LABORATORIO NACIONAL BIOBANCO Dr. Hugo Alberto Barrera Saldaña. Responsable Técnico Profesor del Departamento de Bioquímica y Medicina Molecular Facultad de Medicina y Hospital Universitario Dr. José Eleuterio González habarrera@gmail.com
CULTIVANDO LA CIENCIA BÁSICA 17q24.2 locus GH GH-1 CSH-L CSH-1 GH-2 CSH-2 gaattcctgg gcctggggct gtggcagctg cctcgtccct tcacctcctg gcttattctctccctccata tcttagcaat ttcttcatgg gaatgtcccc aattagaaat ttctattataccattatatt accaacatat atatatatac ctggccgggc gcggtggctc atgcctgtaatcccagcatt ttggtaggcc aaggcgggtc ggatcacctg aggtcaggag ttcgagggccagcctgatga ccatggtgaa accccatctc tactaaaaat acaaaattaa tcgggcatggtggcacatgc ctgtaatccc agctactcgg gaggctgagg caggagaatc gcttaaacccaggaagtgga ggtttcagtg agctgagatt gtgccattgc actccagcct gggtaacaagagcaaaactc catcaaaaaa aataatatat gtatatatat attacaattt tatatatatatacacattat gtaatttttt ttaccatttt atatatatac attacgtaat ggtaaatgttttctctgccc cccagtagat tgttagctcc agaagagaag gatcatgtct ttggtttatctagatatgtc catcggcctg gtacagtctc tggcccatgt tataggcaac aactacttgtagaatcggtg aatgcatgaa tagaagaatg agtgaatgaa tgaatagacg aaaggcagaaatccagcctc aggccgggcg tgggtggctc acacctgtaa tcccagcact ttgggaggccgaggcgggtg gatcacaaga tcaagagatg gagaccaacc tggctaacac agtgaaaccccgtctctact aaaaatacaa aacattagcc gggcatggcg gtaggctcct gtagtccgagctactaggga gcctgaggca ggagaatggc atgaacccag gggggcggac gttgcagtgagccaagatcg cgccactgca ctccagcctg ggcgacagag caagactcgg tctcaaaaaaaaaaaaaaaa gaaatccagc ctcaaagagc ttacagtctg gtaagaggaa taaaatgtctgcaaatagcc acaggacagg tcaaaggaag gagaggctat ttccagctga gggcaccccatcaggaaagc accccagact tcctacaatt actagacaca tctcgatgct tttcacttctctatcaatgg atcgtctccc tggagaataa tccccaatgt gaaattactt agcacgtcaagttaggtaga tccttgtgta cttcttggtt gttcagagat catcaccagt gcaacatcccccatcataca cagcagtgtc ttgcccctct cctccccaag ccttccgagg cccttcctccgtgcctgaac cccctggaca tatcatgtgg caaactgaag ggtccaacga gatacaggaagtgaaacacg atgtacactg aaacgtgcaa tacaaatatg cagcatgaag tgcctcggttcactaacccg agctatgctg ggtgcttctt ttctaccact ttccttaatg cctatggacacctcattctg tggctgaagt tccttgtgtt caattccccc catcttcatt gaacatcctctgtgcaggga cttgacccct gtcctgctag ctttgcactg aggcaagttt tgtccatgcctagtagtgcc acatctttac tagatgaggt ttctaaagag cttggcatgg aaggaaagcctggggggcct tagaagccat cacttaggaa ctgggagagc tccaggcaag ccaccttatctctttgggcc tcagtatcct cactcacatc cccatggtca gtagagtgcc aagcacatggtggacacgca gaagtattga tcatcttcct cacctcccct aggagagccc ttggaatccccatataatat tctctgaaga cctcaatcca atgagccgag taattgactc ggtagcaaactcatggaaag gacattagaa gccaaaagga ggtagagtat gtcccagtac aataaccagcctctgatctc aaggaagaaa gaacagagct gcaggtgaga agtgtgcgcc tcaaatcaccaaagtgagag tggaaggagc acccaccagt cccttggagg cgatccctaa gaccggtgagaatggcttcg