Secuenciación Masiva de Transcriptomas completos (RNA-Seq) y su aplicación al mejoramiento genético.

Transcripción

1 Secuenciación Masiva de Transcriptomas completos (RNA-Seq) y su aplicación al mejoramiento genético. Dra. Cecilia Da Silva PDU Espacio de Biología Vegetal del Noreste Centro Universitario de Tacuarembó. Universidad de la República.

2 Qué es la transcripción? Transcripción La transcripción del ADN es el primer proceso de la expresión genética, mediante el cual se transfiere la información contenida en la secuencia del ADN (genes) hacia la secuencia de proteína utilizando diversos ARN como intermediarios.

3 Qué es un Transcriptoma? Es el conjunto total de moléculas de ARN que existen en una célula, tejido u órgano. Refleja el conjunto de genes que se están expresando. Hay infinidad de transcriptomas en función del tipo de tejido, momento del desarrollo, condiciones ambientales, incluso para la misma especie.

4 Qué es RNA-Seq? Es la secuenciación de la totalidad de los ARNs presentes en una muestra biológica utilizando la tecnología de Secuenciación Masiva (NGS Next-Generation Sequencing)

5 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio.

6 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio. 2. Podemos determinar todos los genes que se están expresando y sus niveles de expresión absolutas.

7 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio. 2. Podemos determinar todos los genes que se están expresando y sus niveles de expresión absolutas. 3. Podemos observar cambios en la expresión génica a lo largo del tiempo, o diferencias en la expresión génica entre diferentes grupos o tratamientos.

8 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio. 2. Podemos determinar todos los genes que se están expresando y sus niveles de expresión absolutas. 3. Podemos observar cambios en la expresión génica a lo largo del tiempo, o diferencias en la expresión génica entre diferentes grupos o tratamientos. 4. Podemos detectar mutaciones. Ej.: SNP

9 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio. 2. Podemos determinar todos los genes que se están expresando y sus niveles de expresión absolutas. 3. Podemos observar cambios en la expresión génica a lo largo del tiempo, o diferencias en la expresión génica entre diferentes grupos o tratamientos. 4. Podemos detectar mutaciones. Ej.: SNP 5. Podemos determinar variantes en el número de copias de una familia génica (Copy Number Variation).

10 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio. 2. Podemos determinar todos los genes que se están expresando y sus niveles de expresión absolutas. 3. Podemos observar cambios en la expresión génica a lo largo del tiempo, o diferencias en la expresión génica entre diferentes grupos o tratamientos. 4. Podemos detectar mutaciones. Ej.: SNP 5. Podemos determinar variantes en el numero de copias de una familia génica (Copy Number Variation). 6. Podemos determinar los limites exactos entre exones e intrones; y el uso alternativo de estos (splicing alternativo).

11 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio. 2. Podemos determinar todos los genes que se están expresando y sus niveles de expresión absolutas. 3. Podemos observar cambios en la expresión génica a lo largo del tiempo, o diferencias en la expresión génica entre diferentes grupos o tratamientos. 4. Podemos detectar mutaciones. Ej.: SNP 5. Podemos determinar variantes en el numero de copias de una familia génica (Copy Number Variation). 6. Podemos determinar los limites exactos entre exones e intrones; y el uso alternativo de estos (splicing alternativo). 7. Todo esto lo podemos correlacionar con características fenotípicas de nuestro interés.

12 En qué nos puede ayudar? 1. No es indispensable tener secuenciado el genoma de la especie de estudio. 2. Podemos determinar todos los genes que se están expresando y sus niveles de expresión absolutas. 3. Podemos observar cambios en la expresión génica a lo largo del tiempo, o diferencias en la expresión génica entre diferentes grupos o tratamientos. 4. Podemos detectar mutaciones. Ej.: SNP 5. Podemos determinar variantes en el numero de copias de una familia génica (Copy Number Variation). 6. Podemos determinar los limites exactos entre exones e intrones; y el uso alternativo de estos (splicing alternativo). 7. Todo esto lo podemos correlacionar con características fenotípicas de nuestro interés. 8. Podemos discriminar entre los genes de la planta y los del patógenos.

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20 Gracias!