COMPUTACIÓN EVOLUTIVA (CE) INTRODUCCIÓN



Documentos relacionados
TRANSCRIPCION DEL ADN

Producción: Carlos García, Nodo RAP 13 Lunas Monterrey

13/05/2016 GENÉTICA MOLECULAR Mª PILAR GARCÍA MADRUGA

FLUJO DE INFORMACIÓN EN LAS CÉLULAS: REPLICACIÓN TRANSCRIPCIÓN TRADUCCIÓN

Conceptos básicos de biología molecular, II

Autor; Dr. Daniel Sánchez Serrano

OPCIÓN A UNIDAD 1. La figura representa una célula eucariótica en la que se observan diferentes estructuras.

OPCIÓN A UNIDAD 1 UNIDAD 2. a) Identifique las sustancias señaladas con los números 1 y 5 en la figura.

TRANSMISION DE LA INFORMACION GENENTICA

J. L. Sánchez Guillén. IES Pando - Oviedo Departamento de Biología y Geología 1

Dra. Carmen Aída Martínez

COMPOSICION QUIMICA ADN- ARN

NUCLEICOS Y NUCLEOPROTEINAS

Biotecnología. Anotación de genes. Dpto. Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial Universidad de Sevilla

Se encuentra separado del citoplasma por la envoltura nuclear, que está formada por varias cisternas del retículo endoplasmático, que se mantienen uni

TEMA: TRANSMISIÓN DE LA INFORMACIÓN PARA LA VIDA

SÍNTESIS DE PROTEINAS DEL ADN A LAS PROTEÍNAS

LA HERENCIA Y LAS VARIACIONES

Capítulo 24. Replicación, Transcripción y Traducción

GENÉTICA MOLECULAR TRANSCRIPCIÓN DEL ARN Y TRADUCCIÓN DE PROTEÍNAS

IV Plan común. Tema 2: Flujo de información génica Transcripción y traducción del ADN

ADN, ARN E INFORMACIÓN

Capítulo 24. Replicación, Transcripción y Traducción

TRADUCCIÓN ACTIVIDAD DE LABORATORIO DE LA UNIDAD TEMÁTICA 15

GENÉTICA MOLECULAR TRANSCRIPCIÓN DEL ARN Y TRADUCCIÓN DE PROTEÍNAS

Prova d accés a Cicles formatius de grau superior de formació professional, Ensenyaments d esports i Ensenyaments d arts plàstiques i disseny 2009

1. BIOMOLÉCULAS ORGÁNICAS

Genes. Estructura. Promotores. Intrones y exones. Pseudogenes. Genética 1 er Curso. Facultad de Medicina TEMA 0-2

BANCO DE PREGUNTAS Distrito universitario de Valladolid Asignatura: BIOLOGÍA

REFUERZO DE BIOLOGÍA 4º ESO: TEMA 1, 2 Y Nombra las principales partes de la siguiente célula procariota indicando sus funciónes.

TRABAJOS PRÁCTICOS DE BIOLOGÍA C

Prova d accés a Cicles formatius de grau superior de formació professional, Ensenyaments d esports i Ensenyaments d arts plàstiques i disseny 2009

Tema 7.- Genética Molecular. Biología y Geología 4º ESO: Genética Molecular

Introducción a la ingeniería genética PRÁCTICAS

OPCIÓN A UNIDAD 1 UNIDAD 2. La figura representa una célula eucariótica en la que se observan diferentes estructuras.

