Práctica 1: Alineamientos

Práctica 1: Alineamientos Partimos de un archivo de datos que contiene 5 secuencias de mrna asociado a la CFTR http://madma.usc.es/cursoverano/materiales Abrimos el ClustalX en la carpeta C:\ClustalX de tu PC. Hay la opción de usar el Clustal via web Cargamos el archivo de datos en la aplicación ClustalX.

Práctica 1: Alineamientos La mandamos alinear sin perfil previo. Si aparecen gaps hay que eliminar esas columnas. Por último recortamos para quedarnos con secuencias de longitud 250.

Práctica 1: Alineamientos

Práctica 2: Distancias Usaremos el paquete webphylip en la dirección http://biocore.unl.edu/webphylip/ Usaremos el programa DNAdist Hay varias opciones( Kimura, J. Cantor, etc..) El resultado es una matriz que sirve de entrada para el siguiente paso.

Práctica 2: Distancias

Práctica 3: N-J, UPGMA Partimos de una matriz de distancias para calcular el árbol. Hay dos métodos, Fitch-Margoliash, Neighbor-Joining El resultado es una tabla con los tamaños de las ramas, un árbol elaborado con caracteres ASCII en un archivo de texto y un código para dibujarlo.

Práctica 3: N-J, UPGMA

Prática 4: Dibujar el árbol Se puede hacer directamente en el paquete. El resultado sale en un archivo ps. Sólo hay que darle a la opción adecuada en la salida de la práctica anterior. Hay otros programas para dibujar árboles, la entrada es el código del que ya hablamos anteriormente.

Prática 4: Dibujar el árbol

Prática 4: Dibujar el árbol Usaremos el treeview para dibujar y editar el árbol. El archivo de entrada contiene la codificación del árbol que nos da el paquete Phylip.

Práctica 5: Máxima verosimilitud Usaremos los como entrada de datos una colección de secuencias alineadas sin huecos. El resultado será un árbol, el más verosimil. La entrada tiene varias opciones que examinaremos en detalle.

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 6: Máxima parsimonia Existen dos programas para hacer máxima parsimonia. La diferencia básicamente consiste en el algoritmo de búsqueda de la solución optima en el espacio de árboles El procedimiento es similar a los anteriores métodos Lo haremos directamente sobre el programa

Práctica 7: Un poco de experimentación Esta práctica es un resumen de todo lo visto hasta ahora. Se trata de hacer un árbol de filogénia para las 14 especies citadas en el artículo

Práctica 7: Un poco de experimentación Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.

Práctica 7: Un poco de experimentación Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank. Paso 2: Traerlas y grabarlas en formato Fasta Paso 3: Alinearlas con Clustal y recortarlas Paso 4: grabarlas en formato Phyllip Paso 5: usar el paquete Phylip para hacer los distintos tipos de árboles y compararlos.

Práctica 8: Un poco más allá En esta práctica se trata de comprobar la potencia de los distintos métodos de reconstrucción a partir de una matriz de distancias. Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies: Paso 2: Calcular la matriz de distancias. Paso 3: Usar esa matriz para calcular los árboles por los distintos métodos y compararlos con el de partida.

Práctica 8: Un poco más allá Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies: 2 2.5 1 2 1 3 2.5 1 1.5 1 A B C D E F A B C D E F Matriz de distancias A B C D E F 0 2 6 10 10 10 0 6 10 10 10 0 10 10 10 0 5 5 0 2 0

Práctica 8: Un poco más allá

Práctica 9: otra simulación Paso 1: Partir de una secuencia de ADN de longitud 20 Paso 2: Sobre el árbol de la práctica anterior, ir haciendo mutaciones aleatorias (en un número proporcional a la longitud de la rama). Paso 3 Grabar las seis secuencias obtenidas. Paso 4 Aplicar los diversos métodos para reconstruir el árbol de filogenia.