Pasaporte científico. PubMed. programm. Técnicas para hallar y descargar publicaciones científicas a texto completo

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1 programm Pasaporte científico PubMed Técnicas para hallar y descargar publicaciones científicas a texto completo

2 Pasaporte científico PubMed Cerebro Periférico SDS Cia. Ltda. Impresión: 3000 ejemplares Julio, 2013

3 Tabla de contenidos Glosario 1 Introducción 2 Vocabulario MeSH 2 Traductor MeSH español-inglés 3 Filtros de búsqueda en inglés 6 Filtros de búsqueda en español 8 Descarga gratuita de artículos a texto completo 10 Operadores de Boole 13 Ejercicios y estrategias 14 Glosario PubMed Entrez MeSH Término preferente Término sinónimo Filtros de búsqueda Operador de Boole NCBI NLM Versión web de MEDLINE/Index Medicus Motor de búsqueda de PubMed Descriptores de temas médicos Frase principal compuesta por una o más palabras Frases sinónimas a la frase principal Son limitadores que se aplican para aumentar la precisión de los resultados Relaciones lógicas entre términos (Y, O, PERO NO) Centro Nacional para Información de Biotecnología Biblioteca Nacional de Medicina de los EE.UU.

4 Introducción PubMed ( abarca más de 22 millones de citas para literatura biomédica registrada en MED- LINE. Es una herramienta gratuita desarrollada por el NCBI, en la NLM. Una de las dificultades que afronta el profesional de la salud al hacer una búsqueda en PubMed es el idioma. La página web de PubMed solamente se encuentra publicada en inglés. Sin embargo, existen herramientas y filtros que permiten hacer búsquedas en español en forma parcial o total. En este pasaporte científico se comparten técnicas para buscar, hallar y descargar artículos completos desde PubMed. Vocabulario MeSH Se utiliza en MEDLINE para indizar las citas bibliográficas y los resúmenes provistos por los autores de más de 4000 revistas publicadas en los EE.UU. y de 70 países, en su mayor parte traducidos al inglés. También se utiliza para catalogar libros. La indización es una tarea manual y se pueden asignar hasta 15 términos MeSH a cada artículo científico. Cuando PubMed busca un término MeSH, incluye en forma automática los sinónimos. Ésto se conoce como explosión automática. Una búsqueda de calidad en PubMed siempre hace uso del vocabulario MeSH, y se vuelve precisa cuando se agregan filtros (autor, revista, fecha, etc) y los operadores de Boole. Los tres componentes conforman una estrategia de búsqueda, que permite obtener resúmenes y artículos completos, en

5 muchos casos gratis. El vocabulario MeSH presenta el término preferente, la definición, filtros, sinónimos y una representación jerárquica (ver la figura 1). Figura 1. Buscador MeSH, definición, sinónimos Existe un traductor de términos MeSH español-inglés para hallar el término preferente. Traductor MeSH español-inglés Permite consultar términos MeSH en español y ver su traducción preferente en inglés y demás sinónimos. La distinción entre un término preferente y un sinónimo resulta evidente en el traductor. El traductor incluye la función de autocompletar.

6 El traductor MeSH español-inglés se puede consultar sin costo en Como ejemplo en español, usaremos el término Antiinflamatorios No Esteroideos. En los resultados, junto al término nos dirá si es un término preferente (color verde) o un sinónimo (ver la figura 2). Figura 2. Resultados de búsqueda

7 Español: Antiinflamatorios No Esteroideos = Inglés: Antiinflammatory agents, Non-Steroidal Ahora que tenemos la traducción al inglés, nos trasladamos a la página web de PubMed ( gov). Para hallar todos los artículos referentes a AINE, sus sinónimos y variantes del término, transferimos el resultado (en inglés) del traductor a PubMed. Como conocemos el término preferente, no hace falta escribir todos los sinónimos. Agregamos [mh] al final, así: Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal[mh] El filtro [mh] al final del término preferente activa la búsqueda con vocabulario MeSH, (ver la figura 4) Figura 4. Uso de [mh] en PubMed

8 Así, el término preferente se vuelve tema central del artículo. Los resultados son menores pero a la vez son más precisos y confiables que sin filtro (ver la tabla 1). Tabla 1. Artículos hallados con y sin activación del vocabulario MeSH Término Filtros de búsqueda en inglés Son limitadores que se incorporan a la búsqueda para precisar los resultados (ver la tabla 2): Tabla 2. Filtros más comunes en PubMed Filtro Descripción Ejemplos [mh] [MeSH Terms] Términos MeSH. La palabra o frase a buscar está en el vocabulario MeSH y es tema central del artículo # de artículos Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal[mh] NSAID Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal[mh] Cyclooxygenase 2 Inhibitors[mh] AND thrombosis[mh] AND humans[mh]