EVOLUCIÓN Y GENÉTICA Fernando Tuya, Departamento Biología, Planta 1, oficina b-107,

Algoritmos genéticos. Inteligencia Computacional TC3023

Síntesis de proteínas. Dra. Carmen Aída Martínez

GENÉTICA: Herencia, Expresión génica, Replicación, biotecnología

La función del ADN. Color del pelo Tipo de sangre Color de la piel Color de los ojos. cromosomas

Unidad 6. Objetivo 3. Flujo de la información genética

Revisión de opción múltiple- Genes

2.- Qué es el ADN. algunos de los lenguajes químicos de los seres

BIOLOGÍA Y GEOLOGÍA DE 4º ESO

Tema 1: Breve Lección de biología (2)

MÍNIMOS 4º ESO: BIOLOGÍA Y GEIOLOGÍA

SÍNTESIS DE PROTEÍNAS

MISIONEROS DE LA PRECIOSA SANGRE Formando Personas Integras

PRUEBAS DE ACCESO PARA MAYORES DE 25 AÑOS

CÓDIGO GENÉTICO Q.A. CLARA MARCELÍN Q.A. JESSICA HURTADO I.B.I FRANCISCO RAMÍREZ BIOLOGÍA MOLECULAR UAM-IZTAPALAPA / 18-I

Haciendo al más apto: Selección natural y adaptación

Traducción en Procariotas. en los procariotas la traducción se produce junto con la transcripción

PRINCIPIOS DE GENÉTICA APLICADOS A CANARICULTURA

INSTITUCIÓN EDUCATIVA DISTRITAL JORGE ISAAC Actividades extracurriculares

Teoría Evolutiva. Aula experiencia 2 de marzo de 2006

2. La figura representa un segmento de la fibra básica de cromatina.

ESCUELA SUPERIOR POLITECNICA DEL LITORAL FIECW

Fundación Diocesana de Enseñanza Santa María de la Victoria

COLEGIO TECNICO LORENZO DE SALAZAR FICHA PLAN DE MEJORAMIENTO 2017

Expresión y regulación de los genes

UNIVERSIDADES PÚBLICAS DE LA COMUNIDAD DE MADRID

CONCEPTO DE MEDIO AMBIENTE DIFERENCIA ENTRE MEDIO AMBIENTE Y ECOLOGÍA ECOLOGISMO ECOLOGISTA DIFERENCIA ENTRE ECÓLOGO Y ECOLOGISTA

INTRODUCCIÓN BLOQUE I: LAS FUNCIONES DE LOS SERES VIVOS

CLASIFICACIÓN SEGÚN SU POLARIDAD NO POLARES POLARES NEUTROS ACIDOS BASICOS

Apoyo Docente Biología Código Genético y Síntesis de Proteínas

- Conoce los modelos planetarios clásicos y explica la organización del sistema solar.

PREGUNTAS DE EXÁMENES DE SELECTIVIDAD DE BIOLOGÍA. Tema 6: Genética mendeliana y molecular

LIGAMIENTO Y RECOMBINACIÓN. Dra. María Teresa Lemus Valdés Especialista de I y II Grado en Genética Clínica Profesora e Investigadora Auxiliar

Inteligencia Artificial

de profeínqs o"rorrollor vocobulcrio lntroducción Hobilidodes Problemo Grupo Fecho _ Prócrico de loborororio 3 Del ADN q lq síntesis transcripción

CUESTIONES DE SELECTIVIDAD GENÉTICA MOLECULAR 1. REPLICACION DEL ADN

Tema 1: Qué es la Intleigencia Artificial? pp. 1

Biomoléculas Orgánicas II

Expresión del material hereditario. Regulación en procariontes. Regulación en Eucariontes.

Biotecnología de células procarióticas. Profesor: Javier Cabello Schomburg, MS

CÓDIGO GENÉTICO: CARACTERÍSTICAS Y DESCIFRAMIENTO

Inteligencia. artificial. Conceptos básicos

ACTIVIDADES DE EVALUACIÓN SEPTIEMBRE

Prova d accés a Cicles formatius de grau superior de formació professional, Ensenyaments d esports i Ensenyaments d arts plàstiques i disseny 2009

ANTOLOGÍA DE BIOLOGÍA III

BIOSINTESIS DE AMINOÁCIDOS INTEGRANTES: ZACHARY FERNANDA CUELLAR CARDOZO PAOLA ANDREA CASTAÑO PAYA

Proteínas y su Papel Biológico

BIOLOGÍA Y GEOLOGÍA 1ºESO CONTENIDOS MÍNIMOS Y CRITERIOS DE EVALUACIÓN

ANTOLOGÍA DE BIOLOGÍA III

Ingeniería Informática

dentro y hacia afuera de la célula (secreción) Metabolismo de lípidos.