aaaaatgtga tcgtcctcaa ccccacagtc ttgaacctaa caggagatcttgaagcctga aagacaccac tttaggatca acagcagatc tgtgactttc cacagcaggcacacagaacc ctagagttag tcgaggttgg acataggaag ggcttccaaa cacacagagaaattcatgga tcctaaatta taaagggagg ttctttaaaa gaaccaagat gattctgagatttatcctga gctttttttt tttttttttt tttggatgca gagtctcgct ctgtcgcccaggctggagtg cagtggcgtg atctcggcta actgcaacct ccacctcgcg ggttcaagcaattccctgcc tcggcctcct gaatagctgg gattacaggc gcctgccacc acacctggctaatttttgta tttttagcag agacgggatt tcaccatctt ggccaggctg gtcttgaactcctgatctca tgatccaccc accttggcct ccctaagtgg tgggattaca ggcgtgtgcccaacttttcc tgagcctttt gaggctgaca ccagaggtag aagcccagcc tctccccactggccatgtgg ggagaggctc cagcctgcag caaccaggga tctggcctca agtgatgccccaacagtggg cgacttccca gtactgttag gagaatccca agtctaattc aaagttgattttttactagc aattaatgat agacatggtc tccattgctc aaggctctgg gaagatctagactagagaaa acgatcaccg acttctacca cacctgtggg cctcagttct tccctctggtccatggttac cacagtaacc ccttgtaaag gtgtttcccc aggggtccct agagtcctctgagtcaccat aattctgggt caacagaaat ggagaggtaa gaggagacac tcccctgccctggctggtcc cacgtgttca tggcagtaac ctgtctgggg agcctcgcca cccctgtgtccacctgcaga gttatgcagt ggtccccaac tagggcccct gccaccctca ttcctaagggaggctggaga cttcttccat ggccgaaaat ccacatctaa gtccccggca ctagcaaaaaggccctgtca tgggggctcc ctgccccagt tgagattgga ggaacatgga agaagctaaaataactaaat aactcagtag catcacacta
TRASLADÁNDOLA A LA MEDICINA Es sabido que infantes sin gen hgh-n no responden a la hormona inyectada, ya que sus sistemas inmunes la desconocen y hacen anticuerpos contra ella N L A V B Promotor I II III Genoma de pacientes PCR IV V +AccI 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Pacientes con enanismo Gen: hcshs hgh-n hgh-v hgh-v hgh-n
Primera colección masiva y dura lección aprendida 1. Firma del consentimiento informado 2. Historia clínica 3. Co-factores de riesgo para cáncer cérvico-uterino EDTA (5 ml) Extracción de DNA Sometimiento del proyecto al comité de ética. Búsqueda de biomarcadores Colaboración con la SSNL. Muestra de sangre venosa periférica Sin anticoagulante (10 ml) Extracciones a partir de células epiteliales de cérvix. Centrifugar DNA RNA Análisis de proteínas y búsqueda de Ac s Detección y tipificación viral Expresión de genes del hospedero Almacenaje y procesamiento masivo Se derivarion varias tesis y publicaciones Colaboración exitosa con U de California-Irvine Dificultad para encontrar las muestras. Papanicolao u Colposcopía Biopsia PRN Etiquetado dudos. 600 Transportación inadecuada. 3082 VPH (+) Carencia de datos de variables preanalíticas. Almacenaje deficiente. Base de datos incompleta. 200 mujeres VPH (+) 27.81% Pobre seguimiento a mayoría de pacientes Gran incertidumbre sobre los tumorales.
