RES (Red Española de Supercomputación) & PRACE

Transcripción

1 RES (Red Española de Supercomputación) & PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe) Jornadas de Difusión de la RES 26 y 27 de Septiembre, 2011 Islas Canarias Montserrat González Técnica de gestión de la RES

2 2 Índice 1. El BSC-CNS (Barcelona Supercomputing Center- Centro Nacional de Supercomputación) 2. MareNostrum 3. MariCel 4. La RES (Red Española de Supercomputación) 5. El proyecto PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe)

3 3 Índice 1. El BSC-CNS (Barcelona Supercomputing Center- Centro Nacional de Supercomputación) 2. MareNostrum 3. MariCel 4. La RES (Red Española de Supercomputación) 5. El proyecto PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe)

4 4 BSC-CNS Centro Nacional de Supercomputación Misión del BSC-CNS Investigar, desarrollar y gestionar la tecnología para facilitar el progreso científico. Objetivos del BSC-CNS I+D en Ciencias de la Computación, Ciencias de la Vida y Ciencias de la Tierra. Soporte de la supercomputación para la investigación externa al BSC-CNS. BSC-CNS es un consorcio que incluye: Gobierno de España (MICINN) 51% Gobierno de Cataluña (DIUE) 37% Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) 12%

5 5 BSC-CNS: Ciencias de la Computación Arquitectura de Computadores: Superscalar y VLIW Hardware multithreading Diseño de exploración del espacio de memoria de chips multicore y aceleradores hardware Memoria transaccional (hardware y hardware-assisted) SIMD y extensiones/unidades vector Benchmarking, análisis y herramientas de predicción: Seguimiento de escalabilidad Identificación de patrones y estructures Visualización i análisis Procesador, memoria, red y sistemas Grid Modelos de programación: Escalabilidad de MPI y UPC OpenMP para multicore, SMP y ccnuma DSM para clusters CellSs, streaming Memoria transaccional Arquitecturas embebidas Grandes sistemas cluster Pequeños DMM Futuros sistemas exaflop Computación grid y cluster: Modelos de programación Gestión de recursos I/O para Grid Chip On-board SMP cc-numa Entornos operativos: Servidores de aplicaciones autónomos Gestión de recursos para cargas de trabajo heterogéneas Planificación coordinada y gestión de recursos Escalabilidad de sistemas de ficheros paralelos

6 6 BSC-CNS: Aplicaciones en Ciencia e Ingeniería Geofísica ITER: Física del plasma Dinámica de fluidos computacional Biomecánica Dinámica molecular ab-initio

7 7 BSC-CNS: Ciencias de la Vida Modelado atómico (y electrónico) de bioquímica y biofísica de proteínas. Modelado micro y mesoscópico de macromoléculas. Diseño de drogas. Identificación de bases estructurales de interacción proteína-proteína. Redes de interacción proteína-proteína Sistemas biológicos. Servicios web, aplicaciones y bases de datos. Análisis de genomas y redes para modelar enfermedades, sistemas y evolución de organismos.

8 8 BSC-CNS: Ciencias de la Tierra Predicción de la calidad del aire Cambio climático Transporte de ceniza volcánica Transporte de polvo mineral Desarrollo de un modelo global de polvo mineral Transferencia tecnológica: Estudios de impacto ambiental

9 9 BSC-CNS: CNAG, Centro Nacional para el Análisis Geonómico BSC-CNS proporciona servicio al CNAG a nivel de HPC, IT y datos. Secuenciación de nueva generación. Secuenciación rápida de individuos Estudios detallados de procesos celulares Raw Data: 1-2TB/ejecución 2 ejecuciones/semana 10 máquinas Procesado de imagen para generar secuencias de datos Análisis de secuencia, alineación y clustering Alineación de resultados GB/ejecución

10 10 Índice 1. El BSC-CNS (Barcelona Supercomputing Center- Centro Nacional de Supercomputación) 2. MareNostrum 3. MariCel 4. La RES (Red Española de Supercomputación) 5. El proyecto PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe)

11 MareNostrum 11

12 MN: Evolución de MareNostrum MareNostrum ,35 Tflops capacidad máxima PowerPC 970 cores JS GHz - 10 TB - 4 GB por nodo TB capacidad total de almacenamiento 3 redes - Myrinet - Gigabit - 10/100 Ethernet Sistema operativo - Linux 2.6 (SuSE) MareNostrum ,21 Tflops capacidad máxima PowerPC 970 cores JS GHz - 20 TB de memoria - 8 GB por nodo TB capacidad total de almacenamiento 3 redes - Myrinet - Gigabit - 10/100 Ethernet Sistema operativo - Linux 2.6 (SuSE) 12