De DNA a proteínas. Por: Wilfredo Santiago

TEMA 6: REPRODUCCIÓN, HERENCIA Y GENÉTICA

2.Teoría de Autómatas

ACIS. ADAPTACIÓN CURRICULAR INDIVIDUAL SIGNIFICATIVA

Biología 2. La evolución de los seres vivos. Las células y la nutrición. La información genética. 2. º año NES

Usando Modelos de Markov para buscar genes

Transcripción:

COMPUTACIÓN EVOLUTIVA (CE) INTRODUCCIÓN Angel García Baños Escuela de Ingeniería de Sistemas y Computación Universidad del Valle 04 de febrero de 2008

PRESENTACIÓN DEL CURSO

Objetivos Existen problemas tan complejos que no hay ningún algoritmo determinista que los solucione en un tiempo razonable. En ese caso hay multitud de técnicas que se emplean para lograr una solución suficientemente buena, aunque quizás no sea la mejor posible. El objetivo del curso es aprender a emplear técnicas de búsqueda de soluciones a problemas complejos (incluido el diseño automático de software) y basadas en el concepto de la evolución: Algoritmos Genéticos, Programación Genética, Estrategias Evolutivas, Programación Evolutiva, etc. 3

Objetivos Se mostrarán así mismo una variedad de temas anejos, que sirven de plataforma para desarrollar estas técnicas, como los autómatas celulares, la teoría de juegos, los dilemas sociales, las hormigas artificiales y los virus de software. Se presentarán también los aspectos teóricos que justifican estas técnicas, así como los que muestran sus limitaciones. 4

Contenido del curso INTRODUCCIÓN A LA EVOLUCIÓN. El fracaso de la AI clásica. La complejidad. La naturaleza como inspiradora de sistemas. TÉCNICAS GENERALES (CON PROPIEDADES Y EJEMPLOS): SIMULATED ANNEALING (SA). ALGORITMOS GENÉTICOS (GAs). PROGRAMACIÓN GENÉTICA (GP). PROGRAMACIÓN EVOLUTIVA (EP). ESTRATEGIAS EVOLUTIVAS (ES). GRAMÁTICAS EVOLUTIVAS (EG). PROGRAMACIÓN POR EXPRESIÓN DE GENES (GEP). TÉCNICAS ESPECÍFICAS: MÁQUINAS AUTOREPLICANTES. Entropía y reproducción. Autómatas celulares. INTRODUCCIÓN A LA TEORÍA DE JUEGOS. El dilema del prisionero. VIRUS (PROGRAMAS AUTOREPLICANTES). 5

Contenido del curso FUNDAMENTOS TEÓRICOS DE LA COMPUTACIÓN EVOLUTIVA: FUNDAMENTOS / APLICACIONES: TEORIA DE JUEGOS MÁQUINAS AUTOREPLICANTES TEORIA DE LA COMPLEJIDAD CAOS FRACTALES LIMITACIONES: TEOREMA DE GÖDEL PROBLEMA DE LA PARADA PROBLEMAS NP TEOREMA de NO-FREE-LUNCH 6

INTRODUCCIÓN

Introducción a la IA Algunas técnicas habituales de Inteligencia Artificial (IA): Redes neuronales Sistemas Expertos Lógica Difusa Técnicas heurísticas Algunos lenguajes prometedores para la IA: LISP PROLOG 8

Introducción a la IA Algunos logros de la IA: Eliza (análisis de lenguaje en un entorno psiquiátrico) SHRDLU (análisis de lenguaje en un entorno geométrico) Deep Blue (ajedrez) Sistemas Expertos en estructuras moleculares (DENDRAL), medicina, prospecciones minerales, etc. Pero... es ello inteligencia? Test de TURING 9

