LA BIOQUIMICA EN INTERNET; BIOMOLECULAS EN 3D.

Transcripción

1 LA BIOQUIMICA EN INTERNET; BIOMOLECULAS EN 3D.

2 INTRODUCCION A LA INTERNET Y BIOQUIMICA 1. The Internet was conceived in 1969, when the US Defense Advance Research Projects Agency developed a computer network (ARPANET) specifically designed to survive foreign attack. 2. Later on, the scientific community adopted ARPANET as a means of information exchange between researches workers separated geographically. 3. In 1990 the National Science Foundation Network (NSFNET) replaced ARPANET. 4. The WWW was developed jointly in 1990 by the Massachusetts Institute of Technology computer sciences department and the European Center for Practice Research as a standard user interface.

3 INTRODUCCION A LA INTERNET Y BIOQUIMICA El lenguaje desarrollado para la WWW adopta la búsqueda de Hipertextos (Información escrita que reside en un servidor y que podemos acceder con un click utilizando un protocolo. Las paginas Web estan escritas en Hypertext Mark-up Language (HTML) y el lugar donde se localizan es el URL (Uniform Resource Locator).

4 INTRODUCCION A LA INTERNET Y BIOQUIMICA El lenguaje desarrollado para la WWW adopta la búsqueda de Hipertextos (Información escrita que reside en un servidor y que podemos acceder con un click utilizando un protocolo. Las paginas Web estan escritas en Hypertext Mark-up Language (HTML) y el lugar donde se localizan es el URL (Uniform Resource Locator). protocolo

5 INTRODUCCION A LA INTERNET Y BIOQUIMICA El lenguaje desarrollado para la WWW adopta la búsqueda de Hipertextos (Información escrita que reside en un servidor y que podemos acceder con un click utilizando un protocolo. Las paginas Web estan escritas en Hypertext Mark-up Language (HTML) y el lugar donde se localizan es el URL (Uniform Resource Locator). dirección

6 INTRODUCCION A LA INTERNET Y BIOQUIMICA a. Direcciones con interés para localizar información sobre cualquier aspecto de la Bioquímica. Páginas generales. b. Direcciones de bases de datos con relevancia en investigación y docencia en Bioquímica y Biología Molecular. c. Direcciones de interés específico en aspectos de investigación. d. Finalmente se podrán encontrar direcciones cuyo interés principal sea el de la educación en campos biológicos o bioquímicos

7 DIRECCIONES DE INFORMACION GENERAL EN BIOQUIMICA a. Direcciones con interés para localizar información sobre cualquier aspecto de la Bioquímica y Biología molecular. Éstas serían la base de partida para localizar otras direcciones específicas. Sería el caso de las direcciones URL (Universal Resource Locator): o Todas ellas organizan la búsqueda de direcciones (links) en secciones como: Enseñanza de Bioquímica y Biología Molecular, Protocolos experimentales, bases de datos, fuentes de programas, revistas especializadas etc..

8 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS CON INTERES EN BIOQUIMICA b. Direcciones de bases de datos con relevancia en investigación y docencia en Bioquímica y Biología Molecular. Éstas pueden ser de especial utilidad para la utilización de recursos didácticos complejos como la representación de biomoléculas en 3-D o la utilización de recursos de investigación como la búsqueda o alineamiento de secuencias o de los valores de separación de proteínas en 2D-PAGE. Estas fuentes se especificarán en más detalle con posterioridad. A este tipo de direcciones pertenecen por ejemplo la dirección:

9 DIRECCIONES DE INTERES ESPECIFICO c. Direcciones de interés específico en aspectos de investigación. Sería el caso de direcciones que proveen de protocolos experimentales, o de foros de discusión sobre temas específicos de un campo de investigación o incluso las pertenecientes a revistas especializadas. Ejemplos de este tipo serían las direcciones: o

10 DIRECCIONES DE INTERES EN EDUCACION d. Finalmente se podrán encontrar direcciones cuyo interés principal sea el de la educación en campos biológicos o bioquímicos. Un ejemplo de este tipo sería LOS HIPERTÉXTOS DE BIOQUÍMICA (en castellano)

11 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. 1-Si introducimos Biochemistry en GOOGLE (30 millones de entradas). 2-Si ponemos Biochemistry and molecule databank (2 millones) 2 bancos principales ; (Norteamericano) (Europeo)

12 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. 3 Otros bancos interesantes para estudiantes.

13 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. Nosotros nos centraremos en el PDB.

14 LA REPRESENTACION GRAFICA DE BIOMOLECULAS. 1-ACEPTAN ARCHIVOS.pdb. Se han desarrollado en los últimos 15 años. 2. Parten del programa pionero Rasmol desarrollado por Robert Sayle de la Universidad de Edimburgo (se puede obtener Raswin.exe

15 LA REPRESENTACION GRAFICA DE BIOMOLECULAS. 1-ACEPTAN ARCHIVOS.pdb. Se han desarrollado en los últimos 15 años. 2. Parten del programa pionero Rasmol desarrollado por Robert Sayle de la Universidad de Edimburgo (se puede obtener 3. Programas gemelos Protein Explorer o Chemscape Chime ( este último desarrollado para ser incorporado en navegadores Internet (Netscape y Explorer).

16 LA REPRESENTACION GRAFICA DE BIOMOLECULAS. 1-ACEPTAN ARCHIVOS.pdb. Se han desarrollado en los últimos 15 años. 2. Parten del programa pionero Rasmol desarrollado por Robert Sayle de la Universidad de Edimburgo (se puede obtener 3. Programas gemelos Protein Explorer o Chemscape Chime ( este último desarrollado para ser incorporado en navegadores Internet (Netscape y Explorer). 4. Programa SwissPDB Viewer desarrollado por Nicolas Guex de la empresa Glaxo- Wellcome ( ) para PC y Apple Mackintosh. 5. Hoy en día se utilizan versiones integradas derivadas de Rasmol como Jmol, estas están integradas en el navegador y presentan de forma más intuitiva todas las capacidades de los programas originales

17 SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE REPRESENTACION GRAFICA SELECCIÓN DEL CONTROL PANEL EN WIND MENU Y LUEGO SAVE POV SCENE

18 SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE REPRESENTACION GRAFICA EN POV RAY

19 SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE REPRESENTACION GRAFICA EN POV RAY

20 SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE REPRESENTACION GRAFICA EN POV RAY

21 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. Nosotros nos centraremos en el PDB.

22 REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. El ejemplo estructural que estudiaremos es el de las proteínas Mioglobina-hemoglobina

23 REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. El ejemplo estructural que estudiaremos es el de las proteínas Mioglobina-hemoglobina (1MNO y 1HHO)

24 REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. El estudio de la Hemoglobina humana

25 REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. Buscar una proteína con diversidad de estructura secundaria y especialmente hoja beta.

26 REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. La proteína mas grande y sus mediciones Un ejemplo la 1EAB El nucleo de la piruvato deshidrogenasa. 150x150x150 Amstrons m

27 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. La proteína mas pequeña y sus mediciones Un ejemplo la 3MGW Lisozima 42x30x21 Amstrons m

28 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. El ADN, distancias; Importar molécula con ratón dcha, archivo, abrir desde PDB

29 DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS. Otros ejemplos; Azucares, ácidos grasos, fármacos, etc.