Código Libre, Acceso Abierto y Recursos Útiles en Medicina

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Monica Muñoz Alarcón
hace 8 años
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1 XLV Aniversario de la UPCH La Informática y la Educación Médica en el Siglo XXI Código Libre, Acceso Abierto y Recursos Útiles en Medicina Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. <jesus@upch.edu.pe>

2 Agenda Informática médica y el movimiento de Software de Código Libre/Abierto Consideraciones generales Ejemplos concretos: AMRS, OpenMRS, OpenVistA, OpenEpi, etc. Acceso abierto a información biomédica PLOS, PubMed, National Library of Medicine, Clinical Trials, etc. Conclusiones

3 Código Libre en Informática Médica Software de Código Libre y Abierto ofrece: Libertad de modificar y adaptar el aplicativo a las necesidades específicas Libertad de distribuir y compartir los cambios Un modo dinámico de revisión por pares que permite una mejora continua Un ecosistema de comunidades que brindan apoyo, mejoras, y nuevas ideas Un mercado de ideas y soluciones en el que las mejores soluciones sobreviven Un sistema meritocrático global

revisión por pares que permite una mejora continua Un ecosistema de comunidades que brindan apoyo, mejoras, y

4 Interés global en Software de Código Libre y Abierto Un par de ejemplos: WHO: Genetics, Genomics, and the Patenting of DNA Review of potential implications for health in developing countries (2005). ONU: UNCTAD Expert Meeting Free and Open Source Software: Policy and development implications (Geneva, 2004). exme_programme_en.htm

5 AMRS: la evolución n colaborativa de un SRM AMPATH Medical Record System. Usado ahora en 11 clinicas en Kenya. Implementado en Web: MySQL, Plone (Zope, Python). Colaborativo desde su diseño inicial.

6 OpenMRS: un sistema para países en desarrollo Open Source Medical Records System. Una infraestructura para aplicativos en informática médica. m Requiere: Java, Eclipse, MySQL.

7 VistA y OpenVistA: del gobierno al públicop DHCP/VistA: Desarrollado por más de 20 años por el Department of Veteran Affairs (DVA) de los Estado Unidos. Implementado en el lenguaje ANSI MUMPS. Versión Open Source: OpenVistA. Razones para abrir el código: Eliminar los costos de licenciar MUMPS y usar el ambiente de programación GT.M Transferir la experiencia y conocimientos de años de desarrollo y uso a nuevos usuarios.

Razones para abrir el código: Eliminar los costos de licenciar MUMPS y usar el ambiente de programación GT.

8 WorldVistA: la comunidad

9 OpenEpi: Herramientas Epidemiológicas en la Web Usa Javascript y HTML para crear una interfaz para análisis epidemiologicos. Código disponible bajo licencia Open Source. Provee herramientas para agregar nuevos análisis, y hasta traducir la interfaz.

Código disponible bajo licencia Open Source.

10 Linux Med News Portal de información n acerca de proyectos de Open Source en Informática Médica. M También contiene noticias de nuevas tecnologias, legislación, estándares, etc.

11 Informando y educando: W.H.O. e Infonoia

12 Acceso Libre y Abierto a Información Biomédica Acceso Abierto: Implica disponibilidad libre de información en formato electrónico (generalmente en web) Hay dos formas: Publicaciones de acceso abierto: : La revista que publica los artículos, los hace accesibles inmediatamente. Archivos de acceso abierto: : Los autores tienen la libertad de dar acceso libre a sus artículos, individualmente o mediante un repositorio institucional

que publica los artículos, los hace accesibles inmediatamente.

13 Public Library of Science (PLoS) PLoS Biology PLoS Medicine PLoS Computational Biology PLoS Genetics PLoS Pathogens PLoS Clinical Trials PLoS ONE (science & medicine)

14 NCBI Entrez: sistema de búsqueda multi-base de datos Bases de datos Nucleótidos Proteínas Estructuras Taxonomía Genomas Expresión Compuestos (Bio)químicos PubMed, etc.

Estructuras Taxonomía Genomas Expresión Compuestos

15 U.S. National Library of Medicine: NLM Gateway Permite el buscar en múltiples bases de datos de la U.S. NLM Incluye libros de medicina, toxicología, etc.

16 Registro de estudios clínicos (NIH) Información acerca de estudios clínicos hechos con fondos del gobierno de los EEUU Incluye el propósito, participación, localidad, etc. Permite el registro por parte de los experimentadores

del gobierno de los EEUU Incluye el propósito, participación,

17 Para más m s información Free Software Foundation: Open Source Initiative: Creative Commons: Open source health care resources: Health Informatics Index: WorldVista: OpenVista: The Spirit Project (Open Source Software for better healthcare): Linux Med News:

html Health Informatics Index: http://www.hiww.org/ WorldVista: http://worldvista.sourceforge.net/ OpenVista: http://www.pacifichui.

18 Para más m s información n (cont.) Directorio de Open Access Journals: Eysenbach, G. (2006) Citation Advantage of Open Access Articles PLoS Biol. 4(5): e pdf&file= _journal.pbio l.pdf Harnard, S. (2005) OA Impact Advantage = EA+(AA) +(QB)+QA+(CA)+UA Wren, J.D. (2005) Open access and openly accessible: a study of scientific publications shared via the internet BMJ, 330(7500): Lawrence S. (2001) Free online availability substantially increases a paper's impact Nature, 412(6846): 447.

pbio.0040157-l.pdf Harnard, S. (2005) OA Impact Advantage = EA+(AA) +(QB)+QA+(CA)+UA http://eprints.ecs.soton.ac.uk/12085/ Wren, J.D.

19 Gracias A los organizadores de este simposio. A la audiencia por su paciencia. Charla disponible en ( Downloads -> Charlas -> Charlas Científicas )

Charla disponible en http://www.castagnetto.

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