Instalación de un server de R Por Edwin Aguiar Analista de Sistemas Grupo TICS EEA Corrientes

Transcripción

1 Por Edwin Aguiar Analista de Sistemas Grupo TICS EEA Para la realización de análisis estadísticos, minería de datos y otros menesteres en los que intervienen la estadística se suelen utilizar muchos programas propietarios (pagos) cuando podemos disponer de otros que son de uso libre y gratuito, además de contar con una gran comunidad que ayuda a solucionar los inconvenientes y problemas que surgen cuando desconocemos o no funcionan las cosas. En este caso me refiero a R 1 pero especialmente a su interfaz gráfica Rstudio 2 que además posee un valor agregado en forma de servidor estadístico. Para qué sirve un server de R? Esencialmente y dentro de la red del INTA es posible acceder a un servidor de R que mantenga nuestros cálculos y materiales seguros, disponibles desde cualquier maquina en toda la red y seguros mediante usuario y contraseña en un server que puede tener más memoria y procesamiento que una simple máquina de escritorio o una notebook. Inclusive es posible utilizar smartphones y tablets para trabajar con el server. Esto nos brinda movilidad y la posibilidad que el material estará a salvo de eventuales problemas con nuestra pc o notebook e incluso que podamos replicar el material por mayor seguridad, ya que los scripts tablas y demás elementos los podemos almacenar en el server y también descargarlos en nuestra máquina. La otra gran ventaja es que tanto el software como las librerías para distintos análisis son gratuitas, documentadas y cuentan con una gran comunidad que contribuye diariamente, como por ejemplo la lista de correo en español 3 donde no pocas veces hemos acudido a resolver incógnitas. Finalmente, y para no abundar más, la ventaja de un server en R es que es independiente de la plataforma (Windows, Linux, Android etc) ya que se maneja por el navegador que utilicemos (Explorer, Chrome, Firefox etc). Instalando RStudio server Supongamos que tenemos un server con DEBIAN 8, lo primero que debemos hacer es entrar por consola SSH, si estamos en Windows con putty 4 que es una utilidad muy extendida para este tipo de consolas. En la imagen lateral la pantalla de inicio donde tenemos cargadas las preferencias de conexiones, con el nombre, dirección IP y puerto de acceso. Abrimos la conexión del server al cual vamos a instalar Rstudio-server

2 En este caso es la dirección IP del server Debian y el puerto por defecto es el 22, lo cual puede variar según cada administrador de sistemas. Esto nos permite crear un túnel SSH 5 de manera segura y eficiente. Al acceder a la conexión y abrirla nos surge la identificación del usuario que va a trabajar en la maquina remota. Nos identificamos con usuario y contraseña para acceder al sistema Debian remoto del server, y si las credenciales están correctas se abrirá la consola para nuestro trabajo desplegando el prompt. A continuación, realizamos un update del sistema a fin de mantenerlo al día con las actualizaciones de seguridad y cambios de librerías, utilizando el usuario root con su y password: > apt-get update > apt-get upgrade Esperamos que el Sistema actualice y cuando termine ambos comandos procederemos a descargar un par de utilidades que necesitaremos para montar el server. Lo usual es que se instalen algunas librerías cada tanto, se recomienda leer el log. Ahora descargaremos e instalaremos dos utilidades que son necesarias para que el server de R (rstudio-server) funcione en nuestro Debian: SUDO 6 y GDEBI > apt-get install gdebi sudo Después de descargar e instalar las utilidades, necesitaremos R como motor de cálculos y procesamiento: > apt-get install r-base 5 Secure SHell, en español: intérprete de órdenes seguro, es el nombre de un protocolo y del programa que lo implementa, y sirve para acceder a máquinas remotas a través de una red. Permite manejar por completo la computadora mediante un intérprete de comandos, y también puede redirigir el tráfico de X (Sistema de Ventanas X) para poder ejecutar programas gráficos si tenemos ejecutando un Servidor X (en sistemas Unix y Windows). Además de la conexión a otros dispositivos, SSH nos permite copiar datos de forma segura (tanto archivos sueltos como simular sesiones FTP cifradas), gestionar claves RSA para no escribir claves al conectar a los dispositivos y pasar los datos de cualquier otra aplicación por un canal seguro tunelizado mediante SSH. (Wikipedia) 6 En Debian pr defecto se utiliza SU, SUDO hay que instalarlo para que funcionen los scripts de R y RStudio

3 Esto descargara aproximadamente 90 mb conteniendo el motor de R y las principales librerías que necesita por defecto el Sistema para funcionar, las adicionales se pueden ir agregando posteriormente desde la interface del Rstudio cliente en el navegador. Cuando se instale R podemos probarlo con putty de la siguiente manera > R > Demo(); Atención al llamar al programa con R mayúscula y no con minúscula! Es un error muy común. Tipeamos el comando demo() y de allí podemos seleccionar alguna operación para comprobar cómo funciona, por ejemplo con demo(nlm) Ya comprobado que funciona R hay que instalar el server de rstudio, dependiendo si nuestro server Debian es de 64 bits 7 : O de 32 bits: > wget > sudo gdebi rstudio-server amd64.deb $ wget $ sudo gdebi rstudio-server i386.deb Finalmente, si todo salio bien, solo resta probar la instalación mediante un comando: > sudo rstudio-server verify-installation 7

4 Donde de no existir ningún problema no saldrá nada. Si existe algún inconveniente quedara documentado en esta salida. Comenzando a usarlo Solo resta crear usuarios para que usen rstudio remoto, utilizando las utilidades propias del sistema. Cada usuario tendrá un Nick, password y un espacio propio en el server donde almacenará sus scripts, planillas, datos etc. Se accede con cualquier navegador web tipeando en la barra de direcciones <ip de server R>:<puerto>, por ejemplo, en este caso: :8787 Donde es la IP, agregando dos puntos (:) y el puerto Esto desplegara la interfaz de login del usuario: Debe autenticarse el usuario creado con su Nick y su password, de ser los valores correctos se desplegará la interfaz de Rstudio cliente remota para el trabajo, donde se pueden acceder a los menús para archivos (subir y bajar csv, Excel,scripts de R, etc), integrar librerías (por ejemplo, para conectar con bases de datos Mysql u otras integradas en el mismo server Debian) donde están los datos a procesar; realizar gráficos (plot). En la próxima imagen podemos apreciar las mencionadas anteriormente diferentes partes del rstudio-cliente, donde se aprecian las ventanas y paneles principales. La descripción y funcionalidad de cada uno de ellos es motivo de otro trabajo próximo. Confiamos que este breve tutorial sirva para instalar en un server Debian (u otros Linux según detallan en la página citada de descargas) y ser utilizado por varios usuarios de manera independiente y también colaborativamente. Finalmente queda por comentar que existe una versión paga del server que agrega utilidades adicionales, las que se pueden apreciar en la página de descargas, que incrementan notablemente

5 y a un precio muy reducido en comparación a versiones pagas de otros programas, que suelen valer decenas de dólares anuales sus licencias. El espacio desplegado aparece como en la figura siguiente, donde apreciamos los distintos sectores para ir escribiendo el script de R, la salida de resultados, los paneles de navegación etc. La descripción de uso de esta poderosa herramienta libre y gratuita quedara para otra oportunidad.