GENOTIPAJE KIR

Transcripción

1 GRUPO ESPAÑOL DE TRABAJO EN HISTOCOMPATIBILIDAD E INMUNOLOGIA DEL TRASPLANTE (GETHIT) 2014/15 1 er TALLER NACIONAL DE GENOTIPAJE KIR Organizadoras: Dolores Planelles & Francisca González-Escribano Consultor: Carlos Vilches Taller KIR Madrid, 25 de mayo de 2015 PARTICIPANTES TALLER KIR Nº RESPONSABLE LABORATORIO 1 Dolores Planelles CENTRO TRANSFUSION - VALENCIA 2 Fca. González-Escribano, Cristina Abad H. U. VIRGEN ROCIO - SEVILLA 3 Rafael González Fernández H.U. REINA SOFIA - CORDOBA 4 Ruth López, Florentino Sánchez H.U. Dr. NEGRIN - GRAN CANARIA 5 J. Gonzalo Ocejo-Viñals H.U. MARQUES VALDECILLA - SANTANDER 6 Adolfo Eiras, M Luisa Abad CENTRO TRANSFUSION - GALICIA 7 José Luis Caro Oleas BANC SANG I TEIXITS - BARCELONA 8 Eduard Palou, Carles Serra H. CLINIC - BARCELONA 9 JA.Campillo, M.Muro, AM.García H.CLINICO U. VIRGEN ARRIXACA - MURCIA 10 M.Dolores de Juan Echavarri H. DONOSTIA - SAN SEBASTIAN 11 Olga Montes Ares C.H.U.INSULAR MATERNO INFANTIL, LAS PALMAS G.C. 12 José Luis Vicario, Antonio Balas CENTRO TRANSFUSION - MADRID 13 Marcos González, Luis Marín H. CLINICO U. - SALAMANCA 14 Alberto Torío H. REGIONAL U. - MALAGA 15 Miguel Fernández Arquero H. CLINICO SAN CARLOS - MADRID CARLOS VILCHES, H.U. PUERTA DE HIERRO DE MADRID, participa como CONSULTOR 17 laboratorios inscritos en 2014, pero dos de ellos no envían resultados. El Hospital Niño Jesús de Madrid comunica su interés el 16/01/2015, pero no participa en el programa HLA-GECLID

2 CÉLULAS ANALIZADAS HLA-5AB: HLA class I and II DNA typing (Low resolution) 2014 round β (envío ) HLA-5AB: HLA class I and II DNA typing (Low resolution) 2015 round α (envío ) HLA β HLA β HLA β HLA β HLA β HLA α HLA α HLA α HLA α HLA α PLATAFORMA DE RECOGIDA DE RESULTADOS Y ANÁLISIS

3 FORMULARIO DE RECOGIDA DE RESULTADOS GENES KIR DE TIPAJE OBLIGATORIO

4 VARIANTES GENES KIR DE TIPAJE OPCIONAL 2DL5A 2DL5B 2DL5A+DL5B full full+ full full+ Confirmación envío formulario A mejorar: Para imprimir y/o guardar el formulario, hay que hacerlo desde el navegador antes de pulsar Enviar. Desde Google Chrome es muy fácil: pulsar el botón derecho ratón y seleccionar la opción imprimir (tanto para guardar seleccionar guardar como pdf-, como para imprimir - seleccionar impresora-)

5 Registro de respuestas en la nube de google drive Resumen de respuestas formulario Laboratorios y Responsables

6 Análisis de respuestas: Genes de tipaje obligatorio Análisis de respuestas: Técnicas utilizadas

7

8 Análisis de respuestas: Variantes de tipaje opcional A mejorar en Google drive para el análisis automático de respuestas: Permitir sólo una entrada por persona!!! Ojo!!!! Contador de respuestas no-modificable

9 Células invalidadas para el análisis automático en google drive HLA α 18R: 1lab2x,1lab3x (2mal) 6 Válidas 4 Inválidas HLA α 1 (20%) HLA α 1 (20%) HLA α 16R: 1lab2x 17R: 1lab2x,1lab2x 3 (1mal) (60%) 16R: 1lab2x De las 10 células, todas las HLA14-5.β y la HLA α correctas En las células invalidadas se suprimió manualmente Excel la entrada de respuestas incorrectas comunicadas por el laboratorio emisor RESULTADOS: Grado de participación Todos los laboratorios participantes informaron todos los genes obligatorios (ninguno se informó como desconocido ) de todas las células Taller Cuatro laboratorios informaron las variantes de KIR Dos laboratorios informaron las variantes de KIR2DL5 Ningún laboratorio informó las variantes de KIR Un laboratorio informó en comentarios el genotipo KIR