Introducción a la IA El fracaso de la AI clásica. Teorema de Gödel: todo sistema axiomático suficientemente complejo: o es incompleto (no se pueden deducir de él todas las verdades, no puede trascenderse, no es inteligente) o mantiene contradicciones internas (se derrumba) Los investigadores se propusieron una meta mas modesta: en vez de AI (Artificial Intelligence), buscar AL (Artificial Life)... y se encontraron con AI. 10

Introducción a la IA Cuales son las características de un problema de IA: Si está resuelto, ya no es de IA :) :) :) Problema directo: dada una entrada y un algoritmo que responda en un tiempo razonable (P), averiguar la salida. Ejemplo: 8 = x + 3; Problema de IA: dada una entrada y una salida deseada, averiguar el algoritmo. Pero una vez encontrado, el problema se vuelve directo. El proceso de búsqueda del algoritmo si es de IA. Ejemplo: Ajedrez. Problemas clásicos de IA: Knapsack Viajero, etc. 11

Evolución biológica La evolución de las especies (Darwin) La supervivencia del más apto (Darwin) Equilibrio puntuado (Jay Gould). Neodarwinismo (Hamilton, Richard Dawkins ==> El gen egoísta ) Pero nosotros vamos a emplear cosas parecidas a la biología aunque no exactamente iguales: SISTEMAS BIOINSPIRADOS 12

Evolución biológica Las características profundas de diversos entornos son muy similares, por lo que muy frecuentemente la evolución lleva al mismo resultado en ellos. Por ejemplo, el ojo ha sido inventado mas de 40 veces de forma independiente (moluscos, artrópodos, vertebrados...). Lo mismo puede decirse de la invención del vuelo. También las etologías (comportamiento) son profundamente convergentes: muchos animales se inflan para aparentar mas tamaño cuando sufren alguna agresión. 13

Evolución biológica Sin embargo, la evolución biológica no parece perseguir ninguna finalidad. De hecho, hay avances y retrocesos. Caso típico: el caballo. Y también los peces mamíferos: proceden de peces que salieron a tierra y luego se volvieron a regresar al agua (ballena, delfín...). La evolución biológica ni siquiera tiende a buscar siempre una mayor complejidad. Parece un paseo aleatorio. 14

Evolución biológica Actualmente se entiende que la evolución ha operado en todos los niveles:??? Químico Moleculas gigantes (ARN, and) Celular Organismos pluricelulares Cerebro (inteligencia) Sociedades (hormigas, humanos)??? Hay teorías más especulativas, que suponen que todo el universo es resultado de la evolución. Libro: John Maynard Smith Ocho hitos de la evolución. 15

Teoría de la complejidad Usaremos técnicas evolutivas cuando no se conoce un algoritmo eficiente que resuelva el problema dado. Ello ocurre con problemas complejos. Pero cómo caracterizar estos problemas? Que es la complejidad? Como medirla? 16

Teoría de la complejidad Como ingenieros estamos acostumbrados a buscar soluciones aplicando métodos estructurados (procedural, OO), donde unos ladrillos básicos se apilan para formar una pared, varias de ellas construyen una casa, etc. El mundo real no es estructurado: Biología. Sistemas económicos. Sistemas sociales. Pero también: Química (reacciones reloj) Física (gravedad clásica con 3 cuerpos). 17

Teoría de la complejidad Nuevas herramientas matemáticas para abordar la complejidad: Teoría de la complejidad, teoría general de sistemas, sistemas dinámicos, sistemas no-lineales, vida artificial... Teoría del caos Fractales 18

