BioSeq 739 Servicio de ayuda al diagnóstico oncológico

Transcripción

1 BioSeq 739 Servicio de ayuda al diagnóstico oncológico Análisis Genómico Tumoral por Secuenciación Masiva PPBSA CP

2 Información sobre el servicio de BioSeq 739 La mayoría de tipos de cáncer se producen por una acumulación de alteraciones genéticas que dan como resultado una disfunción de los genes relacionados con el cáncer. Estas alteraciones genéticas son importantes marcadores diagnósticos, pronósticos y predictivos. Las tecnologías de secuenciación de segunda generación (Next generation sequencing) permiten secuenciar profundamente cientos de genes al mismo tiempo. Biosequence utiliza la técnica de PCR múltiple junto con la secuenciación de próxima generación por iones semiconductores (AmpliSeq, Ion Torrent / Life Technologies) para secuenciar un panel de mutaciones presentes en genes directamente relacionados con el cáncer (que incluye mutaciones clínicamente accionables). Este servicio ofrece importante información individual en relación con el desarrollo y progresión del tumor, y una predicción más consistente sobre los tratamientos personalizados. Panel Genético de BioSeq 739 El ADN genómico extraído de la muestra tumoral del paciente (ver Requisitos Anexo I) se amplifica mediante PCR múltiple de 190 amplicones dirigidos a 739 mutaciones presentes en 46 genes claves para el cáncer, con el AmpliSeq Kit. La secuenciación de segunda generación se realiza con el Ion Torrent Personal Genome Machine y se analiza con el Torrent Suite Software. A continuación se muestra la lista de los 46 genes y en el Anexo II se puede ver la lista completa de las 739 mutaciones. Nota: Este Panel no secuencia los 46 genes en su totalidad, sólo las mutaciones consideradas clave (Anexo II). Aquellas mutaciones que estén fuera de estas regiones, no se detectarán. El límite de detección es del 5% con una cobertura de 500X y del 10% con una cobertura de 200X. -2-

3 Los detalles de las mutaciones se pueden obtener de la base de datos Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer (COSMIC) [ Las secuencias de ADN usadas como referencia en este panel de genes se pueden encontrar en La nomenclatura de las mutaciones está basada en las recomendaciones de la Human Genome Variation Society [ Para una mayor especificidad y sensibilidad de los resultados, BioSequence confirma las mutaciones por castpcr, pirosecuenciación o secuenciación Sanger. Mediante esta herramienta se puede analizar todo tipo de muestra tumoral. La lista a continuación muestra las más comunes: Cáncer de mama Cáncer de ovario Cáncer de próstata Cáncer de riñón Cáncer colorrectal Cáncer de pulmón Neoplasias de células plasmáticas (incluyendo mieloma múltiple) Leucemia Mieloide Aguda Leucemia Linfoblástica Aguda Leucemia Mielógena Crónica Leucemia Linfoblástica Crónica Trastornos Mieloproliferativos Síndromes Mielodisplásicos Melanoma maligno Análisis Genómico El análisis genómico por ultrasecuenciación así como la interpretación de los resultados del análisis bioinformático los realiza el Cancer Genetics Laboratory (CGL) del Baylor College of Medicine en Houston. El CGL está formado por el Departamento de Genética Molecular y Humana, el Departamento de Hematología y la División de Oncología, el Departamento de Patología, el Dan L. Duncan Cancer Center del Baylor College of Medicine y el Texas Children's Hospital Pathology Laboratory. -3-

4 Los Directores y Consejeros Médicos que se encargarán de dicho análisis son: Directores de Laboratorio: Marilyn Li, M.D., ABMG Certified Clinical, Cytogenetics and Molecular Geneticist Xiaofeng Hu, Ph.D. Directores Médicos: Carlos A. Bacino, M.D., ABMG Certified Clinical, Cytogenetics and Molecular Geneticist Christine M. Eng, M.D., ABMG Certified Clinical Molecular Geneticist Federico A. Monzon, M.D., ABP Certified Anatomic/Clinical Pathology and Molecular Genetic Pathology Consejeros Genéticos: Alicia Carlson Braxton, M.S., ABGC Certified Genetic Counselor Sandra K. G. Peacock, M.S., ABGC Certified Genetic Counselor Amber N. Pursley, M.S., ABGC Certified Genetic Counselor Eric S. Schmitt, Ph.D. MS., ABGC Certified Genetic Counselor Patricia A. Ward, M.S., ABMG Certified Genetic Counselor El Cancer Genetics Laboratory tiene los certificados CLIA (Clinical Laboratory Improvement Act) y CAP (College of American Pathologists). El resultado final del informe que se entrega dispone del siguiente contenido: Mutaciones presentes en la secuencia analizada del tumor Asociación de las mutaciones con el desarrollo y progresión tumoral Asociación de las mutaciones con tratamientos específicos Asociación de las mutaciones con ensayos clínicos A continuación se muestra un ejemplo del informe final: -4-

