Puesta al día en la búsqueda de información científica. MEDLINE-PubMed: la puerta de acceso al conocimento en Ciencias de la Salud

Transcripción

1 Puesta al día en la búsqueda de información científica MEDLINE-PubMed: la puerta de acceso al conocimento en Ciencias de la Salud Alicia Fátima Gómez Sánchez 1, Cristina Escudero Gómez 2, Pilar Serrano Gallardo 3 1 Doctora por la Universidad del País Vasco. Sección Departamental de Enfermería. Facultad de Medicina. Universidad Autónoma de Madrid. Servicio de Biblioteca y Documentación. Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares Carlos III (CNIC) (Madrid) 2 Documentalista. Biblioteca. Hospital Universitario Puerta de Hierro Majadahonda (Madrid) 3 Doctora por la Universidad Autónoma de Madrid. Sección Departamental de Enfermería. Facultad de Medicina. Universidad Autónoma de Madrid. Instituto de Investigación Sanitaria Puerta de Hierro Majadahonda (IISPHM). Investigación avanzada sobre Evaluación de la Ciencia y la Universidad (INAECU) Resumen Este artículo es el segundo de la serie Puesta al día en la búsqueda de información científica. En él se aborda MEDLINE y su principal puerta de acceso, PubMed; se trata del recurso más conocido y utilizado en el mundo para recuperar información en Ciencias de la Salud. Este artículo tiene como propósito hacer un recorrido sobre las cuestiones fundamentales que ayuden a los profesionales del ámbito sanitario a recuperar información relevante para el ejercicio de su profesión. Para ello se presentan las principales características y sus opciones de búsqueda: Búsqueda simple, Búsqueda avanzada, Single Citation Matcher. Búsqueda por palabras clave: el MesH y Filtros o Límites (Tipo de documento (Article types), Disponibilidad del texto (Text availability), Fecha de publicación (Publication dates), Idioma (Languages), Grupos de edad (Ages), Materias (Subjects), Sexo (Sex), etc.). También se presentan las opciones de guardado y recuperación de los documentos obtenidos: 1) Guardarlo en un archivo (File); 2) Citation manager; 3) Clipboard; 4) Collection; 5) enviarlos por correo electrónico ( ); 6) o guardarlos en una cuenta personalizada de PubMed (My NCBI) como bibliografía (My Bibliography). Palabras clave Búsquedas bibliográficas; información científica; MEDLINE; Pub- Med; bases de datos bibliográficas; almacenamiento y recuperación de la información. Abstract MEDLINE-PubMed: the door of access to knowledge in Health Sciences This article is the second in the Update in the search for scientific information series. MEDLINE is addressed here, and its main door of access, Pubmed, which is the best known and more widely used at global level in order to retrieve information on Health Sciences. The objective of this article is to go over the essential matters which will help healthcare professionals to retrieve information relevant to their practice. For this aim, their main characteristics and search options are hereby presented: Simple Search, Advanced Search, Single Citation Matcher, Search by key words: MesH and Filters or Limits, Type of Document, Text availability, Publication Dates, Languages, Age Groups, Subjects, Gender, etc. The options for saving and retrieving the documents obtained are also presented here: 1) Saving it in a file; 2) Citation manager; 3) Clipboard; 4) Collection; 5) Send by ; 6) or Save in a personalized PubMed account (My NCBI) as bibliography (My Bibliography). Key words Bibliographic search; scientific information; MEDLINE; PubMed; bibliographic databases; information storage and retrieval. Introducción En este segundo artículo de la Serie Puesta al día en la búsqueda de información científica se aborda uno de los recursos esenciales que servirá para satisfacer las necesidades informativas de los profesionales de Ciencias de la Salud, en general, y de Enfermería, en particular, la base de datos MEDLINE y su principal puerta de acceso, PubMed, que es un sistema de búsqueda libre y gratuito desarrollado por el National Center for Biotechnology Information (NCBI), dependiente de la National Library of Medicine (NLM). MEDLI- NE recoge más de 25 millones de referencias bibliográficas de trabajos científicos publicados desde 1949 en revistas de todo el mundo y una pequeña selección de libros en línea. Proporciona, además, acceso a sitios web relevantes así como a enlaces a otras bases de datos de Biología molecular desarrolladas también por el NCBI, como se puede observar en la Imagen 1. La temática que abarca es muy amplia, cubriendo las áreas de Medicina, Biomedicina, Enfermería, Odontología, Veterinaria, Salud Pública, ciencias preclínicas y ciencias afines. PubMed tiene sus orígenes en el Index Medicus, un índice impreso que recopilaba la literatura científica de la NLM. En Dirección de contacto: Alicia Fátima Gómez Sánchez. Servicio de Biblioteca y Documentación. Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares Carlos III (CNIC). afgomez@cnic.es Cómo citar este artículo: Gómez Sánchez AF, Escudero Gómez C, Serrano Gallardo P. MEDLINE-PubMed: la puerta de acceso al conocimento en Ciencias de la Salud

2 Gómez Sánchez AF et al. MEDLINE-PubMed: la puerta de acceso al conocimento en Ciencias de la Salud Imagen 1. Bases de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI) Acceso y estrategia de búsqueda El acceso a MEDLINE se puede realizar a través de diversas interfaces. Además del acceso gratuito a través del sistema global de búsqueda de PubMed, se pueden utilizar otras plataformas de pago como Ovid MEDLINE, EBSCO MEDLINE o la Web of Science. Si bien el contenido es el mismo, existen diferencias en las opciones de búsqueda que pueden hacer que los resultados obtenidos varíen en función de la interfaz. Este artículo se centrará únicamente en el acceso a través de PubMed. Como se muestra en la Imagen 2, la interfaz de entrada de PubMed resulta sencilla y además de la casilla de búsqueda simple, muestra la opción de búsqueda avanzada, búsqueda a través de vocabulario controlado (MesH Database), tutoriales y guías, herramientas y acceso a otros recursos informativos así como el acceso a la base de datos de revistas o búsqueda aplicando filtros metodológicos (Clinical Queries). Opciones para realizar búsquedas: los años 50 se empezó a automatizar y se desarrolló un sistema de recuperación y análisis de la información denominado Medlars (Medical Literature Analysis Retrieval System), que al pasar a consultarse en línea se denominó MED- LINE (Medlars On Line). En 1996 el vicepresidente de Estados Unidos, Al Gore, decide que todas las bases de datos desarrolladas por la NLM (entre ellas MEDLINE), pasan a ser de acceso público y gratuito, a través de una nueva interfaz denominada PubMed (1). MEDLINE (al que pertenecen casi el 90% de las referencias del total de PubMed) se puede considerar como el core de esta gran base de datos. Además, PubMed incluye citas que se encuentran en diferentes estados de indexación no definitivos. La mayoría de esas referencias están destinadas a formar parte de la colección de MEDLINE, una vez superen el proceso de indexación, que es el momento en el que los documentalistas de la NLM evalúan los registros, asignan palabras clave y añaden etiquetas sobre las fuentes de financiación, etc. Los diferentes estados de indexación se muestran al usuario en el registro con diferentes tipos de etiquetas: [As supplied by Publisher], para las citas tal y como las envían los editores; [In-process], para las citas en proceso de indexación e [Indexed for MEDLINE], para las citas de artículos ya indexadas, que forman parte de MEDLINE. Asimismo, hay algunas referencias con la etiqueta [PubMed], que por distintas razones no forman parte de MEDLINE y que no cuentan con una indexación completa. Búsqueda simple A través de la búsqueda simple de inicio se pueden realizar consultas sobre los términos más significativos de nuestra demanda informativa (en inglés), en general aquellos que derivan directamente del fenómeno de interés como se dijo en el primer artículo de esta serie. Para combinar más de un término de búsqueda se utilizan los operadores booleanos AND, OR y NOT (siempre en mayúsculas) que establecen la relación lógica entre los términos (por defecto, el sistema operará como si entre cada término de búsqueda estuviera el operador booleano AND) y cuyo uso se explicó en el primer artículo de esta serie, al igual que la búsqueda por raíz o truncamiento utilizando el * (3). PubMed procesa los operadores de izquierda a derecha, pero el uso de paréntesis permite cambiar el orden. Es lo que se denomina búsquedas anidadas. En primer lugar se ejecutan como una orden las búsquedas de los términos incluidos dentro de los paréntesis para incorporar los resultados al resto de la estrategia. Es posible, además, limitar la búsqueda a un determinado campo (autor, país, título, resumen, etc.). Para ello se añade entre corchetes el calificador del campo. Los principales calificadores son: [ALL] para todos los campos (si bien este es por defecto); [AD] para afiliación; [AU] para autor; [DP] fecha de publicación; [TI] para título; [AB] para resumen; [TIAB] para título y resumen; etc. (4). Por ejemplo, la búsqueda de la Imagen 3a localizará artículos en los que aparezca Spain en el título o el resumen del registro, mientras que en la búsqueda de la Imagen 3b Imagen 2. Interfaz de acceso a PubMed (2) Este artículo tiene como propósito hacer un recorrido sobre las cuestiones fundamentales para realizar búsquedas en PubMed, así como para proceder a la recuperación de los documentos obtenidos

3 Gómez Sánchez AF et al. MEDLINE-PubMed: la puerta de acceso al conocimento en Ciencias de la Salud Serie Imagen 3a y 3b. Ejemplos de búsqueda combinando añadiendo además limitadores de campos recuperará artículos en los que aparezca Spain en la dirección de la afiliación de los autores Para buscar por autores hay que tener en cuenta que el formato ha de ser de apellido seguido de la inicial: Perez F. Desde 2002 además se permite la búsqueda de nombres completos de autores Perez, Fernando J ; esta información se guarda en el registro completo con la etiqueta [FAU] (full autor name). Búsqueda avanzada Este tipo de búsqueda ofrece un formulario en el que se puede incluir la información de búsqueda por campos y unirlos con los operadores booleanos deseados, de una forma sencilla y sin necesidad de conocer el uso de paréntesis y calificadores de campos. Como se puede ver en la Imagen 4, el sistema traduce la búsqueda. Además, incluye un índice que puede servir de gran ayuda, sobre todo en campos como países, idiomas, autores o palabras clave. La interfaz de búsqueda avanzada tiene además la opción de consultar el historial de las búsquedas realizadas anteriormente (Imagen 5). Cada una de esas búsquedas o de los pasos que se van llevando a cabo reciben número precedido de un # y el sistema permite seleccionar las que interesen al usuario y combinarlas, utilizando también operadores booleanos. El conjunto de todos los pasos de una búsqueda se denomina estrategia. Single Citation Matcher Se trata de una opción de búsqueda de referencias a partir de datos editoriales como el nombre de la revista, el volumen, número de página y año de publicación. Se acede a ella desde la página principal de PubMed y supone una herramienta muy útil para localizar referencias concretas, aunque no se disponga de los datos de todos los autores o el título completo. Búsqueda por palabras clave: el MesH MeSH es la abreviatura de Medical Subject Headings, que es la base de datos de descriptores de Ciencias de la Salud. Este vocabulario controlado (tesauro) sirve para identificar mediante palabras clave el contenido de cada artículo en la base de datos MEDLINE. En la edición de 2016 el número de descriptores del MeSH es de y engloba más de términos equivalentes (5). El MeSH es una de las herramientas más importantes de MEDLINE y sirve para evitar la sinonimia y la polisemia característica del lenguaje natural. Está compuesto de términos principales o descriptores y de otros términos de entrada sinónimos o muy similares a los principales. Por ejemplo, si se lanza la búsqueda de heart muscle dentro del MeSH, no aparece al no ser un término principal, pero remite de forma automática a myocardum, que sí es el término elegido como descriptor para ese concepto. Los términos MesH están ordenados de forma jerárquica por categorías temáticas donde los conceptos generales engloban a los particulares configurándose así una estructura en forma de árbol. Así, si se busca el término heart es posible indicar al sistema que recupere además términos más específicos como myocardium, heart atria o heart valves (entre otros). Para trabajar desde el MesH se accede a través de la página principal de PubMed en la opción MesH Database. Se introduce el término en la caja de búsqueda y el sistema devol- Imagen 4. Traducción de la estrategia de búsqueda en la interfaz de búsqueda avanzada Imagen 5. Combinación de búsquedas a través del historial

