Control de la calidad en R: Uso de Markdown para creación de informes y reportes técnicos Xavier Buenaño xgoodyear@gmail.com Noviembre 2016
Resumen 1 2 3 Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (2/17)
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Reportes técnicos con R Markdown Los reportes técnicos automáticos pueden generarse mediante varias opciones. El data literacy o conocimiento práctico de los datos es una importante herramienta para la consecución de la investigación reproducible. Opciones ECLIPSE L A TEX (knitr) R Markdown Lenguajes R Python SQL Bash JavaScript CSS Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (4/17)
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La manera más práctica de trabajar: R Notebooks Pasos Ventajas Instalar versión más actualizada de RStudio Descargar librería Rmarkdown Crear un nuevo archivo R Notebook No es necesario correr un script completo Visualización de resultados paso a paso Es posible compartir tus resultados y operaciones con otros, generando archivos pdf, html, Word y presentaciones (con Beamer) Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (6/17)
Proceso automatizado de conversión de archivos Proceso Figura: Procedimiento en el que un documento Rmarkdown es renderizado Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (7/17)
Estructura de un archivo R Notebook Componentes Cabecera YAML (header) Chunks (pedazo de código) Texto (fuera de chunks) Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (8/17)
Opciones de cabecera YAML YAML (YAML Ain t Markup Language) es una lista anidada con los metadatos del documento Opciones básicas title: Reporte de calidad (Exactitud temática) Author: X. Buenaño date: 1 de Noviembre, 2016 output: html_document Se pueden incluir varios formatos de salida y configuraciones en los mismos. Lo veremos en el ejercicio práctico. Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (9/17)
Opciones en un chunk Este es un listado de algunas opciones que se pueden usar. Las opciones por defecto pueden cambiarse al inicio del documento. Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (10/17)
Markdown código Sintaxis # xxxx *xxxx* **xxxx** [xxxx](www.paginaweb.com) *** r 2+2 Resultado Sección (inicio) Cursiva Negrita Hyperlink Línea horizontal Código incrustado en texto Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (11/17)
Otras opciones importantes Bibliografía: Insertar citas en el texto con [@clave_referencia_biliog]. El estilo de cita también puede ser especificado con un archivo csl. Insertar bibliografía usando un archivo xxx.bib y nombrándolo en la cabecera YAML. Tabla de contenidos: Incluir la opción toc: yes en la cabecera YAML. Otras opciones como nivel de profundidad y despliegue de la tabla de contenidos pueden ser configuradas Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (12/17)
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RMarkdown constituye únicamente una herramienta para la elaboración de reportes de calidad (reproducible research). Es fundamental el conocimiento y experiencia de la temática a analizar/reportar. Es posible compartir los resultados a través de la página web RPubs u otros mecanismos. Y ahora vamos a la práctica... Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (14/17)
Entorno R Figura: Interfase de R Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (15/17)
I Xie, Yihui (2015). Dynamic Documents with R and knitr. Vol. 29. CRC Press. Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (16/17)