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6 Aplicaciones y Forma de Entrega Aplicaciones de BioSeq 739 Servicio clínico de ayuda al diagnóstico oncológico: o Mejora el coste-efectividad de los tratamientos actuales y ofrece terapias dirigidas para los pacientes. o Ofrece posibilidades de tratamiento a pacientes con tumores de origen desconocido Servicio de apoyo a ensayos clínicos Servicio de apoyo a la investigación El plazo de entrega del servicio es de 8-10 días (una vez recibida y comprobada la calidad de la muestra). El resultado final del informe dispone del siguiente contenido: Mutaciones presentes en la secuencia analizada del tumor Asociación de las mutaciones con el desarrollo y progresión tumoral Asociación de las mutaciones con tratamientos específicos Asociación de las mutaciones con ensayos clínicos BioSequence le ofrece la posibilidad de participar en nuestro Tumor Board en el que los resultados serán discutidos periódicamente con un equipo de especialistas, con objeto de formar y mejorar el conocimiento de las pruebas genómicas. BioSeq 739 también puede utilizarse como herramienta de investigación. En este caso le ofrecemos la posibilidad de guiar la interpretación y visualización de los resultados de la secuenciación así como de adaptar y personalizar los resultados a las necesidades del proyecto. Notas: 1. Se avisará por correo electrónico al oncólogo cuando los resultados del informe estén listos y se puedan descargar de una plataforma de gestión documental. 2. En el caso de que no existiera informatividad existen otras estrategias que deben ser evaluadas por nuestro equipo de especialistas. -6-

7 ANEXO I: Requisitos de las muestras e Información de envío Esta herramienta requiere 500 ng de ADN obtenidos mediante biopsia tumoral y una muestra de ADN germinal (sangre, saliva o ADN) que se enviarán en un Kit suministrado por BioSequence: Tipo de muestra: Sangre Requisitos: Extraer sangre en un tubo con EDTA (tapón violeta) y enviar 3-5 cc (Adultos/Niños) y 3 cc (Niños<2 años). Condiciones de envío: Tipo de muestra: Médula ósea Enviar a temperatura ambiente en un recipiente aislado por correo urgente. No calentar ni congelar. Requisitos: Extraer médula ósea en un tubo con EDTA (tapón violeta) y enviar 3-5 cc (Adultos/Niños) y 3 cc (Niños<2 años). Condiciones de envío: Enviar a 2-8 C (ambiente) en un recipiente aislado por correo urgente. No calentar ni congelar. Tipo de muestra: Láminas FFPE (Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded ) Requisitos: 10 láminas FFPE 5 um sin teñir que contengan suficiente cantidad de tumor para ser analizado; el tumor debe tener las áreas marcadas. Por favor, incluya una copia del correspondiente informe de patología quirúrgica. Condiciones de envío: Temperatura de transporte: enviar entre C. Proteger el tejido en parafina del calor excesivo. Enviar en recipiente refrigerado en los meses de verano. Condiciones inaceptables: Si no hay tumor en el tejido. Muestras congeladas y muestras fijadas/procesadas con fijadores alternativos. Estabilidad: Ambiente: Indefinidamente; Refrigeración: Aceptable. Enviar a temperatura ambiente (20-25 C) en un recipiente aislado por correo urgente. No calentar ni congelar. -7-

8 Tipo de muestra: Bloque tumoral FFPE (Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded) Requisitos: El bloque FFPE debe contener suficiente cantidad de tumor para ser analizado; el tumor debe tener las áreas marcadas. Por favor, incluya una copia del correspondiente informe de patología quirúrgica. Temperatura de transporte: enviar entre C. Proteger el tejido en parafina del calor excesivo. Enviar en recipiente refrigerado en los meses de verano. Condiciones inaceptables: Si no hay tumor en el tejido. Muestras congeladas y muestras fijadas/procesadas con fijadores alternativos. Estabilidad: Ambiente: Indefinidamente; Refrigeración: Aceptable. Condiciones de envío: Enviar a temperatura ambiente (20-25 C) en un recipiente aislado por correo urgente. No calentar ni congelar. Tipo de muestra: Tejido Fresco Congelado Requisitos: 150 mg ( cm3) Tejido fresco congelado a -20 C. Almacenar a -20 C. Condiciones de envío: Enviar en 5kg de hielo seco en un en un recipiente aislado por correo urgente. Tipo de muestra: Sangre Leucémica Requisitos: Extraer sangre leucémica en un tubo/s con EDTA (tapón violeta) y enviar 3-5 cc (Adultos/Niños) y 3 cc (Niños<2 años). (Recuento leucocitario > 15,000 con al menos un 20% de blastos). Condiciones de envío: Tipo de muestra: ADN purificado Enviar a 2-8 C (ambiente) en un recipiente aislado por correo urgente. No calentar ni congelar. Requisitos: 500 ng de ADN en 1X TE buffer (50µl). Enviar en tubos Safe-Lock. Condiciones de envío: Tipo de muestra: Otros Enviar a temperatura ambiente en un recipiente aislado por correo urgente. No calentar ni congelar. Requisitos: Contacte con el laboratorio para consultar si se puede aceptar otro tipo de muestra. Condiciones de envío: Contacte con el laboratorio para consultar las condiciones de envío de otro tipo de muestra. -8-

9 ANEXO II: Lista de las 739 detectadas por BioSequence -9-

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