Citas acerca de la complejidad Occam: Si dos fórmulas de distinta longitud explican un mismo fenómeno con igual mérito, la mas corta es la verdadera. Whitehead: La ciencia debe buscar las explicaciones mas simples a los fenómenos mas complejos. Sackman: Los diseñadores muy buenos de software producen las estructuras mas rápidas, pequeñas, simples y limpias y con menor esfuerzo. 19

Citas acerca de la complejidad Schumacher: Si el ingeniero falla en estudiar metainformática, o, peor aún, si permanece inconsciente del hecho de que hay límites a la aplicabilidad de la computación, es probable que caiga en una clase de error similar a la de ciertos teólogos medievales que intentaban establecer cuestiones de física por medio de citas bíblicas. Bunge: El técnico no puede evitar el contagio filosófico, ya que maneja ideas que presuponen conceptos filosóficos: hace filosofía sin saberlo. Y, puesto que la hace, mejor sería que la hiciese bien. Para eso tendría que aprender algo de filosofía. 20

Que es la Vida Artificial? En el mundo en que vivimos, muchas veces la complejidad surge espontáneamente, a partir de sistemas muy simples. A ello se le llama: Comportamiento emergente: al interactuar entre si entidades similares con comportamiento muy simple, puede surgir un comportamiento mucho mas complejo que no estaba programado en las entidades simples (hormigas, dilemas sociales, etc). El todo es mas que la suma de las partes. Fin del REDUCCIONISMO (Descartes). Aparición del HOLISMO (no debe interpretarse como algo mágico: simplemente, los fenómenos no-lineales dan lugar a comportamientos difíciles de predecir). 21

VIDA es INTELIGENCIA Vida es adaptación al entorno APRENDIZAJE Por ello, Vida es Inteligencia. La inteligencia NO es una cuestión de TODO o NADA sino gradual: piedra, martillo, computador, delfín, persona... La inteligencia se basa en poder predecir el futuro (APRENDIZAJE), anticiparlo, adaptarse y sobrevivir. El universo es bastante predecible (el sol sale periódicamente...). Los organismos vivos intentan predecirlo para sacar ventaja de él. Si el universo fuera completamente incorrelado no habría vida. Por evolución emergieron estructuras complejas autoorganizadas, capaces de reproducirse. Cosas vivas. Y después por evolución se fueron haciendo más inteligentes, es decir, capaces de predecir mejor su entorno, su futuro, etc. 22

La teoría de la evolución También evoluciona la teoría de la evolución: Darwinismo = selección del más adaptado. Competencia. Lucha (gana el más fuerte). La naturaleza son garras y dientes chorreando sangre. El mundo es cruel pues lo domina el más fuerte. Neodarwinismo = Darwinismo + Teoría de juegos La competencia sigue existiendo, pero ahora nos damos cuenta que la cooperación es mucho más importante. Sobreviven los que se apoyan mútuamente cooperando entre sí. Y crean nuevas estructuras (células eucariotas, seres multicelulares, grupos sociales, económicos y culturales...). El mundo lo fabrica y domina el más inteligente. 23

Condiciones para que haya EVOLUCIÓN (Natural o Artificial) Sistemas evolutivos: Población (conjunto) de entes que se reproducen (sexual o asexualmente) con variabilidad (surgen diferencias debidas a la reproducción sexual o a mutaciones) sometidos a una presión selectiva (usualmente, comparten un recurso vital escaso) 24

Condiciones para que haya EVOLUCIÓN (Natural o Artificial) Por qué se necesita variabilidad? Si todos los entes son iguales, hay estancamiento. Las teorías actuales evolutivas hablan de equilibrios puntuados (la evolución no es continua, sino a saltos). Actualmente estamos en un punto de estancamiento. Como se consigue la variabilidad? Reproducción sexual: los hijos son heredan de ambos padres y, por tanto, son distintos a ambos. Mutación: fallos de los mecanismos de reproducción. Aleatorios. Usualmente produce peores individuos. 25

Sistemas que evolucionan Sistemas biológicos: célula órgano individuo población ecosistema Sistemas químicos prebióticos Sistemas sociales La ciencia 26