NECESIDAD DE INCORPORAR EL APOYO DE BIOBANCO Estas experiencias pusieron en evidencia la necesidad de contar con: Buenas prácticas de procuración, resguardo y rastreo de bioespecímenes Infraestructura especializada Recursos humanos capacitados Sistema de Gestión de la Calidad 5
Qué es un biobanco?: "Una entidad que recibe, procura, almacena, procesa y/o distribuye bioespecímenes y su información, según sea necesario. Suministro de muestras y sus datos para la investigación 6
BENEFICIOS DE LOS BIOBANCOS Servicio institucional y no de cada investigador. Inversión optimizada para asegurar el servicio. Convierte el esfuerzo asistencial en oportunidad para investigación. Fomenta sinergias entre grupos de investigación básica y clínica. Infraestructura analítica complementaria a la de los laboratorios de investigación. Vuelve a la institución más atractiva para la industria farmacéutica. Potencia estudios epidemiológicos de largo alcance y colaboraciones internacionales. 7
Tipos de Biobancos en el mundo Biobancos de tejidos Biobancos orientados a enfermedades Biobancos de enfermedades raras 8
11 CUANTIOSAS POSIBILIDADES PARA LA INVESTIGACIÓN El caso Hospital Universitario de la Facultad de Medicina de la UANL Intervención Consultas Pacientes/año¹ 268,189 Cirugías 13,243 Estudios de laboratorio 613,929 Estudios patológicos y citopatológicos 23,263 En México: 22,228 unidades de salud pública. 2 Población abierta sujeta a 1.Datos de acuerdo a Subdirección de Planeación, Desarrollo y Calidad del HU. Datos acumulables de enero a diciembre del 2013. 461,860 2. Sistema Nacional de Información en Salud. Recursos Físicos y Materiales. [Consultado el 18 de marzo de 2010]
Colaboraciones en curso Colaboraciones de la UBM con el área clínica. Hospital Universitario Oncología Reumatología Infectología Urología Oftalmología Hematología Neumología Gatroenterología Ginecología 10
BIOBANCO PILOTO DEL DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA Y MEDICINA MOLECULAR Mas de 10 años de Experiencia. Capacidad para análisis de Biol. Mol. 14 proyectos institucionales. 12 de tesis de posgrado. 4 colaboraciones internacionales. Posee bioespecímenes de 2,177 individuos. En suma son 5,272 alícuotas: 34% ADN 58% plasma o suero 7% tejidos frescos o en parafina 1% muestras oculares 11
GENES EN GENÓMICA DEL CÁNCER: 3er récord! Iniciativa Slim en Medicina Genómica para las Américas (SIGMA) Se contaba con un banco de tumores Rastreo eficiente de datos de las pacientes Apoyo muy valioso del Departamento de Anatomía Patológica CLASIFICACIÓN Ojesina et al. Nature (2013) doi:10.1038/nature12881 FRECUENCIA DE MUTACIONES
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Objetivo General Edificar, poner en marcha y ofrecer los servicios de biobanco para integrar catálogos de bioespecímenes que sirvan de apoyo a investigaciones biomédicas y clínicas en México. Objetivos específicos Consolidarse como Biobanco Nacional y crear nuevos biobancos. Impulsar los nuevos biobancos y sus buenas prácticas. Ofrecer servicios de análisis para bioespecímenes y sus datos.
LANBIOBAN: El INCMNSZ devino el primer socio El INCMNSZ aporta las capacidades de su Red de Apoyo a la Investigación (RAI), la cual provee servicios que facilitan la generación de nuevos conocimientos basados en los resultados de investigaciones biomédicas que empleen tecnología de punta.
LABORATORIO NACIONAL BIOBANCO SEDE UANL: Áreas y procesos. 1 97 76 1.10 87 2 2.15 8 2.20 1.20 1. Archivo 2. Coordinación 3. Reciba 4. Sala de recepción 9 76 76 3 10 1.20 76 2.15 4 76 1.20 2.20 11 12 13 1.30 1.60 3.10 5 ENTRADA Y RECEPCIÓN 2.16 2.14 6 2.12 7 1.84 1.90 14 0.70 16 4.15 13. Biobanco I 14. Biobanco II 15. Almacén 16. Ruta RPBI 15 1.10 5. Transformación 6. Analítica I 7. Analítica II 8. Informática 9. Bioanálisis I 10. Bioanálisis II 11. Bioanálisis III 12. Pre Almacenado
Red de Biobancos: Expansión nacional Instituto Nal. de Salud Pública TecSalud Instituto Nal. de Medicina Genómica Fac. de Medicina Universidad A. de Guerrero Hospital Universitario Hosp. Reg. Alta Esp. Cd Victoria L N B/ INCMNSZ UDS!? Otras Facultades de la UANL??
