indiferenciado/desdiferenciado.

10 Undifferentiated/dedifferentiated endometrial carcinomas UEC represents about 9% of all ECs. Tumor composed of medium or large size cells with a complete absence of glandular differentiation, and with absent or minimal (<10%) neuroendocrine differentiation % of tumors display MSI. Rhabdoid cells may be present UEC remains under-recognized and it is often classified as FIGO grade 3 endometrioid adenocarcinoma. UECs have a more aggressive phenotype than grade 3 EECs.

11 MLH1

. Los carcinomas indiferenciados tiene un origen de novo o se originan

13 Carcinoma de endometrio indiferenciado/desdiferenciado En los casos desdiferenciados, tienen ambos componentes un origen común?. Los carcinomas indiferenciados tiene un origen de novo o se originan de tipos histológicos comunes?. Cuáles son las bases moleculares del fenotipo indiferenciado?.

14 Gene mutations in endometrioid endometrial carcinoma GENE FREQUENCY GENE FREQUENCY PTEN * 77.7% MLL4 9.1% PIK3CA 53.1% BCOR 8.0% PIK3R1 37.1% ATR 6.9% CTNNB1 36.6% CCND1 5.7% ARID1A 35.4% SPOP 5.7% KRAS 24.6% SIN3A 5.7% CTCF 20.6% MKI67 5.7% RPL % FBXW7 5.1% TP % FOXA2 5.1% FGFR2 10.9% NRAS 2.9% ARID5B 10.9% *62/136 (45.5%) tumors with PTEN mutations has > 2 mutations TCGA; Nature 2013

15 Gene mutations in serous endometrial carcinoma GENE FREQUENCY GENE FREQUENCY TP % PRPF18 7% PIK3CA 41.9% SPOP 7% FBXW7 30.2% CDH19 7% PPP2R1A 36.6% FGFR2 7% CHD4 16.3% ARID1A 7% CSMD3 11.6% FOXA2 4.6% COLA % USP36 4.6% TCGA; Nature 2013 TAF1 (30%), EP300 (8%), TSPYL2 (6%), MAP3K4 (6%) and ABCC9 (6%). Khun et al; J Natl Cancer Inst Le Gallo et al; Nat Genet 2012; Zhao et al; PNAS 2013.

16 Undifferentiated endometrial carcinomas Molecular characterization of UEC using NGS technologies Testing Haloplex Technique in FFPE samples Testing Ion Torrent Platform Developing accurate analysis pipelines 16

17 EXPERIMENTAL DESIGN HALOPLEX CANCER PANEL 17

18 VARIANT IDENTIFICATION EFFICIENCY (ACCORDING TO TCGA DATASET) Gene Consequence %in_bi_covered %In_BI_Target_30 %in_wu_covered %In_WU_Target_30 CTNNB1 Missense_Mutation 95% 95% 84% 84% HRAS Missense_Mutation #N/A #N/A 100% 100% HRAS Missense_Mutation #N/A #N/A 100% 100% KRAS Missense_Mutation 100% 100% 94% 92% PIK3CA In_Frame_Del 100% #N/A 100% #N/A PIK3CA Missense_Mutation 86% 70% 85% 65% PIK3R1 Frame_Shift_Del 100% 90% 100% 93% PIK3R1 Frame_Shift_Ins 100% 100% 100% 100% PIK3R1 In_Frame_Del 100% 100% 100% 100% PIK3R1 In_Frame_Ins 100% 100% 100% 100% PIK3R1 Missense_Mutation 100% 93% 91% 77% PIK3R1 Nonsense_Mutation 100% 100% 100% 94% PIK3R1 Splice_Site 100% 100% 100% 100% PTEN Frame_Shift_Del 71% 64% 72% 62% PTEN Frame_Shift_Ins 84% 63% 84% 63% PTEN In_Frame_Del 50% 50% 56% 56% PTEN Missense_Mutation 21% 17% 20% 17% PTEN Nonsense_Mutation 52% 52% 63% 57% PTEN Splice_Site 73% 53% 50% 29% TP53 Frame_Shift_Del 33% 33% 50% 50% TP53 Frame_Shift_Ins 100% 100% 100% 100% TP53 In_Frame_Del 100% 100% 100% 100% TP53 In_Frame_Ins #N/A #N/A 100% 100% TP53 Missense_Mutation 100% 100% 98% 98% TP53 Nonsense_Mutation 100% 75% 100% 86% TP53 Splice_Site 100% 100% 100% 100% 18

Run 1 LIBRARY PREP, SEQUENCING & COVERAGE Run 2 Base Quality: OK Run Sample Bases Q20 Reads Mean_Read_Length JP12 9,845,425 9,288,119 139,601 70bp JP2 28,795,016 27,082,458 399,759 72bp