Sistemas que evolucionan La humanidad, que exhibe tres niveles de evolución (o quizás mas): ontogenética (dentro del individuo): la mínima unidad es la neurona. El depósito de conocimiento es todo lo que el individuo conoce de su entorno. philogenética (el linaje): la mínima unidad son los genes. El depósito es el genoma. sociogenética (la sociedad): la mínima unidad son las ideas. El depósito es la cultura. Las ideas también se llaman memes (término acuñado por Richard Dawkins). HOAX, etc 27

Somera introducción a los genes biológicos El ADN de los cromosomas está compuesto por una secuencia de 4 nucleótidos llamados A, T, G, C (adenina, timina, guanina y citosina). Cada grupo de 3 nucleótidos forma un codón, que se traducirá a un aminoácido. Los aminoácidos son los bloques constitutivos de las proteínas. Cada proteína tendrá unas propiedades u otras dependiendo de cual sea su estructura tridimensional, lo que a su vez depende de que aminoácidos la componen y en que orden se encuentran. Hay algunos codones que son marcas de finalización. A la secuencia de codones terminada en una marca de finalización se le llama gen. Cada gen codifica una proteína. De modo que la secuencia de codones en el ADN es la que dirige la forma en que se construyen las proteínas, que a su vez determina las formas y funcionalidades del individuo. Al ADN se le llama genotipo, a las formas y funcionalidades del individuo se le llama fenotipo, y al paso del primero al segundo se le llama expresión. Hay un paso intermedio que consiste en sacar una copia (ligeramente distinta, con T --> Uracilo) del DNA, cuyo resultado se llama ARNm. 28

Somera introducción a los genes biológicos Richard Dawkins llama fenotipo extendido a características de comportamiento ligadas a un individuo. Por ejemplo: La forma especial de un nido, asociada al pájaro que lo construyó. El cambio de comportamiento de un huésped, asociado al parásito. En muchos casos, los comportamientos son algoritmos preprogramados en los genes. Los humanos no somos la excepción a esto. 29

Somera introducción a los genes biológicos El código genético es (casi) universal en el planeta Tierra: AMINOÁCIDO Alanina Cisteina Ácido Aspártico Ácido Glutámico Fenilalanina Glicina Histidina Isoleucina Lisina Leucina Metionina Asparagina Prolina Glutamina Arginina Serina Treonina Valina Triptofano Tirosina STOP CODONES del ARNm GCA GCC GCG GCU UGC UGU GAC GAU GAA GAG UUC UUU GGA GGC GGG GGU CAC CAU AUA AUC AUU AAA AAG UUA UUG CUA CUC CUG CUU AUG AAC AAU CCA CCC CCG CCU CAA CAG AGA AGG CGA CGC CGG CGU AGC AGU UCA UCC UCG UCU ACA ACC ACG ACU GUA GUC GUG GUU UGG UAC UAU UAA UAG UGA 30

Somera introducción a los genes biológicos 31

Simplificaciones que se introducen en la computación evolutiva Cualquier modelo en computación evolutiva es una simplificación de la realidad biológica. En CE vamos a considerar un único cromosoma muy largo, en vez de tener los genes distribuidos por varios cromosomas más pequeños. A veces, en CE, no hay EXPRESIÓN (el fenotipo es el mismo genotipo). En CE se supone que un gen produce una característica, mientras que en biología, se sabe que los organismos mas evolucionados exhiben: Pleiotropy (pleiotropía): un solo gen puede producir varias características del fenotipo: los gatos de ojos azules son sordos; los perros sin pelo tienen dientes defectuosos... Polygeny (poligenía): una característica del fenotipo puede ser debida a la interacción de varios genes. 32

Simplificaciones que se introducen en la computación evolutiva CROMOSOMA GEN EXPRESIÓN ALELOS de un GEN if(x > y + z) for(i = 0; i < 100; i++) z += y; GENOTIPO FENOTIPO 33