13 13 Arquitectura de MareNostrum Plano de la capilla de Torre Girona donde se aloja MareNostrum

14 14 MN: Racks de Blade Centers (1/2) Hay 31 racks dedicados a cálculo con un total de procesadores PowerPC 970 a 2,3 GHz y con 20TBytes de memoria. Cada rack contiene 6 Blade Centers con 336 procesadores, 672 GBytes de memoria y proporciona una potencia máxima de cálculo de 3,1 Tflops. Blade Center - Agrupa 14 nodos o blades JS21 con 2 procesadores duals, que suponen un total de 56 procesadores. - Dispone de 2 entradas de alimentación para redundancia. - Incluye un switch gigabit que conecta todos sus nodo. Blade Center IBM JS21

15 15 MN: Racks de Blade Centers (2/2) Blade o nodo JS21 - Formado por 2 procesadores duales PowerPC 970MP a 2.3 GHz, 8 Gbytes de memoria compartida y un disco SAS local de 36 GBytes. - Contiene una tarjeta M3S-PCIXD-2-I que permite la interconexión a Myrinet y 2 conexiones a la red Gigabit. Blade IBM JS21 - Puede funcionar sin disco, ya que el sistema operativo no está en el disco, sinó en los racks de almacenamiento. Cuando un nodo se inicializa, el S.O. se carga mediante la red Gigabit. Procesador PowerPC 970MP - Superscalar con arquitectura de 64 bits de propósito general - Máximo de 4 instrucciones por ciclo de reloj y 200 instrucciones in-flight.

16 16 MN: Racks de Myrinet Hay 4 racks dedicados a la interconexión de los 2560 nodos JS21 a través de la red de alta velocidad Myrinet y cables de fibra óptica. 3 racks con elementos de interconexión de Myrinet

17 17 MN: Racks de servidores de almacenamiento Hay 7 racks con 20 servidores de almacenamiento. Los 20 servidores disponen de 560 discos de 512GBytes que suponen un total de 280 TBytes de almacenamiento externo. Los 2560 nodo acceden a los discos a través de la red Gigabit. Racks de los servidores de almacenamiento Los discos usan el sistema de ficheros GPFS (Global Parallel File System) que les ofrece una visión global del sistema de archivos y les permite el acceso en paralelo.

18 18 MN: Rack de operaciones Hay 1 racks de operaciones, desde el que puede gestionarse el sistema a través del acceso a la consola de la máquina. Su contenido es el siguiente: : - 1 Monitor 7316-TF3-2 nodos p615-2 HMC (consolas) 7315-CR2-3 nodos remotos asíncronos - 1 chasis BCIO BladeCenter IO - 4 Switches Cisco 3550

19 19 MN: Rack de switch gigabit 1 rack de MareNostrum está dedicado a la interconexión de la red Gigabit y una parte de los elementos de la red Ethernet 10/100. Los elementos de este rack son: - 1 switch Force10 E600 Gigabit Ethernet. Contiene 7 slots en total, 6 de los cuales tienen tarjetas 10/100/1000 Base-T de 48 puertos que ofrecen un total de 288 puertos GigabitEthernet/IEEE Switches Cisco puertos Fast Ethernet Switch Force10 E600

20 20 Robot SL8500: HSM / Backup 7500 LTO4 cintas de 800 GB cada una 6 PB nativos 8 brazos trabajan a 4 alturas diferentes 23 LTO 4 unidades de lectura 5 Servidores (Sun Fire v445, 4 CPU UltraSPARC III, 8 GB RAM) Armarios de discos de 35 TB Robot SL8500

21 21 Otro sistemas Sistema de memoria compartida - 64 nodes 2 Montecito, dual core 1.6, total 256 cores Cache 8 MB TB de memoria principal Databases PowerPC Cluster

22 Rendimiento de MareNostrum 22

23 23 Índice 1. El BSC-CNS (Barcelona Supercomputing Center- Centro Nacional de Supercomputación) 2. MareNostrum 3. MariCel 4. La RES (Red Española de Supercomputación) 5. El proyecto PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe)

24 24 MariCel: prototipo español en PRACE MariCel 72QS22 IBM servidores de Blades PowerXCell 8i 3.2Ghz CPUs 864 GB total de RAM 1296 cores 12 JS22 IBM servidores de Blades Power6 64 bits 4.0 GHz dual core 96 GB RAM total 48 cores 4xDDR InfiniBand (16GBytes/s de datos) MPI, GPFS 4 x 24 ports de switch Máximo rendimiento 14.4 Tflops en 2 unidades de rack 20 kw de consumo MariCel está en 2 racks de la sala de MareNostrum IBM QS22 Blade Center