4 Gómez Sánchez AF et al. MEDLINE-PubMed: la puerta de acceso al conocimento en Ciencias de la Salud verá una serie de términos relacionados con el que se desea buscar. Por cada uno, PubMed mostrará lo siguiente: Breve definición del término. Subencabezamientos (Subheadings): términos que delimitan a un determinado aspecto o punto de vista la búsqueda (diagnóstico, pronóstico, tratamiento, cirugía, etc.). En el proceso de indexación junto a los términos que describen la temática del artículo, se incluyen términos que reflejan las características de la población de estudio (grupos de edad, animales o humanos, masculinos o femeninos), así como la tipología documental (ensayo clínico, revisión, etc.). La posibilidad de restringir la búsqueda al tema principal (Restrict to MeSH Major Topic): que sirve para recuperar documentos en los que los descriptores por los que se realiza la búsqueda correspondan al tema principal del documento. La opción de no explotar el término (Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy): como se ha señalado, una de las características más importantes de los términos MesH es que están organizados jerárquicamente. Esta organización permite a la base de datos realizar búsquedas globales de un término y de todos aquellos más específicos que dependen del mismo. Si por ejemplo se realiza una búsqueda del término osteoartritis, el sistema además recuperará todos aquellos términos que en el árbol son más específicos, introduciendo un OR entre todos y cada uno de los conceptos. Es lo que se denomina Explosión del término. Por defecto, PubMed busca todas las referencias etiquetadas también con los términos específicos, pero esto no ocurrirá si se marca la casilla que permite anular esta opción. A medida que se van localizando los términos reconocidos por el tesauro MeSH, se van marcando y trasladando a la ventana que se encuentra a la derecha de la página y que se denomina PubMed Search Builder para ir construyendo la estrategia de búsqueda. Si se incorpora más de un término se utilizarán los operadores booleanos seleccionándolos de la ventana desplegable. Finalizado el proceso se lanzará la búsqueda mediante el botón Search PubMed y el sistema pasará a realizar la búsqueda de referencias bibliográficas. Algunas consideraciones respecto al MeSH y sus limitaciones: El uso de la búsqueda a través de términos MesH recupera solamente aquellos documentos cuya etiqueta es [PubMed-Indexed for MEDLINE]. El resto de referencias que no han sido indexadas y que aparecen etiquetadas como [PubMed], [As supplied by Publisher] o [In-process] no serán recuperadas debido a que aún no se les ha adjudicado descriptores de este vocabulario controlado. Si se emplea la búsqueda simple de PubMed y se escriben los términos sin utilizar truncamientos y sin acotar por campos, es decir, lenguaje libre, el sistema rastreará por todos los campos susceptibles de búsqueda, incluidos los descriptores MeSH. Sin embargo, si se usan truncamientos o se limita por campos, el sistema no devolverá las referencias que, por ejemplo, traten sobre el miocardio pero que no incluyan de forma explícita esa palabra. En definitiva, para sacar el máximo partido de esta base de datos se recomienda combinar desde el historial una primera búsqueda de los términos MeSH, con una segunda búsqueda de frases o términos con truncamientos utilizando campos específicos de búsqueda (título, abstract, etc.). Filtros Los filtros o límites (Limits) se encuentran en la parte izquierda de la pantalla y permiten restringir la búsqueda (6). Los más utilizados son: Tipo de documento (Article types): revisión, ensayo clínico, guías de práctica clínica, artículo editorial, revisión, etc. Disponibilidad del texto (Text availability): a documentos que dispongan de resumen, a aquellos a los cuales se tenga acceso al texto completo gratuito, o a los que proporcionen acceso al texto completo pero en la página de la editorial. Fecha de publicación (Publication dates): cinco años, diez años, o bien se pueden personalizar las fechas en las que se desea limitar la búsqueda. Idioma (Languages): con una lista alfabética de los idiomas disponibles; se pueden seleccionar varios idiomas a la vez. Grupos de edad (Ages): para acotar los resultados por diferentes tramos de edad (desde el nacimiento a ancianos) de la población objeto de estudio en los artículos. Materias (Subjects): Sida; Bioética, Cáncer, Veterinaria, Historia de la Medicina, etc. Otros como: sexo (Sex), masculino y femenino; especie (Species), humanos o animales; grupos de revistas (Journal categories), que incluye un grupo específico de revistas de enfermería (Nursing