Código de barras del ADN. Dra. Analía A. Lanteri División Entomología- Museo de La Plata
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- Santiago Serrano Gutiérrez
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1 Código de barras del ADN Dra. Analía A. Lanteri División Entomología- Museo de La Plata
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3 CÓDIGO DE BARRAS DEL ADN
4 Los genes están formados por EXONES (traducen a proteínas) y los INTRONES (no codificantes) Tanto las zonas codificantes como no codificantes pueden ser utilizadas en sistemática No pueden utilizarse zonas hipervariables o de ADN altamente repetitivo
5 ADN Fingerprinting ADN altamente repetitivo
6 Genes de copia única (nucleares) Genes de copia múltiple Ribosomales (conservados: plantas18s, 26S; animales 18S, 28 S) Taxones superiores Mitocondriales (tasa mutación rápida en animales: COI, COII) Especies próximas Estudios de Filogeografia Especies partenogenéticas Cloroplasto (ADN muy conservado: rbcl, rbcs) Taxones superiores
7 En el genoma humano hay 65% de genes de copia única pero sólo el 20% es codificante para proteínas. En los procariotas la mayor parte del ADN es codificante.
8 Caracteres obtenidos a partir de las secuencias del ADN Las secuencias de ADN deben ser alineadas para establecer una homología posicional. Cada posición es un posible carácter con cuatro estados posibles: A, T, C, G. Puede haber sustituciones de bases nitrogenadas: transiciones (cambios de purina a purina o de pirimidina a pirimidina) o transversiones (cambios de purina a pirimidina o viceversa). Bases púricas (A,G) y pirimídicas (C,T). Puede haber mutaciones indel: inserciones o deleciones (pérdidas) de bases.
9 Datos de secuencias de ADN
10 ADN mitocondrial Herencia materna No recombina en cada generación Alta tasa de sustitución nucleotídica Homoplasmia = todas las mitocondrias son iguales en su ADN Hay pocas regiones no codificantes
11 Proyecto código de barras del ADN Conferencia internacional sobre Barcoding life, Londres Workshop sobre DNA Taxonomy, Munich Identificador Universal: gen mitocondrial COI (Citocromo Oxidasa I). University of Guelph, Canadá Secretaría del Barcode of life, National Museum of Natural History, Washingon D.C, USA.
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14 1.Identificación taxonómica 2. Similitud de la secuencia con la sec. de referencia 3. Link a la página de la especie 4.Identificación sobre el árbol de los 100 taxones más próximos
15 Repositorio de los codigos de barras y herramientas
16 Proyecto Fish- Bol
17 BARCODING CAMPAIGNS
18 Gen Bank Es la base de datos de secuencias genéticas del NIH (National Institutes of Health) de los Estados Unidos, de disponibilidad pública. Realiza una puesta al día cada dos meses. Es parte de la International Nucleotide Sequence Database Collaboration, que está integrada por la base de datos de ADN de Japón, (DNA DataBank of Japan), el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (European Molecular Biology Laboratory) y el Gen Bank del National Center for Biotechnology Information. Al recepcionar una secuencia, el personal de GenBank asigna un número de acceso a la secuencia y realiza controles de calidad.
19 Crecimiento de secuencias en GeneBank
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22 PROYECTO Barcode of Life TAXONOMIA Sp. identificadas No identificadas Construcción de la biblioteca BOLD BARCODE of LIFE Secuencia standard Identificación por comparación con la biblioteca BOLD Genética de Poblaciones Acceso biblioteca Información adicional Filogenias moleculares Archivo de ADN y tejidos
23 Filograma de haplotipos mitocondriales Los filogrupos A y B se hallan separados por un gap de numerosos pasos mutacionales Cada filogrupo presenta un haplotipo ancestral del cual derivan los demás, separados por uno o unos pocos pasos mutacionales.
24 Razas de Heliconius erato
25 Astraptes fulgerator Lepidoptera: Hesperoidea Reserva de Guanacaste- Costa Rica
26 Especies gemelas Saturnidae Daniel Jansen Cosa Rica
27 Método de Neighbor Joining Saitou and Nei (1987 Une los OTU's más cercanos tratando de minimizar la longitud total del árbol. El método se inicia a partir de una estrella en la cual todas los OTU's están enlazados a un nodo central.
28 Matriz de sustitución para un grupo de seis OTU's Topología correcta del árbol para los OTU's de la tabla 1. A B C D E B C D E F
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31 Secuencias ISSR de variedades de porotos del NOA
32 UPGMA
33 Grupo 2 Grupo 1 Grupos 3 Neighbor Joining Grupo 4
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Lina Tarazona Estudiante de Biología Universidad de La Salle, Colombia ltrazona13@unisalle.edu.co Juan Diego Duque Estudiante de Biología Universidad de La Salle, Colombia jduque00@unisalle.edu.co Códigos