Biobanco para resguardar bioespecímenes de investigación
Servicios que ofrecerá el Laboratorio Nacional Biobanco Almacenamiento de bioespecímenes Procesamiento Transporte Almacenaje (suero, plasma, ADN, ARN, LCR, orina, saliva proteínas, etc) Estudios Genéticos Genotipado RT-PCR, qpcr. Secuenciación Detección de SNPs y mutaciones Estudios Ómicos Genómica Transcriptómica Proteómica Epigenómica Metabolómica Asesoramiento Creación y gestión de nuevas colecciones. Metodología (asesoramiento técnico). Sometimiento de proyectos al CE.
Preparándonos para la Biopsia Líquida (A) Fraction of patients with detectable ctdna by cancer type. tection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies. Bettegowda et al, SciTransl Med 19 February 2014 6:224ra24. 20
CONSORCIO NACIONAL DE BIOBANCOS EN 2016 21
Tour por biobancos en el mundo El Proyecto buscó garantizar la operación del Biobanco con los más altos estándares de calidad internacionales, para lo cual se apoya en la experiencia de líderes mundiales, como:
Tour por Biobancos en el mundo
Tour por biobancos en el mundo 24
Tour por biobancos en el mundo 25
Tour por biobancos en el mundo 26
AGRADECIMIENTOS A: Ma. de Lourdes Garza, Antonio Alí Pérez, Celia Sánchez, Francisco Velázquez, Daniela Monsiváis, Adrián Torres, Víctor Barajas, Raquel Cardiel, Sharoj Mortaji, Jacqueline Gómez, Norma Estrella, Paola Rodríguez, Pedro Guizar, Carmen Villalobos, Alfredo Ulloa, David Kershenovich, Berenice Illiades, Sofia Bernal, Roberto González, Enrique Morett, Xavier Soberón, Celia Alpuche, Mauricio Hernández, Oralia Barbosa y Alberto Anaya; Servicios de Traumatología, Reumatología, Nefrología y Oncología, principalmente, del Hospital Universitario, por donativos; Thermo Scientific.. Facultad de Medicina y Hospital Universitario de la UANL. Monterrey, N. L. Institución asociada 2015: INCMNSZ Instituciones asociadas 2016: INMEGEN, UAG, INSP y UASLP RESUMEN. Introducción: BIOBANCO hace referencia a infraestructura de laboratorio y sus procesos (Fig. 1) para procurar, resguardar y aprovechar colecciones de bioespecímenes (vegetales, animales, microbianos, humanos, etc) y sus datos relevantes, que en nuestro caso aplican a biopsias de tejidos y fluidos biológicos de pacientes. Objetivos: Describir la implementación del Laboratorio Nacional Biobanco (LNB) e inicio de la consolidación como un consorcio de biobancos institucionales, donde se procuren, reciben, procesen, almacenen, administren e intercambien bioespecímenes (incluso se colabore en sus análisis). Material y métodos: Se inició la fase piloto del biobanco hace quince años y hace cinco devino institucional. El año pasado transitó a nacional (CONACyT: 252984) y ahora se encuentra organizándose como consorcio (Fig. 2). Hasta ahora, el biobanco de la sede UANL resguarda bioespecímenes de más de una docena de protocolos de investigación institucionales, media docena de nacionales y un par de internacionales. Resultados: Tan sólo en su sede de la UANL hay bioespecímenes de unos 3,000 participantes, incluidos en catorce proyectos de investigación, con un total de casi 6,000 alícuotas de los mismos. A estos (sangre, saliva, cepillados cervicales, tejidos embebidos en parafina, etc.) se les ha recuperado con éxito ácidos nucleicos (ADN y ARN). Conclusiones: La implementación de un biobanco es un apoyo muy valioso que las instituciones pueden ofrecer a sus investigadores para mejorar la competitividad de sus proyectos en salud; el LBN busca hacerlo en México impulsando buenas prácticas y colaboraciones interinstitucionales. GRUPO DE INVESTIGACIÓN EN LA SEDE UANL: 3 investigadores SNI nivel 1 1 investigador SNI nivel 3 FORMACIÓN DE RECURSOS HUMANOS EN LA UANL: Estudiantes: 10 PNPC: 3 CLIENTES Y USUARIOS DE AMBAS SEDES: Departamentos y Servicios del Hospital Universitario (Mty) Unidad Metabólica e investigadores del INCMNZS (CDMx) Fig. 1. Flujo de trabajo en LNB LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN INICIALES: Biomarcadores de riesgo en cáncer de mama y CaCU Dx oportuno de cánceres de ovario y endometrio Familia de la hormona del crecimiento La ciencia de los bioespecímenes SERVICIOS A BIOESPECÍMENES: Transformación hacia biomoléculas Crio-preservación de estas en alícuotas Bioanálisis «ómicos» a biomoléculas Asesoramiento técnico y científico LOGROS Mejoramiento y optimización de infraestructura en UANL Creación del Biobanco del INCMNSZ Transición hacia consorcio nacional Convenios en curso con media docena de nuevos socios 2 publicaciones y 5 resúmenes en congresos Invitación a organizar congresos internacionales RETOS Alcanzar estándares internacionales de calidad Almacenaje masivo de muestras de terceros Avanzar la ciencia de los bioespecímenes en México UASLP INMEGEN UANL / INCMNSZ UAGro habarrera@gmail.com; labnalbiobanco@gmail.com Tel: (818) 329-4172. Página Web: http://www.medicina.uanl.mx/biobanco/2015/11/03/bienvenidos-a-laboratorio-nacional-biobanco/ INSP Fig. 2. Consorcio nacional del LNB
DECÁLOGO DERECHOS DE LA PERSONA RESPECTO DE SU MUESTRA BIOLÓGICA E INFORMACIÓN GENÉTICA 1. Ser tratado con dignidad y respeto a los derechos humanos por su participación en procesos diagnósticos y estudios de investigación. 2. No ser discriminado debido a su información genética. 3. Ser reconocido como titular de su información genética, respetando su privacidad y la confidencialidad de la misma. 4. Recibir información de manera expresa y previa a su aceptación, tanto verbal como por escrito, sobre los beneficios y riesgos del procedimiento, los usos y el tipo de estudios que se van a realizar con su muestra biológica y su información genética. 5. Decidir libremente sobre su participación, donación, obtención, uso presente y futuro, comunicación de resultados, almacenamiento y destino final de su muestra biológica y su información genética. 6. Tener acceso a la información derivada del proyecto de investigación en el que participó, cuando se considere que ésta tenga una consecuencia directa para su salud o la de su familia. 7. Decidir sobre si desea o no conocer total o parcialmente, los resultados de los estudios diagnósticos o de investigación obtenidos de su muestra biológica y su información genética. 8. Recibir asesoramiento especializado con carácter confidencial de los resultados del análisis e interpretación de su información genética. 9. Revocar el consentimiento otorgado en cualquier momento, pudiendo solicitar la destrucción de la muestra biológica y de la información derivada de ésta, siempre y cuando sea posible. 10. Que no se lucre con su muestra biológica y su información genética. Grupo de trabajo interdisciplinario convocado y liderado por el Ministro José Ramón Cossio. 28
RECONOCIMIENTO: Equipo de trabajo y voluntariado De izquierda a derecha: Estudiante de CP Eliezer Antonio Loera Vázquez, estudiante de LA Adriana Esmeralda de León Medrano, MPSS Juan Adrián Torres Díaz, Estudiante LBG Ana Karen Moreno Martínez, Estudiante MCP Víctor Hugo Barajas Olmos, Dra. Celia Nohemí Sánchez Domínguez, Dr. Ali Pérez Maya, Dr. Hugo Alberto Barrera Saldaña, Dra. Lourdes Garza Rodríguez, MPSS Shahroj Mortaji Mendiola, MC. Mariel Oyervides Muñoz, TLC Daniela Monsiváis Ovalle, Dr. Francisco Velázquez Vadillo, Asistente Jaqueline Graciela Gómez Sepúlveda, CP. Raquel Esmeralda Cardiel Rodríguez, Estudiante de 29 Derecho Pedro Guizar Torres
LABORATORIO NACIONAL BIOBANCO Dr. Hugo Alberto Barrera Saldaña. Responsable Técnico UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE NUEVO LEÓN habarrera@gmail.com