journals), etc. Resultados de la búsqueda Una vez que se ha desarrollado la búsqueda y se dispone del listado de referencias que responden a las necesidades del usuario, es posible elegir distintos modos de visualización. Por una parte, se puede seleccionar la información a visualizar de cada registro: referencia resumida o con el resumen (ambas con hipervínculos o en formato texto plano), en xml o como un listado de PMID (los códigos de identificación de registro de PubMed. Por otra parte, se puede elegir el número de resultados en la pantalla, por defecto es de 20 pero es posible reducirlo o ampliarlo. También se puede seleccionar el orden (más reciente, relevancia, primero o último autor, etc.). La mayoría de las referencias incluyen resúmenes y enlazan a los textos completos de los artículos en los sitios web de los editores asociados, así como enlaces a los textos completos de los artículos de forma gratuita a través de Pub- Med Central (PMC), que es el repositorio de la National Library of Medicine. Asimismo, es fundamental elegir el formato más conveniente para guardar los resultados. La primera opción es guardarlo en un archivo (File) (Imagen 6a). Con esta opción es posible seleccionar el formato de las referencias y el orden

5 Gómez Sánchez AF et al. MEDLINE-PubMed: la puerta de acceso al conocimento en Ciencias de la Salud Serie Imagen 6a y 6b. Opciones de guardado de resultados en PubMed con otras de recursos más específicos o en español, que se tratarán en posteriores artículos de esta serie. Financiación Ninguna. Conflicto de intereses Ninguno. Otra opción muy interesante es la de Citation manager, que guarda un archivo para que posteriormente sea reconocido por un gestor de referencias (Imagen 6b). El formato Clipboard permite seleccionar los registros para luego guardarlos en un disco o imprimirlos. También existen otras opciones como añadirlos a una colección (Collection), enviarlos por correo electrónico ( ), o guardarlos en una cuenta personalizada de PubMed (My NCBI) como bibliografía (My Bibliography). Como punto final cabe comentar que PubMed ofrece la posibilidad de crear una cuenta personal (My NCBI) que permite guardar estrategias de búsqueda, crear alertas para estar informados de nuevas publicaciones que respondan a criterios de búsqueda concretos, almacenar una bibliografía propia o gestionar un perfil propio de visualización de registros o uso de filtros. Consideraciones finales A lo largo de este artículo se ha expuesto qué son MEDLINE y PubMed y cuáles son sus principales funcionalidades, desde que se lanza una búsqueda hasta que se guardan los resultados. Sin duda se trata de un recurso fundamental para cualquier profesional de Ciencias de la Salud, pero no hay que perder de vista que tiene algunas limitaciones como son un predominio de contenido anglosajón, principalmente estadounidense, así como las áreas temáticas que incluye. En sí misma la disciplina enfermera está infrarrepresentada, y algunas especialidades que pueden resultar de interés para los profesionales enfermeros tampoco tienen una buena cobertura (áreas por ejemplo relacionadas con la Psicología, la Pedagogía, o cuestiones de tipo social). Por esta razón siempre será conveniente completar las búsquedas Bibliografía 01. Escudero Gómez C, Bojo Canales C, Serrano Gallardo P. Las fuentes de información en Ciencias de la Salud. En: Serrano Gallardo P. Trabajo fin de grado en Ciencias de la Salud. Madrid: Difusión Avances de Enfermería (DAE); p PubMed [internet] [citado 5 mayo 2016] Disponible en: Serrano Gallardo P, Bojo Canales C, Gómez Sánchez AF. La revisión bibliográfica: primera etapa en la actividad científica. Metas Enferm may 2016; 19(4): National Center for Biotechnology Information (US); (2005-) PubMed Help [internet] Bethesda (MD). [citado 5 mayo 2016] Disponible en: nih.gov/books/nbk3827/#pubmedhelp.pubmed_ Quick_Start 05. National Center for Biotechnology Information (US) (1999-) Medical Subject Headings. [En línea] Bethesda (MD). [citado 5 mayo 2016] Disponible en: Fisterra (2009) Buscar en MEDLINE con Pubmed: guía de uso en español [internet]. [citado 5 mayo 2016] Disponible en: Si quieres ampliar más información sobre este artículo, consulta: Introduce estos términos: Búsquedas bibliográficas; MEDLINE; Pub- Med; bases de datos bibliográficas; almacenamiento y recuperación de la información. Contacta con los autores en: afgomez@cnic.es