Curso de verano. Biología Computacional: Análisis masivo de datos ómicos

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1 Curso de verano Biología Computacional: Análisis masivo de datos ómicos Centro Mediterráneo Universidad de Granada Con la colaboración de: Departamento de Arquitectura y Tecnología de Computadores Consejo Superior de Investigaciones Científicas Almuñécar (Granada), de julio de 2014

2 Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux Víctor Potenciano Poten Dynamics Mª del Mar Abad Lenguajes y Sistemas Informáticos - Universidad de Granada Curso Biología Computacional: Análisis masivo de datos ómicos Almuñécar (Granada), de julio de 2014 Módulo 1. Introducción a la biología computacional y al análisis masivo de datos ómicos 1.3 Introducción a la informática para biólogos

3 Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux Introducción a los sistemas operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes y procesamiento por lotes Introducción a Linux Conexión remota a servidor Linux desde Windows Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 3/19

4 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a los Sistemas Operativos y máquinas virtuales El Sistema Operativo es una capa intermedia de software entre el ordenador y las aplicaciones Usuario Aplicación/orden Sistema Operativo Hardware OBJETIVO: Enmascarar la complejidad de los distintos componentes hardware proporcionando una vía de comunicación (interfaz) con los dispositivos físicos compartida por todos los usuarios y aplicaciones Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 4/19

5 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a los Sistemas Operativos y máquinas virtuales El Sistema Operativo es una capa intermedia de software entre el ordenador y las aplicaciones Usuario Aplicación/orden OBJETIVOS ESPECÍFICOS: Usuarios: - Gestión de usuarios Sistema Operativo Hardware Aplicaciones (e interacción con usuarios): - Gestión de aplicaciones Hardware (e interacción con aplicaciones y usuarios): - Gestión de dispositivos de entrada/salida (E/S) - Gestión de discos, directorios (carpetas) y ficheros - Gestión de memoria interna - Gestión de procesadores y procesos (aplicación en ejecución) Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 5/19

6 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a los Sistemas Operativos y máquinas virtuales Ejemplos de Sistemas Operativos Ordenadores de uso genérico Dispositivos móviles y tabletas Microsoft Windows Microsoft Windows Phone Unix y unix-like BSD y descendientes Linux y GNU Google Chromium Android Mac OS X ios Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 6/19

7 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a los Sistemas Operativos y máquinas virtuales Máquina virtual Es una emulación software de un ordenador que ejecuta los programas igual que si estuviéramos en el ordenador físico. Como ventaja sobre la máquina física está la posibilidad de tener varias máquinas virtuales en un mismo ordenador. Como desventaja es la pérdida de eficiencia. En este curso emularemos un ordenador con el Sistema Operativo (SO) Linux Centos. Como software para crear la máquina virtual debemos usar VirtualBox, de libre distribución, y que habremos descargado de: Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 7/19

8 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Interfaz de línea de órdenes y procesamiento por lotes Interfaz (de usuario) de línea de órdenes (CLI: command-line interface): La interfaz de usuario más antigua Procesamiento por lotes: Ficheros de guiones (secuencias de órdenes) cuando se realizan tareas largas Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 8/19

9 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Interfaz de línea de órdenes y procesamiento por lotes Ejemplos de interfaz (de usuario) de línea de órdenes (CLI: command-line interface) - SO: Fedora 20 (distro Linux) - Procesador de comandos (shell): BASH Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 9/19

10 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Interfaz de línea de órdenes y procesamiento por lotes Ejemplos de interfaz (de usuario) de línea de órdenes (CLI: command-line interface) - SO: Mac OS Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 10/19

11 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de línea de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Interfaz de línea de órdenes y procesamiento por lotes Ejemplos de interfaz (de usuario) de línea de órdenes (CLI: command-line interface) - SO: Windows Vista Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 11/19

12 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a Linux Sistema de ficheros Los nodos en el árbol de directorios se separan con \, a diferencia de windows, que se hace con /. La raíz del árbol es / (en windows e Mi PC ). Ejemplo de camino relativo y absoluto: linux]$ pwd linux]$ cat /home/usuario/m1/linux/readme linux]$ cd /home/usuario/m1 linux]$ cat linux/readme Qué hace? Muestra el camino absoluto o el relativo? Qué hace? El argumento es un camino absoluto o relativo? Qué hace? El argumento es un camino absoluto o relativo? Qué hace? El argumento es un camino absoluto o relativo? Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 12/19

13 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a Linux Sistema de ficheros / Camino absoluto: /home/usuario/m1/linux/readme home usuario Camino relativo: M1 linux/readme M2... linux README HELP Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 13/19

