XLV Aniversario de la UPCH La Informática y la Educación Médica en el Siglo XXI Código Libre, Acceso Abierto y Recursos Útiles en Medicina Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. <jesus@upch.edu.pe>
Agenda Informática médica y el movimiento de Software de Código Libre/Abierto Consideraciones generales Ejemplos concretos: AMRS, OpenMRS, OpenVistA, OpenEpi, etc. Acceso abierto a información biomédica PLOS, PubMed, National Library of Medicine, Clinical Trials, etc. Conclusiones
Código Libre en Informática Médica Software de Código Libre y Abierto ofrece: Libertad de modificar y adaptar el aplicativo a las necesidades específicas Libertad de distribuir y compartir los cambios Un modo dinámico de revisión por pares que permite una mejora continua Un ecosistema de comunidades que brindan apoyo, mejoras, y nuevas ideas Un mercado de ideas y soluciones en el que las mejores soluciones sobreviven Un sistema meritocrático global
Interés global en Software de Código Libre y Abierto Un par de ejemplos: WHO: Genetics, Genomics, and the Patenting of DNA Review of potential implications for health in developing countries (2005). http://www.who.int/genomics/en/fullreport.pdf ONU: UNCTAD Expert Meeting Free and Open Source Software: Policy and development implications (Geneva, 2004). http://r0.unctad.org/ecommerce/event_docs/foss_ exme_programme_en.htm
AMRS: la evolución n colaborativa de un SRM AMPATH Medical Record System. Usado ahora en 11 clinicas en Kenya. Implementado en Web: MySQL, Plone (Zope, Python). Colaborativo desde su diseño inicial. http://amrs.iukenya.org/
OpenMRS: un sistema para países en desarrollo Open Source Medical Records System. Una infraestructura para aplicativos en informática médica. m Requiere: Java, Eclipse, MySQL. http://www.openmrs.org/
VistA y OpenVistA: del gobierno al públicop DHCP/VistA: Desarrollado por más de 20 años por el Department of Veteran Affairs (DVA) de los Estado Unidos. Implementado en el lenguaje ANSI MUMPS. Versión Open Source: OpenVistA. Razones para abrir el código: Eliminar los costos de licenciar MUMPS y usar el ambiente de programación GT.M Transferir la experiencia y conocimientos de años de desarrollo y uso a nuevos usuarios. http://worldvista.sourceforge.net/
WorldVistA: la comunidad
OpenEpi: Herramientas Epidemiológicas en la Web Usa Javascript y HTML para crear una interfaz para análisis epidemiologicos. Código disponible bajo licencia Open Source. Provee herramientas para agregar nuevos análisis, y hasta traducir la interfaz. http://www.openepi.com/
Linux Med News Portal de información n acerca de proyectos de Open Source en Informática Médica. M También contiene noticias de nuevas tecnologias, legislación, estándares, etc.
Informando y educando: W.H.O. e Infonoia
Acceso Libre y Abierto a Información Biomédica Acceso Abierto: Implica disponibilidad libre de información en formato electrónico (generalmente en web) Hay dos formas: Publicaciones de acceso abierto: : La revista que publica los artículos, los hace accesibles inmediatamente. Archivos de acceso abierto: : Los autores tienen la libertad de dar acceso libre a sus artículos, individualmente o mediante un repositorio institucional
Public Library of Science (PLoS) PLoS Biology PLoS Medicine PLoS Computational Biology PLoS Genetics PLoS Pathogens PLoS Clinical Trials PLoS ONE (science & medicine) http://www.plos.org/
NCBI Entrez: sistema de búsqueda multi-base de datos Bases de datos Nucleótidos Proteínas Estructuras Taxonomía Genomas Expresión Compuestos (Bio)químicos PubMed, etc. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
U.S. National Library of Medicine: NLM Gateway Permite el buscar en múltiples bases de datos de la U.S. NLM Incluye libros de medicina, toxicología, etc. http://gateway.nlm.nih.gov/gw/cmd
Registro de estudios clínicos (NIH) http://www.clinicaltrials.gov/ Información acerca de estudios clínicos hechos con fondos del gobierno de los EEUU Incluye el propósito, participación, localidad, etc. Permite el registro por parte de los experimentadores
Para más m s información Free Software Foundation: http://www.fsf.org/ Open Source Initiative: http://www.opensource.org/ Creative Commons: http://www.creativecommons.org/ Open source health care resources: http://www.openhealth.com/en/healthlinks.html Health Informatics Index: http://www.hiww.org/ WorldVista: http://worldvista.sourceforge.net/ OpenVista: http://www.pacifichui.org/openvista/ The Spirit Project (Open Source Software for better healthcare): http://www.euspirit.org/en/home.php Linux Med News: http://www.linuxmednews.com/
Para más m s información n (cont.) Directorio de Open Access Journals: http://www.doaj.org/ Eysenbach, G. (2006) Citation Advantage of Open Access Articles PLoS Biol. 4(5): e157. http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get- pdf&file=10.1371_journal.pbio.0040157-l.pdf Harnard, S. (2005) OA Impact Advantage = EA+(AA) +(QB)+QA+(CA)+UA http://eprints.ecs.soton.ac.uk/12085/ Wren, J.D. (2005) Open access and openly accessible: a study of scientific publications shared via the internet BMJ, 330(7500): 1097-8 Lawrence S. (2001) Free online availability substantially increases a paper's impact Nature, 412(6846): 447.
Gracias A los organizadores de este simposio. A la audiencia por su paciencia. Charla disponible en http://www.castagnetto.org/ ( Downloads -> Charlas -> Charlas Científicas )