25 25 Índice 1. El BSC-CNS (Barcelona Supercomputing Center- Centro Nacional de Supercomputación) 2. MareNostrum 3. MariCel 4. La RES (Red Española de Supercomputación) 5. El proyecto PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe)

26 26 La RES: Miembros de la RES BSC-CNS (MareNostrum) Procesador: PowerPC GHz Memoria: 20 TB Disco: TB Redes: Myrinet, Gigabit, 10/100 Sistema: Linux UPM (Magerit II - renovado en 2011) Procesador: IBM Power7 3.3 GHz Memoria: 8700 GB Disco: 190 TB Redes: Infiniband, Gigabit Sistema: Linux IAC, UMA, UC, UZ, UV (LaPalma, Picasso, Altamira, Caesaraugusta, Tirant) Procesador: 512 PowerPC GHz Memoria: 1 TB Disco: TB Redes: Myrinet, Gigabit, 10/100 Sistema: Linux Gobierno de las Islas Canarias - ITC (Atlante) Procesador: 336 PowerPC GHz Memoria: 672 GB Discp: 3 TB Redes: Myrinet, Gigabit, 10/100 Sistema: Linux

27 27 BSC-CNS: Vertebrador de la supercomputación en España Actividades en la RES MareNostrum BSC-CNS Miles de horas en la RES Magerit Universidad Politécnica de Madrid La Palma IAC Atlante ITC CaesarAugusta Universidad de Saragossa Picasso Universidad de Màlaga Tirant Altamira Universitat de València Universidad de Cantabria

28 28 Proyectos científicos en la RES Astronomía, Espacio y Ciencias de la Tierra Biomedicina y Cièncias de la Vida Física e Ingeniería Química y Ciencia y Tecnologia de los Materiales Investigación del BSC-CNS

29 29 Índice 1. El BSC-CNS (Barcelona Supercomputing Center- Centro Nacional de Supercomputación) 2. MareNostrum 3. MariCel 4. La RES (Red Española de Supercomputación) 5. El proyecto PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe)

30 30 PRACE Historia de PRACE y primeros pasos Los centros Tier-0 proporcionan capacidad y servicio HPC a través de una entidad legal

31 capacidad 31 Visión ESFRI del servicio HPC Europeo Tier-0: 3-5 centro europeos Tier-1: centros nacionales Tier-2: centros regionales/universidades tier-0 tier-1 tier-2 PRACE DEISA # de sistemas Los sistemas HPC europeos involucran todos los participantes: - Proveedores de servicios HPC en cada nivel - Infraestructuras Grid - Comunidades de usuarios industriales y científicos - Industria europea de HPC hardware y software

32 32 PRACE: La unión de Europa Tier 1 Miembros generales Tier 0 Miembros Nuevos miembros generales desde mayo de 2008

33 JUGENE IBM BlueGene/P (FZJ Jülich, Alemania) Características generales: - Potencia máxima de cálculo 1 Pflops TB de memoria principal total - 72 racks con nodos cores Power PC 450, 32-bits, 850 MHz - 2 GB de memoria principal por core - 5 PB capacidad total de almacenamiento Sala del computador Jugene 4 Redes: - Red propietaria - 10 GigaEthernet Sistema operativo: - SuSE Linux Enterprise (SLES 10) Más información en: Nodos de Jugene 33

34 CURIE Bull XCluster (CEA Bruyères-Le-Châtel, Francia) (I) Sistema a construir en 2 fases: - Enero de 2011: 360 Fat nodes que proporcionan 105 Tflops - En 2012: 5040 Thin nodes que proporcionarán 1,5 Pflops Más información en: 34

35 CURIE Bull XCluster (CEA Bruyères-Le-Châtel, Francia) (II) Características actuales: - Potencia máxima 105 teraflops pico S6010 bullx nodes (fat nodes) - 4 eight-core x86-64 CPUs, 128 GB memoria principal y 1 disco local de 2TB TB de memoria principal total TB de capacidad total de almacenamiento Red: Sala del computador CURIE - InfiniBand QDR Full Fat Tree network Sistema operativo: - Linux Fat Nodes de CURIE Más información en: 35

36 HERMIT CRAY XE6 (HLRS Stuttgart, Alemania) Sistema a construir en 3 fases. Características generales de la fase de test: - Potencia máxima de cálculo 10 Tflops - 1 rack de 84 nodos AMD Opteron 8- Core AMPD Opteron, 2 GHz - 32 GB de memoria/nodo - 5 PB capacidad total de almacenamiento Prototipo de Hermit Red: - Cray Gemini Más información en: 36

37 37 Muchas gracias por vuestra atención Puedes visitar MareNostrum a través de