Algoritmos en Árbol y Grafo Computación Pipeline

Transcripción

1 Metodología de la Programación Paralela Facultad Informática, Universidad de Murcia Esquemas algorítmicos paralelos: Algoritmos en Árbol y Grafo Computación Pipeline Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

2 Sesión 3 Descomposición del trabajo: Paralelismo de datos. Particionado de datos. Algoritmos relajados. De paralelismo basado en dependencias de datos: Paralelismo síncrono. Dependencias en árbol o grafo. Pipeline. De paralelización de esquemas secuenciales: Divide y Vencerás. Programación Dinámica. Recorridos de árboles: Backtracking y Branch and Bound. De múltiples tareas o trabajadores: Bolsa de tareas. Granja de procesos. Maestro-Esclavo. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

3 Contenido 1 Grafos de dependencia 2 Paralelismo en Árbol o Grafo 3 Computación Pipeline 4 Otros ejemplos y trabajo adicional Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

4 Ideas generales Un Grafo de Dependencias es un grafo dirigido acíclico, donde los nodos representan tareas, y una arista de un origen a un destino representa que para poder realizarse la tarea destino tiene que haberse ejecutado la origen. Los nodos pueden etiquetarse con un valor que representa el coste de la tarea. Las aristas pueden etiquetarse con valor que representa el coste de la comunicación. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

5 Asignación de tareas Hay que asignar las tareas a los elementos de proceso. Distintas asignaciones pueden originar tiempos distintos. El problema de la asignación óptima es NP. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

6 Problemas de la asignación de tareas Dentro de un elemento de proceso hay que elegir el orden de ejecución de las tareas. Desbalanceo de la carga: balancear cálculo y comunicaciones. Tiempos de espera: por dependencias entre tareas. Si granularidad fina muchas tareas, lo que posibilita el balanceo pero genera más comunicaciones. Si granularidad gruesa menos comunicaciones pero más difícil el balanceo. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

7 Medidas de concurrencia Máximo grado de concurrencia: mayor número de tareas que se pueden ejecutar al mismo tiempo. Camino crítico: camino más largo desde un nodo de comienzo hasta un nodo final. Donde la longitud es la suma los costes de los nodos del camino. Grado medio de concurrencia: número medio de tareas que se podrían ejecutar en paralelo considerando todas las fases del algoritmo: n i=1 GMC = coste(nodo i) longitud camino critico En el grafo precedente: MGC = 4, LCC = 13, GMC = 2. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

8 Contenido 1 Grafos de dependencia 2 Paralelismo en Árbol o Grafo 3 Computación Pipeline 4 Otros ejemplos y trabajo adicional Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

9 Ejemplos en árbol Suma de n números: Suma prefija. Dada secuencia{x 0, x 1,...,x n 1 } calcular secuencia {s 0, s 1,...,s n 1 } con s i = i j=0 x j. Alguno de los vistos? Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

10 Ejemplo - suma prefija Con Paso de Mensajes. Para cada Pi, i=0,1,...,n-1 desp=1; for(j=0;j<log n;j++) { if(i<n-desp) enviar x a Pi+desp; if(i>=desp) { recibir en y de Pi-desp; x+=y; } desp*=2; } Cómo generalizar a n números y p elementos de proceso? Cómo sería en Memoria Compartida? Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

11 Ejemplos de suma - centralizada / distribuida Cuál produciría menos tiempo de ejecución? Y con la ordenación por mezcla? Cómo sería la ordenación quicksort? Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

12 Grafos con tareas de tipos distintos Por ejemplo la suma de n datos en p procesadores. Suma de todos los elementos de una matriz y obtención del máximo: Dada matriz A almacenar en vector x sumando los elementos de la fila, formar la matriz B ordenando las columnas de A y obtener la multiplicación Bx. Tenemos bloques de computación de los vistos antes (suma, ordenación, multiplicación...), cuál es una forma adecuada de llevarlas a cabo? Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

13 Ejemplo - clases de equivalencia En una representación de conjuntos por medio de árboles: se trata de encontrar el representante de la clase a la que pertenece cada nodo. Los arcos indican comunicaciones si están en distinto procesador. De cada nodo sale como mucho un arco y el patrón de comunicaciones es fijo. Funcionamiento: Para cada nodo se lee el valor del padre, si el valor leído es igual al que hay en el nodo ese nodo se envía un mensaje de fin al nodo con el que se comunica y acaba. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