300,249 80bp JP1 46,973,764 43,535,473 450,107 104bp JP8 36,626,678 34,127,762 363,985 100bp JP9 40,271,638 37,405,577 389,913 103bp JP10 18,023,924 16,892,073 176,924 101bp 2 JP11

19 Run 1 LIBRARY PREP, SEQUENCING & COVERAGE Run 2 Base Quality: OK Run Sample Bases Q20 Reads Mean_Read_Length JP12 9,845,425 9,288, ,601 70bp JP2 28,795,016 27,082, ,759 72bp JP3 53,095,632 49,693, ,141 88bp 1 JP4 26,095,917 24,622, ,652 74bp JP5 39,817,649 37,354, ,714 78bp JP6 25,973,362 24,240, ,945 74bp JP7 24,190,003 22,821, ,249 80bp JP1 46,973,764 43,535, , bp JP8 36,626,678 34,127, , bp JP9 40,271,638 37,405, , bp JP10 18,023,924 16,892, , bp 2 JP11 38,030,132 35,449, , bp JP13 26,297,869 24,580, ,249 97bp JP14 22,547,131 20,996, , bp JP15 32,871,703 30,623, , bp JP16 46,417,365 43,137, , bp 19

20 20 VARIANTS Filtering process: - By depth - By variant allele ratio (generally, good) - By functional impact Samples Symbol Consequence FGFR2 PIK3CA &splice_region_variant PIK3R1 stop_gained PIK3R1 stop_gained PIK3R1 stop_gained PTEN frameshift_variant&feature_elongation TP53 stop_gained PIK3R1 stop_gained ATM FANCA TP53 KIT KRAS NOTCH1 PIK3CA PIK3R1 PTEN AR BRAF FGFR3 FGFR3 PIK3CA PTEN stop_gained FANCF frameshift_variant&feature_truncation FGFR2 KRAS PDGFRA splice_region_variant&intron_variant PIK3CA PTEN RUNX1 ATM frameshift_variant&feature_elongation FANCA splice_region_variant&intron_variant TP53 stop_gained EC13_Haloplex EC14_Haloplex EC15_Haloplex EC16_Haloplex EC11_Haloplex EC12-I_Haloplex Samples Symbol Consequence FGFR2 splice_region_variant&intron_variant&feature_truncation KIT KIT frameshift_variant&feature_elongation KRAS TP53 AKT1 stop_gained&splice_region_variant ATM splice_region_variant&intron_variant ERBB2 KIT PIK3R1 ATM splice_region_variant&intron_variant FGFR2 ATM TP53 ATM splice_region_variant&intron_variant FGFR2 PIK3CA PIK3R1 stop_lost&inframe_deletion PTEN stop_gained ATM splice_region_variant&intron_variant FANCG PIK3R1 TP53 FANCG PIK3R1 TP53 ATM MET PIK3CA ERBB4 splice_region_variant&synonymous_variant TP53 ATM ERBB4 FANCF FGFR3 EC7_Haloplex EC8_Haloplex EC9_Haloplex EC10_Haloplex EC1_Haloplex EC2_Haloplex EC3_Haloplex EC4_Haloplex EC5_Haloplex EC6_Haloplex

23 FRECUENCIA DE MUTACIONES EN 13 CARCINOMAS INDIFERENCIADOS DE ENDOMETRIO Gene EEC UEC SEC PTEN 77.70% 23% < 5% PIK3CA 53.10% 38.5% 41.90% PIK3R % 38.5% < 5% CTNNB % 0 < 5% KRAS 24.60% 23% < 5% TP % 46% 90.70% FGFR % 15% 7.00% 9 casos (70%) tenían al menos una mutación característica de carcinoma endometrioide. 1 caso (8%) tenía solo mutación de PIK3CA 2 casos /16%) tenían solo mutaciones de TP53 1 caso no presentaba ninguna de las mutaciones de la tabla. 23

24 Undifferentiated endometrial carcinomas MARKER G3 EEC UEC SEC E-CDH (0) 20% 66% 40% ZEB % 7% ZEB1 Romero-Pérez et al; Mod Pathol 2013

26 ZEB1 overexpression is associated with down-regulation of E-cadherin and microrna-200 expression in UEC Romero-Pérez et al; Mod Pathol 2013

27 CONCLUSIONES El componente indiferenciado de un carcinoma de endometrio desdiferenciado tiene su origen een el componente endometrioide. Los carcinomas indiferenciados de endometrio tienen, en su mayor parte, un perfil molecular que se asemeja al carcinoma endometrioide. Las mutaciones de TP53 pueden jugar un papel en la progresión hacia carcinoma indiferenciado/desdiferenciado. Los carcinomas indiferenciados/desdifereciados probablemente presentan un fenotipo stem. Los paneles de NGS pueden aplicarse a tejido fijado en formol e incluido en parafina.

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