Conclusiones: en este ejemplo es EJERCICIO DOTLET.

Transcripción

1 EJERCICIO DOTLET. Obtenga la secuencia de proteína con número de acceso P24014, que corresponde a una proteína de Drosophila melanogaster. Realice una comparación de esta secuencia consigo misma, usando diversas estringencias en las comparaciones. Como podemos ver en la imagen hemos ajustado el blosum a 45 al comparar la secuencia entre sí, esa condición es intermedia dentro de o restringida que puede ser nuestra matriz, a mayor número de blosum asumimos mayor proximidad evolutiva, como podemos ver en la imagen, he decidido hacer comparaciones de 25 en 25 y la ventana es de 1:6. Con esta selección el número de interferencias es elevado. Al aumentar el número de bloson a 100, podemos ver como a aumentado la dispersión. Conclusiones: en este ejemplo es relativamente fácil obtener conclusiones, ya que la imagen que obtenemos es totalmente simétrica y nos indica que esta proteína posee dominios que tienen funcionalidad biológica. A continuación, de una secuencia de DNA de Streptomyces coelicolor, que es una bacteria que fabrica una proteina que produce resistencia al antibiótico actonorrodina, voy a realizar una comparación, tanto de la la propia cadena de ADN (M64683), como de las proteínas y las voy a comparar con proteínas de otras especies.

2 P Se trata de una proteína capaz de conferir resistencia a varias drogas en E.coli. P Se trata de una proteína capaz de conferir resistencia a Tetracenomycina C a base de excretar este compuesto P Capaz de conferir resistencia a puromicina. Q Capaz de conferir resistencia a Metilenomicina A. Como podemos ver en la gráfica obtenida, tras comparar la secuencia de ADN no se ve, ningún tipo de simetría ni coincidencia, esto nos da información de que en la secuencia de nucleótidos, no tenemos ni palíndromes, ni posibles funciones de regulación o terminación, como la cadena palindrómica de terminación rho. Aunque no con mucha claridad, podemos observar, que al realizar una comparación de la secuencia entre ella misma, vemos cierta simetría, esto indica que tenemos dominios con sentido biológica, a continuación trataremos de ver qué ocurre al comparar con secuencias de otros organismos. P Se trata de una proteína capaz de conferir resistencia a varias drogas en E.coli.

3 de esta comparación, vemos que aparece la línea diagonal, que nos indica que tenemos cierta homología, de secuencias, pero el blosum es muy elevado, para intentar ajuntar al máximo la similitud de secuencias. P Se trata de una proteína capaz de conferir resistencia a Tetracenomycina C a base de excretar este compuesto de anterior en mi opinión, nos aparece también la línea diagonal. En este podemos ver un grado simetría mayo que en el

4 P Capaz de conferir resistencia a puromicina. De todos los ejemplos que hemos obtenido considero que este es de los más importantes, ya que tenemos dos simetrías completamente diferentes dentro de las secuencias, esto quiere decir, que aunque existen dominio, sin conservación de función, tenemos otros domínios donde sí se conservan estos y poseen funciones biológicas similares. Q Capaz de conferir resistencia a Metilenomicina A. también observamos cierta simetría en este cuadro, vemos como aparece la diagonal.

5 CONCLUSIONES: Aunque sabemos que todas estas proteínas tienen como función el crear resistencia a un antibiótico, a la luz de los resultado sólo podemos concluir que se trata de dominios con funciones biológicas conservadas y esto hace que podamos sospechar que estos diferentes organismos, poseen un comportamiento parecido. Una estrategia a continuación sería realizar un clustal y un blas, para comparar con otras secuencias y obtener más información acerca de los dominios.