14 Contenido 1 Grafos de dependencia 2 Paralelismo en Árbol o Grafo 3 Computación Pipeline 4 Otros ejemplos y trabajo adicional Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

15 Ideas generales Resolver un problema descomponiéndolo en una serie de tareas sucesivas: los datos fluyen por la estructura de los procesadores o hilos. El coste es mayor que el de la tarea más costosa. Interés cuando: no hay un único conjunto de datos a tratar, sino una serie de conjuntos de datos. no se necesite que una tarea esté completamente finalizada para empezar la siguiente. Cada tarea puede tener un peso diferente y ser preferible dedicar distinto número de procesadores a cada tarea: Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

16 Ejemplo - divisibilidad Dada una lista de números primos p 0, p 1,...,p m 1 y una secuencia de enteros a 0, a 1,..., se quiere obtener los enteros que son múltiplo de todos los primos. Para cada Pi, i=0,...,m-1: repeat if(i==0) leer(a); else recibir a de P(i-1); if(a<0) //condicion de fin fin=true; if(fin or (a mod pi==0)) { if(i!=m-1) enviar a a P(i+1); else salida de a; until fin; Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

17 Ejemplo - sistema triangular de ecuaciones Sistema triangular inferior de ecuaciones lineales: a 00 x 0 = b 0 a 10 x 0 + a 11 x 1 = b 1... a n 1,0 x 0 + a n 1,1 x a n 1,n 1 x n 1 = b n 1 Sustitución progresiva. Considerando un procesador por fila, p i calcula x i x i = b i i 1 j=0 a ijx j a jj Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

18 Ejemplo - sistema triangular de ecuaciones, Memoria Compartida #pragma omp parallel for private(i) for(i=0;i<n;i++) resolver(a,b,x,n,i) resolver(a,b,x,n,i): suma=0; for(j=0;j<i;j++) { P(valor[j]); V(valor[j]); suma+=a[i,j]*x[j]; } x[i]=(b[i]-suma)/a[i,i]; V(valor[i]); valor es un vector de semáforos inicializados a cero. En OpenMP se puede hacer con llaves. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

19 Ejemplo - sistema triangular de ecuaciones, Paso de Mensajes En cada Pi, i=0,1,...,n-1 if(i==0) { x=b/a[0]; //cada uno tiene un vector con su fila enviar x a P1; } else if(i!=n-1) { for(j=0;j<i;j++) { recibir x de P(i-1); enviar x a P(i+1); suma+=a[j]*x; } x=(b-suma)/a[i]; } else { for{j=0;j<n-1;j++) { recibir x de P(n-2); suma+=a[j]*x; } x=(b-suma)/a[n-1]; } Se han sustituido las llaves por comunicaciones. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

20 Ejemplo - sistema triangular de ecuaciones, costes Coste secuencial: n 1 i=0 (2+2i) = n2 + n Coste paralelo, aproximadamente 5n Speed-up: n/5 Eficiencia 20% Y en paso de mensajes hay que añadir coste de comunicaciones. Causa de las bajas prestaciones? Cómo generalizar a tamaño de problema y de sistema independientes? Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

21 Contenido 1 Grafos de dependencia 2 Paralelismo en Árbol o Grafo 3 Computación Pipeline 4 Otros ejemplos y trabajo adicional Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22

22 Se pueden consultar las secciones correspondientes y sus ejemplos del capítulo 6 del libro de Introducción a la Programación Paralela y en el Concurso de Programación Paralela. Detalles del problema de encontrar las clases de equivalencia (libro IPP). En el CPP hay pocos ejemplos: Los que llevan ordenaciones se podrían considerar en árbol, pero también de Divide y Vencerás, que veremos la próxima sesión. Los A de 2013 y 2015 se pueden pensar como pipeline. Y pensar cómo podrían implementarse los ejemplos vistos en esta sesión. En la sesión de prácticas se propondrán uno o dos problemas para abordarlos con los paradigmas presentados. Domingo Giménez (Universidad de Murcia) Curso / 22