10 CRITERIOS PARA TIPAJE CONSENSO El asignado por el 75% o más de los laboratorios siempre que la participación fuese de más 75% de los participantes En caso de duda, se disponía de un consultor experto (Carlos Vilches) En el CTCV se testaron las 10 células por las 4 técnicas diferentes para analizar la variabilidad inherente al método RESULTADOS: Genotipaje KIR En todas las células analizadas hubo tipaje consenso en los genes obligatorios. En 9 de las 10 células analizadas se alcanzó un 100% de concordancia en el tipaje de los genes obligatorios. En la célula HLA α se detectó una discrepancia en KIR2DL3, tipado como positivo por 14 laboratorios y negativo por un laboratorio. No hubo suficiente participación de los laboratorios para el tipaje de las variantes de KIR y 2DL5 y por tanto no se llegó a un consenso. Los 4 laboratorios participantes en tipaje de las variantes KIR tuvieron una concordancia 100% salvo en la célula HLA α, tipada como por 3 laboratorios y como full+ por el cuarto. Puede haber alguna terminología confusa: con GenProbe todos los alelos dan positiva una sonda dirigida al exón 4, que identifican como *all full length. La variantes alélicas de que tienen la secuencia completa en exón 5 se identifican como *full length Ex.5, mientras que las que tienen una eción de 22 pb se identifican como *etion Ex.5. La concordancia entre las cuatro técnicas analizadas por el mismo laboratorio fue 100%.

11 RESULTADOS: Distribución de los genotipos KIR de las células testadas g6 g18 g71 g5 g2 g4 3 Identificación asignada según la base de datos de genotipos KIR Allele Frequency Net Database, 2015 update 1 3 HLA β HLA α HLA α

12 HLA β HLA α HLA α HLA β HLA β HLA β

13 HLA β HLA α

14 HLA α HLA α

15 HLA α Semihaplotipos KIR comunes en caucasoides Lado centromérico Lado telomérico 2DL3 2DP1 2DL1 2DS2 2DL2 2DL5 2DS3 2DP1 2DL1 3DS1 2DL5 2DS5 2DS1 2DS2 2DL2 full 3DS1 2DL5 2DS3 2DS1 Ordóñez et al. Genes & Immunity 2008

16 HLA β HLA α HLA α Haplotipos posibles 2DL3 2DP1 2DL1 2DL3 2DP1 2DL1 3DS1 2DL5A 2DS5 2DS1 HLA β HLA β HLA β Haplotipos posibles 2DL3 2DP1 2DL1 2DS2 2DL2 full

17 HLA β Haplotipos posibles 2DL3 2DP1 2DL1 2DS2 2DL2 2DL5B 2DS3 2DP1 2DL1 HLA α Haplotipos posibles 2DL3 2DP1 2DL1 2DS2 2DL2 2DL5B 2DS3 2DP1 2DL1 3DS1 2DL5A 2DS5 2DS1

18 HLA α Haplotipos posibles 2DS2 2DL2 2DL5B 2DS3 2DP1 2DL1 2DS2 2DL2 full HLA α Haplotipos posibles 2DL3 2DP1 2DL1 3DS1 2DL5A 2DS5 2DS1 2DL2 full Pyo et al. BMC Genomics 2013, 14:89 Población Guinea Ecuatorial (Vilches et al. no publicado)

19 Agradecimientos: Carmen Martín y Alfredo Corell, de GECLID-SEI, por la cesión de las células Taller Luis González Palacios, por el soporte informático Elisa Cisneros, de IIS Puerta de Hierro, por el tipaje de los subtipos de Miguel Mainer (Diagnostica Longwood), Itziar Olea (Thermo Físher) y Nuria Montero (Inmuno Hospitalar S.L.), por la cesión de reactivos al CTCV para contrastar el tipaje de todas las células Taller