14 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a Linux Órdenes simples: Probar qué hacen date cal whoami who hostname man [orden] man time Sistema de ficheros Órdenes linux pwd -> muestra el nombre del directorio actual con el camino absoluto ls -> lista contenido [filtrados] de directorios. Listar 1) directorio actual; 2) directorio M1 con opción -l. Buscar la sintaxis y el significado de otras dos opciones de la orden cd [directorio] -> cambia de directorio. Cambiar al directorio M1/linux. Investigar cómo movernos al directorio padre mkdir [directorio] -> crea directorio. Crear 1) un directorio con mi DNI ( mi directorio) 2) otro dentro llamado linux cp [fichero fuente] [fichero destino] -> copia ficheros. Copiar fichero HELP en mi directorio mv [fichero fuente] [fichero destino] -> mueve ficheros. Mover mi fichero HELP a mi directorio linux rm [fichero] -> elimina ficheros/directorios. Eliminar 1) mi fichero HELP; 2) todo el directorio linux que hay dentro de mi directorio Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 14/19

15 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a Linux Órdenes linux Órdenes sobre ficheros vi [fichero] -> editor básico par consola. Editar fichero ejemplo.fasta del directorio linux. Probar desplazamiento de líneas (flechas arriba y abajo) y de páginas (Av Pág./RePág). Salir con Esc : q head [fichero] -> muestra primeras líneas. Muestra del fichero ejemplo.fasta: 1) las 10 primeras líneas; 2) las 8 primeras líneas tail [fichero] -> muestra últimas líneas. Muestra del fichero ejemplo.fasta: 1) las 10 últimas líneas; 2) las 2 últimas líneas wc [fichero] -> cuenta palabras/caracteres/líneas. Cuenta, del fichero ejemplo.fasta: 1) las líneas; 2) las palabras; 3) los caracteres Búsquedas grep [fichero] -> búsqueda de texto, permite expresiones regulares. Buscar las líneas que empiecen por > Uso del metacarácter para crear cauces (es decir, conectar salida estándar de una orden con entrada estándar de la siguiente) Obtener usando un cauce el número total de líneas del fichero ejemplo.fasta que empiecen con A Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 15/19

16 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a Linux Órdenes linux Órdenes sobre ficheros vi [fichero] -> editor básico par consola. Editar fichero ejemplo.fasta del directorio linux. Probar desplazamiento de líneas (flechas arriba y abajo) y de páginas (Av Pág./RePág). Salir con Esc : q head [fichero] -> muestra primeras líneas. Muestra del fichero ejemplo.fasta: 1) las 10 primeras líneas; 2) las 8 primeras líneas tail [fichero] -> muestra últimas líneas. Muestra del fichero ejemplo.fasta: 1) las 10 últimas líneas; 2) las 2 últimas líneas wc [fichero] -> cuenta palabras/caracteres/líneas. Cuenta, del fichero ejemplo.fasta: 1) las líneas; 2) las palabras; 3) los caracteres Búsquedas grep [fichero] -> búsqueda de texto, permite expresiones regulares. Buscar las líneas que empiecen por > Uso del metacarácter para crear cauces (es decir, conectar salida estándar de una orden con entrada estándar de la siguiente) Obtener usando un cauce el número total de líneas del fichero ejemplo.fasta que empiecen con A Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 16/19

17 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Introducción a Linux Metacaracteres uados en expresiones regulares Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 17/19

18 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Conexión remota desde Windows Para usuarios de Windows: Descargar e instalar sftp: Protocolo seguro de transmisión de ficheros (Secure File Transfer Protocol). 1) Conectar a servidor sftp de bcmediterraneo.ugr.es como usuario ; 2) bajar fichero ejemplo.fasta del directorio linux; 3) subir a mi directorio cualquier fichero de mi ordenador que ocupe poco espacio ssh: consola de texto segura (secure SHell). 1) Conectar a bc-mediterraneo.ugr.es como usuario ssh bc-mediterraneo.ugr.es -l usuario 2) cambiar al directorio M1 y crear un directorio con mi DNI; 3) crear un fichero index.php con el editor vi; 4) insertar algún texto con la orden i (pulsar primero Esc para activar el editor de órdenes); 5) guardar el fichero y salir con la orden :wq (pulsar primero Esc para activar el editor de órdenes); 6) mostrar el contenido del fichero usando un navegador: donde [mi DNI] debe sustituirse por tu número de DNI Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 18/19

19 Sistemas Operativos y máquinas virtuales Interfaz de líneas de órdenes Linux Conexión remota desde Windows Muchas gracias? Interfaz de usuario de texto y procesamiento por lotes. Introducción a Linux 19/19

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