Transcriptómica y Proteómica

Transcripción

1 Universidad de Oviedo Máster en Biotecnología Aplicada a la Conservación y GesGón Sostenible de los Recursos Vegetales Transcriptómica y Proteómica Facultad de Biología Aula H (Teoría) Aula de informágca, Dpto. BOS (PrácGcas de Tablero) Lab. Fisiología Vegetal (PrácGcas de Laboratorio) Dr. Luis Valledor Universidade de Aveiro, Portgual GCRC, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno luis@valledor.info

2 Introducción - Biología del ARN (breve introducción) - Regulación de la expresión génica (breve introducción) Bloque 1: Transcriptómica Un poquito de historia Métodos semicuanataavos - Northern bloyng, dot bloyng - RT- PCR - cdna- AFLP Métodos cuanataavos - Microarray - Next GeneraGon Sequencing (Segunda generación, OpGcos) - Ion Torrent (Tercera generación, Iónicos) Single cell transcriptomics Variación natural Día 1

3 Bloque 1: Transcriptómica Introducción al manejo de secuencias. Análisis de una biblioteca de ESTs Aproximación clásica: - Diseño experimental. - Trabajando con ficheros de un secuenciador. - Trimming Eliminación de regiones de baja calidad. - ConGging. - Anotación funcional. Aproximación basada en NGS: - Similitudes y diferencias. Introducción a la PCR cuanataava - Diseño experimental - Diseño de primers - Selección de controles endógenos - Procesado de datos y presentación de resultados PrácAcas de Laboratorio (Día 2): Estudiando la respuesta al frío en C. reinhard+i - Extracción de RNA y de Proteínas Día 2

4 PrácAcas de Laboratorio (Día 3) - Extracción de RNA y purificación de Proteínas (II). - Elaboración de cdna. - Elaboración de una librería de ESTs. PrácAcas de Laboratorio (Día 4) - Elaboración de una librería de ESTs (II) - Transformación de E. coli. PrácAcas de Laboratorio (Día 5) - PCR de Colonia, envío de ESTs a secuenciación. - PCR en Gempo real. Bloque 1: Transcriptómica Día 3-5

5 Un poquito de historia Bloque 2: Proteómica Proteómica hoy: - Proteómica cuangtagva. - Análisis de modificaciones post traduccionales. - Interactómica. - TranslaGonal plant proteomics Proteómica basada en geles - Electroforesis uni y bidimensional - Sistemas de detección específicos - Introducción al procesado de imágenes Proteómica libre de geles - Introducción a los sistemas LC- MS - Marcaje isotópico, ICAT, itraq - Proteómica libre de egquetas. Días 4-5

6 Bloque 2: Proteómica IdenAficación de proteínas mediante espectrometría de masas: - MALDI- TOF. - nlc- MS. - Secuenciación de novo. Un nuevo gen? Una nueva proteína? Caracterización in silico - Determinación de los productos génicos y sus homologías - Traducción, 6- Frame translagon. Caracterización básica de la proteína. Mr, Pi. - Dominios funcionales, pepgdos señal, etc. - Modelado de su estructura terciaria. Bloque 3: Análisis informáaco Manejando un set de datos complejo (I) (Dia 6, tarde) - Similitudes y diferencias entre datos ómicos - Pre- Procesado de datos - Análisis estadísgco básico, PCA, heatmap. Día 6

7 Manejando un set de datos complejo (II) - Análisis estadísgco básico, PCA, heatmap (II) - Análisis funcional. Mapman. Analizando nuestros resultados de qpcr IdenAficando nuestros ESTs secuenciados Reparto de trabajos Bloque 3: Análisis informáaco Día 6

8 Martes Miercoles Jueves Viernes Lunes Martes Miércoles Tablero: Identificaciónde proteínas Caracterización Presentación. Teoría Transcriptómica TableroRealtime (40min) TableroLibrerías (1h20) Laboratorio RNA/ProtChang (1H) TableroLibrerias (Continuac) Laboratorio Elaboraciónde cdna(1h). Elaboraciónsecond strand(1h) Lectura de 3 areculos: Revisión de transcriptomica Revisión de proteómica Revsión de procesado de datos Laboratorio: Transformación E.coli.Siembra (30+30min) TeoríaProteómica Laboratorio: PCRdecolonia.Placa dertsqpcr(2h) TeoríaProteómica Tablero: Procesadodedatos (I) Tablero: Procesadode datos(ii) Tablero: Procesadode datos(iii) Verresultados ESTsyqPCR Repartode trabajos EVALUACIÓN Examen teórico (5 puntos) Examen prácgco en forma de trabajo (4 puntos) Asistencia a clases, acgtud, trabajo en laboratorio (2 puntos) La evaluación se realizará sobre 10 puntos, y el aprobado estará en un 5 (pese a que la máxima puntuación será 11 puntos)