9 [tiab] hasabstract[text] meta-analysis[ptyp] systematic[sb] 2010:2013[dp] pubmed pmc[sb] Búsqueda en el título y/o en el resumen Búsqueda de artículos con resumen Búsqueda de metanálisis Búsqueda de revisiones sistemáticas Búsqueda de artículos publicados entre 2010 y 2013 Búsqueda en una revista específica Cuando el autor no usa segundo nombre Artículos completos en PubMed Central de descarga gratuita Nimesulide[tiab] AND thrombosis[mh] AND humans[mh] Influenza A [tiab] nimesulide AND hasabstract[text] nimesulide AND meta-analysis[ptyp] nsaid AND systematic[sb] Cyclooxygenase 2 Inhibitors [mh] AND thrombosis [mh] AND 2010:2013[dp] nejm[jour] bmj[jour] calle a@[au] AND ecuador[mh] h1n1[tiab] AND pubmed pmc[sb] AND humans[mh]

10 loprovscielo[sb] loattrfree full text [sb] (pubmed pmc[sb] OR loprovscielo[sb]) Artículos completos de revistas latinoamericanas de descarga gratuita Búsqueda de artículos completos de descarga gratuita de todas las fuentes Búsqueda conjunta de artículos completos gratuitos en PubMed Central y SciELO mercosur[ti] AND loprovscielo [sb] coxibs[mh] AND thrombosis[mh] AND loattrfree full text [sb] bat[ti] AND rabies[mh] AND (pubmed pmc[sb] OR loprovscielo[sb]) Idealmente, a todo término en inglés debe agregarse su respectivo filtro; el título en el idioma vernáculo [tt] acepta palabras libres en español o cualquier otro idioma Filtro de búsqueda en español: título en el idioma vernáculo Cuando busca un artículo específico publicado en español por título, puede usar el filtro título en el idioma vernáculo [tt]. No es necesario acentuar las palabras (ver la tabla 3).

11 Tabla 3. Filtro de búsqueda: título en el idioma vernáculo Filtro Descripción Ejemplos [tt] Búsqueda en el título del idioma vernáculo mordedura[tt] AND murcielago[tt] litiasis[tt] control de peso [tt] dolor infantil [tt] La búsqueda en PubMed, escrita en español: mordedura[tt] AND murcielago[tt] AND 2006:2013[dp] halla 5 resultados (ver la figura 5). Note que el texto completo de estos artículos se pueden descargar gratuitamente (Free Article). Este servicio es usual para los artículos publicados en la red latinoamericana. Figura 5. Artículos en español en PubMed

12 El filtro [tt] se puede aplicar para todos los idiomas presentes en PubMed. Descarga gratuita de artículos a texto completo Una búsqueda con la siguiente estrategia: Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal[mh] AND (thrombosis[mh] OR cardiovascular risk ) AND systematic[sb] AND loattrfree full text [sb] AND humans[mh] Nos halla 19 resultados, dos de ellos conflictivos: el artículo de Conaghan PG (2012) comenta la salida del mercado de valdecoxib por su elevado riesgo cardiovascular, mientras que el de Shug SA (2009) defiende la seguridad de valdecoxib (ver la figura 6). Figura 6. Estrategia de búsqueda de artículos a texto completo gratuitos

13 Seleccionamos la publicación de Conaghan PG, nos llevará al resumen del artículo y la opción para descargar el artículo completo (ver la figura 7). Figura 7. Resumen del artículo y opción de descarga del artículo a texto completo Un clic en el botón Free in PMC, nos llevará a la opción para descargar el artículo completo (ver la figura 8). Figura 8. Enlace para descarga del artículo completo

14 Al dar clic en el hipervínculo PDF (señalado en rojo) se abrirá el artículo completo y podrá descargar el artículo a texto completo a su computador (ver la figura 9). Figura 9. Descarga del artículo completo

15 Operadores de Boole AND (Y) Se usa AND para buscar dos términos coincidentes en un mismo artículo, por ejemplo: mordedura[tt] Y murcielago[tt] OR (O) Se usa OR para buscar dos términos que pueden o no existir en un mismo artículo: terremoto[tt] O sismo[tt] NOT (PERO NO) Se usa NOT para excluir dolor[tt] AND child [mh] PERO NO child, preschool [mh] En este caso buscará artículos en español referentes a dolor en niños con edades entre 6 y 12 años y excluirá los artículos con niños con edades entre 2 y 5 años.

16 Ejercicios 1. Halle artículos referentes a Tamiflu publicados en la revista British Medical Journal entre 2012 y 2013 Estrategia de búsqueda: oseltamivir[mh] AND bmj[jour] AND 2012:2013[dp] 2. Halle artículos referentes a AINE publicados en la revista World Journal of Gastroenterology, catalogados como Medicina Basada en Evidencias Estrategia de búsqueda: anti-inflammatory agents, non-steroidal [mh] AND Evidence-Based Medicine[mh] AND WJG[jour] 3. Existe una relación entre caramelos o azúcar e hiperactividad en niños? Estrategia de búsqueda: (sugar OR candy[mh]) AND hyperkinesis[mh] AND child[mh] 4. Es cierto que el uso de analgésicos en pacientes con abdomen agudo dificulta el diagnóstico? Estrategia de búsqueda: analgesia[mh] AND abdomen, acute [mh] AND diagnosis[mh] AND pubmed pmc[sb] 5. Efectos adversos al tomar bebidas energizantes para mejorar el rendimiento deportivo Estrategia de búsqueda: Energy Drinks [mh] AND adverse effects AND sports[mh]